New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | = 2346779 | 149 (1.380) | 3 (0.030) | 3/482 | 7.9 | 2.5% | coding (1915/2286 nt) | nrdA | ribonucleoside‑diphosphate reductase 1 subunit alpha |
? | NC_000913 | 3421147 = | 90 (0.860) | coding (1014/1182 nt) | yhdX | putative ABC transporter membrane subunit YhdX | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 150 total aligned reads displayed.
ATGAGCTGGCGAAAGAGCAAGGCGCGTGCCCGTGGTTTAACGAAACCACTTACGCGAAAGGGATCCTGCCGATCGATACCTATAAGAAAGATCTGGATACCATCGCTAATGAGCCGCTGCATTACGACTGGGAAGCTCTGCGTGAGTCAATCAAAACGCACGGTCTGCGTAACTCCACGCTTTCTGCTCTGATGCCGTCCGAGACTTCTTCGCAGATCTCTAACGCCACTAACGGTATTGAACCGCCGCGCGGTTACGTCAGCATCAAAGCGTCGAAAGACGGTATTTTGCGCCAGGTGGTGCCGGACTACGAGCACCTGCACGACGCCTATGAGCTGCTGTGGGAAATGCCGGGTAACGATGGTTATCTGCAACTGGTGGGTATCATGCAGAAATTTATCGATCAGTCGATCTCTGCCAACACCAACTACGATCCGTCACGCTTCCCGTCAGGAAAAGTGCCGATGCAGCAGTTGCTGAAAGACCTGCTCACCGCCT > NC_000913/2346531‑2347028 | aTGAGCTGGCGAAAGAGCAAGGCGAGTGCCCGAGGTTTCACGAAACCACTTACGCGAAAGGGATCCTGCCGATCGCAACCTATAAGAAAGATCTGGATACCATCGCTAATGAGCCGCTGCATTACGACTGGGAACCTCTCCGTGAGTCAATCAAACCGCACGGTCTGCGTAACTCCACGCTTTCTCATCTGATGCCGTCCGAGACTTCTTCGCAGATCTCTAACGCCACTAACGGTATTGAACcgccgctc > 2:30976/1‑249 (MQ=255) 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cAAGGCGCGTGCCCGTGGTTTAACGAAACCACTTACGCGAAAGGGATCCTGCCGATCGCTACCTATAAGAACGATCTGGATACCATCGCTAATGCGCCGCTGCATTACGACTGGGAAGCTCTGCGTGAGTCAATCAAAACGCACGGTCTGCGTAACTCCACGCTTTCTGCTCTGATGCCGTCCGAGACTTCTTCGCAGATCTCTAACGCCACTAACGGTATTGAACCGCCGCGCGGTTACGTCAGCATCa > 2:219660/1‑250 (MQ=255) cgcgTGCCCGTGGTTTAACGAAACCACTTACGCGAAAGGGATCCTGCCGATCGATACCTATAAGAAAGATCTGGATACCATCGCTAATGAGCCGCTGCATTACGACTGGGAAGCTCTGCGTGAGTCAATCAAAACGCACGGTCTGCGTAACTCCACGCTTTCTGCTCTGATGCCGTCCGAGACTTCTTCGCAGATCTCTAACGCCACTAACGGTATTGAACCGCCGCGCGGTTACGTCAGCATCAAAGCGt > 1:253994/1‑251 (MQ=255) gcgTGCCCGTGGTTTAACGAAACCACTTACGCGAAAGGGATCCTGCCGATCGATACCTATAAGAAAGATCTGGATACCATCGCTAATGAGCCGCTGCATTACGACTGGGAAGCTCTGCGTGAGTCAATCAAAACGCACGGTCTGCGTAACTCCACGCTTTCTGCTCTGATGCCGTCCGAGACTTCTTCGCAGATCTCTAACGCCACTAACGGTATTGAACCGCCGCGCGGTTACGTCAGCATCAAAGCGTc > 1:873493/1‑251 (MQ=255) 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cGAAACCACTTACGCGAAAGGGATCCTGCCGATCGATACCTATAAGAAAGATCTGGATACCATCGCTAATGAGCCGCTGCATTACGACTGGGAAGCTCTGCGTGAGTCAATCAAAACGCACGGTCTGCGTAACTCCACGCTTTCTGCTCTGATGCCGTCCGAGACTTCTTCGCAGATCTCTAACGCCACTAACGGTATTGAACCGCCGCGCGGTTACGTCAGCATCAAAGCGTCGAAAGACGGTATTTTgc > 1:513716/1‑251 (MQ=255) aaaCCACTTACGCGAAAGGGATCCTGCCGATCGATACCTATAAGAAAGATCTGGATACCATCGCTAATGAGCCGCTGCATTACGACTGGGAAGCTCTGCGTGAGTCAATCAAAACGCACGGTCTGCGTAACTCCACGCTTTCTGCTCTGATGCCGTCCGAGACTTCTTCGCAGATCTCTAACGCCACTAACGGTATTGAACCGCCGCGCGGTTACGTCAGCATCAAAGCGTCGAAAGACGGTATTTTgcgc > 1:642172/1‑251 (MQ=255) cctgttgggggAAAGGGTTCCGGCCGTTCGAGCCCTGTAAGAAAGAGCTGGATACCTTCGCTAATGAGCCGCTGGTTTGCGACTGGGAAGCTCTGGGTGAGTCAATCAAAACGCACGGTCGGCGTAGCTCCACGGTTTCGGCTCTGAGGCCGTCCGGGGCTGCTGCGGGGAGCTCTAACGCCACGAACGGTATGGGGCCGCCGCGCGGTTACGTCAGCATCAAAGCGTCGAAAGACGGTATTTTGCGCCAg < 2:390426/241‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |