| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,313,027 | T→G | intergenic (‑36/‑323) | alsR ← / → rpiB | DNA‑binding transcriptional repressor AlsR/allose‑6‑phosphate isomerase/ribose‑5‑phosphate isomerase B |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,313,027 | 0 | T | G | 98.0% | 192.0 / NA | 51 | intergenic (‑36/‑323) | alsR/rpiB | DNA‑binding transcriptional repressor AlsR/allose‑6‑phosphate isomerase/ribose‑5‑phosphate isomerase B |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base G (20/30); minor base A (0/1); total (20/31) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
GCAGCTTTGATACCTTAACTATCATCGCTTCAGATACCGCCAGAGCTTCTGCGACATCTTTAATTGCGGGTGCACAACTCAGGTTACCGGGTTTGAGTAACCACTCCACGATGCGGCTTTCATTTTCTGTCATTCCTTCCTGCTTCATTCGCAGGTAAGGCGCTAACCCTATACCGTTCGGAAGCGCTGAATCAAACTCTGACTGGCTCATCACGTTC‑TCTTGTCCTTGAATTGAAGACGCCACTATATCACCACAGCAAGAACAGAAAAGATGCTGGCGACTTCACAAAAAAATAAAATTTATAAAGTTTATTTTATTGTGAACAATGGCGAGTGGCTTAAAATTTTATTTCATTTAATTAGTTTAAAAACATGATGTTATTTGTTTTTCTGGTTTTTTAGATGATAGATGTTGCTGGATGGTGAGTGTCTTTAACGCTATTGCGCTGTCAGATGTAACTCTGTAAAACAGATCAGGAAGGCGTAATTCATC > NC_000913/4312781‑4313273 | gcagcTTTGATACCTTAACTATCATCGCTTCAGATACCGCCAGAGCTTCTGCGACATCTTTAATTGCGGGTGCACAACTCAGGTTACCGGGTTTGAGTAACCACTCCACGATGCGGCTTTCATTTTCTGTCATTCCTTCCTGCTTCATTCGCAGGTAAGGCGCTAACCCTATACCGTTCGGAAGCGCTGAATCAAACTCTGACTGGCTCATCACGTTC‑TCTTGTCCTTGAATTGAAGACGCCACTAGATc > 1:208952/1‑250 (MQ=255) cagcTTTGATACCTTAACTATCATCGCTTCAGATACCGCCAGAGCTTCTGCGACATCTTTAATTGCGGGTGCACAACTCAGGTTACCGGGTTTGAGTAACCACTCCACGATGCGGCTTTCATTTTCTGTCATTCCTTCCTGCTTCATTCGCAGGTAAGGCGCTAACCCTATACCGTTCGGAAGCGCTGAATCAAACTCTGACTGGCTCATCACGTTC‑TCTTGTCCTTGAATTGAAGACGCCACTAGATcac > 1:365353/1‑251 (MQ=255) gATACCTTAACTATCATCGCTTCAGATACCGCCAGAGCGTCTGCGACATCTTTAATTGCGGGTGCACAACTCAGGTTACCGGGTTTGAGTAACCACTCCACGATGCGGCTTTCATTTGCTGTCATTCCTTCCTGCTTCATTCGCAGGTAAGGCGCTAACCCTATACCGTTCGGAAGCGCTGAATCAAACTCTGACTGGCTCATCACGTTC‑TCTTGTCCTTGAATTGAAGACGCCACTAGAGCACCACAGCa < 2:553601/251‑1 (MQ=255) aCCTTAACTATCATCGCTTCAGATACCGCCAGAGCTTCTGCGACATCTTTAATTGCGGGTGCACAACTCAGGTTACCGGGTTTGAGTAACCACTCCACGATGCGGCTTTCATTTTCTGTCATTCCTTCCTGCTTCATTCGCAGGTAAGGCGCTAACCCTATACCGTTCGGAAGCGCTGAATCAAACTCTGACTGGCTCATCACGTTC‑TCTTGTCCTTGAATTGAAGACGCCACTAGATCACCACAGCa > 1:417320/1‑248 (MQ=255) gCTTCAGATACCGCCAGAGCTTCTGCGACATCTTTAATTGCGGGTGCACAACTCAGGTTACCGGGTTTGAGTAACCACTCCACGATGCGGCTTTCATTTTCTGTCATTCCTTCCTGCTTCATTCGCAGGTAAGGCGCTAACCCTATACCGTTCGGAAGCGCTGAATCAAACTCTGACTGGCTCATCACGTTC‑TCTTGTCCTTGAATTGAAGACGCCACTAGATCACCACAGCAAGAACAGAAAAGATGCTg < 2:208952/251‑1 (MQ=255) tCAGATACCGCCTGAGCTTCTGCGCCATCTTTAATTGCGGGTGCACAACTCAGGTTACCGGGTTTGAGTAACCACTCCACGATGCGGCTTTCATTTTCTGTCATTCCTTCCTGCTTCATTCGCAGGTAAGGCGCTAACCCTATACCGTTCGGAAGCGCTGAATCAAACTCTGACTGGCTCATCACGTTC‑TCTTGTCCTTGAATTGAAGACGCCACTAGATCACCACAGCAAGAACAGAAAAGATGCTgg < 1:676594/249‑1 (MQ=255) aGATACCGCCAGAGCTTCTGCGACATCTTTAATTGCGGGTGCACAACTCAGGTTACCGGGTTTGAGTAACCACTCCACGATGCGGCTTTCATTTTCTGTCATTCCTTCCTGCTTCATTCGCAGGTAAGGCGCTAACCCTATACCGTTCGGAAGCGCTGAATCAAACTCTGACTGGCTCATCACGGTC‑TCTTGTCCTTGAATTGAAGACGCCACTAGATCACCACAGCAAGAACAGAAAAGATGCTGGCGAc < 1:752275/251‑1 (MQ=255) aTACCGCCAGAGCTTCTGCGACATCTTTAATTGCGGGTGCACGACTCAGGTTACCGGGTTTGAGTAACCACTCCACGATGCGGCTTTCATTTTCTGTCATTCCTTCCTGCTTCATTCGCAGGTAAGGCGCTAACCCTATACCGTTCGGAAGCGCTGACTCAAACTCTGACTGGCTCATCACGTTC‑TCTTGTCCTTGAATTGAAGACGCCACAAGATCACCACAGCAAGAACAGAAAAGATGCTGGCGACtt > 1:427807/1‑251 (MQ=255) aCCGCCAGAGCTTCTGCGACATCTTTAATTGCGGGTGCACAACTCAGGTTACCGGGTTTGAGTAACCACTCCACGATGCGGCTTTCATTTTCTGTCATTCCTTCCTGCTTCATTCGCAGGTAAGGCGCTAACCCTATACCGTTCGGAAGCGCTGAATCAAACTCTGACTGGCTCATCACGTTC‑TCTTGTCCTTGAATTGAAGACGCCACTAGATCACCACAGCAAGAACAGAAAAGATGCTGGCGACTTca < 1:755031/251‑1 (MQ=255) cGCCAGAGCTTCTGCGACATCTTTAATTGTGGGTGCACAACTCAGGTTACCGGGTTTGAGTAACCACTCCACGATGCGGCTTTCATTTTCTGTCATTCCTTCCTGCTTCATTGGCAGGTAAGGCGCTAACCCTATACCGTTCGGAAGCGCTGAATCAAACTCTGACTGGCTCATCACGTTC‑TCTTGTCCTTGAATTGAAGACGCCACTAGATCACCACAGCAAGAACAGAAAAGATGCTGGCGACTTcac > 1:263332/1‑250 (MQ=255) gagCTTCTGCGCCATCTTTAATTGTGGGTGCACAACTCAGGTTACCGGGTTTGAGTAACCACTCCACGATGCGGCTTTCATTTTCTGTCATTCCTTCCTGCTTCATTGGCAGGTAAGGCGCTAACCCTATACCGTTCGGAAGCGCTGAATCAAACTCTGACTGGCTCATCACGTTC‑TCTTGTCCTTGAATTGAAGACGCCACTAGATCACCACAGCAAGAACAGAAAAGATGCTGGCGACGTCACaaaaaa < 2:263332/251‑1 (MQ=255) ttCTGCGACATCTTTAATTGCCGGTGCACAACTCAGGTTACCGGGGTTGAGTAACCACTCCACGATGCGGCTTTCATTTTCTGTCATTCCTTCCTGCTTCATTCGCAGGTAAGGCGCTAACCCTATACCGTTCGGAAGCGCTGAATCAAATTCTGACTGGCTCATCACGTTC‑TCTTGTCCTTGAATTGCAGACGCCACTAGATAACCACAGCAAGAACAGAAAAGATGCTGGCGACTTCACAAAaaaata > 2:235901/1‑250 (MQ=255) cGACATCTTTAATTGCGGGTGCACAACTCAGGTTACCGGGTTTGAGTAACCACTCCACGATGCGGCTTTCATTTTCTGTCATTCCTTCCTGCTTCATTCGCAGGTAAGGCGCTAACCCTATACCGTTCGGAAGCGCTGAATCAAACTCTGACTGGCTCATCACGTTC‑TCTTGTCCTTGAATTGAAGACGCCACTAGATCACCACAGCAAGAACAGAAAAGATGCTGGCGACTTCACAAAAAAATAAAAttt > 2:754143/1‑251 (MQ=255) tAATTGCGGGTGCACAACTCAGGTTACCGGGTTTGAGTAACCACTCCACGATGCGGCTTTCATTTTCTGTCATTCCTTCCTGCTTCATTCGCAGGTAAGGCGCTAACCCTATACCGTTCGGAAGCGCTGAATCAAACTCTGACTGGCTCATCACGTTC‑TCTTGTCCTTGAATTGAAGACGCCACTAGATCACCACAGCAAGAACAGAAAAGATGCTGGCGACTTCACAAAAAAATAAAATTTATAAAGtt < 1:311386/250‑1 (MQ=255) aaTTGCGGGTGCACAACTCAGGTTACCGGGTTTGAGTAACCACTCCACGATGCGGCTTTCATTTTCTGTCATTCCTTCCTGCTTCATTCGCAGGTAAGGCGCTAACCCTATACCGTTCGGAAGCGCTGAATCAAACTCTGACTGGCTCATCACGTTC‑TCTTGTCCTTGAATTGAAGACGCCACTAGATCACCACAGCAAGAACAGAAAAGATGCTGGCGACTTCACAAAAAAATAAAATTTATAAAGttta < 1:822402/251‑1 (MQ=255) tGCGGGTGCACGACTCAGGTTACCGGGTTTGAGTAACCACTCCACGATGCGGCTTTCATTTTCTGTCATTCCTTCCTGCTTCATTCGCAGGTAAGGCGCTAACCCTATACCGTTCGGAAGCGCTGAATCAAACTCTGACTGGCTCATCACGTTC‑TCTTGTCCTTGAATTGAAGACGCCACTAGATCACCACAGCAAGAACAGAAAAGATGCTGGCGACTTCACAAAAAAATAAAATTTATAAAGtttatt < 1:790709/250‑1 (MQ=255) gtgggTGCACAACTCCGGTGACGTGGTTTGAGTAACCCCTCCACGATGCTGCATTCATTTTCTGTCAATCCTTCCGTCTCCATTCGCAGGTAAGGCGCTAACCCTATCTCTTTTGGAAGCGCTGAATCAAACTCGGACTGGCTCATCCCGTTC‑TCTAGGCCTGGAATTGAAGACGCCACTAAATCACAACAGCAAGAACAGAAAAGATTCTGGCGACTTCACAAAAAAATAAAATTTATAAAGcttattt < 2:540397/248‑1 (MQ=255) caACTCAGGTTACCGGGTTTGAGTCACCACTCCACGATGCGGCTTTCATTTTCTGTCATTCCTTCCTGCTTCATGCGCAGGTAAGGCGCTAACCCTATACCGTTCGGAAGCGCTGAATCAAACTCTGACTGGCTCATCACGTTC‑TCTTGTCCTTGAATTGAAGACGCCACTAGATCAACACAGCAAGAACAGAAAAGATGCTGGCGACTTCACAAAAAAATAAAATTTATAAAGGTTATTTTATTGTGagc < 2:198021/251‑3 (MQ=255) caACTCAGGTTACCGGGTTTGAGTAACCACTCCACGATGCGGCTTTCATTTTCTGTCATTCCTTCCTGCTTCATTCGCAGGTAAGGCGCTAACCCTATACCGTTCGGAAGCGCTGAATCAAACTCTGACTGGCTCATCACGTTC‑TCTTGTCCTTGAATTGAAGACGCCACTAGATCACCACAGCAAGAACAGAAAAGATGCTGGCGACTTCACAAAAAAATAAAATTTATAAAGTTTATTTTATTGTGAAc < 2:417320/251‑1 (MQ=255) 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gCTTCATTCGCAGGTAAGGCGCTAACCCTATACCGTTCTGAAGCGCTGAATCAAACTCTGACTGGCTCATCACGTTC‑TCTTGTCCTTGAATTGAAGACGCCACTAGATCACCACAGCAAGAACAGAAAAGATGCTGGCGACTTCACAAAAAAATAAAATTTATAAAGTTTATTTTATTGTGAACAATGGCGAGTGGCTTAAAAGTTTATTTCATTTAATTAGTTTAAAAACATGATGTTATTTGTTTTTc < 2:418073/250‑1 (MQ=255) tCATTCGCAGGTAAGGCGCTAACTCTATTCCGTTCGGAAGCTATGAATCAAACTCTGACTGGCTCATCACGTTCATCT‑GTCCTTGAATTGAAGACGCCACTAGATCACCACAGCAAGAACAGAAAAGATGCTGGCGACTTCACAAAAAAATAAAATTTATAAAGTTTATTTTAGTGTGAACAATGGCGAGTGGCTTAAAATTTTATGTCATTTAATTAGTTGAAAAACATGATGTTACTTGTTTTTCTgg < 2:388160/250‑1 (MQ=255) cATTCGCAGGTAAGGCGCTAACCCTATACCGTTCGGAAGCGCTGAATCAAACTCTGACTGGCTCATCACGTTC‑TCTTGTCCTTGAATTGAAGACGCCACTAGATCACCACAGCAAGAACAGAAAAGATGCTGGCGACTTCACAAAAAAATAAAATTTATAAAGTTTATTTTATTGTGAACAATGGCGAGTGGCTTAAAATTTTATTTCATTTAATTAGTTTAAAAACATGATGTTATTTGTTTTTCTGGtt > 1:377381/1‑251 (MQ=255) gCAGGTAAGGCGCTAACCCTATACCGTTCGGAAGCGCTGAATCAAACTCTGACTGGCTCATCACGTTC‑TCTTGTCCTTGAATTGAAGACGCCACTAGATCACCACAGCAAGAACAGAAAAGATGCTGGCGACTTCACAAAAAAATAAAATTTATAAAGTTTATTTTATTGTGAACAATGGCGAGTGGCTTAAAATTTTATTTCATTTAATTAGTTTAAAAACATGATGTTATTTGTTTTTCTGGTTTTTTa < 2:558249/251‑1 (MQ=255) cAGGTAAGGCGCTAACCCTATACCGTTCGGAAGCGCTGAATCAAACTCTGACTGGCTCATCACGTTC‑TCTTGTCCTTGAATTGAAGACGCCACTAGATCACCACAGCAAGAACAGAAAAGATGCTGGCGACTTCACAAAAAAATAAAATTTATAAAGTTTATTTTATTGTGAACAATGGCGAGTGGCTTAAAATTTTATTTCATTTAATTAGTTTAAAAACATGATGTTATTTGTTTTTCTGGTTTTTTAg < 1:26002/251‑1 (MQ=255) aaGGCGCTAACCCTATACCGGTCGGAAGCGCTGAATCAAACTCTGACTGGCTCATCACGTTC‑TCTTGTCCTTGAATTGAAGACGCCACTAGATCACCACAGCAAGAACAGAAAAGATGCTGGCGACTTCACAAAAAAATAAAATTTATAAAGTTTATTTTATTGTGAACAATGGCGAGTGGCTTAAAATTTTATTTCATTGAATTAGGTTAAAAACATGATGTGATTTGTTTTTCTGGTTTTTTAgatgat < 1:709543/251‑1 (MQ=255) ggCGCTAACCCTATACCGTTCGGAAGCGCTGAATCAAACTCTGACTGGCTCATCACGTTC‑TCTTGTCCTTGAATTGAAGACGCCACTAGATCACCACAGCAAGAACAGAAAAGATGCTGGCGACTTCACAAAAAAATAAAATTTATAAAGTTTATTTTATTGTGAACAATGGCGAGTGGCTTAAAATTTTATTTCATTTAATTAGTTTAAAAACATGATGTTATTTGTTTTTCTGGTTTTTTAGATGATAg < 1:742596/251‑1 (MQ=255) ggCGCTAACCCTATACCGTTCGGAAGCGCTGAATCAAACTCTGACTGGCTCATCACGTTC‑TCTTGTCCTTGAATTGAAGACGCCACTAGATCACCACAGCAAGAACAGAAAAGATGCTGGCGACTTCACAAAAAAATAAAATTTATAAAGTTTATTTTATTGTGAACAATGGCGAGTGGCTTAAAATTTTATTTCATTTAATTAGTTTAAAAACATGATGTTATTTGTTTTTCTGGTTTTTTAGATGATAg < 1:476829/251‑1 (MQ=255) ccTATACCGTTCGGAAGCGCTGAATCAAACTCTGACTGGCTCATCACGTTC‑TCTTGTCCTTGAATTGAAGACGCCACTAGATCACCACAGCAAGAACAGAAAAGATGCTGGCGACTTCACAAAAAAATAAAATTTATAAAGTTTATTTTATTGTGAACAATGGCGAGTGGCTTAAAATTTTATTTCATTTAATTAGTTTAAACACATGATGTTATTTGTTTTTCTGGTTTTTTAGATGATAGATGTTGCTg > 1:756498/1‑251 (MQ=255) tataCCGTTCGGAAGCGCTGAATCAAACTCTGACTGGCTCATCACGTTC‑TCTTGTCCTTGAATTGAAGACGCCACTAGATCACCACAGCAAGAACAGAAAAGATGCTGGCGACTTCACAAAAAAATAAAATTTATAAAGTTTATTTTATTGTGAACAATGGCGAGTGGCTTAAAATTTTATTTCATTTAATTAGTTTAAAAACATGATGTTATTTGTTTTTCTGGTTTTTTAGATGATAGATGTTGCTgg > 1:1644/1‑250 (MQ=255) gTTCGGAAGCGCTGAATCAAACTCTGACTGGCTCATCACGTTC‑TCTTGTCCTTGAATTGAAGACGCCACTAGATCACCACAGCAAGAACAGAAAAGATGCTGGCGACTTCACAAAAAAATAAAATTTATAAAGTTTATTTTATTGTGAACAATGGCGAGTGGCTTAAAATTTTATTTCATTTAATTAGTTTAAAAACATGATGTTATTTGTTTTTCTGGTTTTTTAGATGATAGATGTTGCTGGATGGTGa < 1:215314/251‑1 (MQ=255) ggAAGCGCTGAATCAAACTCTGACTGGCTCATCACGTTC‑TCTTGTCCTTGAATTGAAGACGCCACTAGATCACCACAGCAAGAACAGAAAAGATGCTGGCGACTTCACAAAAAAATAAAATTTATAAAGTTTATTTTATTGTGAACAATGGCGAGTGGCTTAAAATTTTATTTCATTTAATTAGTTTAAAAACATGATGTTATTTGTTTTTCTGGTTTTTTAGATGATAGATGTTGCTGGATGGTGAgtgt < 1:418652/251‑1 (MQ=255) 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aCTAGATCACCACAGCAAGAACAGAAAAGATGCTGGCGACTTCACAAAAAAATAAAATTTATAAAGTTTATTTTATTGTGAACAATGGCGAGTGGCTTAAAATTTTATTTCATTTAATTAGTTTAAAAACATGATGTTATTTGTTTTTCTGGTTTTTTAGATGATAGATGTTGCTGGATGGTGAGTGTCTTTAACGCTATTGCGCTGTCAGATGTAACTCTGTAAAACAGATCAGGAAGGCGTAATTCATc < 1:76048/251‑1 (MQ=255) | GCAGCTTTGATACCTTAACTATCATCGCTTCAGATACCGCCAGAGCTTCTGCGACATCTTTAATTGCGGGTGCACAACTCAGGTTACCGGGTTTGAGTAACCACTCCACGATGCGGCTTTCATTTTCTGTCATTCCTTCCTGCTTCATTCGCAGGTAAGGCGCTAACCCTATACCGTTCGGAAGCGCTGAATCAAACTCTGACTGGCTCATCACGTTC‑TCTTGTCCTTGAATTGAAGACGCCACTATATCACCACAGCAAGAACAGAAAAGATGCTGGCGACTTCACAAAAAAATAAAATTTATAAAGTTTATTTTATTGTGAACAATGGCGAGTGGCTTAAAATTTTATTTCATTTAATTAGTTTAAAAACATGATGTTATTTGTTTTTCTGGTTTTTTAGATGATAGATGTTGCTGGATGGTGAGTGTCTTTAACGCTATTGCGCTGTCAGATGTAACTCTGTAAAACAGATCAGGAAGGCGTAATTCATC > NC_000913/4312781‑4313273 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |