| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,213,765 | 0 | A | C | 29.7% | 142.3 / 10.2 | 75 | V120G (GTG→GGG) | yjaB | peptidyl‑lysine N‑acetyltransferase YjaB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (36/16); new base C (1/21); total (37/38) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.66e-07 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
CGCTGGGGCAACGTTAATGAAATATCGCCAGTTCCACATCCATGCGCAATCAGCGGTACTCAGTGATAGTGCGGTCATGGCAATGCTTAAGCAGAAATAATCGTGTCACCATT‑GGTGGGTACTAAACCTGAAGTTCAGCCCACCGGGATGAGAAAAAATCGCCTACGCCCCCACATAC‑GCCAGATTCAGCAACGGATACGGTTTCCCCAAATCGTCCACCTCAGAGCGTCCCGTAACCTTAAAACCCACC‑TTCTTATAGAACCCAACCGCCTGCTCATTTTGCTCATTAACGTTGGTTGTCAGTTCCGGTGCCATCGAGAGCGCATGCTCCACCAGCACCCGACCTACGCCGCAGCCGCGCACATCAGGATCGATAAACAGCGCATCCATATGCTGCCCACTTAGCAACATAAATCCAACCGGCTGATCCCGCTCATTAACCGCGACCCACAACGGCGCTTCCGGCAGGAAGGAACGAACTAGGTCCTCCAGCTCGGT > NC_000913/4213518‑4214015 | cGCTGGGGCAACGTTAATGAAATATCGCCAGTTCCACATCCATGCGCAATCAGCGGTACTCAGTGATAGTGCGGTCATGGCAATGCTTAAGCAGAAATAATCGTGTCAACATT‑GGTGGGTACTAAACCTGAAGTTCAGCCCACCGGGATGAGAAAAAATCGCCTACGCCCCCACATAC‑GCCAGATTCAGCAACGGATACGTTTTCCCCAAATCGTCCACCTCAGAGCGTCCCGTAACCTTAAAACCCAcc < 2:505108/250‑1 (MQ=255) aCGTTAATGAAATATCGCCAGTTCCACATCCATGCGCAATCAGCGGTACTCAGTGATAGTGCGGTCATGGCAATGCTTAAGCAGAAATAATCGTGTCACCATT‑GGTGGGTACTAAACCTGAAGTTCAGCCCACCGGGATGAGAAAAAATCGCCTACGCCCCCACATAC‑GCCAGATTCAGCAACGGATACGGTTTCCCCAAATCGTCCACCTCAGAGCGTCCCGTAACCTTAAAACCCCCC‑TTCTTATAGaa < 1:389668/251‑1 (MQ=255) ttacgAAATATCGCCAGTGCCACATCCATGCGCAATCAGCGGTACTCAGTGATCGTGCGGTCGTTGCAATGCTTAAGCAGAAATAATCGTGTCACCATT‑GGTGTGTCCTAACCCTGAAGTTCAGCCCACCGGGATGAGAAACAATCGTCTACGCCCCCACATAC‑GCCAGATTCAGCACTGGCTACGGTTTCCCCAAATCGTCCCCCTCAGGGCGTCCCGTAACCTTCAACCCCACC‑TTCGTATAGAAccc < 2:186899/246‑1 (MQ=255) aTGAAATATCGCAAGTTCCACATCCATGCGCAATCAGCGGTACTCAGTGATAGTGCGGTCATGGCAATGCTTAAGCAGAAATAATCGTGTCACCATT‑GGTGGGTACTAAACCTGAAGTTCAGCCCACCGGGATGAGAAAAAATCGCCTACGCCCCCACATAC‑GCCAGATTCAGCAACGGATACGGTTTCCCCAAATCGTCCACCTCAGAGCGTCCCGTAACCTTAAAACCCACC‑TTCTTATAGAACCCAAc > 2:743783/1‑251 (MQ=255) gAAATATCGCCAGTTCCACATCCATGCGCAATCAGCGGTACTCAGTGATAGTGCGGTCATGGCAATGCTTAAGCAGAAATAATCGTGTCACCATT‑GGTGGGTACTAAACCTGAAGTTCAGCCCACCGGGATGAGAAAAAATCGCCTACGCCCCCACATAC‑GCCAGATTCAGCAACGGATACGGTTTCCCCAAATCGTCCACCTCAGAGCGTCCCGTAACCTTAAAACCCACC‑TTCTTATAGAACCCAAcc < 1:437084/250‑1 (MQ=255) atCGCCAGTTCCACATCCATGCGCAATCAGCGGTACTCAGTGATAGTGCGGTCATGGCAATGCTTAAGCAGAAATAATCGTGTCACCATT‑GGTGGGTACTAAACCTGAAGTTCAGCCCACCGGGATGAGAAAAAATCGCCTACGCCCCCACATAC‑GCCAGATTCAGCAACGGATACGGTTTCCCCAAATCGTCCACCTCAGAGCGTCCCGTAACCTTAAAACCCACC‑TTCTTATAGAACCCAACCGCCTg < 1:356715/250‑1 (MQ=255) ttCCACACCCATGCGCAATCGGGGGTCCCCAGTGATAGTGGGGCCATGGCAATGCTTAAGCAGAAATAACCGTGTC‑CCATTTGGGGGGTACTAACCCTGAAGTCCAGCCCACCGGGATGAGAAAAAACCGCCTCCGCCCCCACATAC‑CCCTGATGCAGCAACGAATACGGTTTCCCCAAATGCCCCCCCCCACGCCGTCCCTTAACCTTAAAACCCTCC‑TACTTATAGAACCCAACCGCCTGCTCAtttt < 2:291914/250‑1 (MQ=255) tCCACTTCCATGATCAATCAGCGGTACTCTGTGATAGTGCGTTCATGGCAATGCTTAAGCAGAAATAATCGTGTCACCATG‑GGTGGGTACTAAACCTGAAGTTCAGCCCACCGGGATGAGAAAAAATCGCCTACGCCCCCACATAC‑GCCAGATTCAGCAACGTATACGGTTTCCCCAAATCTTCCACCTCAGAGCGCCCCGTACCCTTAAAACCCCCC‑CTCTTATAGACCCCAACCGCCTGCTCATTTTg < 1:789238/250‑1 (MQ=255) aTGCGCAATCCGAGGTACTCAGTGTTAGTGCGGTCATGGCAATGCTTAAGCAGAAATAATCGTGTCACCATT‑GGTGGGTACTAAACCTGAAGTTCAGCACACCGGGATGAGAAAAAATCGCCTACGCCCCCACATAC‑GCCAGATTCATCAACGGATACGGTATCCCCAAATCGTCCACCTCACAGCGTCCCGTAACCTTAAAACCCACC‑TTCTTATAGAACCCAACCGACCGCTACTTTTGCTCATTAACg > 2:611198/1‑251 (MQ=255) aTCAGCGGTACTCAGTGATAGTGCGGTCATGGCAATGCTTAAGCAGAAATAATCGTGTCACCATT‑GGTGGGTACTAAACCTGAAGTTCAGCCCACCGGGATGAGAAAAAATCGCCTACGCCCCCACATAC‑GCCAGATTCAGCAACGGATACGGTTTCCCCAAATCGTCCACCTCAGAGCGTCCCGTAACCTTAAAACCCACC‑TTCTTATAGAACCCAACCGCCTGCTCATTTTGCTCATTACCgttggttg > 2:677043/1‑251 (MQ=255) 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1:213669/149‑1 (MQ=255) cGCCTACGCCCCCACATAC‑GCCAGATTCAGCAACGGATACGGTTTCCCCAAATCGTCCACCTCAGAGCGTCCCGTAACCTTAAAACCCACC‑TTCTTATAGAACCCAACCGCCTGCTCATTTTGCTCATTAACGTTGGTTGTCAGTTCCg > 2:213669/1‑149 (MQ=255) aCGCCCCCACATCC‑GCCAGATTCAGCAACGGATGCGGTTTCCCAAAATCTTCCACCTCAGAGCGTCCCGTAACCTTAAAACCCCCC‑TTCTTAAAGACCCCAACCGCCTGCTCATTTTGCTCATTAACGTTGGTTGTCAGTTCCGGTGCCATCGAGAGCGCATGCTCCACCAGCACCCGACCTACGCCGCAGCCGCGCACATCAGGATCGATAAACAGCGCATCCATATGCTGCCCACTTAGCAACATaa < 1:820764/249‑1 (MQ=255) ccACATCC‑GCCAGATCCAGCAACGGATACGGTTTCCCCAATTCGTCCTCCTCAGAGCTTCCCGTAACCTTAAACCCCACC‑TTCTTATAGAACCCAACCGCCTGCTCATTTTGCTCATTAACGTTGGTTGTCAGTTCCGGTGCCATCGAGAGCGCATGCTCCACCAGCACCCGACCTACGCCGCAGCCGCGCACATCAGGATCGATAAACAGCGCATCCATATGCTGCCCACTTAGCAACATAAATCCAAcc < 1:776306/251‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) gCAACGGATACGTTTTCCCCAAACCGTCCACCTCAGAGCGCCCCGTACCCTTAAACCCCCCC‑TTCTTATAGACCCCAACCGCCTGCTCATTTTGCTCATTAACGTTGGTTGTCAGTTCCGGTGCCATCGAGAGCGCATGCTCCACCAGCACCCGACCTACGCCGCAGCCGCGCACATCAGGATCGATAAACAGCGCATCCATATGCTGCCCACTTAGCAACATAAATCCAACCGGCTGATCCCGCTCATTa < 1:597190/251‑1 (MQ=255) cGGATACGGTTTCCCCAAATCGTCCACCTCAGAGCGTCCCGTAACCTTAAAACCCACC‑TTCTTATAGAACCCAACCGCCTGCTCCTTTTGCTCATTAACGTTGGTTGTCAGTTCCGGTGCCATCGAGAGCGCATGCTCCACCAGCACCCGACCTACGCCGCAGCCGCGCACATCCGGATCGATAAACAGCGCATCCATATGCTGCCCACTTAGCAACATAAATCCAACCGCCTGATCCCGCTCATTAACcg > 2:236059/1‑251 (MQ=255) gaatcgcttacccaaaaTAGTCCACCTCAGAGCGTCCCGTACCCTTAAACCCCCCC‑TTCTTATAGACCCCAACCGCCTGCTCATTTTGCTCATTAACGTTGGTTGTCAGTTCCGGTGCCATCGAGAGCGCATGCTCCACCAGCACCCGACCTACGCCGCAGCCGCGCACATCAGGATCGATAAACAGCGCATCCATATGCTGCCCACTTAGCAACATAAATCCAACCGGCTGATCCCGCTCATTAACcgcg < 2:47482/237‑1 (MQ=255) 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aCC‑TTCTTATAGAACCCAACCGCCTGCTCATTTTGCTCATTAACGTTGGTTGTCAGTTCCGGTGCCATCGAGAGCGCATGCTCCACCAGCACCCGACCTACGCCGCAGCCGCGCACATCAGGATCGATAAACAGCGCATCCATATGCTGCCCACTTAGCAACATAAATCCAACCGGCTGATCCCGCTCATTAACCGCGACCCACAACGGCGCTTCCGGCAGGAAGGAACGAACTAGGTCCTCCAGCTCggg > 2:433303/1‑250 (MQ=255) | CGCTGGGGCAACGTTAATGAAATATCGCCAGTTCCACATCCATGCGCAATCAGCGGTACTCAGTGATAGTGCGGTCATGGCAATGCTTAAGCAGAAATAATCGTGTCACCATT‑GGTGGGTACTAAACCTGAAGTTCAGCCCACCGGGATGAGAAAAAATCGCCTACGCCCCCACATAC‑GCCAGATTCAGCAACGGATACGGTTTCCCCAAATCGTCCACCTCAGAGCGTCCCGTAACCTTAAAACCCACC‑TTCTTATAGAACCCAACCGCCTGCTCATTTTGCTCATTAACGTTGGTTGTCAGTTCCGGTGCCATCGAGAGCGCATGCTCCACCAGCACCCGACCTACGCCGCAGCCGCGCACATCAGGATCGATAAACAGCGCATCCATATGCTGCCCACTTAGCAACATAAATCCAACCGGCTGATCCCGCTCATTAACCGCGACCCACAACGGCGCTTCCGGCAGGAAGGAACGAACTAGGTCCTCCAGCTCGGT > NC_000913/4213518‑4214015 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |