| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| MC JC | NC_000913 | 4,060,444 | Δ19,761 bp | yihL–yiiF | 19 genes yihL, yihM, yihN, ompL, yihO, yihP, yihQ, yihR, yihS, yihT, yihU, yihV, csqR, yihX, yihY, dtd, fabY, yiiE, yiiF |
|
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 4060444 | 4080204 | 19761 | 56 [0] | [0] 56 | yihL–yiiF | yihL,yihM,yihN,ompL,yihO,yihP,yihQ,yihR,yihS,yihT,yihU,yihV,csqR,yihX,yihY,dtd,fabY,yiiE,yiiF |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 4060443 | 0 (0.000) | 56 (1.170) | 51/494 | 0.0 | 100% | intergenic (+213/‑4) | bipA/yihL | 50S ribosomal subunit assembly factor BipA/putative DNA‑binding transcriptional regulator YihL |
| ? | NC_000913 | 4080205 = | 0 (0.000) | intergenic (+236/+94) | yiiF/fdhE | protein YiiF/formate dehydrogenase formation protein | |||||
GGAATGGTAATGGGAAAAAATGATGTCAATCAGATTGCTGACAACGTGCGCGTTGTTCATGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGGCCTACAAAGTCGTATAAATTCAATGTATTGCAGTTTATTGGTAGGCCTGATAAGCGCAGCGCATCAGGCAATCTTACGCTTGTCATCAGTCTCATGCCCATAACCTTATTGATGTGGTGGTGGGTAAATTGAGGCCAAACCGGCACTGGCGGCATAGCTTGAGGTGGTAACGCGGAATACGAGAGATGGTGTCGTCACACCCTATGAGCTGTAATCCGGGCGACCTGCGCCACCCGGAAAACGTCAGAGATTACTCTCCTTCACCCGGAAACAGGAACGGGTTGATGGAACTGCGGGCATAGCCTTCTTGCTCCATTCGTGCGTCCAGTACCAGAGAGGCGAGGTCATCTGCTACGGCTTCGATTTTTGGATCTTTTTCCTGATAGAGAATTTTCAGGTAAGT > NC_000913/4079960‑4080451 | gcctcgccaaccgcgcaccgaaagacgatgaatttcgttttttagtcataaaaaacctgccagcgatggcaggtttttttttgcctgtcgtgagcgcacaccaatgcgagtatctcccttataagtctgtggttacgtcaatagagagctttgtcacaattatctgcaaagtcatacgccgttaattgctttcttgtttggcgtaagcgtaagatgcttcatctggtttaaaccaaaaggattaaGCTTGa < 1:344845‑M2/6‑1 (MQ=255) 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ttaaGCTTGAGGTGGTAACGCGGAATACGAGAGATGGTGTCGTCACACCCTATGAGCTGTAATCCGGGCGACCTGCGCCACCCGGAAAACGTCAGAGATTACTCTCCTTCACCCGGAAACAGGAACGGGTTGATGGAACTGCGGGCATAGCCTTCTTGCTCCATTCGTGCGTCCAGTACCAGAGAGGCGAGGTCATCTGCTACGGCTTCGATTTTTGGATCTTTTTCCTGATAGAGAATTTTCAGGTAAgt > 1:11001‑M2/5‑251 (MQ=255) | GGAATGGTAATGGGAAAAAATGATGTCAATCAGATTGCTGACAACGTGCGCGTTGTTCATGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGGCCTACAAAGTCGTATAAATTCAATGTATTGCAGTTTATTGGTAGGCCTGATAAGCGCAGCGCATCAGGCAATCTTACGCTTGTCATCAGTCTCATGCCCATAACCTTATTGATGTGGTGGTGGGTAAATTGAGGCCAAACCGGCACTGGCGGCATAGCTTGAGGTGGTAACGCGGAATACGAGAGATGGTGTCGTCACACCCTATGAGCTGTAATCCGGGCGACCTGCGCCACCCGGAAAACGTCAGAGATTACTCTCCTTCACCCGGAAACAGGAACGGGTTGATGGAACTGCGGGCATAGCCTTCTTGCTCCATTCGTGCGTCCAGTACCAGAGAGGCGAGGTCATCTGCTACGGCTTCGATTTTTGGATCTTTTTCCTGATAGAGAATTTTCAGGTAAGT > NC_000913/4079960‑4080451 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |