Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 3,270,455 | 0 | G | T | 28.6% | 43.8 / 10.4 | 35 | noncoding (138/377 nt) | rnpB | RNase P catalytic RNA component |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (7/18); new base T (10/0); total (17/18) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.06e-04 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.77e-01 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
TACGTAAATCAGGTGAAACTGACCGATAAGCCGGGTTCTGTCGTGGACAGTCATTCATCTAGGCCAGCAATCGCTCACTGGCTCAAGCAGCCTACCCGGGTTCAGTACGGGCCGTACCTTATGAACCCCTATTTGGCCTTGCTCCGGGTGGAGTTTACCGTGCCACGGACTGTTACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCT‑GTTGCACTGGTCG‑TGGG‑TTTCCCCCCCAGGCG‑TTACCTGGCACCCTGCCCTATGGAGCCCGGACTTTCCTCCCCTCCGCCCGTCTCCCCCGAAGAGGACGACGACGAAGCGGCGACTGTCTGGTCA‑GCTTCGGCGCGCAGTATAGAGGGTTTGCGCGCCCTTGTCACCCCGCGTTGCGCATTCCAATCGCCAGTGTCGCGGCGATATTACGTGAAGCACGGCAGATATTGTCAT > NC_000913/3270206‑3270695 | tACGTAAATCTGGTGAAACTGACCGATAAGCCGGGTTCTGTCGTGGACAGTCATTCATCTAGGCCAGCAATCGCTCACTGGCTCAAGCAGCCTTCCCGGGTTCAGTACGGGCCGTACCTTATGAACCCCTATTTGGCCTTGCGCCGGGTGGAGTTTACCGTGCCACGGACTGTTACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTGGCGCGGGCCATCGGCGGTTTg < 2:440132/250‑1 (MQ=255) gTAAATCAGGTGAAACTGACCGATAAGCCGGGTTCTGTCGTGGACAGTCATTCATCTAGGCCAGCAATCGCTCACTGGCTCAAGCAGCCTACCCGGGTTCAGTACGGGCCGTACCTTATGAACCCCTATTTGGCCTTGCTCCGGGTGGAGTTTACCGTGCCACGGACTGTTACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGGTTTctct > 2:321343/1‑251 (MQ=255) aaaCTGACCGATAAGCCGGGTTCTGTCGTGGACAGTCATTCATCTAGGCCAGCAATCGCTCACTGGCTCAAGCAGCCTACCCGGGTTCAGTACGGGCCGTACCTTATGAACCCCTATTTGGCCTTGCTCCGGGTGGAGTTTACCGTGCCACGGACTGTTACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTTCTCTCT‑CTTGCACTgg > 1:262378/1‑251 (MQ=255) aaCTGACCGATAAGCCGGGTTCTGTCGTGGACAGTCATTCATCTAGGCCAGCAATCGCTCACTGGCTCAAGCAGCCTACCCGGGTTCAGTACGGGCCGTACCTTATGAACCCCTATTTGGCCTTGCTCCGGGTGGAGTTTACCGTGCCACGGACTGTTACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTTCTCTCT‑GTTGCACTggg > 1:482006/1‑250 (MQ=255) aCTGACCGATAAGCCGGGTTCTGTCGTGGACAGTCATTCATCTAGGCCAGCAATCGCTCACTGGCTCAAGCAGCCTACCCGGGTTCAGTACGGGCCGTACCTTATGAACCCCTATTTGGCCTTGCTCCGGGTGGAGTTTACCGTGCCACGGACTGTTACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTTTCT‑GTTGGACTGGTc > 1:502435/1‑251 (MQ=255) tAAGCCGGGTTCTGTCGTGGACAGTCATTCATCTAGGCCAGCAATCGCTCACTGGCTCAAGCAGCCTACCCGGGTTCAGTACGGGCCGTACCTTATGAACCCCTATTTGGCCTTGCTCCGGGTGGAGTTTACCGTGCCACGGACTGTTACCAGCCGAGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTATCT‑GTTGCCCTGGTCG‑Tggggttt > 1:142007/1‑247 (MQ=255) cTAGGCCAGCAATCGCTCACTGGCTCAAGCAGCCTACCCGGGTTCAGTACGGGCCGTACCTTATGAACCCCTATTTGGCCTTGCTCCGGGTGGAGTTTACCGTGCCACGGACTGTTACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGGTTTCTCTCT‑GCTGCACTGGTCG‑TGGG‑GTTTCCCCCCAGGCG‑TTTCCATGCACCCAGccccct > 1:130912/1‑248 (MQ=255) 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ccTTATGAACCCCTATTTGGCCTTGCTCCGGGTGGAGTTTACCGTTCCACGGACTGTTACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTTCTCTCT‑GTTGTACTGGTTG‑TGGGGTTTCCCCCCC‑GGCG‑TTAACTGTCACACCGCCCTCTTGAGCCCGGGCTTTCCTCCCCCCCCCCCGTCTcccccccataggagcacagcgcag > 1:568340/1‑230 (MQ=255) aTGAACCCCTATTTGGCCTTGCACCGGGTGGAGTTTACCGTGCCACGGACTGTTACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTAATCACGCTTGCGCGGGCCACCGGCGGTCTTCTCTTT‑GTTTCACTGCCCG‑TGGG‑GTTCCCCCCCCGGCC‑GTACCTGGCCCCCACCCCTAGGGAGTCCGGACCTTCCCCCCCTTCGCCCTCCTccccccacgcggaacaccacagcgccctcc > 2:365467/1‑226 (MQ=255) ccTTGCTCCGGGTGGAGTTTACCGTGCCACGGACTGTTACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTTCTCTCT‑GTTTCACCTGTCG‑GGGG‑GTTCCCCCCCCGGGG‑GTACCTGGCCCCCCGCCCCATTGCGCCCGGCCTTTTCTCCCCTCCCCCCGTCTCCCCCCAAGAGGACGAACACGAAgcggcgcccggctcgtgcgcctt > 1:490056/1‑234 (MQ=255) ccGTGCCACGGACTGTTACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCT‑GTTGCACTGGTCG‑TGGG‑TTTCCCCCCCAGGCG‑TTACCTGGCACCCTGCCCTATGGAGCCCGGACTTTCCTCCCCTCCGCCCGTCTCCCCCGAAGAGGACGACGACGAAGCGGCGACTGTCTGGTCA‑GCTTCGGCGCGCAGTATAGAGGGttt < 2:246127/251‑1 (MQ=255) gggccccGGACTGTTACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCCCCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCT‑GTTGCACTGGTCG‑TGGG‑TTTCCCCCCCAGGCG‑TTACCTGGCACCCTGCCCTATGGAGCCCGGACTTTCCTCCCCTCCGCCCGTCTCCCCCGAAGAGGACGACGACGAAGCGGCGACTGTCTGGTCA‑GCTTCGGCGCGCAGTATAGAGGGTTTgc < 2:482006/245‑1 (MQ=255) gTGCCACGGACTGTTACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCT‑TTTTCAATGGTCG‑TGGG‑GTTCCCCCCCCCGCG‑TTGACTCGCACCCTGCCCTATGGAGCCCGGGCTTTCCTCCCCCCCCCCCCCCTCCCCCCCAGGGGAAGACGACGAAGCGGGGACCGTCTGGGCA‑GCTTCGCGGCGCGGTATAGAggggtttg > 1:352083/1‑246 (MQ=255) 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cccGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCT‑GTTGCACTGGTCG‑TGGG‑TTTCCCCCCCAGGCG‑TTACCTGGCACCCTGCCCTATGGAGCCCGGACTTTCCTCCCCTCCGCCCGTCTCCCCCGAAGAGGACGACGACGAAGCGGCGACTGTCTGGTCA‑GCTTCGGCGCGCAGTATAGAGGGTTTGCGCGCCCTTGTCACCCCGCGTTGCGCATTCCAATCGCCAGTGTCGCGGCGATATTACGTGAAGc < 1:420603/251‑1 (MQ=255) cggcggTTTGCTCTCT‑GTTGCACTGGTCG‑TGGG‑TTTCCCCCCCAGGCG‑TTACCTGGCACCCTGCCCTATGGAGCCCGGACTTTCCTCCCCTCCGCCCGTCTCCCCCGAAGAGGACGACGACGAAGCGGCGACTGTCTGGTCA‑GCTGCGGCGCGCAGTATAGAGGGTTTGCGCGCCCTTGTCACCCCGCGTTGCGCATTCCAATCGCCAGTGTCGCGGCGATATTACGTGAAGCACGGCAGATATTGTCAt < 2:575034/250‑1 (MQ=255) | TACGTAAATCAGGTGAAACTGACCGATAAGCCGGGTTCTGTCGTGGACAGTCATTCATCTAGGCCAGCAATCGCTCACTGGCTCAAGCAGCCTACCCGGGTTCAGTACGGGCCGTACCTTATGAACCCCTATTTGGCCTTGCTCCGGGTGGAGTTTACCGTGCCACGGACTGTTACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCT‑GTTGCACTGGTCG‑TGGG‑TTTCCCCCCCAGGCG‑TTACCTGGCACCCTGCCCTATGGAGCCCGGACTTTCCTCCCCTCCGCCCGTCTCCCCCGAAGAGGACGACGACGAAGCGGCGACTGTCTGGTCA‑GCTTCGGCGCGCAGTATAGAGGGTTTGCGCGCCCTTGTCACCCCGCGTTGCGCATTCCAATCGCCAGTGTCGCGGCGATATTACGTGAAGCACGGCAGATATTGTCAT > NC_000913/3270206‑3270695 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |