| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 1,961,950 | Δ28,129 bp | yecT–[tyrP] | 33 genes yecT, flhE, flhA, flhB, cheZ, cheY, cheB, cheR, tap, tar, cheW, cheA, cheA, motB, motA, motR, flhC, flhD, insB5, insA5, uspC, otsA, otsB, araH, araG, araF, ftnB, yecJ, azuC, yecR, ftnA, yecH, [tyrP] |
|
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 1961950 | 1990078 | 28129 | 50 [0] | [0] 51 | yecT–[tyrP] | yecT,flhE,flhA,flhB,cheZ,cheY,cheB,cheR,tap,tar,cheW,cheA,cheA,motB,motA,motR,flhC,flhD,insB5,insA5,uspC,otsA,otsB,araH,araG,araF,ftnB,yecJ,azuC,yecR,ftnA,yecH,[tyrP] |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 1961949 | 0 (0.000) | 50 (0.840) | 43/492 | 0.3 | 100% | intergenic (‑68/‑23) | yecV/yecT | protein YecV/protein YecT |
| ? | NC_000913 | 1990079 = | 0 (0.000) | coding (399/1212 nt) | tyrP | tyrosine:H(+) symporter | |||||
GTAACAGCCGTCTAAAACTGGCACAACTGACGGCGAAGACGCTGAAGCTGGGTCTGGATACGCTGGGTATTGAGACTGTAGAGCGTATGTAATCGATTTTTCGTGAGAGTGAAGCCTGATCAGGGTTAGCCGATCAGGCTTTTTTATTGCCATCTAAATGTATTCTGAAAATGGACATGCCATTGTTTTCTCACTGTTGGATAAGAGGCCAGAAGCGTAATATCCGGCCCCAGGGAAACGATAACGGTTGAATTTAAGGAATACCGCAGTGTTTAAATTTCTTGTATTAACATTAGGCATTATCTCTTGCCAGGCTTACGCAGAAGATACGGTTATAGTAAACGACCATGACATTTCAGCCATCAAAGATTGTTGGCAAAAAAATTCAGATGATGATACTGACGTTAACGTGATCAAATCATGCCTGCGACAAGAATACAATCTCGTCGATGCGCAATTAAATAAAGCCTATGGTGAAGCTTATCGTTAT > NC_000913/1961704‑1962193 | gTAACAGCCGTCTAAAACTGGCACAACTGACGGCGAAGACGCTGAAGCTGGGTCTGGATACGCTGGGTATTGAGACTGTAGAGCGTATGTAATCGATTTTTCGTGAGAGTGAAGCCTGATCAGGGTTAGCCGATCAGGCTTTTTTATTGCCATCTAAATGTATTCTGAAAATGGACATGCCATTGTTTTCTCACTGTTGGATAAGAGGCCAGAAGCGTAATATCCGGCCCCAGGGAAACGATAACGcgtgg > 1:167865‑M1/1‑246 (MQ=255)gTAACAGCCGTCTAAAACTGGCACAACTGACGGCGAAGACGCTGAAGCTGGGTCTGGATACGCTGGGTATTGAGACTGTAGAGCGTATGTAATCGATTTTTCGTGAGAGTGAAGCCTGATCAGGGTTAGCCGATCAGGCTTTTTTATTGCCATCTAAATGTATTCTGAAAATGGACATGCCATTGTTTTCTCACTGTTGGATAAGAGGCCAGAAGCGTAATATCCGGCCCCAGGGAAACGATAACGcgtgg > 1:260095‑M1/1‑246 (MQ=255) cGTCTAAAACTGGCACAACGGACGGCGAAGACGCTGAAGCTGGGTCTGGATACGCTGGGTATTGAGACTGTAGAGCGTATGTAATCGATTTTTCGTGAGAGTGAAGCCTGATCAGGGTTAGCCGATCAGGCTTTTTTATTGCCATCTAAATGTATTCTAAAAATGGACATGCCATTGTTTTCTCACTGTTGGATAAGAGGCCAGAAGCGTAATATCCGGCCCCAGGGAAACGATAACGcgttgtttgtgtc < 1:264426‑M1/251‑14 (MQ=255) gggcACAACTGACGGCGAAGACGCTGAAGCTGGGGCTGGATACGCTGGGTATTGAGACTGTAGAGCGTATGTAATCGATTTTTCGTGAGAGTGAAGCCTGATCAGGGTTAGCCGATCAGGCTTTTTTATTGCCATCTAAATGTATTCTGAAAATGGACATGCCATTGTTTTCTCACTGTTGGATAAGAGGCCAGAAGCGTAATATCCGGCCCCAGGGAAACGATAACGcgtggtttgtgtcggaacttcac < 1:380103‑M1/250‑24 (MQ=255) 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gAAGCTGGGTCTGGATACGCTGGGTATTGAGACTGTAGAGCGTATGTAATCGATTTTTCGTGAGAGTGAAGCCTGATCAGGGTTAGCCGTTCAGGCTTTTTTATTGCCATCTAAATGTATTCTGAAAATGGACATGCCATTGTTTTCTCACTGTTGGATAAGAGGCCAGAAGCGTAATATCCGGCCCCAGGGAAACGATAACGcgtggtttgtgtcggaacttcactggtcgatttatttaaccgttttc < 1:464594‑M1/250‑48 (MQ=255) gAAGCTGGGTCTGGATACGCTGGGTATTGAGACTGTAGAGCGTATGTAATCGATTTTTCGTGAGAGTGAAGCCTGATCAGGGTTAGCCGATCAGGCTTTTTTATTGCCATCTAAATGTATTCTGAAAATGGACATGCCATTGTTTTCTCACTGTTGGATAAGAGGCCAGAAGCGTAATATCCGGCCCCAGGGAAACGATAACGcgtggtttgtgtcggaacttcactggtcgatttatttaaccgttttct < 1:395199‑M1/251‑49 (MQ=255) gggTATTGAGACTGTAGAGCGTATGTAATCGATTTTTCGTGAGAGTGAAGCCTGATCAGGGTTAGCCGATCAGGCTTTTTTATTGCCATCTAAATGTATTCTGAAAATGGACATGCCATTGTTTTCTCACTGTTGGATAAGAGGCCAGAAGCGTAATATCCGGCCCCAGGGAAACGATAACGcgtggtttgtgtcggaacttcactggtcgatttatttaaccgttttctgttcagcgccaagattattt < 1:241061‑M1/250‑69 (MQ=255) gaCTGTAGAGCGTATGTAATCGATTTTTCGTGAGAGTGAAGCCTGATCAGGGTTAGCCGATCAGGCTTTTTTATTGCCATCTAAATGTATTCTGAAAATGGACATGCCATTGTTTTCTCACTGTTGGATAAGAGGCCAGAAGCGTAATATCCGGCCCCAGGGAAACGATAACGcgtggtttgtgtcggaacttcactggtcgatttatttaaccgttttctgttcagcgccaagattatttttctggtggt < 2:96883‑M1/251‑79 (MQ=255) gTAGGGCGTATGTAATCGATTTTTCGTGAGAGTGAAGCCTGATCAGGGTTAGCCGATCGGGCTTTTTTATTGCCATCTAAATGTATTCTGAAAATGGACATGCCATTGTTTTCTCACTGTTGGATAAGAGGCCAGAAGCGTAATATCCGGCCCCAGGGAAACGATAACGcgtggtttgtgtcggaacttcactggtcgatttatttaaccgttttctgttcagcgccaagattatttttctggtggtaat < 2:88601‑M1/250‑82 (MQ=255) gTAGAGCGTATGTAATCGATTTTTCGTGAGAGTGAAGCCTGATCAGGGTTAGCCGATCAGGCTTTTTTATTGCCATCTAAATGTATTCTGAAAATGGACATGCCATTGTTTTCTCACTGTTGGATAAGAGGCCAGAAGCGTAATATCCGGCCCCAGGGAAACGATAACGcgtggtttgtgtcggaacttcactggtcgatttatttaaccgttttctgttcagcgccaagattatttttctggtggtaat < 1:42452‑M1/250‑82 (MQ=255) ggcGTATGTAATCGATTTTTCGTGAGGGTGAAGCCTGATCAGGGTTAGCCGATCAGGCTTTTTTATTGCCATCTAAATGTATTCTGAAAATGGACATGCCATTGTTTTCTCACTGTTGGATAAGAGGCCAGAAGCGTAATATCCGGCCCCAGGGAAACGATAACGcgtggtttgtgtcggaacttcactggtcgatttatttaaccgttttctgttcagcgccaagattatttttctggtggtaatgctgg < 2:236555‑M1/250‑87 (MQ=255) aaTCGATTTTTCGTGAGAGTGAAGCCTGATCAGGGTTAGCCGATCAGGCTTTTTTATTGCCATCTACATGTCTTCTGACAATGGACATGCCATTGTTTTCTCACTGTTGGATAAGAGGCCAGAAGCGTAATATCCGGCCCCAGGGAAACGATCACGcgtggtttgtgtcggaacttcactggtcgatttatttaaccgttttctgttcagcgccaagattatttttctggtggtaatgctggtactactgc > 1:454069‑M1/1‑156 (MQ=255) ggtttttcgTGAGAGTGAAGCCTGATCAGGGTTAGACGATCAGGCTTTTTTATTGCCATTTAAATGTATTCTGAAAATGGACATGCCATTGTTTTCTCACTGTTGGATAAGAGGCCAGAAGCGTAATATCCGGCCCCAGTGAAACGATAACGcgtggtttgtgtcggaaattcactggtcgatttatttaaacgttttctgttcagcgccaagattatttttctgggggtaatgctgttactactgctgcc > 2:308623‑M1/3‑152 (MQ=255) 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tGTTTTCTCACTGTTGGATAAGAGGCCAGAAGCGTAATATCCGGCCCCAGGGAAAAGATAACGcgtggtttgtgtcggaacttcactggtcgatttatttaaccgttttctgttcagcgccaagattatgtttctggtggtaatgctggtactactgctgccgcatattcacaaagtgaatcttttaaccctgccgttgcaacaggggctggcgctgtctgcaatcccggtgatttttacgtcgtttggt < 1:154031‑M1/250‑188 (MQ=255) gTTGGATAAGAGGCCAGAAGCGTAATATCCGGCCCCAGGGAAACGATAACGcgtggtttgtgtcggaacttcactggtcgatttatttaaccgttttctgttcagcgccaagattatttttctggtggtaatgctggtactactgctgccgcatattcacaaagtgaatcttttaaccctgccgttgcaacaggggctggctctgtctgcaatcccggtgatttttacgtcgtttggttttcacggtagcg > 1:283842‑M1/1‑51 (MQ=255) tGGATAAGAGGCCAGAAGCGTAATATCCGGCCCCAGGGAAACGATAACGcgtggtttgtgtcggaacttcactggtcgatttatttaaccgttttctgttcagcgccaagattatttttctggtggtaatgctggtactactgctgccgcatattcacaaagtgaatcttttaaccctgccgttgcaacaggggctggctctgtctgcaatcccggtgatttttacgtcgtttggttttcacggtagcgt < 1:305542‑M1/250‑202 (MQ=255) 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GTAACAGCCGTCTAAAACTGGCACAACTGACGGCGAAGACGCTGAAGCTGGGTCTGGATACGCTGGGTATTGAGACTGTAGAGCGTATGTAATCGATTTTTCGTGAGAGTGAAGCCTGATCAGGGTTAGCCGATCAGGCTTTTTTATTGCCATCTAAATGTATTCTGAAAATGGACATGCCATTGTTTTCTCACTGTTGGATAAGAGGCCAGAAGCGTAATATCCGGCCCCAGGGAAACGATAACGGTTGAATTTAAGGAATACCGCAGTGTTTAAATTTCTTGTATTAACATTAGGCATTATCTCTTGCCAGGCTTACGCAGAAGATACGGTTATAGTAAACGACCATGACATTTCAGCCATCAAAGATTGTTGGCAAAAAAATTCAGATGATGATACTGACGTTAACGTGATCAAATCATGCCTGCGACAAGAATACAATCTCGTCGATGCGCAATTAAATAAAGCCTATGGTGAAGCTTATCGTTAT > NC_000913/1961704‑1962193 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |