| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 4,518,434 | Δ81,761 bp | [ykiE]–yjjA | 74 genes [ykiE], insA7, yjhU, yjhF, yjhG, yjhH, yjhI, sgcR, sgcE, sgcA, ryjB, sgcQ, sgcC, sgcB, sgcX, yjhP, yjhQ, topAI, ythB, nanS, nanM, nanC, fimB, fimE, fimA, fimI, fimC, fimD, fimF, fimG, fimH, gntP, uxuA, uxuB, uxuR, yjiC, ytiC, ytiD, idlP, iraD, hypT, iadA, yjiG, yjiH, kptA, yjiJ, yjiK, ytiA, yjiL, yjiM, yjiN, mdtM, ytiE, yjiR, yjiS, yjiT, mcrC, mcrB, mcrB, symE, symR, hsdS, hsdM, hsdR, mrr, yjiA, yjiX, btsT, tsr, lgoT, lgoR, lgoD, opgB, yjjA |
|
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 4518434 | 4600194 | 81761 | 88 [0] | [4] 92 | [ykiE]–yjjA | [ykiE],insA7,yjhU,yjhF,yjhG,yjhH,yjhI,sgcR,sgcE,sgcA,ryjB,sgcQ,sgcC,sgcB,sgcX,yjhP,yjhQ,topAI,ythB,nanS,nanM,nanC,fimB,fimE,fimA,fimI,fimC,fimD,fimF,fimG,fimH,gntP,uxuA,uxuB,uxuR,yjiC,ytiC,ytiD,idlP,iraD,hypT,iadA,yjiG,yjiH,kptA,yjiJ,yjiK,ytiA,yjiL,yjiM,yjiN,mdtM,ytiE,yjiR,yjiS,yjiT,mcrC,mcrB,mcrB,symE,symR,hsdS,hsdM,hsdR,mrr,yjiA,yjiX,btsT,tsr,lgoT,lgoR,lgoD,opgB,yjjA |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 4518433 | 0 (0.000) | 88 (0.820) | 76/492 | 0.2 | 99.4% | coding (62/69 nt) | ykiE | protein YkiE |
| ? | NC_000913 | 4600195 = | 1 (0.010) | intergenic (‑6/+43) | yjjA/dnaC | DUF2501 domain‑containing protein YjjA/DNA replication protein DnaC | |||||
CAGTATTGCAGAATGCCTGCGGCATTGTTCATGTTATCTGCGCTTAAGGCCTGGTTTCCGCTGCTAAGCAAGTTAGTTAATGACGCGAGCGACCAACCGCCTTCCTGTGTCGTGCTGTTTTGGTTGCCAAGTTCGCTGGCGGCGCTGGAGAGCGCATCTTTCCAGGACGCAGCATGCACCCCGGTGGAAATTAATGCGCTGGCGGCAATGGCACAGCACAGAAGATGTTTAACAGTTTTCATCATCATTACTCAAGGTGGAATTGTGTCGCAGTATACCGCCAGAAACGGGGATTAATACTCTTTACCTGTTACCCGGCTACGGTAGCTATCCCAGTTGAAGATCACCCACAAACTGTTACCCAGGCGCATACGGTCCATCACGCGTTCGCCCAGCAACTTGGTCATCTCTTCCATATTACTGTTGGTCAGCATCCCGGTTGGGCGTTTGGAAGAAGAGCGGCGATCGACGATCTGGTTGATGATCACTTTTTCGTATTT > NC_000913/4599945‑4600444 | cataaagcgactcgaacgttaaggaagctgtggtagtggcgcggtcagacatgcggagtgcatcaaaagttaattatcacgtagtcatattaatatgagaatggttatcattacaattggaaataaaattgtttccaatagacatttttaacatgttgtttttctaagtgttgtaaggtaggtataaaatgggatggagcctctgcttctggcatgtgtcggtcagaatgactcatgatgtggtctgctac > 1:772935‑M2/251‑251 (MQ=255) tcgaacgttaaggaagctgtggtagtggcgcggtcagacatgcggagtgcatcaaaagttaattatcacgtagtcatattaatatgagaatggttatcattacaattggaaataaaattgtttccaatagacatttttaacatgttgtttttctaagtgttgtaaggtaggtataaaatgggatggagcctctgcttctggcatgtgtcggtcagaatgactcatgatgtggtctgctaCTCAAGGTGGa > 2:411339‑M2/240‑250 (MQ=255) gaacgttaaggaagctgtggtagtggcgcggtcagacatgcggagtgcatcaaaagttaattatcacgtagtcatattaatatgagaatggttatcattacaattggaaataaaattgtttccaatagacatttttaacatgttgtttttctaagtgttgtaaggtaggtataaaatgggatggagcctctgcttctggcatgtgtcggtcagaatgactcatgatgtggtctgctaCTCAAGGTGGAAtt > 2:634235‑M2/238‑251 (MQ=255) taaggaagctgtggtagtggcgcggtcagacatgcggagtgcatcaaaagttaattatcacgtagtcatattaatatgagaatggttatcattacaattggaaataaaattgtttccaatagacatttttaacatgttgtttttctaagtgttgtaaggtaggtataaaatgggatggagcctctgcttctggcatgtgtcggtcagaatgactcatgatgtggtctgctaCTCAAGGTGGAATTGTGTc < 1:581816‑M2/19‑1 (MQ=255) 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tggtagtggcgcggtcagccatgcggagtgcatcaaaagttaattatcacgtagtcatattaatatgagaatggttatcattacaattggaaataaaattgtttccaatagacatttttaacatgttgtttttctaagtgttgtaaggtaggtataaaatgggatggagcctctgcttctggcatgtgtcggtcagaatgactcatgatgtggtctgctaCTCAAGGTGGAATTGTGTCGCAGTATACCGc > 2:227354‑M2/221‑251 (MQ=255) agtggcgcggtcagacatgcggagtgcatcaaaagttaattatcacgtagtcatattaatatgagaatggttatcattacaattggaaataaaattgtttccaatagacatttttaacatgttgtttttctaagtgttgtaaggtaggtataaaatgggatggagcctctgcttctggcatgtgtcggtcagaatgactcatgatgtggtctgctaCTCAAGGTGGAATTGTGTCGCAGTATACCGCCAg < 1:411339‑M2/34‑1 (MQ=255) agtggcgcggtcagacatgcggagtgcatcaaaagttaattatcacgtagtcatattaatatgagaatggttatcattacaattggaaataaaattgtttccaatagacatttttaacatgttgtttttctaagtgttgtaaggtaggtataaaatgggatggagcctctgcttctggcatgtgtcggtcagaatgactcatgatgtggtctgctaCGCAAGGTGGAATTGTGTCGCAGTATACGGCCAg < 1:601715‑M2/34‑1 (MQ=255) ggcgcggtcagacatgcggagtgcatcaaaagttaattatcacgtagtcatattaatatgagaatggttatcattacaattggaaataaaattgtttccaatagacatttttaacatgttgtttttctaagtgttgtaaggtaggtataaaatgggatggagcctctgcttctggcatgtgtcggtcagaatgactcatgatgtggtctgctaCTCAAGGTGGAATTGTGTCGCAGTATACCGCCAGAAAc < 1:459641‑M2/38‑1 (MQ=255) gtcagacatgcggagtgcatcaaaagttaattatcacgtagtcatattaatatgagaatggtgatcattacaattggaaataaaatggtttccaatagacatttttaacatgttgtttttctaagtgttgtaaggtaggtataaaatgggatggagcctctgcttctggcatgtgtcggtcagaatgactcatgatgtggtctgctaCTCAAGGTGGAATTGTGTCGCAGTATACCGCCAGAAACGGGgag < 2:504224‑M2/44‑2 (MQ=255) cagacatgcggagtgcatcaaaagttaattatcacgtagtcatattaatatgagaatggttatcattacaattggaaataaaattgtttccaatagacatttttaacatgttgtttttctaagtgttgtaaggtaggtataaaatgggatggagcctctgcttctggcatgtgtcggtcagaatgactcatgatgtggtctgctaCTCAAGGTGTAATTGTGTCGCAGTATACCGCCAGAAACGGGGAtt < 1:614646‑M2/45‑1 (MQ=255) 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caaaagttaattatcacgtagtcatattaatatgagaatggttatcattacaattggaaataaaattgtttccaatagacatttttaacatgttgtttttctaagtgttgtaaggtaggtataaaatgggatggagcctctgcttctggcatgtgtcggtcagaatgactcatgatgtggtctgctaCTCAAGGTGGAATTGTGTCGCAGTATACCGCCAGAAACGGGGATTAATACTCTTTACCTGTTAc < 1:120385‑M2/64‑1 (MQ=255) caaaagttaattatcacgtagtcatattaatatgagaatggttatcattacaattggaaataaaattgtttccaatagacatttttaacatgttgtttttctaagtgttgtaaggtaggtataaaatgggatggagcctctgcttctggcatgtgtcggtcagaatgactcatgatgtggtctgctaCTCAAGGTGGAATTGTGTCGCAGTATACCGCCAGAAACGGGGATTAATACTCTTTACCTGTTAc > 1:307806‑M2/188‑251 (MQ=255) aaaagttaattatcacgtagtcatattaatatgagaatggttatcattacaattggaaataaaattgtttccaatagacatttttaacatgttgtttttctaagtgttgtaaggtaggtataaaatgggatggagcctctgcttctggcatgtgtcggtcagaatgactcatgatgtggtctgctaCTCAAGGTGGAATTGTGTCGCAGTATACCGCCAGAAACGGGGATTAATACTCTTTACCTGTTAcc < 2:591747‑M2/65‑1 (MQ=255) ttatcacgtagtcatattaatatgagaatggttatcattacaattggaaataaaattgtttccaatagacatttttaacatgttgtttttctaagtgttgtaaggtaggtataaaatgggatggagcctctgcttctggcatgtgtcggtcagaatgactcatgatgtggtctgctaCTCAAGGTGGAATTGTGTCGCAGTATACCGCCAGAAACGGGGATTAATACTCTTTACATGTTACCCGGCTACgg > 1:723125‑M2/178‑251 (MQ=255) cacgtagtcatattaatatgagaatggttatcattacaattggaaataaaattgtttccaatagacatttttaacatgttgtttttctaagtgttgtaaggtaggtataaaatgggatggagcctctgcttctggcatgtgtcggtcagaatgactcatgatgtggtctgctaCTCAAGGTGGAATTGTGTCGCAGTATACCGCCAGAAACGGGGATTAATACTCTTTACCTGTTACCCGGCTACGGTAGc > 2:523515‑M2/174‑251 (MQ=255) acgtagtcatattaatatgagaatggttatcattacaattggaaataaaattgtttccaatagacatttttaacatgttgtttttctaagtgttgtaaggtaggtataaaatgggatggagcctctgcttctggcatgtgtcggtcagaatgactcatgatgtggtctgctaCTCAAGGTGGAATTGTGTCGCAGTATACCGCCAGAAACGGGGATTAATACTCTTTACCTGTTACCCGGCTACGGTAGCt < 1:535713‑M2/79‑1 (MQ=255) gtcatattaatatgagaatggttatcattacaattggaaataaaattgtttccaatagacatttttaacatgttgtttttctaagtgttgtaaggtaggtataaaatgggatggagcctctgcttctggcatgtgtcggtcagaatgactcatgatgtggtctgctaCTCAAGGTGGAATTGTGTCGCAGTATACCGCCAGAAACGGGGATTAATACTCTTTACCTGTTACCCGGCTACGGTAGCTATccc < 1:201702‑M2/84‑1 (MQ=255) attaatatgagaatggttatcattacaattggaaataaaattgtttccaatagacatttttaacatgttgtttttctaagtgttgtaaggtaggtataaaatgggatggagcctctgcttctggcatgtgtcggtcagaatgactcatgatgtggtctgctaCTCAAGGTGGAATTGTGTCGCAGTATACCGCCAGAAACGGGGATTAATACTCTTTACCTGTTACCCGGCTACGGTAGCTATCCCAGtt < 1:654375‑M2/88‑1 (MQ=255) taatatgagaatggttatcattacaattggaaataaaattgtttccaatagacatttttaacatgttgtttttctaagtgttgtaaggtaggtataaaatgggatggagcctctgcttctggcatgtgtcggtcagaatgactcatgatgtggtctgctaCTCAAGGTGGAATTGTGTCGCAGTATACCGCCAGAAACGGGGATTAATACTCTTTACCTGTTACCCGGCTACGGTATCTATCCCAGTTGa > 2:863550‑M2/161‑250 (MQ=255) 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acaattggaaataaaattgtttccaatagacatttttaacatgttgtttttctaagtgttgtaaggtaggtataaaatgggatggagcctctgcttctggcatgtgtcggtcagaatgactcatgatgtggtctgctaCTCAAGGTGGAATTGTGTCGCAGTATACCGCCAGAAACGGGGATTAATACTCTTTACCTGTTACCCGGCTACGGTAGCTATCCCAGTTGAAGATCACCCACAAACTGTTAccc < 2:772935‑M2/113‑1 (MQ=255) aaaattgtttccaatagacatttttaacatgttgtttttctaagtgttgtaaggtaggtataaaatgggatggagcctctgcttctggcatgtgtcggtcagaatgactcatgatgtggtctgctaCTCAAGGTGGAATTGTGTCGCAGTATACCGCCAGAAACGGGGCTTAATACTCTTTACCTGTTACACGGCTACGGTAGCTATCCCAGTTGAAGATCACCCACAAACTGTTACCCAGGCGCATACgg > 2:457238‑M2/127‑251 (MQ=255) attgtttccaatagacatttttaacatgttgtttttctaagtgttgtaaggtaggtataaaatgggatggagcctctgcttctggcatgtgtcggtcagaatgactcatgatgtggtctgctaCTCAAGGTGGAATTGTGTCGCAGTATACCGCCAGAAACGGGGATTAATACTCTTTACCTGTTACCCGGCTACGGTAGCTATCCCAGTTGAAGATCACCCACAAACTGTTACCCAGGCGCATACGGTcc < 1:634235‑M2/128‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |