| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,015,516 | 0 | G | T | 27.8% | 158.3 / 15.9 | 72 | intergenic (+57/‑199) | pqiC/rmf | intermembrane transport lipoprotein PqiC/ribosome modulation factor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (10/42); new base T (19/1); total (29/43) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.79e-09 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
ACGGTCGCTATGATGGCAAGGTCATTGTCAGTGGTGAGTGGCTGTTGAACCACCAGGGACAACTGATCAAACGTCCGTTCCGTCTGGAAGGAGTGCAAACTCAGGATGGTTACGATGAGATGGTTAAAGTGCTGGCCGGTGTCTGGAGTCAGGAAGCCGCTTCTATTGCACAAGAGATAAAGCGTCTACCTTAATTATAAAGATTTGTAAATATAACCGTCTCCGGTATGTTGCCTGAGGCGGTTTTTTTGTCTCTAACGTGCGGAAAAATTTGTTCCTCTTCACA‑TTTTTTGTACAACCGACATGCCCGTGTAGCTCACAAATATGACAGTGGCGTG‑AA‑TTTTGCGC‑ATTGACGGC‑AGTTATGATTCGCGGTATTG‑CTTAACTGT‑GATTGCACATTTAGTAATCACTGTTTTCTTTTCCACCAG‑AAACCAGTAT‑GAGGGAAACGAGGCATGAAGAGACAAAAACGAGATCGCCTGGAACGGGCACATCAACGTGGTTAT > NC_000913/1015266‑1015765 | aCGGTCGCTATGATGGCAAGGTCATTGTCAGTGGTGAGTGGCTGTTGAACCACCAGGGACAACTGATCAAACGTCCGTTCCGTCTGGAAGGAGTGCAAACTCAGGATGGTTACGATGAGATGGTTAAAGTGCTGGCCGGTGTCTGGAGTCAGGAAGCCGCTTCTATTGCACAAGAGATAAAGCGTCTACCTTAATTATAAAGATTTGTAAATATAACCGTCTCCGGTATGTTGCCTGAGGCGGTTTTTTTg < 2:230572/251‑1 (MQ=255) cGCTATGATGGCAAGGTCATTGTCAGTGGTGAGTGGCTGTTGAACCACCAGGGACAACTGATCAAACGTCCGTTCCGTCTGGAAGGAGTGCAAACTCAGGATGGTTACGATGAGATGGTTAAAGTGCTGGCCGGTGTCTGGAGTCAGGAAGCCGCTTCTATTGCACAAGAGATAAAGCGTCTACCTTAATTATAAAGATTTGTAAATATAACCGTCTCCGGTATGTTGCCTGAGGCGGTTTTTTTGtctc < 1:710774/250‑1 (MQ=255) gCTATGATGGCAAGGTCATTGTCAGTGGTGAGTGGCTGTTGAACCACCAGGGACAACTGATCAAACGTCCGTTCCGTCTGGAAGGAGTGCAAACTCAGGATGGTTACGATGAGATGGTTAAAGTGCTGGCCGGTGTCTGGAGTCAGGAAGCCGCTTCTATTGCACAAGAGATAAAGCGTCTACCTTAATTATAAAGATTTGTAAATATAACCGTCTCCGGTATGTTGCCTGAGGCGGTTTTTTTGTCTCTa < 1:1056539/251‑1 (MQ=255) ggCAAGGTCATGGTCAGTGGTGAGTGGCTGTTGAACCACCAGGGACAACTGATCAAACGTCCGTTCCGTCTGGAAGGAGTGCAAACTCAGGATGGTTACGATGAGATGGTTAAAGTGCTGGCCGGTGTCTGGAGTCAGGAAGCCGCTTCTATTGCACAAGAGATAAAGCGTCTACCTTAATTATAAAGATTTGTAAATATAACCGTCTCCGGTATGTTGCCTGAGGCGGTTTTTATGTCTCTAACGTGCgg < 2:387804/251‑1 (MQ=255) gCAAGGTCATTGTCAGTGGTGAGTGGCTGTTGAACCACCAGGGACAACTGATCAAACGTCCGTTCCGTCTGGAAGGAGTGCAAACTCAGGATGGTTACGATGAGATGGTTAAAGTGCTGGCCGGTGTCTGGAGTCAGGAAGCCGCTTCTATTGCACAAGAGATAAAGCGTCTACCTTAATTATAAAGATTTGTAAATATAACCGTCTCCGGTATGTTGCCTGAGGCGGTTTTTTTTTCTCTAACGTGCgg > 1:697301/1‑250 (MQ=255) cagtGTCAGGGGTGAGTGGCTGTTGAACCACCAGGGACAACTGATCAAACGTCCGTTCCGTCTGGAAGGAGTGCAAACTCAGGATGGTTACGATGAGATGGTTAAAGTGCTGGCCGGTGTCTGGAGTCAGGAAGCCGCTTCTATTGCACAAGAGATAAAGCGTCTACCTTAATTATAAAGATTTGTAAATATAACCGTCTCCGGTATGTTGCCTGAGGAGGTTTTTTTTTCTCTAACGTGCGGAAAAAttt < 2:927825/248‑1 (MQ=255) cAGTGGTGAGTGGCTGTTGAACCACCAGGGACAACTGATCAAACGTCCGTTCCGTCTGGAAGGAGTGCAAACTCAGGATGGTTACGATGAGATGGTTAAAGTGCTGGCCGGTGTCTGGAGTCAGGAAGCCGCTTCTATTGCACAAGAGATAAAGCGTCTACCTTAATTATAAAGATTTGTAAATATAACCGTCTCCGGTATGTTGCCTGAGGCGGTTTTTTTGTCTCTAACGTGCGGAAAAATTTGTTCct < 2:383704/251‑1 (MQ=255) tgAGTGGCTGTTGAACCACCAGGGACAACTGATCAAACGTCCGTTCCGTCTGGAAGGAGTGCAAACTCAGGATGGTTACGATGAGATGGTTAAAGTGCTGGCCGGTGTCTGGAGTCAGGAAGCCGCTTCTATTGCACAAGAGATAAAGCGTCTACCTTAATTATAAAGATTTGTAAATATAACCGTCTCCGGTATGTTGCCTGAGGCGGTTTTTTTGTTTCTAACGTGCGGAAAAAATTTTTCCTCtttac > 1:531189/1‑248 (MQ=255) tGAACCACCAGGGACAACTGATCAAACGTCCGTTCCGTCTGGAAGGAGTGCAAACTCAGGATGGTTACGATGAGATGGTTAAAGTGCTGGCCGGTGTCTGGAGTCAGGAAGCCGCTTCTATTGCACAAGAGATAAAGCGTCTACCTTAATTATAAAGAGTTGTAAATATAACCGTCTCCGGTATGTTGCCTGAGGCGGTTTTTTTGTCTCTAACGTGCGGAAAAATTTGTTCCTCTTCACA‑TTTTTTGTa < 1:817991/250‑1 (MQ=255) gAACCACTAGGGACAACTGATCAAACGTCCGTTCCGTCTGGAAGGAGTGCAAACTCAGGATGGTTACGATGAGATGGTTAAAGTGCTGGCCGGTGTCTGGAGTCAGGAAGCCGCTTCTATTGCACAAGAGATAAAGCGTCTACCTTAATTATAAAGATTTGTAAATATAACCGTCTCCGGTATGTTGCCTGAGGCGGTTTTTTTTTCTCTAACGGGCGGAAAAAATTGTTTCTCTTCACA‑tttttttttc > 1:524576/1‑246 (MQ=255) 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ACGGTCGCTATGATGGCAAGGTCATTGTCAGTGGTGAGTGGCTGTTGAACCACCAGGGACAACTGATCAAACGTCCGTTCCGTCTGGAAGGAGTGCAAACTCAGGATGGTTACGATGAGATGGTTAAAGTGCTGGCCGGTGTCTGGAGTCAGGAAGCCGCTTCTATTGCACAAGAGATAAAGCGTCTACCTTAATTATAAAGATTTGTAAATATAACCGTCTCCGGTATGTTGCCTGAGGCGGTTTTTTTGTCTCTAACGTGCGGAAAAATTTGTTCCTCTTCACA‑TTTTTTGTACAACCGACATGCCCGTGTAGCTCACAAATATGACAGTGGCGTG‑AA‑TTTTGCGC‑ATTGACGGC‑AGTTATGATTCGCGGTATTG‑CTTAACTGT‑GATTGCACATTTAGTAATCACTGTTTTCTTTTCCACCAG‑AAACCAGTAT‑GAGGGAAACGAGGCATGAAGAGACAAAAACGAGATCGCCTGGAACGGGCACATCAACGTGGTTAT > NC_000913/1015266‑1015765 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |