| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 4,518,434 | Δ81,761 bp | [ykiE]–yjjA | 74 genes [ykiE], insA7, yjhU, yjhF, yjhG, yjhH, yjhI, sgcR, sgcE, sgcA, ryjB, sgcQ, sgcC, sgcB, sgcX, yjhP, yjhQ, topAI, ythB, nanS, nanM, nanC, fimB, fimE, fimA, fimI, fimC, fimD, fimF, fimG, fimH, gntP, uxuA, uxuB, uxuR, yjiC, ytiC, ytiD, idlP, iraD, hypT, iadA, yjiG, yjiH, kptA, yjiJ, yjiK, ytiA, yjiL, yjiM, yjiN, mdtM, ytiE, yjiR, yjiS, yjiT, mcrC, mcrB, mcrB, symE, symR, hsdS, hsdM, hsdR, mrr, yjiA, yjiX, btsT, tsr, lgoT, lgoR, lgoD, opgB, yjjA |
|
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 4518434 | 4600194 | 81761 | 41 [0] | [0] 41 | [ykiE]–yjjA | [ykiE],insA7,yjhU,yjhF,yjhG,yjhH,yjhI,sgcR,sgcE,sgcA,ryjB,sgcQ,sgcC,sgcB,sgcX,yjhP,yjhQ,topAI,ythB,nanS,nanM,nanC,fimB,fimE,fimA,fimI,fimC,fimD,fimF,fimG,fimH,gntP,uxuA,uxuB,uxuR,yjiC,ytiC,ytiD,idlP,iraD,hypT,iadA,yjiG,yjiH,kptA,yjiJ,yjiK,ytiA,yjiL,yjiM,yjiN,mdtM,ytiE,yjiR,yjiS,yjiT,mcrC,mcrB,mcrB,symE,symR,hsdS,hsdM,hsdR,mrr,yjiA,yjiX,btsT,tsr,lgoT,lgoR,lgoD,opgB,yjjA |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 4518433 | 0 (0.000) | 41 (0.860) | 38/492 | 0.2 | 100% | coding (62/69 nt) | ykiE | protein YkiE |
| ? | NC_000913 | 4600195 = | 0 (0.000) | intergenic (‑6/+43) | yjjA/dnaC | DUF2501 domain‑containing protein YjjA/DNA replication protein DnaC | |||||
ATTGCAGAATGCCTGCGGCATTGTTCATGTTATCTGCGCTTAAGGCCTGGTTTCCGCTGCTAAGCAAGTTAGTTAATGACGCGAGCGACCAACCGCCTTCCTGTGTCGTGCTGTTTTGGTTGCCAAGTTCGCTGGCGGCGCTGGAGAGCGCATCTTTCCAGGACGCAGCATGCACCCCGGTGGAAATTAATGCGCTGGCGGCAATGGCACAGCACAGAAGATGTTTAACAGTTTTCATCATCATTACTCAAGGTGGAATTGTGTCGCAGTATACCGCCAGAAACGGGGATTAATACTCTTTACCTGTTACCCGGCTACGGTAGCTATCCCAGTTGAAGATCACCCACAAACTGTTACCCAGGCGCATACGGTCCATCACGCGTTCGCCCAGCAACTTGGTCATCTCTTCCATATTACTGTTGGTCAGCATCCCGGTTGGGCGTTTGGAAGAAGAGCGGCGATCGACGATCTGGTTGATGATCACT > NC_000913/4599949‑4600433 | aagcgactcgaacgataaggaagctgtggtagtggcgcggtcagacatgcggagtgcatcaaaagttaattatcacgtagtcatattattatgagaatggctatcattacaattggaaataaaattgtttccaatagacatttttaacatgttgtttttctaagtgttgtaaggcaggtataaaatgggatggagcctctgcttctggcatgtgtcggtcagaatgactcatgatgtggtctgctaCTCa > 2:107579‑M2/247‑250 (MQ=255) taaggaagctgtggtagtggcgcggtcagacatgcggagtgcatcaaaagttaattatcacgtagtcatattaatatgagaatggttatcattacaattggaaataaaattgtttccaatagacatttttaacatgttgtttttctaagtgttgtaaggtaggtataaaatgggatggagcctctgcttctggcatgtgtcggtcagaatgactcatgatgtggtctgctaCTCAAGGTGGAATTGTGTc < 2:119859‑M2/19‑1 (MQ=255) taaggaagctgtggtagtggcgcggtcagacatgcggagtgcatcaaaagttaattatcacgtagtcatattaatatgagaatggttatcattacaattggaaataaaattgtttccaatagacatttttaacatgttgtttttctaagtgttgtaaggtaggtataaaatgggatggagccgctgcttctggcatgtgtcggtcagaatgactcatgatgtggtctgctaCTCAAGGTGGAATTGTGTc < 2:264077‑M2/19‑1 (MQ=255) ggaagctgtggtagtggcgcggtcagacatgcggagtgcatcaaaagttaattatcacgtagtcatattaatatgagaatggttatcattacaattggaaataaaattgtttccaatagacatttttaacatgttgtttttctaagtgttgtaaggtaggtataaaatgggatggagcctctgcttctggcatgtgtcggtcagaatgactcatgatgtggtctgctaCTCAAGGTGGAATTGTGTCGCAg < 1:334533‑M2/23‑1 (MQ=255) gaagctgtggtagtggcgcggtcagacatgcggagtgcatcaaaagttaattatcacgtagtcatattaatatgagaatggttatcattacaattggaaataaaattgtttccaatagacatttttaacatgttgtttttctaagtgttgtaaggtaggtataaaatgggatggagcctctgcttctggcatgtgtcggtcagaatgactcatgatgtggtctgctaCTCAAGGTGGAATTGGGTCGCAGt > 2:43340‑M2/228‑251 (MQ=255) ctgtggtagtggcgcggtcagacatgcggagtgcatcaaaagttaattatcacgtagtcatattaatatgagaatggttatcattacaattggaaataaaattgtttccaatagacatttttaacatgttgtttttctaagtgttgtaaggtaggtataaaatgggatggagcctctgcttctggcatgtgtcggtcagaatgactcatgatgtggtctgctaCTCAAGGTGGAATTGTGTCGCAGTATAc > 1:379318‑M2/224‑251 (MQ=255) gtggtagtggcgcggtcagacatgcggagtgcatcaaaagttaattatcacgtagtcatattaatatgagaatggttatcattacaattggaaataaaattgtttccaatagacatttttaacatgttgtttttctaagtgttgtaaggtaggtataaaatgggatggagcctctgcttctggcatgtgtcggtcagaatgactcatgatgtggtctgctaCTCAAGGTGGAATTGTGTCGCAGTATAcc < 1:172005‑M2/29‑1 (MQ=255) gcggtcagacatgcggagtgcatcaaaagttaattatcacgtagtcatattaatatgagaatggttatcattacaattggaaataaaattgtttccaatagacatttttaacatgttgtttttctaagtgttgtaaggtaggtataaaatgggatggagcctctgcttctggcatgtgtcggtcagaatgactcatgatgtggtctgctaCTCAAGGTGGAATTGTGTCGCAGTATACCGCCAGAAACggg < 1:233983‑M2/41‑1 (MQ=255) gtcagacatgcggagtgcatcaaaagttaattatcacgtagtcatattaatatgagaatggttatcattacaattggaaataaaattgtttccaatagacatttttaacatgttgtttttctaagtgttgtaaggtaggtataaaatgggatggagcctctgcttctggcatgtgtcggtcagaatgactcatgatgtggtctgctaCTCAAGGTGGAATTGTGTCGCAGTATACCGCCAGAAACGGGGAt > 1:345094‑M2/208‑251 (MQ=255) atcaaaagttaattatcacgtagtcatattaatatgagaatggttatcattacaattggaaataaaattgtttccaatagacatttttaacatgttgtttttctaagtgttgtaaggtaggtataaaatgggatggagcctctgcttctggcatgtgtcggtcagaatgactcatgatgtggtctgctaCTCAAGGTGGAATTGTGTCGCAGTATACCGCCAGAAACGGGGATTAATACTCTTTACCTGtt < 1:231879‑M2/62‑1 (MQ=255) cacgtagtcatattaatatgagaatggttatcattacaattggaaataaaattgtttccaatagacatttttaacatgttgtttttctaagtgttgtaaggtaggtataaaatgggatggagcctctgcttctggcatgtgtcggtcagaatgactcatgatgtggtctgctaCTCAAGGTGGAATTGTGTCGCAGTATACCGCCAGAAACGGGGATTAATACTCTTTACCTGTTACCCGGCTACGGTAGc > 1:195179‑M2/174‑251 (MQ=255) cacgtagtcatattaatatgagaatggttatcattacaattggaaataaaattgtttccaatagacatttttaacatgttgtttttctaagtgttgtaaggtaggtataaaatgggatggagcctctgcttctggcatgtgtcggtcagaatgactcatgatgtggtctgctaCTCAAGGTGGAATTGTGTCGCAGTATACCGCCAGAAACGGGGATTAATACTCTTTACCTGTTACCCGGCTACGGTAGc > 1:146043‑M2/174‑251 (MQ=255) catattaatatgagaatggttatcattacaattggaaataaaattgtttccaatagacatttttaacatgttgtttttctaagtgttgtaaggtaggtataaaatgggatggagcctctgcttctggcatgtgtcggtcagaatgactcatgatgtggtctgctaCTCAAGGTGGAATTGTGTCGCAGTATACCGCCAGAAACGGGGATTAATACTCTTTACCTGTTACCCGGCTACGGTAGCTATccc > 1:37832‑M2/166‑249 (MQ=255) atattaatatgagaatggttatcattacaattggaaataaaattgtttccaatagacatttttaacatgttgtttttctaagtgttgtaaggtaggtataaaatgggatggagcctctgcttctggcatgtgtcggtcagaatgactcatgatgtggtctgctaCTCAAGGTGGAATTGTGTCGCAGTATACCGCCAGAAACGGGGATTAATACTCTTTACCTGTTACCCGGCTACGGTAGCTATCCCAGt < 2:155834‑M2/87‑1 (MQ=255) tatgagaatggttatcattacaattggaaataaaattgtttccaatagacatttttaacatgttgtttttctaagtgttgtaaggtaggtataaaatgggatggagcctctgcttctggcatgtgtcggtcagaatgactcatgatgtggtctgctaCTCAAGGTGGAATTGTGTCGCAGTATACCGCCAGAAACGGGGATTAATACTCTTTACCTGTTACCCGGCTACGGTAGCTATCCCAGTTGa > 1:150939‑M2/158‑247 (MQ=255) aattggaaataaaattgtttccaatagacatttttaacatgttgtttttctaagtgttgtaaggtaggtataaaatgggatggagcctctgcttctggcatgtgtcggtcagaatgactcatgatgtggtctgctaCTCAAGGTGGAATTGTGTCGCAGTATACCGCCAGAAACGGGGATTAATACTCTTTACCTGTTACCCGGCTACGGTAGCTATCCCAGTTGAAGATCACCCACAAACTGTTAccc > 1:190992‑M2/137‑249 (MQ=255) aattgtttccaatagacatttttaacatgttgtttttctaagtgttgtaaggtaggtataaaatgggatggagcctctgcttctggcatgtgtcggtcagaatgactcatgatgtggtctgctaCTCAAGGTGGAATTGTGTCGCAGTATACCGCCAGAAACGGGGATTAATACTCTTTACCTGTTACCCGGCTACGGTAGCTATCCCAGTTGAAGATCACCCACAAACTGTTACCCAGGCGCATACGGTc > 1:149367‑M2/125‑251 (MQ=255) tttccaatagacatttttaacatgttgtttttctaagtgttgtaaggtaggtataaaatgggatggagcctctgcttctggcatgtgtcggtcagaatgactcatgatgtggtctgctaCTCAAGGTGGAATTGTGTCGCAGTATACCGCCAGAAACGGGGATTAATACTCTTTACCTGTTACCCGGCTACGGTAGCTATCCCAGTTGAAGATCACCCACAAACTGTTACCCAGGCGCATACGGTCCATc > 2:46214‑M2/120‑250 (MQ=255) caatagacatttttaacatgttgtttttctaagtgttgtaaggtaggtataaaatgggatggagcctctgcttctggcatgtgtcggtcagaatgactcatgatgtggtctgctaCTCAAGGTGGAATTGTGTCGCAGTATACCGCCAGAAACGGGGATTAATACTCTTTACCTGTTACCCGGCTACGGTAGCTATCCCAGTTGAAGATCACCCACAAACTGTTACCCAGGCGCATACGGTCCATCAcgcg > 2:177331‑M2/116‑251 (MQ=255) gacatttttaacatgttgtttttctaagtgttgtaaggtaggtataaaatgggatggagcctctgcttctggcatgtgtcggtcagaatgactcatgatgtggtctgctaCTCAAGGTGGAATTGTGTCGCAGTATACCGCCAGAAACGGGGATTAATACTCTTTACCTGTTACCCGGCTACGGTAGCTATCCCAGTTGAAGATCACCCACAAACTGTTACCCAGGCGCATACGGTCCATCACGCGTTCGc > 1:88952‑M2/111‑251 (MQ=255) acatttttaacatgttgtttttctaagtgttgtaaggtaggtataaaatgggatggagcctctgcttctggcatgtgtcggtcagaatgactcatgatgtggtctgctaCTCAAGGTGGAATTGTGTCGCAGTATACCGCCAGAAACGGGGATTAATACTCTTTACCTGTTACCCGGCTACGGTAGCTATCCCAGTTGAAGATCACCCACAAACTGTTACCCAGGCGCATACGGTCCATCACGCGTTCGcc > 1:194816‑M2/110‑251 (MQ=255) ttaacatgttgtttttctaagtgttgtaaggtaggtataaaatgggatggagcctctgcttctggcatgtgtcggtcagaatgactcatgatgtggtctgctaCTCAAGGTGGAATTGTGTCGCAGTATACCGCCAGAAACGGGGCTTAATACTCTTTACCTGTTACCCGGCTACGGTAGCTATCCCAGTTGAAGATCACCCACAAACTGTTACCCAGGCGCATACGGTCCATCACGCGTTCGCCCAGCa > 2:262001‑M2/104‑250 (MQ=255) ttttctaagtgttgtaaggtaggtataaaatgggatggagcctctgcttctggcatgtgtcggtcagactgactcatgatgtggtctgctaCTCAAGGTGGAATTGTGTCGCAGTATACCGCCAGAAACGGGGATTAATACTCTTTACCTGTTACCCGGCTACGGTAGCTATCCCAGTTGAAGATCACCCACAAACTGTTACCCAGGCGCATACGGTCCATCACGCGTTCGCCCAGCAACTTGGTCAtctc > 1:337647‑M2/92‑251 (MQ=255) ctaagtgttgtaaggtaggtataaaatgggatggagcctctgcttctggcatgtgtcggtcagaatgactcatgatgtggtctgctaCTCAAGGTGGAATTGTGTCGCAGTATACCGCCAGAAACGGGGATTAATACTCTTTACCTGTTACCCGGCTACGGGAGCTATCCCAGTTGAAGATCACCCACAAACTGTTACCCAGGCGCATACGGTCCATCACGCGTTCGCCCAGCAACTTGGTCATCTCTTcc > 1:61604‑M2/88‑251 (MQ=255) aagtgttgtaagggaggtataaaatgggatggagcctctgcttctggcatgtgtcggtcagaatgactcatgatgtggtctgctaCTCAAGGTGGAATTGTGTCGCAGTATACCGCCAGAAACGGGGATTAATACTCTTTACCTGTTACCCTGCTACGGTCGCTATCCAAGTTGCAGATCACCCACAAACTGTTACCCAGGCGCTTACGTTCCATCACGCGTTCTCCCAGCAACTTGTTATTCTCTTCCat > 2:140263‑M2/86‑251 (MQ=255) gttgtaaggtaggtataaaatgggatggagcctctgcttctggcatgtgtcggtcagaatgactcatgatgtggtctgctaCTCAAGGTGGAATTGTGTCGCAGTATACCGCCAGAAACGGGGATTAATACTCTTTACCTGTTACCCGGCTACGGTAGCTATCCCAGTTGAAGATCACCCACAAACTGTTACCCAGGCGCATACGGTCCATCACGCGTTCGCCCAGCAACTTGGTCATCTCTTCCATAtt > 1:36350‑M2/82‑250 (MQ=255) gtaaggtaggtataaaatgggatggagcctctgcttctggcatgtgtcggtcagaatgactcatgatgtggtctgctaCTCAAGGTGGAATTGTGTCGCAGTATACCGCCAGAAACGGGGATTAATACTCTTTACCTGTTACCCGGCTACGGTAGCTATCCCAGTTGAAGATCACCCACAAACTGTTACCCAGGCGCATACGGTCCATCACGCGTTCGCCCAGCAACTTGGTCATCTCTTCCATATTACt < 1:214066‑M2/172‑1 (MQ=255) aggtaggtataaaatgggatggagcctctgcttctggcatgtgtcggtcagaatgactcatgatgtggtctgctaCTCAAGGTGGAATTGTGTCGCAGTATACCGCCAGAAACGGGGATTAATACTCTTTACCTGTTACCCGGCTACGGTAGCTATCCCAGTTGAAGATCCCCCACAAACTGTTACCCAGGCGCATACGGTCCATCACGCGTTCGCACAGCAACTTGGTCATCTCTTCCATATTACTGTTg > 2:337317‑M2/76‑251 (MQ=255) 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tggagcctctgcttctggcatgtgtcggtcagaatgactcatgatgtggtctgctaCTCAAGGTGGAATTGTGTCGCAGTATACCGCCAGAAACGGGGATTAATACTCTTTACCTGTTACCCGGCTACGGTAGCTATCCCAGTTGAAGATCACCCACAAACTGTTACCCAGGCGCATACGGTCCATCACGCGTTCGCCCAGCAACTTGGTCATCTCTTCCATATTACTGTTGGTCAGCATCCCGGTTGGGc > 2:30841‑M2/57‑251 (MQ=255) agcctctgcttctggcatgtgtcggtcagaatgactcatgatgtggtctgctaCTCAAGGTGGAATTGTGTCGCAGTATACCGCCAGAAACGGGGATTAATACTCTTTACCTGTTACCCGGCTACGGTAGCTATCCCAGTTGAAGATCACCCACAAACTGTTACCCAGGCGCATACGGTCCATCACGCGTTCGCCCAGCAACTTGGTCATCTCTTCCATATTACTGTTGGTCAGCATCCCGGTTGGGCGtt < 2:88952‑M2/198‑1 (MQ=255) catgtgtcggtcagaatgactcatgatgtggtctgctaCTCAAGGTGGAATTGTGTCGCAGTATACCGCCAGAAACGGGGATTAATACTCTTTACCTGTTACCCGGCTACGGTAGCTATCCCAGTTGAAGATCACCCACAAACTGTTACCCAGGCGCATACGGTCCATCACGCGTTCGCCCAGCAACTTGGTCATCTCTTCCATATTACTGTTGGTCAGCATCCCGGTTGGGCGTTTGGAAGAAGAgcggc < 1:83153‑M2/213‑1 (MQ=255) cagaatgactcatgatgtggtctgctaCTCAAGGTGGAATTGTGTCGCAGTATACCGCCAGAAACGGGGATTAATACTCTTTACCTGTTACCCGGCTACGGTAGCTATCCCAGTTGAAGATCACCCACAAACTGTTACCCAGGCGCATACGGTCCATCACGCGTTCGCCCAGCAACTTGGTCATCTCTTCCATATTACTGTTGGTCAGCATCCCGGTTGGGCGTTTGGAAGAAGAGCGGCGATCGACGATc < 1:30841‑M2/224‑1 (MQ=255) agaatgactcatgatgtggtctgctaCTCAAGGTGGCATTGTGTAGCAGTATACCGCCAGAAACGGGGATTAATACTCTTTACCTGTTACCCGGCTACGGTAGCTATCCCAGTTGAAGATCACCCACAAACTGTTACCCAGGCGCATACGGTCCATCAAGCGTTCGCCCAGCAACTTGGTCATCTCTTCCATATTACTGTTGGTCAGCATCCCGGTTGGGCGTTTGGAAGAAGAGCGGCGACCGACGATCt > 2:262252‑M2/27‑251 (MQ=255) agaatgactcatgatgtggtctgctaCTCAAGGTGGAATTGTGTCGCAGTATACCGCCAGAAACGGGGATTAATACTCTTTACCTGTTACCCGGCTACGGTAGCTATCCCAGTTGAAGATCACCCACAAACTGTTACCCAGGCGCATACGGTCCATCACGCGTTCGCCCAGCAACTTGGTCATCTCTTCCATATTACTGTGGGTCAGCATCCCGGTTGGGCGTTTGGAAGAAGAGCGGCGATCGACGATCt < 1:107579‑M2/225‑1 (MQ=255) aatgactcatgatgtggtctgctaCTCAAGGTGGAATTGTGTCGCAGTATACCGCCAGAAACGGGGATTAATACTCTTTACCTGTTACCCGGCTACGGTAGCTATCCCAGTTGAAGATCACCCACAAACTGtt < 1:217925‑M2/109‑1 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ATTGCAGAATGCCTGCGGCATTGTTCATGTTATCTGCGCTTAAGGCCTGGTTTCCGCTGCTAAGCAAGTTAGTTAATGACGCGAGCGACCAACCGCCTTCCTGTGTCGTGCTGTTTTGGTTGCCAAGTTCGCTGGCGGCGCTGGAGAGCGCATCTTTCCAGGACGCAGCATGCACCCCGGTGGAAATTAATGCGCTGGCGGCAATGGCACAGCACAGAAGATGTTTAACAGTTTTCATCATCATTACTCAAGGTGGAATTGTGTCGCAGTATACCGCCAGAAACGGGGATTAATACTCTTTACCTGTTACCCGGCTACGGTAGCTATCCCAGTTGAAGATCACCCACAAACTGTTACCCAGGCGCATACGGTCCATCACGCGTTCGCCCAGCAACTTGGTCATCTCTTCCATATTACTGTTGGTCAGCATCCCGGTTGGGCGTTTGGAAGAAGAGCGGCGATCGACGATCTGGTTGATGATCACT > NC_000913/4599949‑4600433 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |