| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,312,219 | A→G | L258P (CTA→CCA) | alsR ← | DNA‑binding transcriptional repressor AlsR |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,312,219 | 0 | A | G | 97.8% | 167.8 / NA | 45 | L258P (CTA→CCA) | alsR | DNA‑binding transcriptional repressor AlsR |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (24/20); minor base T (0/1); total (24/21) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.67e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GGCAGCAAAAGCGCTGGTTGACAACATTAAGCCCACGAGTGTGCCGCTGAAATATTTCAGATATTTATTCATAATAATGTTCTCACGGTAAGGGGACAGGTAACTCCGCGATGGCGGAATTACCTTTTTCTTATTTCAGCGCG‑CCTGGTGAGAAGAAATCAACAATTGCGCCGGTTTTTTGCATATTAATATTAGCTTGTTCAATGTTGAGCTGGGCGACAGAGACAAAAAAAGCGTCCA‑GCAAAGTTAGTT‑GTAATATTCTTGCCGAGGCATTACGACCTAATAACGG‑CGTTTCCGGGGCTGGTGAGCAAATAATATAATCGGCCAGTTTCGCTATCGGTGAATGGTAGCTATGGGTTATACAAATAATCTTTGCCCCGTTCTTTTTTGCCAGTTCTACGGCCGCTTTTACATCACTGGTTCGCCCGGAATGGGTCACTACCAGCACAACATCTCCTTCCTGTAACAACGAAGCGGACATCAT > NC_000913/4311971‑4312454 | ttttatgtggggtccttccctgatattacgggcactatttattcacaactctgccgaaaaacaggctgtcgtcagttttgacgtgaGGTAATGGGACA‑GTAACTCCGCGATGGCGGAATTACCTTTTTCTTATTTCAGCGAG‑CCTGGTGAGAAGAAATCAACCATTGCGCCGGTTTTTTCCATATTAAGATTAGCTTGTTCAATGTTGAGCTGGGCGACAGAGACAAAAAAAGCGTCCA‑GCAAggttggtt > 2:166302‑M2/87‑251 (MQ=255) 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(MQ=255) gACAGAGACAAAAAAAGCGTCCA‑GCAAGGTTGGTT‑GTAATATTCTTGCCGAGGCATTACGACCTAATAACGG‑CGTTTCCGGGGCTGGTGAGCAAATAATATGATCGGCCAGTTTCGCTATCGGTGAATGGTAGCTATGGGTTATACAAATAATCTTTGCCCCGTTCTTTTTTGCCAGTTCTACGGCCGCTTTTACATCACTGGTTCGCCCGGGATGGGTCACTACCAGCACAACATCTCCTTCCTGTaac > 2:64444/1‑250 (MQ=255) aCAAAAAAAGCGTCCA‑GCAAGGTTGGTT‑GTAATATTCTTGCCGAGGCATTACGACCTAATAACGG‑CGTTTCCGGGGCTGGTGAGCAAATAATATGATCGGCCAGTTTCGCTATCGGTGAATGGTAGCTATGGGTTATACAAATAATCTTTGCCCCGTTCTTTTTTGCCAGTTCTACGGCCGCTTTTACATCACTGGTTCGCCCGGAATGGGTCACTACCAGCACAACATCTCCTTCCTGTAACAACGAAGc > 1:53803/1‑251 (MQ=255) aaaaaGCGTCCA‑GCAAGGTTGGTT‑GTAATATTCTTGCCGAGGCATTACGACCTAATAACGG‑CGTTTCCGGGGCTGGTGAGCAAATAATATGATCGGCCAGTTTCGCTATCgg < 1:273923/112‑1 (MQ=255) aaaaaGCGTCCA‑GCAAGGTTGGTT‑GTAATATTCTTGCCGAGGCATTACGACCTAATAACGG‑CGTTTCCGGGGCTGGTGAGCAAATAATATGATCGGCCAGTTTCGCTATCgg > 2:273923/1‑112 (MQ=255) 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GGCAGCAAAAGCGCTGGTTGACAACATTAAGCCCACGAGTGTGCCGCTGAAATATTTCAGATATTTATTCATAATAATGTTCTCACGGTAAGGGGACAGGTAACTCCGCGATGGCGGAATTACCTTTTTCTTATTTCAGCGCG‑CCTGGTGAGAAGAAATCAACAATTGCGCCGGTTTTTTGCATATTAATATTAGCTTGTTCAATGTTGAGCTGGGCGACAGAGACAAAAAAAGCGTCCA‑GCAAAGTTAGTT‑GTAATATTCTTGCCGAGGCATTACGACCTAATAACGG‑CGTTTCCGGGGCTGGTGAGCAAATAATATAATCGGCCAGTTTCGCTATCGGTGAATGGTAGCTATGGGTTATACAAATAATCTTTGCCCCGTTCTTTTTTGCCAGTTCTACGGCCGCTTTTACATCACTGGTTCGCCCGGAATGGGTCACTACCAGCACAACATCTCCTTCCTGTAACAACGAAGCGGACATCAT > NC_000913/4311971‑4312454 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |