Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
MC JC | NC_000913 | 3,077,568 | Δ1,832 bp | [cmtA]–cmtB | [cmtA], cmtB |
Missing coverage evidence... | ||||||||||
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seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
* | * | ÷ | NC_000913 | 3077568 | 3079399 | 1832 | 47 [0] | [0] 46 | [cmtA]–cmtB | [cmtA],cmtB |
New junction evidence | |||||||||||
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seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | = 3077567 | 0 (0.000) | 46 (0.430) | 41/494 | 1.3 | 100% | coding (1293/1389 nt) | cmtA | mannitol‑specific PTS enzyme IICB component CmtA |
? | NC_000913 | 3079400 = | 0 (0.000) | intergenic (‑70/+244) | cmtB/tktA | mannitol‑specific PTS enzyme IIA component CmtB/transketolase 1 |
TTCCAGGTCGATAAACAGACGCTGTCAGAAATTACACTCACCAGTAATTCATTATCGGTAATTTCTGGCAGTTCAAATACGCGCAGACGGACATCCCGCTTGCCATAAATAGCAGCAACTTTGGTTTTCATTTTTACCTCTGTAATCAGTGTTTATGTTCGGCGGTTAATTGATTAAATAAAGTGTCGAGTTTTGGATCGCCAATATAGTTATTAATCAATATCAGTGGTTTATCCGTCACA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913/3077326‑3077567 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑a‑AAGCAATTGAGCAGGGAAACCGGTGTTTTGAAAACAGTGAATTATTAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATACGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTACAACACGCCTTATCTATTGCTTGTCCGCAAACGGACATATCAAGGTAATAAAAAAGGTCGCCGAAGCGACCTTTTTACCCGAAATGCTAATTAC > NC_000913/3079400‑3079647 TTCCAGGTCGATAAACAGACGCTGTCAGAAATTACACTCACCAGTAATTCATTATCGGTAATTTCTGGCAGTTCAAATACGCGCAGACGGACATCCCGCTTGCCATAAATAGCAGCAACTTTGGTTTTCATTTTTACCTCTGTAATCAGTGTTTATGTTCGGCGGTTAATTGATTAAATAAAGTGTCGAGTTTTGGATCGCCAATATAGTTATTAATCAATATCAGTGGTTTATCCGTCACA‑AAGCAATT < 1:345048/250‑1 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TGTCAGAAATTCCACTCACAAGTAATTCCTTATCGGTAATTTCTGGCAGTTCAAATACGCGCAGACGGACATCCAGCTTGCCATAAATAGCAGCAACTTTGGTTTTCATTTTTACCTCTGTAATCAGTGTTTATGTTCGGCGGTTAATTGATTAAATAAAGTGTCGAGTTTTGGATCGCCAATATAGTTATTAATCAATATCAGGGGTTTATCCGTC‑CACAAGCAATTGAGCAGGGAAACCGGTGTTTTt > 2:727844/1‑249 atAAATTACACTCACAAGTAATTCATTATCGGTAATTTCTGGCAGTTCAAATACGCGCAGACGGACATCCCGCTTGCTATAAATAGCAGAAACTTTGGTTTTCATTTTTACCTCTGTAATCAGTGTTTATGTTCGGCGGTTAATTGATTAACTAAAGTGTCGAGTTTTGGATCGCCAATATAGTTATTAATCAATATCAGTGGTTTATCCGTCACA‑AAGCACATGAGCAGGGAAACAGGTGGTTTGAAAA > 2:234758/3‑250 ACACTCACCAGTAATTCATTATCGGTAATTGCTGGCAGTTCAAATACGCGCAGACGGACATCCCGCTTGCCATAAATAGCAGCAACTTTGGTTTTCATTTTTACCTCTGTAATCAGTGTTTATGTTCGGCGGTTAATTGATTAAATAAAGTGTCGAGTTTTGGATCGCCAATATAGTTATTAATCAATATCAGTGGTTTATCCGTCACA‑AAGCAATTGAGCAGGGAAACCGGTGTTTTGAAAACAGTGAAT < 2:734703/251‑1 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CATTATCGGTAATTTCTGGCAGTTCAAATACGCGCAGACGGACATCCCGCTTGCCATAAATAGCAGCAACTTTGGTTTTCATTTTTACCTCTGTAATCAGTGTTTATGTTCGGCGGTTAATTGATTAAATAAAGTGTCGAGTTTTGGATCGCCAATATAGTTATTAATCAATATCAGTGGTTTATCCGTCACA‑AAGCAATTGAGCAGGGAAACCGGTGTTTTGAACACAGTGAATTATTAATTTCTTATAT > 2:464055/1‑251 ATCGGTAATTTCTGGCAGTTCAAATACGCGCAGACGGACATCCCGCTTGCCATAAATAGCAGCAACTTTGGTTTTCATTTTTACCTCTGTAATCAGTGTTTATGTTCGGCGGTTAATTGATTAAATAAAGTGTCGAGTTTTGGATCGCCAATATAGTTATTAATCAATATCAGTGGTTTATCCGTCACA‑AAGCAATTGAGCAGGGAAACCGGTGTTTTGAAAACAGTGAATTATTAATTTCTTATATAAC > 2:354511/1‑250 CGGTAATTTCTGGCAGTTCAAATACGCGCAGACGGACATCCCGCTTGCCATAAATAGCAGCAACTTTGGTTTTCATTTTTACCTCTGTAATCAGTGTTTATGTTCGGCGGTTAATTGATTAAATAAAGTGTCGAGTTTTGGATCGCCAATATAGTTATTAATCAATATCAGTGGTTTATCCGTCACA‑AAGCAATTGAGCAGGGAAACCGGTGTTTTGAAAACAGTGAATTATTAATTTCTTATATAACATT < 1:223466/251‑1 AATTTCTGGCAGTTCAAATACGCGCAGACGGACATCCCGCTTGCCATAAATAGCAGCAACTTTGGTTTTCATTTTTACCTCTGTAATCAGTGTTTATGTTCGGCGGTTAATTGATTAAATAAAGTGTCGAGTTTTGGATCGCCAATATAGTTATTAATCAATATCAGTGGTTTATCCGTCACA‑AAGCAATTGAGCAGGGAAACCGGTGTTTTGAAAACAGTGAATTATTAATTTCTTATATAACGTTGAGT < 1:690941/251‑1 gctgaCAGTTCAAATACGCGCAGACGGACATCCCGCTTGACATAAATAGCAGCTACTTTGTTTTTCATTTTTACCTCTGTAATCAGTGTTTATGTTCGGCGGTTAATTGATTACATAAAGTGTCGAGTTTTGGATCGCCAATATAGTTATTAATCAATATCAGTGGTTTATACGTCACA‑AAGCAATTGAGCAGGGAAACCGGTGTTTTGAAAAAAGTGAATGATTAATTTCTTATATCACTTTGAGTTAT < 2:871223/245‑1 GCAGACGGACATCCCGCTTGCCATAAATAGCAGCAACTTTGGTTTTCATTTTTACCTCTGTAATCAGTGTTTATGTTCGGCGGTTAATTGATTAAATAAAGTGTCGAGTTTTGGATCGCCAATATAGTTATTAATCAATATCAGTGGTTTATCCGTCACA‑AAGCAATTGAGCAGGGAAACCGGTGTTTTGAAAACAGTGAATTATTAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCA < 1:62737/251‑1 GACGGACATCCCGCTTGCCATAAATAGCAGCAACTTTGGTTTTCATTTTTACCTCTGTAATCAGTGTTTATGTTCGGCGGTTAATTGATTAAATAAAGTGTCGAGTTTTGGATCGCCAATATAGTTATTAATCAATATCAGTGGTTTATCCGTCACA‑AAGCAATTGAGCAGGGAAACCGGTGTTTTGAAAACAGTGAATTATTAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAAT > 1:342734/1‑250 ATCCCGCTTGCCATAAATAGCAGCAACTTTTGTTTTCATTTTTACCTCTGTAATCAGTGTTTATGTTCGGCGGTTAATTGATTAAATAAAGTGTCGAGTTTTGGATCGCCAATATAGTTATTAATCAATATCAGTGGTTTATCCGTCACA‑AAGCAATTGAGCAGGGAAACCGGTGTTTTGAAAACAGTGAATTATTAATTTCTTATATATCATTGAGTTATAGATATAACATCAAATGTCAATACGCATAT < 2:617085/251‑1 ttgaCATAAATAGCAGCAACTTTGGTTTTCATTTTTACCTCTGTAATCAGTGTTTATGTTCGGCGGGTAATTTATTAAATAAAGTGTCGAGTTTTGGATCGCCAATATAGTTATTAATCAATATCAGTGGTTTATCCGTCACA‑AAGCAATTGAGCCGGGAAACCGGTGTTTTGAAAACAGTGAATTATTAATTTCTTAGATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATACGCATATCGTGATG > 2:627881/5‑251 TTGCCATAAATAGCAGCAACTTTGGTTTTCATTTTTACCTCTGTAATCAGTGTTTATGTTCGGCGGTTAATTGATTAAATAAAGTGTCGAGTTTTGGATCGCCAATATAGTTATTAATCAATATCAGTGGTTTATCCGTCACA‑AAGCAATTGAGCAGGGAAACCGGTGTTTTGAAAACAGTGAATTATTAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATACGCATATCGTGATG > 1:801363/1‑251 TGCCATAAATAGCAGCAACTTTGGTTTTCATTTTTACCTCTGTAATCAGTGTTTATGTTCGGCGGTTAATTGATTAAATAAAGTGTCGAGTTTTGGATCGCCAATATAGTTATTAATCAATATCAGTGGTTTATCCGTCACA‑AAGCAATTGAGCAGGGAAACCGGTGTTTTGAAAACAGTGAATTATTAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATACGCATATCGTGATG < 1:554798/250‑1 aAAATAGCAGCAACTTTGGTTTTCATTTTTACCTCTGTAATCAGTGGTTATGTTCGGCGGTTAATTGATTAAATAAAGTGTCGAGTTTTAGATCGCCAATATAGTTATTAATCAATATCAGTGGTTTATCCGTCACA‑AAGCAATTGAGCAGGGAAACCGGTGTTTTGAAAACAGTGAATTATTAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATACGCATATCGTGATGCATATT < 2:72490/250‑1 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AATCAGTGTTTATGTTCGGCGGTTAATTGATTAAATAAAGTGTCGAGTTTTGGATCGCCAATATAGTTATTAATCAATATCAGTGGTTTATCCGTCACA‑AAGCAATTGAGCAGGGAAACCGGTGTTTTGAAAACAGTGAATTATTAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATACGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATC < 1:490147/251‑1 AATCAGTGTTTATGTTCGGCGGTTAATTGATTAAATAAAGTGTCGAGTTTTGGATCGCCAATATAGTTATTAATCAATATCAGTGGTTTATCCGTCACA‑AAGCAATTGAGCAGGGAAACCGGTGTTTTGAAAACAGTGAATTATTAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATACGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATC < 2:801363/251‑1 CAGTGTTTATGTTCGGCGGATAATTGATTAAATAAAGTGTCGAGTTTTGGATCGCCAATATAGTTATTAATCAATATCAGTGGTTTATCCGTCACA‑AAGCAATTGAGCAGGGAAACCGGTGTTTTGAAAACAGTGAATTATTAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATACGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTAC > 2:586639/1‑251 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AATTGATTAAATAAAGTGTCGAGTTTTGGATCGCCAATATAGTTATTAATCAATATCAGTGGTTTATCCGTCACA‑AAGCAATTGAGCAGGGAAACCGGTGTTTTGAAAACAGTGAATTATTAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATACGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTACAACACGCCTTATCTATTGCTT > 1:801187/1‑251 GTTTTGGATCGCCAATATAGTTATTAATCAATATCAGTGGTTTATCCGTCACA‑AAGCAATTGAGCAGGGAAACCGGTGTTTTGAAAACAGTGAATTATTAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATACGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTACAACACGCCTTATCTATTGCTTGTCCGCAAACGGACATATCA > 1:329227/1‑249 GATCGCCAATATAGTTATTAATCAATATCAGTGGTTTATCCGTCACA‑AAGCAATTGAGCAGGGAAACCGGTGTTTTGAAAACAGTGAATTATTAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATACGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTACAACACGCCTTATCTATTGCTTGTCCGCAAACGGACATATCAAGGTAAT > 2:119296/1‑250 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TTCCAGGTCGATAAACAGACGCTGTCAGAAATTACACTCACCAGTAATTCATTATCGGTAATTTCTGGCAGTTCAAATACGCGCAGACGGACATCCCGCTTGCCATAAATAGCAGCAACTTTGGTTTTCATTTTTACCTCTGTAATCAGTGTTTATGTTCGGCGGTTAATTGATTAAATAAAGTGTCGAGTTTTGGATCGCCAATATAGTTATTAATCAATATCAGTGGTTTATCCGTCACA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913/3077326‑3077567 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑a‑AAGCAATTGAGCAGGGAAACCGGTGTTTTGAAAACAGTGAATTATTAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATACGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTACAACACGCCTTATCTATTGCTTGTCCGCAAACGGACATATCAAGGTAATAAAAAAGGTCGCCGAAGCGACCTTTTTACCCGAAATGCTAATTAC > NC_000913/3079400‑3079647 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |