| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 1,961,950 | Δ28,129 bp | yecT–[tyrP] | 33 genes yecT, flhE, flhA, flhB, cheZ, cheY, cheB, cheR, tap, tar, cheW, cheA, cheA, motB, motA, motR, flhC, flhD, insB5, insA5, uspC, otsA, otsB, araH, araG, araF, ftnB, yecJ, azuC, yecR, ftnA, yecH, [tyrP] |
|
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 1961950 | 1990078 | 28129 | 41 [0] | [0] 41 | yecT–[tyrP] | yecT,flhE,flhA,flhB,cheZ,cheY,cheB,cheR,tap,tar,cheW,cheA,cheA,motB,motA,motR,flhC,flhD,insB5,insA5,uspC,otsA,otsB,araH,araG,araF,ftnB,yecJ,azuC,yecR,ftnA,yecH,[tyrP] |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 1961949 | 0 (0.000) | 41 (0.800) | 39/490 | 0.2 | 100% | intergenic (‑68/‑23) | yecV/yecT | protein YecV/protein YecT |
| ? | NC_000913 | 1990079 = | 0 (0.000) | coding (399/1212 nt) | tyrP | tyrosine:H(+) symporter | |||||
CCGTCTAAAACTGGCACAACTGACGGCGAAGACGCTGAAGCTGGGTCTGGATACGCTGGGTATTGAGACTGTAGAGCGTATGTAATCGATTTTTCGTGAGAGTGAAGCCTGATCAGGGTTAGCCGATCAGGCTTTTTTATTGCCATCTAAATGTATTCTGAAAATGGACATGCCATTGTTTTCTCACTGTTGGATAAGAGGCCAGAAGCGTAATATCCGGCCCCAGGGAAACGATAACGGTTGAATTTAAGGAATACCGCAGTGTTTAAATTTCTTGTATTAACATTAGGCATTATCTCTTGCCAGGCTTACGCAGAAGATACGGTTATAGTAAACGACCATGACATTTCAGCCATCAAAGATTGTTGGCAAAAAAATTCAGATGATGATACTGACGTTAACGTGATCAAATCATGCCTGCGACAAGAATACAATCTCGTCGATGCGCAATTAAATAAAGCCTATGGTGAAGCTTATCGTTATA > NC_000913/1961711‑1962194 | ccGTCTAAAACTGGCACAACTGACGGCGAAGACGCTGAAGCTGGGTCTGGATAAGCTGGGTATTGAGACTGTAGAGCGTATGTAATCGATTTTTCGTGAGAGTGAAGCCTGAGCAGGGTTAGCCGCTCAGGCTTTTTTATTGCCATCTTACTGTATTCTGAAAATGGACATGCCATTGGTTTCTCACTGTTGGATAAGAGGCAAGAAGCGTAATATCCGGCCCCAGGGAAACGATAACGcgtggtttgtgt > 2:197282‑M1/1‑239 (MQ=255) gTCTAAAACTGGCACAACTGACGGCGAAGACGCTGAAGCTGGGTCTGGATACGCTGGGTATTGAGACTGTAGAGCGTATGTAATCGATTTTTCGTGAGAGTGAAGCCTGATCAGGGTTAGCCGATCAGGCTTTTTTATTGCCATCTAAATGTATTCTGAAAATGGACATGCCATTGTTTTCTCACTGTTGGATAAGAGGCCAGAAGCGTAATATCCGGCCCCAGGGAAACGATAACGcgtggtttgtgtcg > 1:286994‑M1/1‑237 (MQ=255) tCTAAAACTGGCACAACTGACGGCGAAGACGCTGAAGCTGGGTCTGGATACGCTGGGTATTGAGACTGTAGAGCGTATGTAATCGATTTTTCGTGAGAGTGAAGCCTGATCAGGGTTAGCCGATCAGGCTTTTTTATTGCCATCTAAATGTATTCTGAAAATGGACATGCCATTGTTTTCTCACTGTTGGATAAGAGGCCAGAAGCGTAATATCCGGCCCCAGGGAAACGATAACGcgtggtttgtgtcgg > 2:306919‑M1/1‑236 (MQ=255) aaCTGGCACAACTGACGGCGAAGACGCTGAAGCTGGGTCTGGATCGGCTGGGTATTGAGACTGTAGAGCGTATGTAATCGATTTTTTGTGAGAGTGAAGCCTGATCAGGGTTAGCCGATCAGGCTTTTTTATTGCCATCTAAATGTAGTCTGAAAATGGACATGCCATTGTTTTCTCACTGTTGGATAAGAGGCCAGAAGCGTAATATCCGGCCCCAGGGAAACGATAACGcgtggtttggttcggaactt < 2:124444‑M1/251‑21 (MQ=255) aCGGCGAAGACGCTGAAGCTGGGTCTGGATACGCTGGGTATTGAGACTGTAGAGCGTATGTAATCGATTTTTCGTGAGAGTGAAGCCTGATCAGGGTTAGCCGATCAGGCTTTTTTATTGCCATCTAAATGTATTCTGAAAATGGACATGCCATTGTTTTCTCACTGTTGGATAAGAGGCCAGAAGCGTAATATCCGGCCCCAGGGAAACGATAACGcgtggtttgtgtcggaacttcactggtcgatttt > 2:356764‑M1/1‑217 (MQ=255) gACGCTGAAGCTGGGTCTGGATACGCTGGGTATTGAGACTGTAGAGCGTATGTAATCGATTTTTCGTGAGAGTGAAGCCTGATCAGGGTTAGCCGATCAGGCTTTTTTATTGCCATCTAAATGTATTCTGAAAATGGACATGCCATTGTTTTCTCACTGTTGGATAAGAGGCCAGAAGCGTAATATCCGGCCCCAGGGAAACGATAACGcgtggtttgtgtcggaacttcactggtcgatttatttaaccg > 1:397074‑M1/1‑209 (MQ=255) gAAGCTGGGTCTGTATACGCTGGGTATTGAGACTGTAGAGCGTATGTAATCGATTTTTCGTGAGAGTGAAGCCTGATCAGGGTTAGCCGATCAGGCTTTTTTATTGCCATCTAAATGTATTCTGAAAATGGACATGCCATTGTTTTCTCACTGTTGGATAAGAGGCCAGAAGCGTAATATCCGGCCCCAGGGAAACGATAACGcgtggtttgtgtcggaacttcactggtcgatttatttaaccgttttct < 1:448555‑M1/251‑49 (MQ=255) aaGCTGGGTCTGGATACGCTGGGTATTGAGACTGGTGAGCGTATGTAATCGATTTTTCGTGAGAGTGAAGCCTGATCAGGGTTAGCCGATCAGGCTTTTTTATTGCCATCTAAATGTATTCTGAAAATGGACTTGCCATTGTTTTCTCACTGTTGGATAAGAGGCCAGAAGCGTAATATCCGTCCCCAGGGAAACGATAACGcgtggggtgtgtcggaatgttattggtcgatttatttaaccgttttctg < 2:92907‑M1/251‑50 (MQ=255) gggTATTGAGACTGTAGAGCGTATGTAATCGATTTTTCGTGAGAGTGAAGCCTGATCAGGGTTAGCCGATCAGGCTTTTTTATTGCCATCTAAATGTATTCTGAAAATGGACATGCCATTGTTTTCTCACTGTTGGATAAGAGGCCAGAAGCGTAATATCCGGCCCCAGGGAAACGATAACGcgtggtttgtgtcggaacttcactggtcgatttatttaaccgttttctgttcagcgccaagattattt < 1:113363‑M1/250‑69 (MQ=255) gTATTGAGACTGTAGAGCGTATGTAATCGATTTTTCGTGAGAGTGAAGCCTGATCAGGGTTAGCCGATCAGGCTTTTTTATTGCCATCTAAATGTATTCTGAAAATGGACATGCCATTGTTTTCTCACTGTTGGATAAGAGGCCAGAAGCGTAATATCCGGCCCCAGGGAAACGATAACGcgtggtttgtgtcggaacttcactggtcgatttatttaaccgttttctgttcagcgccaagattatttttc < 1:18674‑M1/251‑72 (MQ=255) aCTGTAGAGCGTATGTAATCGATTTTGCGTGAGAGTGAAGCCTGATCAGGGTTAGCCGATCAGGCTTTTTTATTGCCATCTAAATGTATTCTGAAAATGGACATGCCATTGTTTTCTCACTGTTGGATAAGAGGCCAGAAGCGTAATATCCGGCCCCAGGGAAACGATAACGcgtggtttgtgtcggaacttcactggtcgatttatttaaccgttttctgttcagcgccaagattatttgtctggtggta < 1:322894‑M1/251‑80 (MQ=255) tCGATTTTTCGTGAGAGTGAAGCCTGATCAGGGTTAGCCGATCAGGCTTTTTTATTGCCATCTAAATGTATTCTGAAAATGGACATGCCATTGTTTTCTCACTGTTGGATAAGAGGCCAGAAGCGTAATATCCGGCCCCAGGGAAACGATAACGcgtggtttgtgtcggaacttcactggtcgatttatttaaccgttttctgttcagcgccaagattatttttctggtggtaatgctggtactact < 2:167986‑M1/247‑94 (MQ=255) tCGATTTTTCGTGAGAGTGAAGCCTGATCAGGGTTAGCCGATCAGGCTTTTTTATTGCCATCTAAATGTATTCTGAAAATGGACATGCCATTGTTTTCTCACTGTTGGATAAGAGGCCAGAAGCGTAATATCCGGCCCCAGGGAAACGATAACGcgtggtttgtgtcggaacttcactggtcgatttatttaaccgttttctgttcagcgccaagattatttttctggtggtaatgctggtactact > 1:167986‑M1/1‑154 (MQ=255) gtcGTTAGAGTGAAGCCTGATCAGGGTTAGCCGATCAGGCTTTTTTATTGCCATCTAAATGTATTCTGAAAATGGACATGCCATTGTTTTCTCACTGTTGGATAAGAGGCCAGAAGCGTAATATCCGGCCCCAGGGAAACGATAACGcgtggtttgtgtcggaacttcactggtcgatttatttaaccgttttctgttcagcgccaagattatttttctggtggtaatgctggtactactgctgccgcat < 1:20917‑M1/249‑104 (MQ=255) cGTGAGAGTGAAGCCTGATCAGGGTTAGCCGATCAGGCTTTTTTATTGCCATCTAAATGTATTCTGAAAATGGACATGCCATTGTTTTCTCACTGTTGGATAAGAGGCCAGAAGCGTAATATCCGGCCCCAGGGAAACGATAACGcgtggtttgtgtcggaacttcactggtcgatttatttaaccgttttctgttcagcgccaagattatttttctggtggtaatgctggtactactgctgccgcatatt < 1:78388‑M1/251‑107 (MQ=255) gtggagggaagcctgATCAGGGTTAGCCGATATGGCTTTTTTATTGCCATCAAAATGTATTCTTAAAAGGGCCATGCCATTGTTTTCTCACTGTTGGATAAGAGGCCATAAGTGTAATATTCGTCCCCAGGGAAACGATAACGcgtggtgtgtgtcgtaacttctctggtcgatttagttaacctttttctgttcagcgccaagattatttttctgttggtaatgctggtacttctgctgccgcatattca < 2:120318‑M1/244‑109 (MQ=255) agccggttcggggttagccgtttAGGCTTTTTTATTGCCATCTAATTGTATTCTGAAAAGGGACAGGCCATTGTTTTCTCGCTGTTGGATAAGAGGCCAGAAGCGTAAGAGCCGGCCCCAGGGAAACGATAACGcgtggtttgtgtcggaacttcactggtcgatttatttaaccgttttctgttcagcgccaagattatttttctggtggtaatgctggtactgctgctgccgcatattcacaaagtgaa < 2:204407‑M1/241‑118 (MQ=255) ggaTCAGGGTTATCCGATCAGGCTTTTTTATTGCCATCTAAATGTATTCTGAAAATGGACATGCCATTGTTTTCTCACTGTTGGATAAGAGGCCAGAAGCGTAATATCCGGCCCCAGGGAAACGATAACGcgtggtttgtgtcggaacttcactggtcgatttatttaaccgttttctgttcagcgccaagattatttttctggtggtaatgctggtactactgctgccgcatattcacaaagtgaatctt < 1:131686‑M1/250‑122 (MQ=255) gATCAGGGTTAGCCGATCAGGCTTTTTTATGGCCATCTAAATGTATTCTGAAAATGGACATGCCATTGTTTTCTCACTGTTGGATAAGAGGCCAGAAGCGTAATATCCGGCCCCAGGGAAACGATAACGcgtggtttgtgtcggaacttcactggtcgatttatttaaccgttttctgttcagcgccaagattatttttctggtgggaatgctggtactacggctgccgcatattcacaaagtgaatcttt < 1:131482‑M1/251‑123 (MQ=255) gCCGATCAGGCTTTTTTATTGCCATCTAAATGTATTCTGAAAATGGACATGCCATTGTTTTCTCACTGTTGGATAAGAGGCCAGAAGCGTAATATCCGGCCCCAGGGAAACGATAACGcgtggtttgtgtcggaacttcactggtcgatttatttaaccgttttctgttcagcgccaagattatttttctggtggtaatgctggtactactgctgccgcatattcacaaagtgaatcttttaaccctgccg < 1:49963‑M1/251‑134 (MQ=255) cGATCAGGCTTTTTTATAGCAATCTAAATGTATTCTGAAAATGGACATGCCATTGTTTTCTCACTGTTGGATAAGAGGCCAGAAGCGTAATATCCGGCCCCAGGGAAACGATAACGcgtggtttgtgtcggaacttcactggtcgatttatttaaccgttttctgttcagcgccaagattatttttctggtggtaatgctggtactactgctgccgcatattcacaaagtgaatcttttaaccctgccgtt > 1:217958‑M1/1‑116 (MQ=255) aTCAGGCTTTTTTATTGCCATCTAAATGTATTCTGAAAATGGACATGCCATTGTTTTCTCACTGTTGGATAAGAGGCCAGAAGCGTAATATCCGGCCCCAGGGAAACGATAACGcgtggtttgtgtcggaacttcactggtcgatttatttaaccgttttctgttcagcgccaagattatttttctggtggtaatgctggtactactgctgccgcatattcacaaagtgaatcttttaaccctgccgttgc > 1:174155‑M1/1‑114 (MQ=255) aTCAGGCTTTTTTATTGCCATCTAAATGTATTCTGAAAATGGACATGCCATTGTTTTCTCACTGTTGGATAAGAGGCCAGAAGCGTAATATCCGGCCCCAGGGAAACGATAACGcgtggtttgtgtcggaacttcactggtcgatttatttaaccgttttctgttcagcgccaagattatttttctggtggtaatgctggtactactgctgccgcatattcacaaagtgaatcttttaaccctgccgttgc > 2:277492‑M1/1‑114 (MQ=255) ttttATTGCCATCTAAATGTATTCTGAAAATGGACATGCCATTGTTTTCTCACTGTTGGATAAGAGGCCAGAAGCGTAATATCCGGCCCCAGGGAAACGATAACGcgtggtttgtgtcggaacttcactggtcgatttatttaaccgttttctgttcagcgccaagattatttttctggtggtaatgctggtactactgctgccgcatattcacaaagtgaatcttttaaccctgccgttgcaacaggggc > 1:212961‑M1/1‑105 (MQ=255) ttttgcCATCTAAATGTATTCTGAAAATGGACATGCCATTGTTTTCTCACTGTTGGATAAGAGGCCAGAAGCGTAATATCCGGCCCCAGGGAAACGATAACGcgtggtttgtgtcggaacttcactggtcgatttatttaaccgttttctgttcagcgccaagattatttttctggtggtaatgctggtactactgctgccgcatattcacaaagtgaatcttttaaccctgccgttgcaacaggggctg < 2:397074‑M1/248‑149 (MQ=255) gCCATCTAAATGTATTCTGAAAATGGACATGCCATTGTTTTCTCACTGTTGGATAAGAGGCCAGAAGCGTAATATCCGGCCCCAGGGAAACGATAACGcgtggtttgtgtcggaacttcactggtcgatttatttaaccgttttctgttcagcgccaagattatttttctggtggtaatgctggtactactgctgccgcatattcacaaagtgaatcttttaaccctgccgttgcaacaggggctggctct > 1:132075‑M1/1‑98 (MQ=255) aTCTAAATGTATTCTGAAAATGGACATGCCATTGTTTTCTCACTGTTGGATAAGAGGCCAGAAGCGTAATATCCGGCCCCAGGGAAACGATAACGcgtggtttgtgtcggaacttcactggtcgatttatttaaccgttttctgttcagcgccaagattctttttctggtggtaatgctggaactactgctgccgcatattcacaaagtgaatattttaaccctgccgttgcaacaggggctggcgctgtc > 2:260741‑M1/1‑95 (MQ=255) cTAAATGTATTCTGAAAATGGACATGCCATTGTTTTCTCACTGTTGGATAAGAGGCCAGAAGCGTAATATCCGGCCCCAGGGAAACGATAAAGcgaggtttgtgtcggaacttcactgggcgatttatttacccgttttctgttcagcgccaagattatttttctggtggtaatgctggtactactgctgccgaatattcacaaagtgaatcttttaaccctgccgttgcaacaggggctggctctgtctg > 2:336792‑M1/1‑93 (MQ=255) 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tttgGATAAGAGGTCAAAATCGTAATACCCGGCCCCAGGGAAACGATAACGcgtggtttgtgtcggaacttcacggttggatttatttaaccgttttctgttcagcgccaagattatttttctggtggtaatgctggtacgactgctgccgcatattcacaaagtgaatcttttaaccctgccgttgcaacaggggttggctctgtctgcaatcctggtgaattttacgggttttggttttaacggtat < 2:144861‑M1/248‑199 (MQ=255) gTTGGATAAGAGGCCAGAAGCGTAATATCCGGCCCCAGGGAAACGATAACGcgtggtttgtgtcggaacttcactggtcgatttatttaaccgttttctgttcagcgccaagattatttttctggtggtaatgctggtactactgctgccgcatattcacaaagtgaatcttttaaccctgccgttgcaacaggggctggctctgtctgcaatcccggtgatttttacgtcgtttggttttcacggtag < 1:90599‑M1/249‑199 (MQ=255) ggCCAGAAGGGTAATATCCGGCCCCAGGGAAACGATAACGcttggtttgtgtctgaacttctctggtcgatttatttaaccgttttctgttcatcgccaagattatttttcgggtggtaatgctgttactactgctgccgcatattcacaaagtgaatcttttaaccctgccgttgcaacaggggctggctctgtctgcaatcccggtgatttttacgtcgtttggttttcacggtagcgtgccgagtatt < 2:281320‑M1/251‑212 (MQ=255) cAGAAGCGTAATATCCGGCCCCAGGGAAACGATAACGcgtggtttgtgtcggaacttcactggtcgctttatttaaccgttttctgttcagcgccaagattatttttctggtggtaatgctggtactactgctgccgcatattcacaaagtgaatcttttaaccctgccgttgcaacaggggctggctctgtctgcaatcccggtgatttttacgtcgtttggttttcacggtagcgtgccgagtattgtc > 2:280371‑M1/1‑37 (MQ=255) cGTAATATCCGGCCCCAGGGAAACGATAACGcgtggtttgtgtcggaacttcactggtcgatttatttaaccgttttctgttcagcgccaagattatttttctggtggtaatgctggtactactgctgccgcatattcacaaagtgaatcttttaaccctgccgttgcaacaggggctggctctgtctgcaatcccggtgatttttacgtcgtttggttttcacggtagcgtgccgagtattgtcagctat < 2:234479‑M1/251‑221 (MQ=255) cGATAACGcgtggtttgtgtcggaacttcactggtcgatttatttaaccgttttctgttcagcgccaagattatttttctggtggtaatgctggtactactgctgccgcatattcacaaagtgaatcttttaaccctgccgttgcaacaggggctggctctgtctgcaatcccggtgatttttacgtcgtttggttttcacggtagcgtgccgagtattgtcagctatatggatggcaacattcgtaagct < 1:306919‑M1/251‑244 (MQ=255) aTAACGcgtggtttgtgtcggaacttcactggtcgatttatttaaccgttttctgttcagcgccaagattatttttctggtggtaatgctggtactactgctgccgcatattcacaaagtgaatcttttaaccctgccgttgcaacaggggctggctctgtctgcaatcccggtgatttttacgtcgtttggttttctcggtagcgtgccgagtattgtcagctatatggatggcaacattcgtaagctac < 1:126167‑M1/251‑246 (MQ=255) | CCGTCTAAAACTGGCACAACTGACGGCGAAGACGCTGAAGCTGGGTCTGGATACGCTGGGTATTGAGACTGTAGAGCGTATGTAATCGATTTTTCGTGAGAGTGAAGCCTGATCAGGGTTAGCCGATCAGGCTTTTTTATTGCCATCTAAATGTATTCTGAAAATGGACATGCCATTGTTTTCTCACTGTTGGATAAGAGGCCAGAAGCGTAATATCCGGCCCCAGGGAAACGATAACGGTTGAATTTAAGGAATACCGCAGTGTTTAAATTTCTTGTATTAACATTAGGCATTATCTCTTGCCAGGCTTACGCAGAAGATACGGTTATAGTAAACGACCATGACATTTCAGCCATCAAAGATTGTTGGCAAAAAAATTCAGATGATGATACTGACGTTAACGTGATCAAATCATGCCTGCGACAAGAATACAATCTCGTCGATGCGCAATTAAATAAAGCCTATGGTGAAGCTTATCGTTATA > NC_000913/1961711‑1962194 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |