| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 780629 | 131 (0.940) | 3 (0.030) | 3/340 | 8.7 | 3.3% | noncoding (76/76 nt) | lysT | tRNA‑Lys |
| ? | NC_000913 | 780919 = | 85 (0.880) | intergenic (+1/‑149) | lysW/valZ | tRNA‑Lys/tRNA‑Val | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 131 total aligned reads displayed.
CGTTGCATGAGCAACGGCCCGAAGGGCGAGACGAAGTCGAGTCATCCTGCACGACCCACCACTAACATAGTTAGTTGTAGTATCCAGCGTAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCAC‑CGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGG‑TTCGAATCCTGCACGACCCACCAGTTTTAACATCGAAGACAGATGTTAAGCGTGTAGGATAACGTTGCGTCAGCAACGGCCCGT‑AGGGCGAGCGAAGCGAG‑TCATCCTGCACGACCCACCACTAATGACGGTGGGTTCGGTGGAAGTAGTTTGTAGTATCCAGCGCAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCACTCGGGTCGTTAGCTCAGTTG > NC_000913/780669‑781164 | cGTTGCATGAGCAACGGCCCGAAGGGCGAGACGAAGTCGAGTCATCCTGCACGACCCACCACTAACATAGTTAGTTGTAGTATCCAGCGTAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCAC‑CGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGG‑TTCGAATCCTGCACGACCCACCAg < 2:268334/251‑1 (MQ=255) gcgtggtcatctgcgcGAAGCGCCAGACGAATTCGAGTCCTCTTGCACGACCCACCCCTCACATAGGTACTTGTAGTTTCCACCGTACGATCGTGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAACACCTCGCCTCCATGGCGGGGGTTGGCCGTTCGATCCGGTCATCACCCACCAC‑CGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGG‑TTCTAATCCTGCACGACCCACCAGtttt < 2:1026217/236‑1 (MQ=9) cATGAGCAACGGCCCGAAGGGCGAGACGAAGTCGAGTCATCCTGCACGACCCACCACTAACATAGTTAGTTGTAGTATCCAGCGTAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCAC‑CGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGG‑TTCGAATCCTGCACGACCCACCAGTTTTa < 1:737585/251‑1 (MQ=255) aGCAACGGCCCGAAGGGCGAGACGAAGTCGAGTCATCCTGCACGACCCACCACTAACATAGTTAGGTGTAGTATCCAGCGTAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGGGGTTCGAGCCCGTCATCACCCACCAC‑CGGGTCGTTAGCACAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGG‑TTCGAATCCTGCACGACCCACCAGTTTTAACAt < 1:637323/251‑1 (MQ=255) aaCGGCCCGAAGGGCGAGACGAAGTCGAGTCATCCTGCACGACCCACCACTAACATAGTTAGTTGGAGTATCCAGCGTAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGGTACATCCAGTCATCACCCAC‑ACACGGGTCGGTTGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTTACATTTAATCAATTGGGCGCAGG‑ATCGGATTCTGCCCGACCCACCCGGTTTAAAATCg > 2:971351/1‑250 (MQ=18) ggCCCGAAGGGCGAGACGAAGTCGAGTCATCCTGCACGACCCACCACTAACATAGTTAGTTGTAGTATCCAGCGTAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCAC‑CGGGTCGTTAGCTCAGTTTGGAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGG‑TTCGAATCCTGCACGACCCACCAGTTTTAACATCGa > 2:119895/1‑248 (MQ=255) ccGAAGGGCGAGACGAAGTCGAGTCATCCTGCACGACCCACCACTAACATAGTTAGTTGTATTATCCAGCGTAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCCTCACCCCCCAC‑CGGGGCGCTAGCCCAGTTGGTAGGGCAGTTTACTTTTAATCAATTAGTTCCAGG‑TTCTAAACCTGCACAGCCCACCAGTTTTaaaatagaactcat > 1:977593/1‑239 (MQ=18) ccGAAGGGAGAGATGAAATTGAGTCATCCTGCGCGGTCCGCCTCTTACACAGTTAGTTGTAGTATCCAGAGTTGTTTCGGGTGATTAACTCAGCAGGGAGAGAAACACCCTTACAAGGAGGGGGTAGGCCGATCAATCCCGACATCACGCACAAC‑TGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGG‑TTCGAATCCTGCACGACCCACCAGTTTTAACATCGAAGACAg < 1:1125689/251‑1 (MQ=9) cGAAGGGCGAGACGAAGTCGAGTCATCCTGCACGACCCACCACTAACATAGTTAGTTGTAGTATCCAGCGTAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCAC‑CGGGCCGTTAGCTCCGCTGGTGGAGCACCTGCCTTTTAATCAATTGGACGCCGG‑TTTGAATTCTGCACGACCCACCAGTTTTAACATCGAAGaacg > 1:74985/1‑247 (MQ=18) ggaGGGCGAGATGAAGTCTAGTCATCCTGCACTGCCCCCCACTAACATAGTTAGTTTTAATATCCCGCGTAGTAACGGGTGAGTAGCTCAGCTGGGAGAGGACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGACGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCAC‑CGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGG‑TTCGAATCCTGCAAGACCAACCAGTTTTAACATCAAAGACAGAt < 1:250959/249‑1 (MQ=17) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |