| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,745,089 | 0 | A | C | 34.7% | 138.7 / 18.3 | 77 | V84G (GTG→GGG) | trmD | tRNA m(1)G37 methyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (33/16); new base C (1/25); total (34/43) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.65e-08 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
GCCGAGGCTTCATGTCCCAGTACTCCCGGAATAAACCGGGAAACGGAGTCAATCAGCGTCATTGCTGGTAACTCACCACCACTGAGAACGTAATCGCCGATTGACCATTCTTCGTCAATTTCGGTTTGGATCACGCGCTCATCTATACCTTCGTAGCGACCGCACACCAGAATCAATTTTTGATTCGTTGCCAGTTCGCTGACGCCCGCTTGATCAAGCTTGCGTCCCTGTGG‑TGACAGATAAATCACC‑TTTGCGCCTTCACCCGCCGCGGCTTTTGCTGCATGAATGGCGTCCCGCAAGGGTTGCACCATCATTAACATCCCCGGTCCGCCGCCGTAAGGACGATCGTCCACGGTACGGTGCCGGTCATGCGTGAAGTCGCGAGGACTCCAGCTCTGGATGCTCAGCAGGCCATTTTTAACTGCCCGGCCAGTTACCCCGTAATCGGTAATTGCGCGGAACATTTCAGGAAACAGGCTAATTATGCCAATCCAC > NC_000913/2744843‑2745337 | gCCGAGGCTTCATGTCCCAGTACTCCCGGAATAAACCGGGAAACGGAGTCAATCAGCGTCATTGCTGGTAACTCACCACCACTGAGAACGTAATCGCCGATTGACCATTCTTCGTCAATTTCGGTTTGGATCACGCGCTCATCTATACCTTCGTAGCGACCGCACACCAGAGTCAATTTTTGATTCGTTGCCAGTTCGCTGACGCCCGCTTGATCAAGCTTGCGTCCCTGTGG‑TGACAGATAAATCACC‑t < 2:556299/250‑1 (MQ=255)gCCGAGGCTTCATGTCCCAGTACTCCCGGAATAAACCGGGAAACGGAGTCAATCAGCGTCATTGCTGGTAACTCACCACCACTGAGAACGTAATCGCCGATTGACCATTCTTCGTCAATTTCGGTTTGGATCACGCGCTCATCTATACCTTCGTAGCGACCGCACACCAGAATCAATTTTTGATTCGTTGCCAGTTCGCTGACGCCCGCTTGATCAAGCTTGCGTCCCTGTGG‑TGACAGATAAATCACC‑tt < 2:151762/251‑1 (MQ=255) ccGAGGCTTCATGTCCCAGTACTCCCGGAATAAACCGGGAAACGGAGTCAATCAGCGTCATTGCTGGTAACTCACCACCACTGAGAACGTAATCGCCGATTGACCATTCTTCGTCAATTTCGGTTTGGATCACGCGCTCATCTATACCTTCGTAGCGACCGCACACCAGAATCAATTTTTGATTCGTTGCCAGTTCGCTGACGCCCGCTTGATCAAGCTTGCGTCCCTGTGG‑TGACAGATAAATCACC‑ttt < 1:17984/251‑1 (MQ=255) ccGAGGCATCATGTCCCAGTACTCCCGGAATAAACCGGGAAACGGAGTCAATCAGCGTCATTGCTGGTAACTCACCACCACTGAGAACGTAATCGCCGATTGACCATTCTTCGTCAATTTCGGTTTGGATCACGCGCTCATCTATACCTTCGTAGCGACCGCACACCAGAATCAATTTTTGATTCGTTGCCAGTTCGCTGACGCCCGCTTGATCAAGCTTGCGTCCCTGTGG‑TGACAGATAAATCACC‑ttt < 1:43251/251‑1 (MQ=255) cGAGGCTTCATGTCCCAGTACTCCCGGAATAAACCGGGAAACGGAGTCAATCAGCGTCATTGCTGGTAACTCACCACCACTGAGAACGTAATCGCCGATTGACCATTCTTCGTCAATTTCGGTTTGGATCACGCGCTCATCTATACCTTCGTAGCGACCGCACACCAGAATCAATTTTTGATTCGTTGCCAGTTCGCTGACGCCCGCTTGATCAAGCTTGCGTCCCTGTGG‑TGACAGATAAATCACC‑TTTg < 2:227402/251‑1 (MQ=255) agtcTTCATGTCCCCGTACTCCCGGAATAAACCGGGATACGGAGTCAATCAGCGTCATTGCTGGTAACTAACCACCACTGAGAACGTAATCGCCGATTGACCATTCTTCGTCAATTTCGGTTTGGATCACGCGCTCATCTATACCTTCGTAGCGCCCGCACACCAGAATCAATTTTTGATTCGTTGCCAGTTCGCTGCCGCCCGCTTGATCCAGCGTGCGTCCCTGTGC‑GGACAGATAAATCACC‑TTTgcg > 2:357039/4‑251 (MQ=255) gCTTCATGTCCCAGTACTCCCGGAATAAACTGGGAAACGGAGTCAATCAGCGTCATTGCTGCTAACTCACCACCACTGAGAACGTAATCGCCGAATGACCATTATTCGTCAATTTCGGATTGGATCACGCGCTCATCTATACCTTCGTAGCCACCGCACACCAGAATCAATTTTTGATTCGTTGCCAGTTAGCGGACGCCCGCTTGATCAAGCTTGCGTCCCTGTGG‑AGACAGATAAATCCCC‑TTTGCGcc > 2:458326/1‑251 (MQ=255) 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cGCTTGATCAGCCTTGCTTCCCTGGGT‑TGACAGATAAATCCCC‑TTGGCCCCTCCCCCCGCCGCGGCTTTTGCTGCATGAATGGCGTCCCGCAAGGGTTGCACCATCATTAACATCCCCGGTCCGCCGCCGTAAGGACGATCGTCCACGGTACGGTGCCGGTCATGCGTGAAGTCGCGAGGACTCCAGCTCTGGATGCTCAGCAGGCCATTTTTAACTGCCCGGCCAGTTACCCCGTAATCGGTAATTgcgc < 1:328029/251‑1 (MQ=255) aTCAAGCTTGCGTCCCTGTGG‑TGACAGATAAATCACC‑TTTGCGCCTTCACCCGCCGCGGCTTTTGCTGCATGAATGGCGTCCCGCAAGGGTTGCACCATCATTAACATCCCCGGTCCGCCGCCGTAAGGACGATCGTCCACGGTACGGTGCCGGTCATGCGTGAAGTCGCGAGGACTCCAGCTCTGGATGCTCAGCAGGCCATTTTTAACTGCCCGGCCAGTTACCCCGTAATCGGTAATTGCGCGGAAc > 1:542693/1‑250 (MQ=255) aTCAAGCTTGCGTCCCTGTGG‑TGACAGATAAATCACC‑TTTGCGCCTTCACCCGCCGCGGCTTTTGCTGCATGAATGGCGTCCCGCAAGGGTTGCACCATCATTAACATCCCCGGTCCGCCGCCGTAAGGACGATCGTCCACGGTACGGTGCCGGTCATGCGTGAAGTCGCGAGGACTCCAGCTCTGGATGCTCAGCAGGCCATTTTTAACTGCCCGGCCAGTTACCCCGTAATCGGTAATTGCGCGGAAc > 2:406094/1‑250 (MQ=255) 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cACC‑TTTGCGCCTTCACCCGCCGCGGCTTTTGCTGCATGAATGGCGTCCCGCAAGGGTTGCACCATCATTAACATCCCCGGTCCGCCGCCGTAAGGACGATCGTCCACGGTACGGTGCCGGTCATGCGTGAAGTCGCGAGGACTCCAGCTCTGGATGCTCAGCAGGCCATTTTTAACTGCCCGGCCAGTTACCCCGTAATCGGTAATTGCGCGGAACATTTCAGGAAACAGGCTAATTATGCCAATCcac > 1:98272/1‑250 (MQ=255) | GCCGAGGCTTCATGTCCCAGTACTCCCGGAATAAACCGGGAAACGGAGTCAATCAGCGTCATTGCTGGTAACTCACCACCACTGAGAACGTAATCGCCGATTGACCATTCTTCGTCAATTTCGGTTTGGATCACGCGCTCATCTATACCTTCGTAGCGACCGCACACCAGAATCAATTTTTGATTCGTTGCCAGTTCGCTGACGCCCGCTTGATCAAGCTTGCGTCCCTGTGG‑TGACAGATAAATCACC‑TTTGCGCCTTCACCCGCCGCGGCTTTTGCTGCATGAATGGCGTCCCGCAAGGGTTGCACCATCATTAACATCCCCGGTCCGCCGCCGTAAGGACGATCGTCCACGGTACGGTGCCGGTCATGCGTGAAGTCGCGAGGACTCCAGCTCTGGATGCTCAGCAGGCCATTTTTAACTGCCCGGCCAGTTACCCCGTAATCGGTAATTGCGCGGAACATTTCAGGAAACAGGCTAATTATGCCAATCCAC > NC_000913/2744843‑2745337 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |