| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 3,110,591 | Δ24,234 bp | [yghD]–yghT | 20 genes [yghD], yghE, yqhJ, yghF, yghG, pppA, yghJ, glcA, glcB, glcG, glcF, glcE, glcD, glcC, yghO, insH9, yghQ, yghR, yghS, yghT |
|
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 3110591 | 3134824 | 24234 | 39 [0] | [1] 40 | [yghD]–yghT | [yghD],yghE,yqhJ,yghF,yghG,pppA,yghJ,glcA,glcB,glcG,glcF,glcE,glcD,glcC,yghO,insH9,yghQ,yghR,yghS,yghT |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 3110590 | 0 (0.000) | 38 (0.560) | 36/490 | 0.7 | 100% | coding (537/537 nt) | yghD | putative type II secretion system M‑type protein YghD |
| ? | NC_000913 | 3134825 = | 0 (0.000) | intergenic (+2/+47) | yghT/pitB | putative ATP‑binding protein YghT/metal phosphate:H(+) symporter PitB | |||||
GCGAATCAGGTTTAATGCGCCCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTCGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGATCTGACAATAACCTTCACGAAAAAAATTAGCTTATAAAGTCTGGGGGAATTACTCTCGCCACGTTAACGAGAGTAATTTTATTGATATTAATCTCCTGATACTTTACCCCCGTCCAAACTCCAGCCGCTGCACATTCACCATCCCAGGCTTCTCAGCAGCACTGACATCAATTTGTGTCACCCGCAGCGCATATTTTTCATCCAGTGCGTTTAACCATTTCAGCAGGTCATTAAACACCACAGGTTCTATCCAGACCTGAATATTCTCCCCACGATCGGCTATCCGCCTGATGACCACCGAGTGCGCGGAAGCACTGTCACTGATGACCCGCGATACCTGCGCAGGCGTTGT > NC_000913/3110340‑3110838 | gCGAATCAGGTTTAATGCGCCCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTCGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGATCTGACAATAACCTTCACGAAAAAAATTAGCTTATAAAGTCTGGGGGAATTACTCTCGCCACGTTAACGAGAGACATTTTATGGATCTTAATCTCCTGATACtt > 2:411374/1‑251 (MQ=255) aaTCAGGTTTAATGCGCCCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTCGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGATCTGACAATAACCTTCACGAAAAAAATTAGCTTATAAAGTCTGGGGGAATTACTCTCGCCACGTTAACGAGAGTAATTTTATTGATATTAATCTCCTGATACTTcaa < 1:168085‑M1/251‑4 (MQ=255) cccGTTGCCCTGATAGCGCAGTCGGTAGATCAGGGGAGTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTCGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGATCTGACAATAACCTTCACGAAAAAAATTAGCTTATAAAGTCTGGGGGAATTCCTCTCGCCACGTTAACGAGAGTAATTTTATTGATATTAATCGCCTGATTCTTcaaaaagggaaatgcccgat < 2:497971‑M1/251‑21 (MQ=255) ccGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTCGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGATCTGACAATAACCTTCACGAAAAAAATTAGCTTATAAAGTCTGGGGGAATTACTCTCGCCACGTTAACGAGAGTAATTTTATTGATATTAATCTCCTGATACTTcaaaaatggaaatgcccgatc < 1:349779‑M1/251‑22 (MQ=255) 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GCGAATCAGGTTTAATGCGCCCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTCGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGATCTGACAATAACCTTCACGAAAAAAATTAGCTTATAAAGTCTGGGGGAATTACTCTCGCCACGTTAACGAGAGTAATTTTATTGATATTAATCTCCTGATACTTTACCCCCGTCCAAACTCCAGCCGCTGCACATTCACCATCCCAGGCTTCTCAGCAGCACTGACATCAATTTGTGTCACCCGCAGCGCATATTTTTCATCCAGTGCGTTTAACCATTTCAGCAGGTCATTAAACACCACAGGTTCTATCCAGACCTGAATATTCTCCCCACGATCGGCTATCCGCCTGATGACCACCGAGTGCGCGGAAGCACTGTCACTGATGACCCGCGATACCTGCGCAGGCGTTGT > NC_000913/3110340‑3110838 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |