Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 2,228,222 | 0 | T | G | 30.3% | 167.5 / 10.4 | 89 | intergenic (‑952/‑760) | yohF/yohP | putative oxidoreductase YohF/putative membrane protein YohP |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (9/53); new base G (26/1); total (35/54) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.96e-14 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
GCTTAACCGTGCCTCAATAATTTTCATTTTCCCCGCGACATCGTTGAGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTT‑AAC‑GCCGCCTGGGTTT‑GCCAC‑TCCC‑AGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGCGGGTTTGCTCGCG‑TTCCGCCGCCCGTGCTTT‑AA‑CC‑GTACCCAGGCGGG‑CAGTAACCTCC‑GCCCGATTCTTT‑CCCCAGATATCGAGAT‑GCCAGCCCGCCG‑TTAAGCCAAAAGTACCGTTGGTGTACCACGGGCCGGTCGTACCTGCGGCCGGATCGTTCAGAGCAAA‑CGGCCCC‑ATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAAAGTCGATCTGCGGACCATCCTGAGTGGCAAC > NC_000913/2227974‑2228468 | gcTTAACCGTGCCTCAATAATTTTCATTTTCCCCGCGACATCGTTGAGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTT‑AAC‑GCCGCCTGGGTTT‑GCCAC‑TCCC‑AGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCACTTGGCGGGtct > 2:220668/1‑249 (MQ=255) gcTTAACCGTGCCTCAATAATTTTCATTTTCCCCGCGACATCGTTGAGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTT‑AAC‑GCCGCCTGGGTTT‑GCCAC‑TCCC‑AGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGCGGGtgt > 2:415723/1‑249 (MQ=255) gtAACCGTGCCTCAATAAGTATCATTTTCCCCGCGACATCGTTGAGCCGCTTCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCCCACCTTCAACTGAAGAAGTAGTCCCGTTCTGATAGAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTACTGCAAGACCGTGTTT‑AAC‑TCCGCCTGGGTTT‑GCCAC‑TCCC‑AGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGCGGGTTTGc < 2:344763/250‑1 (MQ=255) tAACCGTGCCTCAATAATTTTCATTTTCCCCGCGACATCGTTGAGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTT‑AAC‑GCCGCCTGGGTTT‑GCCAC‑TCCC‑AGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCCGCAATTGGCGGGGTTGCt > 1:1073286/1‑251 (MQ=255) aaCCGTGCCTCAATAATTTTCATTTTCCCCGCGACATCGTTGAGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCGACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTT‑AAC‑GCCGCCTGGGTTT‑GCCAC‑TCCC‑AGTACAGGCGGGGTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGCGGGGTTGCTc > 1:473493/1‑251 (MQ=255) aCCGTGCCTCAATAATTTTCATTTTCCCCGCGTCATCGTTGAGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTT‑AAC‑GCCGCCTGGGTTT‑GCCAC‑TCCC‑AGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGCGGGTTTGcgcg < 2:902864/251‑4 (MQ=255) cGTGCCTCAATAATTTTCATTTTCCCCGCGACATCGTTGAGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTT‑AAC‑GCCGCCTGGGTTT‑GCCAC‑TCCC‑AGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGCGGGttttgtcccg > 1:703102/1‑244 (MQ=255) cGTGCCGCAATAATTTTCATTTTCCCCGCGACATCGTTGAGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTT‑AAC‑GCCGCCTGGGTTT‑GCCTC‑TCCC‑AGTACAGGCGGGTTACGCTGCCAGCCATCAATTGGCGGGTTTGCTcgcg < 2:580693/251‑1 (MQ=255) cAATAATTTTCATTTTCCCCGCGACATCGTTGAGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTT‑AAC‑GCCGCCTGGGTTT‑GCCAC‑TCCC‑AGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGCGGGTTTGCTCGCG‑TTccgcc < 1:287443/251‑1 (MQ=255) aataatTTTCATTTTCCCCACGACGTCGTTGAGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCACCTGAAGACGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTT‑AAC‑GCCGCCTGGGTTT‑GCCAC‑TCCC‑AGTACCGGCGGGCCACGCTGCCAGCCAGCAATTGGCGGGtgttcccgggtttcgccc > 2:399177/1‑234 (MQ=255) aatTTTCATTTTCCCCGCGACATCGTTGAGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTT‑AAC‑GCCGCCTGGGTTT‑GCCAC‑TCCC‑AGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGCGGGTTTGCTCGCG‑TTCCGCCGccc < 1:263554/251‑1 (MQ=255) tcattttcCCCGCGACATCGTTGAGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGCAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTT‑AAC‑GCCGCCTGGGTTT‑GCCAC‑TCCC‑AGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCGGCACTTGGCGGGTATTCTCGCG‑CTcctgccaccccggt > 1:1031992/1‑239 (MQ=255) ttttcCCCGCGACATCGTTGAGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTT‑AAC‑GCCGCCTGGGTTT‑GCCAC‑TCCC‑AGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGCGGGGTTGGTCGCG‑GTTCGCCGccccgggtttt > 2:287737/1‑243 (MQ=255) tcCCCGCGACATCGTTGAGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTT‑AAC‑GCCGCCTGGGTTT‑GCCAC‑TCCC‑AGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGCGGGTTTGCTCGCG‑TTCCGCCGCCCGTGCTTT‑AA‑c < 1:219856/250‑1 (MQ=255) ccccGCGACATCGCTGAGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTT‑AAC‑GCCGCCTGGGTTT‑GCCAC‑TCCC‑AGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGCGGGTTTGCTCGCG‑TTCCGCCGCCCGTGCTTT‑AA‑cc < 2:589085/250‑1 (MQ=255) gACATCGTTGAGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTT‑AAC‑GCCGCCTGGGTTT‑GCCAC‑TCCC‑AGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGCGGGTTTGCTCGCG‑TTCCGCCGCCCGTGCTTT‑AA‑CC‑GTACCCa < 1:687104/251‑1 (MQ=255) gACATCGTTGAGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTT‑AAC‑GCCGCCTGGGTTT‑GCCAC‑TCCC‑AGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGCGGGGTTGCTCGCG‑GTCCGCCGCCCGGGCCTT‑AA‑CC‑ggaaccc > 1:316864/1‑245 (MQ=255) cATCGTTGAGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTT‑AAC‑GCCGCCTGGGTTT‑GCCAC‑TCCC‑AGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGCGGGGTTTCTCGCGGTTCC‑CCGCCCCGGCTTT‑aaaccttccccgg > 1:227197/1‑240 (MQ=255) cGTTGAGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATAGAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTT‑AAC‑GCCGCCTGGGTTT‑GCCAC‑GCCC‑AGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGCGGGTTTGCTCGCG‑TTCCGCCGCCCGTGCTTT‑AA‑CC‑GTACCCAGGCgg < 2:432769/251‑1 (MQ=255) gTTGAGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTT‑AAC‑GCCGCCTGGGTTT‑GCCAC‑TCCC‑AGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTTGCGGGGTTGCTCGCG‑TTCCCCCCCCCGGGCTTT‑TA‑CC‑GTACCCacggggg > 1:652758/1‑245 (MQ=255) gTTGAGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTT‑AAC‑GCCGCCTGGGTTT‑GCCAC‑TCCC‑AGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGCGGGTTTGCTCGCG‑TTCCGCCGCCCGTGCTTT‑AA‑CC‑GTACCCAGGCggg < 1:1002255/251‑1 (MQ=255) tGAGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCCCACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGAGCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCGGCAAGACCGTGTTT‑AAC‑GCCGCCTGGGTTT‑GCCAC‑TCCC‑AGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGCGGGTTTGCTCGCG‑TTCCGCCGCCCGTGCTTT‑AA‑CC‑GTACCCAGGCGGG‑c < 2:260354/250‑1 (MQ=255) gAGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTT‑AAC‑GCCGCCTGGGTTT‑GCCAC‑TCCC‑AGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGCGGGTTTGCTCGCG‑TTCCGCCGCCCGTGCTTT‑AA‑CC‑GTACCCAGGCGGG‑CAg < 1:507481/251‑1 (MQ=255) gAGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTT‑AAC‑GCCGCCTGGGTTT‑GCCAC‑TCCC‑AGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGCGGGGTTGCTCGCG‑TTCCGCCGCCCGTGCTTT‑AA‑CC‑GTACCCAGGCGGG‑Ca < 2:190270/250‑1 (MQ=255) gctgctGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCCCACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTT‑AAC‑GCCGCCTGGGTTT‑GCCAC‑TCCC‑AGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGCGGGTTTGCTCGCG‑TTCCGCCGCCCGTGCTTT‑AA‑CC‑GTACCCAGGCGGG‑CAGTa < 2:1073286/251‑1 (MQ=255) gctgcCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTT‑AAC‑GCCGCCTGGGTTT‑GCCAC‑TCCC‑AGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGCGGGTTTGCTCGCG‑TTCCGCCGCCCGTGCTTT‑AA‑CC‑GTACCCAGGCGGG‑CAGTAAc < 1:1044537/250‑1 (MQ=255) gctgcCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTT‑AAC‑GCCGCCTGGGTTT‑GCCAC‑TCCC‑AGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGCGGGTTTGCTCGCG‑TTCCGCCGCCCGTGCTTT‑AA‑CC‑GTACCCAGGCGGG‑CAGTAAc < 2:316864/250‑1 (MQ=255) cGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTT‑AAC‑GCCGCCTGGGTTT‑GCCAC‑TCCC‑AGTACAGGCGGGCTACGCTGCCCACCAGCAATTGGCGGGGTTTTTCGCGGTCCCCCCCCCCGGGTTTT‑AA‑CC‑GAACCCAGACGGG‑ccgcaacccccc > 2:88341/1‑240 (MQ=255) 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gTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTT‑AAC‑GCCGCCTGGGTTT‑GCCAC‑TCCC‑AGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGCGGGTTTGCTCGCG‑TTCCGCCGCCCGTGCTTT‑AA‑CC‑GTACCCAGGCGGG‑CAGTAACCTCC‑GCCCg < 2:81005/251‑1 (MQ=255) tGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTT‑AAC‑GCCGCCTGGGTTT‑GCCAC‑TCCC‑AGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGCGGGTTTGCTCGCG‑TTCCGCCGCCCGTGCTTT‑AA‑CC‑GTCCCCAGGCGGG‑CAGTAACCTCC‑GCCCGAtt < 1:1071265/250‑1 (MQ=255) tGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTT‑AAC‑GCCGCCTGGGTTT‑GCCAC‑TCCC‑AGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGCGGGTTTGCTCGCG‑TTCCGCCGCCCGTGCTTT‑AA‑CC‑GTACCCAGGCGGG‑CAGTACCCTCC‑GCCCGAtt < 2:736385/250‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |