| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 803,869 | 0 | G | T | 28.9% | 85.3 / 11.4 | 45 | V123L (GTG→TTG) | ybhJ | putative hydratase YbhJ |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (8/24); new base T (13/0); total (21/24) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.79e-06 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
ACGTCCGGAAATATGGATAAACTTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGTATTGTACAGACCGCTAAAGCGTCCGGTATGGAACGTTTCCCGCTGCCGTATGTGCTGACCAACTGCCATAACTCACTCTGCGCCGTCGGCGGCACTATTAACGGTGATGACCATGTTTTTGGTTTATCGGCGGCCCAGCGTTATGGCGGTATTTTTGTGCCTCCGCATATTGCGGTCATCC‑ATCAATATATGCGTGAGATGATGGCAGGCGGCGG‑CAAAATGATCCTCGGGTCAGACAGCCACACCC‑GTTACGGTGCATTAGGGACAA‑TGGCAGTCGGTGAGGGCGGCGGTGAG‑TTGGTAAAACAGCTGCTTAATGACACCTGGGATATCGACTATCCGGGCGTGGTTGCGGTGCATCTG‑ACCGGAAAACCTGCGCCGTATGTGGGGCCACAGGATGTGGC > NC_000913/803641‑804113 | aCGTCCGGAAATATGGATAAACTTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGTATTGTACAGACCGCTAAAGCGTCCGGTATGGAACGTTTCCCGCTGCCGTATGTGCTGACCAACTGCCATAACTCACTCTGCGCCGTCGGCGGCACTATTAACGGTGATGACCATGTTTTTGGTTTATCGGCGGCCCAGCGTTATGGCGGTATTTTTGTGCCTCCGCATATTGCGGTcat < 1:64762/251‑1 (MQ=255) ggAAATATGGATAAACTTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGTATTGTACAGACCGCTAAAGCGTCCGGTATGGAACGTTTCCCGCTGCCGTATGTGCTGACCAACTGCCATAACTCACTCTGCGCCGTCGGCGGCACTATTAACGGTGATGACCATGTTTTTGGTTTATCGGCGGCCCAGCGTTATGGCGGTATTTTTGTGCCTCCGCATATTGCGGTCATCC‑ATCa < 1:558590/251‑1 (MQ=255) aTAAACTTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGTATTGTACAGACCGCTAAAGCGTCCGGTATGGAACGTTTCCCGCTGCCGTATGTGCTGACCAACTGCCATAACTCACTCTGCGCCGTCGGCGGCACTATTAACGGTGATGACCATGTTTTTGGTTTATCGGCGGCCCAGCGTTATGGCGGTATTTTTGTGCCTCCGCATATTGCGGTCATCC‑ATCAATATATGCGt < 1:253142/251‑1 (MQ=255) aaCTTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGTATTGTACAGACCGCTAAAGCGTCCGGTATGGAACGTTTCCCGCTGCCGTATGTGCTGACCAACTGCCATAACTCACTCTGCGCCGTCGGCGGCACTATTAACGGTGATGACCATGTTTTTGGTTTATCGGCGGCCCAGCGTTATGGCGGTATTTTTGTGCCTCCGCATATTGCGGTCATCC‑ATCAATATATGCGTgag < 1:200254/251‑1 (MQ=255) 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cGGTATGGAACGTTTCCCGCTGCCGTATGTGCTGACCAACTGCCATAACTCACTCTGCGCCGTCGGCGGCACTATTAACGGTGATGACCATGTTTTTGGTTTATCGGCGGCCCAGCGTTATGGCGTTATTTTTGTGCCTCCGCATATTGCGGTCATCC‑ATCAATATATGCGTGAGATGATGGCAGGCGGCGG‑CAAAATGATCCTCGGGTCAGACAGCCACACCC‑GTTACGGTGCATTAGGGACAA‑TGGCAg < 2:146348/251‑1 (MQ=255) ttCCCGCTGCCGTATGTGCTGACCAACTGCCATAACTCACTCTGCGCCGTCGGCGGCACTATTAACGGTGATGACCATGTTTTTGGTTTATCGGCGGCCCAGCGTTATGGCGGTATTTTTGTGCCTCCGCATATTGCGGTCATCC‑ATCAATATATGCGTGAGATGATGGCAGGCGGCGG‑CAAAATGATCCTCGGGTCAGACAGCCACACCC‑GTTACGGTGCATTAGGGACAA‑TGGCAGTCGGTGAGggcg < 1:54351/250‑1 (MQ=255) cGCTGCCGTATGTGCTGACCACCTGCCATAACTCACTCTGCGCCGGCGGCGGCACTATTAACGGTGATGACCATGTTTTTGGTTTATCGGCGGCCCAGCGTTATGGCGGTATTTTTGTGCCTCCGCATATTGCGGTCATCC‑ATCAATATATGCGTGAGATGATGGCAGGCGGCGG‑CAAAATGATCCTCGGGTCAGACAGCCACACCC‑GTTACGGTGCATTAGGGACAA‑TGGCAGTCGGTGAGGGCGGCGGt < 2:450478/251‑1 (MQ=255) gTATGTGCTGACCAACTGCCATAACTCACTCTGCGCCGTCGGCGGCACTATTAACGGTGATGACCATGTTTTTGGTTTATCGGCGGCCCAGCGTTATGGCGGTATTTTTTTGCCTCCGCATATTTCGGGCATCC‑CTCAATATATTCGTGAGATGGTGGCAGGCGGCGG‑CAAAATGATCCTCGGGGCAGACAACCACACCC‑CTTAAGGGGCATTAGGGAACA‑TGGCAGGCGGTGGGGGGGGCGGGGAG‑TTgg > 1:497818/1‑251 (MQ=255) gTATGTGCTGACCAACTGCCATAACTCACTCTGCGCCGTCGGCGGCACTATTAACGGTGATGACCATGTTTTTGGTTTATCGGCGGCCCAGCGTTATGGCGGTATTTTTTTGCCTCCGCATATTGCGGTCATCC‑ATCAATATATTTGGGGGATGATGGGAGGCGGCGG‑CAAAATGATCCTCGGGGCAGACAGCCCCACCC‑GTTACGGTGCATTAGGGACAA‑AGGCAGTCGGGGAgggggggggggaggtgg > 1:554263/1‑237 (MQ=255) atgggCTGCCCAACTGCCATAACTCACTCTGCGCCGTCGGCGGCACTATTAACGGTGATGACCATGTTTTTGGTTTATCGGCGGCCCAGCGTTATGGCGGTATTTTTGTGCCTCCGCATATTGCGGTCATCC‑ATCAATATATGCGTGAGATGATGGCAGGCGGCGG‑CAAAATGATCCTCGGGTCAGACAGCCACACCC‑GTTACGGTGCATTAGGGACAA‑TGGCAGTCGGTGAGGGCGGCGGTGAG‑TTGGt < 2:196286/246‑1 (MQ=255) 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aTTTTTGTGCCTCCGCATATTGCGGTCATCC‑ATCAATATATGCGTGAGATGATGGCAGGCGGCGG‑CAAAATGATCCTCGGGTCAGACAGCCACACCC‑GTTACGGTGCATTAGGGACAA‑TGGCAGTCGGTGCGGGCGGCGGTGAG‑TTGGTAAAACAGCTGCTTAATGACACCTGGGATATCGACTATCCGGGCGTGGTTGCGGTGCATCTG‑ACCGGAAAACCTGCGCCGTATGTGGGGCCACAGGATGTGgc > 1:34631/1‑251 (MQ=255) aTTTTTGTGCCTCCGCATATTGCGGTCATCC‑ATCAATATATGCGTGAGATGATGGCAGGAGGCGG‑CAAAATGATCCTCGGGTCAGACAGCCACACCC‑GTTACGGTGCATTAGGGACAA‑TGGCAGTCGGTGAGGGCGGCGGTGAG‑TTGGTAAAACAGCTGCTTAATGACACCTGGGATATCGACTATCCGGGCGTGGTTGCGGTGCATCTG‑ACCGGAAAACCTGCGCCGTATGTGGGGCCACAGGATGTGgc > 1:446017/1‑251 (MQ=255) | ACGTCCGGAAATATGGATAAACTTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGTATTGTACAGACCGCTAAAGCGTCCGGTATGGAACGTTTCCCGCTGCCGTATGTGCTGACCAACTGCCATAACTCACTCTGCGCCGTCGGCGGCACTATTAACGGTGATGACCATGTTTTTGGTTTATCGGCGGCCCAGCGTTATGGCGGTATTTTTGTGCCTCCGCATATTGCGGTCATCC‑ATCAATATATGCGTGAGATGATGGCAGGCGGCGG‑CAAAATGATCCTCGGGTCAGACAGCCACACCC‑GTTACGGTGCATTAGGGACAA‑TGGCAGTCGGTGAGGGCGGCGGTGAG‑TTGGTAAAACAGCTGCTTAATGACACCTGGGATATCGACTATCCGGGCGTGGTTGCGGTGCATCTG‑ACCGGAAAACCTGCGCCGTATGTGGGGCCACAGGATGTGGC > NC_000913/803641‑804113 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |