| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 1,961,950 | Δ28,129 bp | yecT–[tyrP] | 33 genes yecT, flhE, flhA, flhB, cheZ, cheY, cheB, cheR, tap, tar, cheW, cheA, cheA, motB, motA, motR, flhC, flhD, insB5, insA5, uspC, otsA, otsB, araH, araG, araF, ftnB, yecJ, azuC, yecR, ftnA, yecH, [tyrP] |
|
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 1961950 | 1990078 | 28129 | 63 [0] | [1] 63 | yecT–[tyrP] | yecT,flhE,flhA,flhB,cheZ,cheY,cheB,cheR,tap,tar,cheW,cheA,cheA,motB,motA,motR,flhC,flhD,insB5,insA5,uspC,otsA,otsB,araH,araG,araF,ftnB,yecJ,azuC,yecR,ftnA,yecH,[tyrP] |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 1961949 | 0 (0.000) | 62 (0.910) | 56/490 | 0.1 | 100% | intergenic (‑68/‑23) | yecV/yecT | protein YecV/protein YecT |
| ? | NC_000913 | 1990079 = | 0 (0.000) | coding (399/1212 nt) | tyrP | tyrosine:H(+) symporter | |||||
CGGCGCTATTACTGCTGGAGGTGTACCAGCATGTTCCGGCAGATACCGGTCTGGGCACGCTGGCAAAACGCTATCTGGGACGCTACGGTCAATGGCTGACGGGCTTCAGTATGATGTTCTTAATGTATGCTCTGACTGCGGCATACATCAGCGGTGCCGGTGAATTGTTGGCCTCCAGCATCAGCGACTGGACAGGTATTTCTATGTCGGCAACCGCTGGCGTGCTGTTGTTCACTTTTGTTGCCGGTGGCGTGGTTTGTGTCGGAACTTCACTGGTCGATTTATTTAACCGTTTTCTGTTCAGCGCCAAGATTATTTTTCTGGTGGTAATGCTGGTACTACTGCTGCCGCATATTCACAAAGTGAATCTTTTAACCCTGCCGTTGCAACAGGGGCTGGCTCTGTCTGCAATCCCGGTGATTTTTACGTCGTTTGGTTTTCACGGTAGCGTGCCGAGTATTGTCAGCTATATGGATGGCAACATTCGTAAGCTACGCTGG > NC_000913/1989829‑1990328 | gtgcgtaacagccgtctaaaactggcacaactgacggcgaagacgctgaagctgggtctggatacgctgggtattgagactgtagagcgtatgtaatcgatttttcgtgagagtgaagcctgatcagggttagccgatcaggcttttttattgccatctaaatgtattctgaaaatggacatgccattgttttctcactgttggataagaggccagaagcgtaatatccggccccagggaaacgataacgc > 2:583687‑M2/251‑251 (MQ=255) gcggtctaaaactgccacaactgacggcgaagacgctgaagctgggtctggatacgctgggtattgagactgtagagcgtatgtaatcgatttttcgtgagagtgaagcctggtcagggttagccgatcaggcttttttattgccatctaaatgtattcgaaaaatggacatgccattgttttctcactgttggataagaggccagaagcgtaatatccggccccagggaaacgataacgCGTGGTTtgtg < 2:68254‑M2/11‑1 (MQ=255) cgtctaaaactggcacaactggcggcgaagacgctgaagctgggtctggatacgctgggtattgagcctgtagagcgtatgtaatcgatttttcgtgagagttaagcctgttcagggttagccgatcaggcttttttattgccatctaaatgtattctgaaaagggacatgccattgttttctcactgttggataagaggccagaagcgtaatatccggccccagggaaacgataacgCGTGGTTTGTGTc < 2:431534‑M2/13‑1 (MQ=255) cgtctaaaactggcaaaactgacggcgaagacgctgaagctgggtcaggatacgctgggtattgagactgtagagcgtatgtaatcgatttttcgtgagagtgaagcctgatcagggttagccgatcaggcttttttattgccatctaaatgtatgctgaaaatggacatgccattgttttctcactgttggataagaggccagaagcgtaatatccggccccagggaaacgataacgCGTGGTTTGTGTc < 2:527852‑M2/13‑1 (MQ=255) 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taatatacggcaccagggaaacgctaacgCGTGGTTTGTGTCGGAACTTCACTGATCGATTTATTTAACCGTTTTCTGTTCAGCGCCAAGATTATTTTTCTGGTGGTAATGCTGGTACTACTGCTGCCGCATATTCACAACGTGAATCTTTTAACCCTGCCGTTGCAACAGGGGCTGGCTCTGTCTGCCATCCCGGTGATTTTTACGTCGTTTGGTTTTCACGGTAGCGTGCCAATTATTGTCAGCTatat > 2:423672‑M2/30‑251 (MQ=255) aatatccggccccagggaaacgataacgCGTGGTTTGTGTCGGAACTTCACTGGTCGATTTATTTAACCGTTTTCTGTTCAGCGCCAAGATTATTTTTCTGGTGGTAATGCTGGTACTACTGCTGCCGCATATTCACAAAGTGAATCTTTTAACCCTGCCGTTGCAACAGGGGCTGGCTCTGTCTGCAATCCCGGTGATTTTTACGTCGTTTGGTTTTCACGGTAGCGTGCCGAGTATTGTCAGCTATatg > 1:427495‑M2/29‑251 (MQ=255) atatccggccccagggaaactataacgCGTGGTTTGTGTCGGAACTTCACTGGTCGATTTATTTAACCGTTTTCTGTTCATCGCCAAGATTAGTTTGCTGGTGGTAATGCTGGTACTACTGGTGCCGCATATGCACAAAGTGAATCTTTTAACCCTGCCGTTGCAACAGGGTCTGGCTCTGTCTGCAATCCCGGTGATTTTTACGTCGTTTGGTTTTCACGGTAGCGTGCCGAGTATTGTCAGCGATatgg < 1:209307‑M2/224‑1 (MQ=255) 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aacgataacgCGTGGTTTGTGTCGGAACTTCACTGGTCGATTTATTTAACCGTTTTCTGTTCAGCGCCAAGATTATTTTTCTGGTGGTAATGCTGGTACTACTGCTGCCGCATATTCACAAAGTGAATCTTTTAACCCTGCCGTTGCAACAGGGGCTGGCTCTGTCTGCAATCCCGGTGATTTTTACGTCGTTTGGTTTTCACGGTAGCGTGCCGAGTATTGTCAGCTATATGGATGGCAACATTCGTAAg < 1:504272‑M2/241‑1 (MQ=255) gataacgCGTGGTTTGTGTCGGAACTTCACTGGTCGATTTATTTAACCGTTTTCTGTTCAGCGCCAAGATTATTTTTCTGGTGGTAATGCTGGTACTACTGCTGCCGCATATTCACAAAGTGAATCTTTTAACCCTGCCGTTGCAACAGGGGCTGGCTCTGTCTGCAATCCCGGTGATTTTTACGTCGTTTGGTTTTCACGGTAGCGTGCCGAGTATTGTCAGCTATATGGATGGCAACATTCGTAAGCt > 2:354056‑M2/8‑250 (MQ=255) gCGTGGTCTGTGTCGGAACTTCACTGGTCGATTTATTTAACCGTTTTCTGTTCAGCGCCAAGATTATTTTTCTGGTGGTAATGCTGGTACTACTGCTGCCGCATATTCACAAAGGGAATCTTTTAACCCTGCCGTTGCAACAGGGGCTGGCTCTGTCTGCAATCCCGGTGATTTTTACGTCGTTTGGTTTTCACGGTAGCGTGCCGAGTATTGTCGGCGATATGGATGGCAACATTAGTAAGCTACGCTgg > 2:202089/1‑251 (MQ=255) | CGGCGCTATTACTGCTGGAGGTGTACCAGCATGTTCCGGCAGATACCGGTCTGGGCACGCTGGCAAAACGCTATCTGGGACGCTACGGTCAATGGCTGACGGGCTTCAGTATGATGTTCTTAATGTATGCTCTGACTGCGGCATACATCAGCGGTGCCGGTGAATTGTTGGCCTCCAGCATCAGCGACTGGACAGGTATTTCTATGTCGGCAACCGCTGGCGTGCTGTTGTTCACTTTTGTTGCCGGTGGCGTGGTTTGTGTCGGAACTTCACTGGTCGATTTATTTAACCGTTTTCTGTTCAGCGCCAAGATTATTTTTCTGGTGGTAATGCTGGTACTACTGCTGCCGCATATTCACAAAGTGAATCTTTTAACCCTGCCGTTGCAACAGGGGCTGGCTCTGTCTGCAATCCCGGTGATTTTTACGTCGTTTGGTTTTCACGGTAGCGTGCCGAGTATTGTCAGCTATATGGATGGCAACATTCGTAAGCTACGCTGG > NC_000913/1989829‑1990328 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |