Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 4,056,115 | 0 | A | C | 28.2% | 275.3 / 18.3 | 119 | G75G (GGT→GGG) | glnL | protein histidine kinase NtrB |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (64/20); new base C (0/33); total (64/55) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.47e-15 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 120 total aligned reads displayed.
CGCTTTGCTGAGCAGCTGCGCCGCGCCACGTAAACCGCCAAG‑CGGATTTTTAATCTCATGTGCCAGGCCGCGCACTAAA‑TCACGGGCAGCAACCTG‑CTGGGCGTGCTGTAGCTGTTCCTGACTTAAGCGGCGCTGGTTATCCATCGG‑AGCCATCTCCAGCAGGATCATGCCGTCCGGCATACGCTGGGCCGTCACAGAAAGGATATGCGAGCGCCCGTCGATGACCAGCGTCACTTC‑GTTATCGGTAAAACCTT‑GCCCCGCCTCCAGACTTTCTTGCATCAGCTCGATATTTAATGAGAAGTAGCTCAACAGTTCCGGTAACGGTGTACCAAACAATTTGCGGGAGCTTTGGGCGAGCAGTTGTTGCGCGGCAGGGTTGGCGTAATGGATCGCCAGGTTGTCATCGATTAACAAAATACTGTTAATCAGCGAGTTGAGGATCTGCCCAGCATCGGGCTGCGTGCCTGTTGCCATAAAGCAGTCTCCTGAACAGGT > NC_000913/4055866‑4056360 | cGCTTTGCTGAGCAGCTGCGCCGCGCCACGTAAACCGCCAAG‑CGGATTTTTAATCTCATGTGCCAGGCCGCGCACTAAA‑TCACGGGCAGCAACCTG‑CTGGGCGTGCTGTAGCTGTTCCTGACTTAAGCGGCGCTGGTTATCCATCGG‑AGCCATCTCCAGCAGGATCATGCCGTCCGGCATACGCTGGGCCGTCACAGAAAGGATATGCGAGCGCCCGTCGATGACCAGCGTCACTTC‑GTTATCGGTAAAAc < 1:459062/251‑1 (MQ=255) gCTTTGCTGAGCAGCTGCGCCGCGCCACGTAAACCGCCAAG‑CGGATTTTTAATCTCATGTGCCAGGCCGCGCACTAAA‑TCACGGGCAGCAACCTG‑CTGGGCGTGCTGTAGCTGTTCCTGACTTAAGCGGCGCTGGTTATCCATCGG‑AGCCATCTCCAGCAGGATCATGCCGTCCGGCATACGCTGGGCCGTCACAGAAAGGATATGCGAGCGCCCGTCGATGACCAGCGTCACTTC‑GTTATCGGTAAAAcc < 2:906660/251‑1 (MQ=255) gCTGAGCAGCTGCGCCGCGCCACGTAAACCGCCAAG‑CGGATTTTTAATCTCATGTGCCAGGCCGCGCACTAAA‑TCACGGGCAGCAACCTG‑CTGGGCGTGCTGTAGCTGTTCCTGACTTAAGCGGCGCTGGTTATCCATCGG‑AGCCATCTCCAGCAGGATCATGCCGTCCGGCATACGCTGGGCCGTCACAGAAAGGATATGCGAGCGCCCGTCGATGACCAGCGTCACTTC‑GTTATCGGTAAATCCTT‑Gcc < 2:849006/251‑1 (MQ=255) gCTGAGCAGCGGCGCCGCGCCACGTAAACCGCCAAG‑CGGATTTTTAATCTCATGTGCCAGGCCGCGCACTAAA‑TCACGGGCAGCAACCTG‑CTGGGCGTGCTGTAGCTGTTCCTGACTTAAGCGGCGCTGGTTATCCATCGG‑AGCCATCTCCAGCAGGATCATGCCGTCCGGCATACGCTGGGCCGTCACAGAAAGGATATGCGAGCGCCCGTCGATGACCAGCGTCACTTC‑GTTATCGGTAAAACCTT‑Gc < 2:702757/250‑1 (MQ=255) gAGCAGCTGCGCCGCGCCACGTAAACCGCCAAG‑CGGATTTTTAATCTCATGTGCCAGGCCGCGCACTAAA‑TCACGGGCAGCAACCTG‑CTGGGCGTGCTGTAGCTGTTCCTGACTTAAGCGGCGCTGGTTATCCATCGG‑AGCCATCTCCAGCAGGATCATGCCGTCCGGCATACGCTGGGCCGTCACAGAAAGGATATGCGAGCGCCCGTCGATGACCAGCGTCACTTC‑GTTATCGGTAAAACCTT‑GCCCCg > 1:674192/1‑251 (MQ=255) tGCGCCGCGCCACGTAAACCGCCAAG‑CGGATTTTTAATCTCATGTGCCAGGCCGCGCACTAAA‑TCACGGGCAGCAACCTG‑CTGGGCGTGCTGTAGCTGTTCCTGACTTAAGCGGCGCTGGTTATCCATCGG‑AGCCATCTCCAGCAGGATCATGCCGTCCGGCATACGCTGGGCCGTCACAGAAAGGATATGCGAGCGCCCGTCGATGACCAGCGTCACTTC‑GTTATCGGTAAAACCTT‑GCCCCGCCTcc > 2:363446/1‑249 (MQ=255) ccgtgtgctcttccgatcgggttttttAATCTCATGTGCCAGGCCGCCCACTAAA‑TCAGGGGCAGCACCCTG‑CGGGGCGTGCTGTGGCTTTTCCTGACTTAGGCGGCGCTGGTTATCCACCGG‑GGCCATCCCCAGCAGGATCATGCCGTCCGCCATCCGCTGGGCCGTCACAGAAAGGATATGCGAGCGCCCGTCGATGACCAGCGTCACTTC‑TTTATCGGTAAACCCTT‑GCCCCGCCTCCAGACTTTCtt < 1:538756/229‑1 (MQ=255) cccccgaaaCCCCCAAGGCGGTTTTTTAACCTCATGTCCCGGGCCGCGCAAAAAA‑CCGCGGGCGGCACCCTG‑CGGGGTGGGCGGGGGCTGTTCTGGACTTAGGCGGCGTGGGTTATCCATGGG‑CGCCATCCCCAGCAGGATCATGCCGCCCGGCATGCGCTGGGCCGTCAAAAAAAGGATATGCGGGCCCCCGCCGATGACCAGCGTCCCTTC‑GTTATGGGTAAAACCTT‑GCCCCGCCTCCAGACTTTCtt < 2:963790/245‑1 (MQ=255) gccgcttttccgatcttttAATCTCATGTGCCAGCCCGCGCACAAAA‑TCCCGGGCAGCACCCTG‑CGGGGGGTGCGGTAGCTGTCCCTGACTTAAGCGGGGCTGTTTATCCACCGG‑AGCCACCCCCAGCAGGATCATGCCGTCCGGCATCCGCTGGGCCGTCACAGAAAGGATATGCGAGCGCCCGTCGATGCCCAGCGTCCCTTC‑GTTAGCGGTAAAACCTT‑CCCCCGCCTCCAGACTTTCTTGCATCAGc < 2:1022113/236‑1 (MQ=255) cGCCAAG‑CGGATTTTTAATCTCATGTGCCAGGCCGCGCACTAAA‑TCACGGGCAGCAACCTG‑CTGGGCGTGCTGTAGCTGTTCCTGACTTAAGCGGCGCTGGTTATCCATCGG‑AGCCATCTCCAGCAGGATCATGCCGTCCGGCATACGCTGGGCCGTCACAGAAAGGATATGCGAGCGCCCGTCGATGACCAGCGTCACTTC‑GTTATCGGTAAAACCTT‑GCCCCGCCTCCAGACTTTCTTGCATCAGCTCg > 2:70586/1‑251 (MQ=255) caaagggtaTTTTTAACCTCAGGTGCCAGGCCGCGCACTAAA‑CCACGGGCAGCAACCGG‑CTGGGCGTGCTGGGGCTGTTCCTGACTTAAGCGGCGGTGGTTATCCAGCGG‑ACCCATCTCCAGCAGGATCAGGCCGTCCGGCATGCGCGGGGCCGTCACAGAAAGGAGTGGCGAGCGCCCGGCGAGGCCCAGCGTCACTTC‑TTTATCGGTAAAACCTT‑GCCCCGCCTCCAGACTTTCTTGCATCAGCTCGat < 1:255936/243‑1 (MQ=255) cAAG‑CGGATTTTTAATCTCATGTGCCAGGCCGCGCACTAAA‑TCACGGGCAGCAACCTG‑CTGGGCGTGCTGTAGCTGTTCCTGACTTAAGCGGCGCTGGTTATCCATCGG‑AGCCATCTCCAGCAGGATCATGCCGTCCGGCATACGCTGGGCCGTCACAGAAAGGATATGCGAGCGCCCGTCGATGACCAGCGTCACTTC‑GTTATCGGTAAAACCTT‑GCCCCGCCTCCAGACTTTCTTGCATCAGCTCGat > 2:148512/1‑250 (MQ=255) gggggttttttAATCTCAGGGGCCAGGCCGCGCTCTAAA‑TCCGGGGCAGCACCCTG‑CTGGGCGTGCTGTGGCTGTCCATGACTTAAGCGGCGGTGGTTATCCAGCGG‑GGCCATCTCCAGCAGGATCATGCCGCCCGGCATACGCTGGGCCGCCACAGAAAGGATATGGGGGCGCCCGTCGAGGACCAGCTTCATTTC‑TTTATCGGTAAACCCTT‑GCCCCGCCTCCAGACTTTCTTGCATCAGCTCGATAtt < 2:1059307/245‑1 (MQ=255) 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aaatccACGGGCAGCACCCTG‑CGGGGGGTGCTGTAGCTTTTCCGGACTTAAGGGGCGCTGGTTACCCAGCGG‑AGCCATCTCAAGCAGGTTCAGGCCGTCCGGCATACGCTGGGCGTTCACAGAAAGGATATGCGGGCGCCCGTCGATGCCCAGCGTCACTTC‑GTTATCGGTAAACCCTT‑GCCCCGCCTCCAGACTTTCTTGCATCAGCTCGATATTTAATGAGAAGTAGCTCAACAGTTCCGGTAACGgtg < 1:913944/246‑1 (MQ=255) aa‑TCACGGGCAGCAACCTG‑CTGGGCGTGCTGTAGCTGTTCCTGACTTAAGCGGCGCTGGTTATCCATCGG‑AGCCATCTCCAGCAGGATCATGCCGTCCGGCATACGCTGGGCCGTCACAGAAAGGATATGCGAGCGCCCGTCGATGACCAGCGTCACTTC‑GTTATCGGTAAAACCTT‑GCCCCGCCTCCAGACTTTCtt > 1:580332/1‑198 (MQ=255) tCACGGGCAGCAACCTG‑CTGGGCGTGCTGTAGCTGTTCCTGACTTAAGCGGCGCTGGTTATCCATCGG‑AGCCATCTCCAGCAGGATCATGCCGTCCGGCATACGCTGGGCCGTCACAGAAAGGATATGCGAGCGCCCGTCGATGACCAGCGTCACTTC‑GTTATCGGTAAAACCTT‑GCCCCGCCTCCAGACTTTCTTGCATCAGCTCGATATTTAATGAGAAGTAGCTCAACAGTTCCGGTAACGGTGTAcc > 2:708675/1‑251 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |