Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_000913 | 2,745,089 | 0 | A | C | 27.3% | 296.3 / 21.6 | 122 | V84G (GTG→GGG) | trmD | tRNA m(1)G37 methyltransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (70/18); new base C (0/33); total (70/52) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.55e-17 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 122 total aligned reads displayed.
GTTGCCGAGGCTTCATGTCCCAGTACTCCCGGAATAAACCGGGAAACGGAGTCAATCAGCGTCATTGCTGGTAACTCACCACCACTGAGAA‑CGTAATCGCCGATTGACCATTCTTCGTCAATTTCGGTTTGGATCACGCGCTCATCTATACCTTCGTAGCGACCGCACACCAGAATCAATTTTTGATTCGTTGCCAG‑TTCGCTGACGCCCGCTTGATCAAG‑CTTGCGTCCCTGTGGTGACAGATAAATCACCTTTG‑CGCCTTCACCCGCCGCGGCTTTTGCTGCATGAATGGCGTCCCGCAAGGGTTGCACCATCATTAACATCCCCGGTCCGCCGCCGTAAGGACGATCGTCCACGGTACGGTGCCGGTCATGCGTGAAGTCGCGAGGACTCCAGCTCTGGATGCTCAGCAGGCCATTTTTAACTGCCCGGCCAGTTACCCCGTAATCGGTAATTGCGCGGAACATTTCAGGAAACAGGCTAATTATGCCAATCCA > NC_000913/2744840‑2745336 | gTTGCCGAGGCTTCATGTCCCAGTACTCCCGGAATAAACCGGGAAACGGAGTCAATCAGCGTCATTGCTGGTAACTCACCACCACTGAGAA‑CGTAATCGCCGATTGACCATTCTTCGTCAATTTCGGTTTGGATCACGCGCTCATCTATACCTTCGTAGCGACCGCACACCAGAATCAATTTTTGATTCGTTGCCAG‑TTCGCTGACGCCCGCTTGATCAAG‑CTTGCGTCCCTGTGGTGACAGATAAATCAc > 2:1002277/1‑251 (MQ=255) 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ccGGAATAAACCGGGAAACGGAGTCAATCAGCGTCATTGCTGGTAACTCACCACCACTGAGAA‑CGTAATCGCCGATTGACCATTCTTCGTCAATTTCGGTTTGGATCACGCGCTCATCTATACCTTCGTAGCGACCGCACCCCAGAATCAATTTTTGATTCGTTGCCAG‑TTCGCTGACGCCCGCTTGATCAAG‑CTTGCGTCCCTGTGGTGACAGATAAATCACCTTTG‑CGCCTTCACCCGCCGCGGCtttt < 1:129059/251‑1 (MQ=255) cGGAATAAACCGGGAAACGGAGTCAATCAGCGTCATTGTGGGTAACTCACCAC‑ACCGAGAAACGTAATCGCCGATTGACCATTCTTCGTCAATTTCGGTGTGGATCACGCGCTCATCTATACCTCCGAAGCGACCGCACGCCAGAAACAATTTTTGATTCGTTGCCAG‑TTCGCTGACGCCCGCTTGATCAAG‑CTTGGGTCCCTGGGGTGACAGATAAATCTCCCTTG‑CGCCGTAACCCGCCGCGGCTTTtg < 2:444640/251‑1 (MQ=255) aaaTAACCCGGGAAACGGAGTCAATCAGCGTCTTTGCTGGTAACCCACCACCACTGAGAA‑CGTAATCGCCGATTGACCATTCTTCGTCAATTTCGGTTGGGATCACGCGCTCATCTATCCCTTCGTAGCGACCGCACACCAGAATCAATTTTTGATTCGTTGCCAG‑TTCGCTGACGCCCGCTTGATCAAG‑CTTGCGTCCCTGTGGTGACAGATAAATCCCCTTTG‑CGCCTTCACCCGCCGCGGCTTTtgct < 2:1053022/250‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |