| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 2,825,796 | Δ4,947 bp | srlA–[gutQ] | srlA, srlE, srlB, srlD, gutM, srlR, [gutQ] | |
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 2825796 | 2830742 | 4947 | 45 [0] | [0] 45 | srlA–[gutQ] | srlA,srlE,srlB,srlD,gutM,srlR,[gutQ] |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 2825795 | 0 (0.000) | 45 (0.880) | 39/492 | 0.2 | 100% | intergenic (‑219/‑37) | mltB/srlA | membrane‑bound lytic murein transglycosylase B/sorbitol‑specific PTS enzyme IIC2 component |
| ? | NC_000913 | 2830743 = | 0 (0.000) | coding (931/966 nt) | gutQ | D‑arabinose 5‑phosphate isomerase GutQ | |||||
TAACGACGCTTGAACATGAGGGGTCCATTTAACAGATTCAACCAGGGGCAAGTATGGTAAAGCATCACGCCCCGCACAAGGAAGCGGTAGTCACTGCCCGATACGGACTTTACATAACTCAACTCATTCCCCTCGCTATCCTTTTATTCAAACTTTCAAATTAAAATATTTATCTTTCATTTTGCGATCAAAATAACACTTTTAAATCTTTCAATCTGATTAGATTAGGTTGCCGTTTGGTAATAAAACAATAAATCCTGAAGGAGAGAACAATGATAGAAACCATTACTCATGGTGCAGAGTGGTTTATCGGGCTGTTCCAAAAGGGCGGAGAGGTGTTTACCGGGATGGTGACCGGCATTCTTCCGCTGTTGATTAGCCTGCTGGTTATCATGAACGCACTGATTAATTTTATCGGTCAGCATCGTATTGAACGTTTTGCTCAACGTTGCGCCGGTAACCCTGTTTCCCGTTACCTACT > NC_000913/2825560‑2826040 | aaacGACGCTTGAACATGAGGGGTCCATTTAACAGATTCAACCAGGGGCAAGTATGGTAAAGCATCACGCCCCGCACAAGGAAGCGGTAGTCACTGCCCGATACGGACTTTACATAACTCAACTCATTCCCCTCGCTATCCTTTTATTCAAACTTTCAAATTAAAATATTTATCTTTCATTTTGCGATCAAAATAACACTTTTAAATCTTTCAATCTGATTAGATTAGGTTGCCGTaacctgcaggatttc < 2:143282‑M1/250‑16 (MQ=255) atcgacgctTGAACATGAGGGGTCCATTTAACAGATTCAACCAGGGGCAAGTATGGTAAAGCATCACGCCCCGCACAAGGAAGCGGTAGTCACTGCCCGATACGGACTTTACATAACTCAACTCATTCCCCTCGCTATCCTTTTATTCAAACTTTCAAATTAAAATATTTATCTTTCATTTTGCGATCAAAATAACACTTTTAAATCTTTCAATCTGATTAGATTAGGTTGCCGTaacctgcaggatttc < 1:427721‑M1/248‑16 (MQ=255) aaCGACGATTGAACATGAGGGGTCCATTTAACAGATTCAACCAGGGGCAAGTATGGTAAAGCATCAAGCCCCGCACAAGGAAGCGGTAGTCACTGCCCGATACGGACTTTACATAACTCAACTCATTCCCCTCGCTATCCTTTTATTCAAACTTTCAAATTAAAATATTTATCTTTCATTTTGCGATCAAAATAACACTTTTAAATCTTTCAATCTGATTCGATTAGGTTGCCGTaacctgcaggatttct > 1:104365‑M1/1‑235 (MQ=255) gacgCTTGAACATGAGGGGTCCATTTAACAGATTCAACCAGGGGCAAGTATGGTAAAGCATCACGCCCCGCACAAGGAAGCGGTAGTCACTGCCCGATACGGACTTTACATAACTCAACTCATTCCCCTCGCTATCCTTTTATTCAAACTTTCAAATTAAAATATTTATCTTTCATTTTGCGATCAAAATAACACTTTTAAATCTTTCAATCTGATTAGATTAGGTTGCCGTaacctgcaggatttctatc > 1:127833‑M1/1‑232 (MQ=255) 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ttGCCGTaacctgcaggatttctatcaggccgggattatttaatccttcaatcccagacgtttcgccagccgatgcaggttggcgacgtcggtttccagcatccgcgcgcaggcagcccagttgtgatgattttgtgccagtgcctgacgaatagtttcacgctggaacgcttctgtcgcttcacgcaggttttgcttaacaacgggcaccgccgccacttctggcgtcggcaacgtcacctcaggaaa > 1:288313‑M1/1‑7 (MQ=255) tGCCGTaacctgcaggatttctatcaggccgggattatttaatccttcaatcccagacgtttcgccagccgatgcaggttggcgacgtcggtttccagcatccgcgcgcaggcagcccagttgtgatgattttgtgccagtgcctgacgaatagtttcacgctggaacgcttctgtcgcttcacgcaggttttgcttaacaacgggcaccgccgccacttctggcgtcggcaacgtcacctcaggaaaagc > 1:171332‑M1/1‑6 (MQ=255) | TAACGACGCTTGAACATGAGGGGTCCATTTAACAGATTCAACCAGGGGCAAGTATGGTAAAGCATCACGCCCCGCACAAGGAAGCGGTAGTCACTGCCCGATACGGACTTTACATAACTCAACTCATTCCCCTCGCTATCCTTTTATTCAAACTTTCAAATTAAAATATTTATCTTTCATTTTGCGATCAAAATAACACTTTTAAATCTTTCAATCTGATTAGATTAGGTTGCCGTTTGGTAATAAAACAATAAATCCTGAAGGAGAGAACAATGATAGAAACCATTACTCATGGTGCAGAGTGGTTTATCGGGCTGTTCCAAAAGGGCGGAGAGGTGTTTACCGGGATGGTGACCGGCATTCTTCCGCTGTTGATTAGCCTGCTGGTTATCATGAACGCACTGATTAATTTTATCGGTCAGCATCGTATTGAACGTTTTGCTCAACGTTGCGCCGGTAACCCTGTTTCCCGTTACCTACT > NC_000913/2825560‑2826040 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |