Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_000913 | 3,788,025 | 0 | T | G | 32.9% | 129.5 / 12.8 | 81 | G396G (GGT→GGG) | envC | murein hydrolase activator EnvC |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (10/43); new base G (25/1); total (37/44) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.57e-11 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
AGGGTGAATTACGCTGGAAAGGTATGGTTATCGGTGCTTCTGAAGGTACTGAAGTTAAAGCGATTGCCGACGGTCGGGTGATTCTGGCTGACTGGCTGCAAGGCTACGGTCTGGTGGTGGTGGTTGAGCATGGTAAAGGCGACATGAGTCTTTACGGCTATAATCAGAGCGCACTGGTGAGCGTTGGTTCGCAGGTTCGCGCGGGCCAGCCGATTGCACTGGTGGGCAGCAGTGGCGGT‑CAGGGTCGGCCTTCACTCTATTTCGAAATTCGCCGCCAGGGTCAGGCGGTCAATCCAC‑AGCCG‑TGGTTGGGAAGATAAG‑TTTTGTTTCCATTTCGTCGTAACGTTCTTGCATTTGCCGCTCTGTTGGCGCTCTCCTCCCCCGTACTTGCTGGCAAACTTGCCATCGTCATTGATGATTTTGGGTATCGCCCGCACAACGAAAACCAGGTGCTGGCGATGCCTTCCGCTATCTCCGTCGCTGTATTACCCGATTCA > NC_000913/3787781‑3788274 | aGGGTGAATTACGCTGGAAAGGTATGGTTATCGGTGCTTCTGAAGGTACTGAAGTTAAAGCGATTGCCGACGGTCGGGTGATTCTGGCTGACTGGCTGCAAGGCTACGGTCTGGTGGTGGTGGTTGAGCATGGTAAAGGCGACATGAGTCTTTACGGCTATAATCAGAGCGCACTGGTGAGCGTTGGTTCGCAGGTTCGCGCGGGCCAGCCGATTGCACTGGTGGGCAGCAGTGGCGGT‑CAGGGTCGGCCt < 2:73404/251‑1 (MQ=255) 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aTCGGTGCTTCTGAAGGTACTGAAGTTAAAGCGATTGCCGACGGTCGGGTGATTCTGGCTGACTGGCTGCAAGGCTACGGTCTGGTGGTGGTGGTTGAGCATGGTAAAGGCGACATGAGTCTTTACGGCTATAATCAGAGCGCACTGGTGAGCGTTGGTTCGCAGGTTCGCGCGGGCCAGCCGATTGCACTGGTGGGCAGCAGTGGCGGT‑CCGGGTCGGCCTTCACTCTATTTCGTAATTCGCCGCCAggg > 1:114458/1‑251 (MQ=255) cGGTGCTTCTGAAGGTACTGAAGTTAAAGCGATTGCCGACGGTCGGGTGATTCTGGCTGACTGGCTGCAAGGCTACGGTCTGGTGGTGGTGGTTGAGCATGGTAAAGGCGACATGAGTCTTTACGGCTATAATCAGAGCGCACTGGTGAGCGTTGGTTCGCAGGTTCGCGCGGGCCAGCCGATTGCACTGGTGGGCAGCAGTGGCGGT‑CAGGGGCGGCCTTCCCTCTATTTCGAAATTCGCCGCCAggggg > 1:26092/1‑249 (MQ=255) gCTTCTGAAGGTACTGAAGTTAAAGCGATTGCCGACGGTCGGGTGATTCTGGCTGACTGGCTGCAAGGCTACGGTCTGGTGGTGGTGGTTGAGCATGGTAAAGGCGACATGAGTCTTTACGGCTATAATCAGAGCGCACTGGTGAGCGTTGGTTCGCAGGTTCGCGCGGGCCAGCCGATTGCACTGGTGGGCAGCAGTGGCGGT‑CAGGGTCGGCCTTCACTCTATTTCGAAATTCGCCGCCAGGGTCAGGc < 2:226716/251‑1 (MQ=255) 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cgcACTGGTGAGCGTTGGTTCGCAGGTTCGCGCGGGCCAGCCGATTGCACTGGTGGGCAGCAGTGGCGGT‑CAGGGGCGGCCTTCACTCTATTTCGAAATTCGCCGCCAGGGGCAGGCGGTCAATCCAC‑AGCCG‑TGGTTGGGGAGATAAG‑TTTTGTTTCCATTTCGTCGTAACGTTCTTGCATTTGCCGCCCTGTTGGCGCTCTCCTCCCCCGTACTTTCTGGCCAACTTGCCATCGTCATTGATGATTTTg > 1:244618/1‑251 (MQ=255) gcACTGGTGAGCGTTGGTTCGCAGGTTCGCGCGGGCCAGCCGATTGCACTGGTGGGCAGCAGTGGCGGT‑CAGGGTCGGCCTTCACTCTATTTCGAAATTCGCCGCCAGGGGCAGGCGGTCAATCCCC‑AGCCG‑TGGTTGGGGAGATAAG‑TTTTGTTTCCATTTCGTCGTAAAGGTCTTGGCTTTGCCGCTCTGTTGGCGCTCTCCTCCCCCGTACTTGCTCGCAAACTTGCCATCGTCATTGATGATTTTgg > 1:340380/1‑251 (MQ=255) aGCGTTGGTTCGCAGGTTCGAGCGGGCCAGCCGATTGCACTGGTGGGCAGCAGTGGCGGTTGAGGG‑CGGCCTTCCCTCTATTTTGGCATTCGCCCCCCGGGGCAGGCGGTGAATCCAC‑ATCCG‑GGGGTGGGGAGGTAAA‑GTTTGTTTTCCTTTTGTCTTAACGTTCTGGCATTTGCCGCCCTGGTGGGGCCCTCCTCCCCCGTAACTGCTGGGAAAATTTCCACCGTAAATGATGCTTTTGGGGTTCGccc > 2:247609/1‑251 (MQ=255) 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AGGGTGAATTACGCTGGAAAGGTATGGTTATCGGTGCTTCTGAAGGTACTGAAGTTAAAGCGATTGCCGACGGTCGGGTGATTCTGGCTGACTGGCTGCAAGGCTACGGTCTGGTGGTGGTGGTTGAGCATGGTAAAGGCGACATGAGTCTTTACGGCTATAATCAGAGCGCACTGGTGAGCGTTGGTTCGCAGGTTCGCGCGGGCCAGCCGATTGCACTGGTGGGCAGCAGTGGCGGT‑CAGGGTCGGCCTTCACTCTATTTCGAAATTCGCCGCCAGGGTCAGGCGGTCAATCCAC‑AGCCG‑TGGTTGGGAAGATAAG‑TTTTGTTTCCATTTCGTCGTAACGTTCTTGCATTTGCCGCTCTGTTGGCGCTCTCCTCCCCCGTACTTGCTGGCAAACTTGCCATCGTCATTGATGATTTTGGGTATCGCCCGCACAACGAAAACCAGGTGCTGGCGATGCCTTCCGCTATCTCCGTCGCTGTATTACCCGATTCA > NC_000913/3787781‑3788274 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |