| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,292,458 | 0 | T | A | 31.1% | 89.1 / 12.0 | 45 | intergenic (+93/+51) | galU/hns | UTP‑‑glucose‑1‑phosphate uridylyltransferase/DNA‑binding transcriptional dual regulator H‑NS |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (26/5); new base A (0/14); total (26/19) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.97e-08 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
AAGAAACGGTGGAAGCCTATCATATGAAAGGGAAGAGCCATGACTGCGGTAATAAATTAGGTTACATGCAGGCCTTCGTTGAATACGGTATTCGTCATAACACCCTTGGC‑ACGGAATTTAAAGCCTGGCTTGAAGAAG‑AGATGGGCATTAAGAAGTAACATCCGTATCGGTGTTAT‑CCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCCGCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGATTTACCTTGCTCATCCATTGCTTTTTTGATTACAGCTGGAGTACGGCCTTGGCCAGTCCAGGTTTTAGTTTCGCCG‑TTTTCGTCAACGTAGCTATATTTTGCCGGACGCTGAGCACGTTTAGCTTTGGTGCCAGATTTAACGGCAGCAAGGCTATTCAGC > NC_000913/1292208‑1292698 | aaGAAACGGTGGAAGCCTATCATATGAAAGGGAAGAGCCATGACTGCGGTAATAAATTAGGTTACATGCAGGCCTTCGTTGAATACGGTATTCGTCATAACACCCTTGGC‑ACGGAATTTAAAGCCTGGCTTGAAGAAG‑AGATGGGCATTAAGAAGTAACATCCGTATCGGTGTTAT‑CCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAAt < 1:80691/251‑1 (MQ=255) gTGGAAGCCTATCATATGAAAGGGAAGAGCCATGACTGCGGTAATAAATTAGGTTACATGCAGGCCTTCGTTGAATACGGTGTTCGTCATAACACCCTTGGC‑ACGGAATTTAAAGCCTGGCTTGAAGAAG‑AGATGGGCATTAAGAAGTAACATCCGTATCGGTGTTAT‑CCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATc > 2:271922/1‑251 (MQ=255) aGCCTATCATATGAAAGGGAAGAGCCATGACTGCGGTAATAAATTAGGTTACATGCAGGCCTTCGTTGAATACGGTATTCGTCATAACACCCTTGGC‑ACGGAATTTAAAGCCTGGCTTGAAGAAG‑AGATGGGCATTAAGAAGTAACATCCGTATCGGTGTTAT‑CCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATaa > 2:57204/1‑240 (MQ=255) aGCCTATCATATGAAAGGGAAGAGCCATGACTGCGGTAATAAATTAGGTTACATGCAGGCCTTCGTTGAATACGGTATTCGTCATAACACCCTTGGC‑ACGGAATTTAAAGCCTGGCTTGAAGAAG‑AGATGGGCATTAAGAAGTAACATCCGTATCGGTGTTAT‑CCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATaa < 1:57204/240‑1 (MQ=255) 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AAGAAACGGTGGAAGCCTATCATATGAAAGGGAAGAGCCATGACTGCGGTAATAAATTAGGTTACATGCAGGCCTTCGTTGAATACGGTATTCGTCATAACACCCTTGGC‑ACGGAATTTAAAGCCTGGCTTGAAGAAG‑AGATGGGCATTAAGAAGTAACATCCGTATCGGTGTTAT‑CCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCCGCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGATTTACCTTGCTCATCCATTGCTTTTTTGATTACAGCTGGAGTACGGCCTTGGCCAGTCCAGGTTTTAGTTTCGCCG‑TTTTCGTCAACGTAGCTATATTTTGCCGGACGCTGAGCACGTTTAGCTTTGGTGCCAGATTTAACGGCAGCAAGGCTATTCAGC > NC_000913/1292208‑1292698 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |