| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,104,175 | 0 | T | G | 28.2% | 147.0 / 13.4 | 71 | G75G (GGT→GGG) | csgB | curlin, minor subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (16/35); new base G (19/1); total (35/36) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.95e-07 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
ACGACCAGGTCCAGGGTGACAACATGAAAAACAAATTGTTATTTATGATGTTAACAATACTGGGTGCGCCTGGGATTGCAGCCGCAGCAGGTTATGATTTAGCTAATTCAGAATATAACTTCGCGGTAAATGAATTGAGTAAGTCTTCATTTAATCAGGCAGCCATAATTGGTCAAGCTGGGACTAATAATAGTGCTCAGTTACGGCAGGGAGGCTCAAAACTTTTGGCGG‑TTGTTGCGCAAGAAGGTAGTAGCAACCGGGCAAAGATTGACCAGACAGGAGATTATAA‑CCTTGCATATATTGATCAGGCGGGCAGTGCCAACGATGCCAGTATTTCGCAAGGTGCTTATGGTAATACTGCGATG‑ATTATCCAGAAAGGTTCT‑GGTAATAAAGCAAATATTACACAGTATGGTACTCAAAAAACGGCAATTGTAGTGCAGAGACAGTCGCAAATGGCTATTCGCGTGACACAACGTTAATTTCCATTCG > NC_000913/1103928‑1104416 | aCGACCAGGTCCAGGGTGACAACATGAAAAACAAATTGTTATTTATGATGTTAACAATACTGGGTGCGCCTGGGATTGCAGCCGCAGCAGGTTATGATTTAGCTAATTCAGAATATAACTTCGCGGTAAATGAATTGAGTAAGTCTTCATTTAATCAGGCAGCCATAATTGGTCAAGCTGGGACTAATAATAGTGCTCAGTTACGGCAGGGAGGCTCAAAACTTTTGGCGG‑TAGTTGCGCAAGAAGgtag < 1:218859/250‑1 (MQ=255) 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ggCGG‑TTGTTGCGCAAGAAGGTAGTAGCAACCGGGCAAAGATTGACCAGTCAGGAGATTATAA‑CCTTGCATATATTGATCAGGCGGGCAGTGCCAACGATGCCAGTATTTCGCAAGGTGCTTATGGTAATACTGCGATG‑ATTATCCAGAAAGGTTCT‑GGTAATAAAGCAAATATTACACAGTATGGTACTCAAAAAACGGCAATTGTAGTGCAGAGACAGTCGCAAATGGCTATTCGCGTGACACAACGtt < 1:871921/251‑1 (MQ=255) g‑ttgttGCGCAAGAAGGTAGTAGCAACCGGGCAAAGATTGACCAGACAGGATATTATAA‑CCTTGCATATATGGATCAGGCGGGCAGTGCCAACGATGCCAGTATTTCGCAAGGTGCTTATGGTAATACTGCGATG‑ATTATCCAGAAAGGTTCT‑GGTAATAAAGCAAATATTACACAGTATGGTACTCAAAAATCGGCAATTGTAGTGCAGAGACAGTGGCAAATGGATATTCGCTTGACACAACGTTAAtt < 2:755456/251‑1 (MQ=255) g‑ttgttGCGCAAGAAGGTAGTAGCAACCGGGCAAAGATTGACCAGACAGGAGATTATAA‑CCTTGCATATATTGATCAGGCGGGCAGTGCCAACGATGCCAGTATTTCGCAAGGTGCTTATGGTAATACTGCGATG‑ATTATCCAGAAAGGTTCT‑GGTAATAAAGCAAATATTACACAGTATGGTACTCAAAAAACGGc > 2:515724/1‑197 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |