Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | NC_000913 | 3,497,728 | 0 | A | G | 30.3% | 148.9 / 21.3 | 76 | G242G (GGA→GGG) | nirC | nitrite transporter NirC |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.81e-09 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
GTGTAACTGGCTGGTTTGCCTGGCAATCTGGATGGCGCTGCGCACTGAAGGGGCGGCGAAATTTATCGCTATCTGGTGGTGTCTGCTGGCATTTATCGCGTCCGGCTACGAGCACTCTATCGCTAACATGACGCTGTTCGCGCTCTCCTGGTTCGGCAACCACAGCGAAGCCTACACGCTGGCGGGTATTGGTCATAACCTGCTGTGGGTGACGCTGGGTAATACTTTATC‑AGGTGCCGTATTCATGGGATT‑GGGTTATTGGTATGCTACGCCGAAAGCGAATCGTCCGGTTGCGGACAAATTTAATCAAACTGAAACGGCTGCCGGTTAATT‑ACTAAGGGGTTTTTACGTGGATCATTTGCCTATATTTTGCCAATTACGCGATCGCGACTGTCTGATTGTCGGCGGTGGTGATGTCGCGGAACGCAAAGCAAGGTTGCTGTTAGACGCAGGCGCTCGCTTAACGGTGAATGCATTAGCGTTTATTCCACAGTTCACC > NC_000913/3497479‑3497977 | gtgtAACTGGCTGGTTTGCCTGGCAATCTGGATGGCGCTGCGCACTGAAGGGGCGGCGAAATTTATCGCTATCTGGTGGTGTCTGCTGGCATTTATCGCGTCCGGCTACGAGCACTCTATCGCTAACATGACGCTGTTCGCGCTCTCCTGGTTCGGCAACCACAGCGAGGCCTACACGCTGGCGGGTATTGGTCATAACCTGCTGTGGGTGACGCTGGGTAATACTTTATC‑AGGTGCCGTATTCATGGGa < 2:393386/250‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |