| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,312,215 | A→G | T259T (ACT→ACC) | alsR ← | DNA‑binding transcriptional repressor AlsR |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,312,215 | 0 | A | G | 97.8% | 162.9 / ‑4.9 | 45 | T259T (ACT→ACC) | alsR | DNA‑binding transcriptional repressor AlsR |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); new base G (24/20); total (24/21) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.67e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.91e-01 | |||||||||||
CGGCAGCAAAAGCGCTGGTTGACAACATTAAGCCCACGAGTGTGCCGCTGAAATATTTCAGATATTTATTCATAATAATGTTCTCACGGTAAGGGGACAGGTAACTCCGCGATGGCGGAATTACCTTTTTCTTATTTCAGCGCG‑CCTGGTGAGAAGAAATCAACAATTGCGCCGGTTTTTTGCATATTAATATTAGCTTGTTCAATGTTGAGCTGGGCGACAGAGACAAAAAAAGCGTCCA‑GCAAAGTTAGTT‑GTAATATTCTTGCCGAGGCATTACGACCTAATAACGG‑CGTTTCCGGGGCTGGTGAGCAAATAATATAATCGGCCAGTTTCGCTATCGGTGAATGGTAGCTATGGGTTATACAAATAATCTTTGCCCCGTTCTTTTTTGCCAGTTCTACGGCCGCTTTTACATCACTGGTTCGCCCGGAATGGGTCACTACCAGCACAACATCTCCTTCCTGTAACAACGAAGCGGACATCAT > NC_000913/4311970‑4312454 | attttatgtggggtcattccctgatattacgggcactatttattcaaaactctgacgaaaaacaggctgtcgtcagttttgacgtgaGGTAAGGGGACA‑GTAACTCCGCGATGGCGGAATTACCTTTTTCTTATTTCAGCGCG‑CCTGGTGAGAAGAAATCAACAATTGCGCCGGTTTTTTCCATATTAATATTAGCTTGTTCAATGTTGAGCTGGGCGACAGAGACAAAAAAAGCGTCCA‑Gcaaggttggt > 2:537251‑M2/88‑248 (MQ=255) 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(MQ=255) cgaaagagAAAAAAAAAGCGGCCA‑G‑TAAGTTTGTTTGTAATATTCTTGCCGAGGCATTACGACCTACTATCGG‑CGTTGCCGGGGCTGGTGAGCAAATAATATGATCGGCCAGTTTCGCTATCGGTTAATGGTAGCTATGGGTTATACAAATAATCTTTGCCCCGTTCTTTTTTGCCAGTTCTACGGCCGCTGTTACAGCTCTGGTTCGCCCGGAATGGGTCACTCCCAGCACACCATCTCCTTCCTGTaac < 2:573989/247‑1 (MQ=255) gACAGAGACAAAAAAAGCGTCCA‑GCAAGGTTGGTT‑GTAATATTCTTGCCGAGGCATTACGACCTAATAACGG‑CGTTTCCGGGGCTGGTGAGCAAATAATATGATCGGCCAGTTTCGCTATCGGTGAATGGTAGCTATGGGTTATACAAATAATCTTTGCCCCGTTCTTTTTTGCCAGTTCTACGGCCGCTTTTACATCACTGGTTCGCCCGGGATGGGTCACTACCAGCACAACATCTCCTTCCTGTaac > 2:64444/1‑250 (MQ=255) aCAAAAAAAGCGTCCA‑GCAAGGTTGGTT‑GTAATATTCTTGCCGAGGCATTACGACCTAATAACGG‑CGTTTCCGGGGCTGGTGAGCAAATAATATGATCGGCCAGTTTCGCTATCGGTGAATGGTAGCTATGGGTTATACAAATAATCTTTGCCCCGTTCTTTTTTGCCAGTTCTACGGCCGCTTTTACATCACTGGTTCGCCCGGAATGGGTCACTACCAGCACAACATCTCCTTCCTGTAACAACGAAGc > 1:53803/1‑251 (MQ=255) aaaaaGCGTCCA‑GCAAGGTTGGTT‑GTAATATTCTTGCCGAGGCATTACGACCTAATAACGG‑CGTTTCCGGGGCTGGTGAGCAAATAATATGATCGGCCAGTTTCGCTATCgg > 2:273923/1‑112 (MQ=255) 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CGGCAGCAAAAGCGCTGGTTGACAACATTAAGCCCACGAGTGTGCCGCTGAAATATTTCAGATATTTATTCATAATAATGTTCTCACGGTAAGGGGACAGGTAACTCCGCGATGGCGGAATTACCTTTTTCTTATTTCAGCGCG‑CCTGGTGAGAAGAAATCAACAATTGCGCCGGTTTTTTGCATATTAATATTAGCTTGTTCAATGTTGAGCTGGGCGACAGAGACAAAAAAAGCGTCCA‑GCAAAGTTAGTT‑GTAATATTCTTGCCGAGGCATTACGACCTAATAACGG‑CGTTTCCGGGGCTGGTGAGCAAATAATATAATCGGCCAGTTTCGCTATCGGTGAATGGTAGCTATGGGTTATACAAATAATCTTTGCCCCGTTCTTTTTTGCCAGTTCTACGGCCGCTTTTACATCACTGGTTCGCCCGGAATGGGTCACTACCAGCACAACATCTCCTTCCTGTAACAACGAAGCGGACATCAT > NC_000913/4311970‑4312454 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |