| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,159,837 | 0 | A | G | 30.1% | 160.7 / 16.5 | 73 | I572T (ATC→ACC) | fhuE | ferric coprogen/ferric rhodotorulic acid outer membrane transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (4/47); new base G (22/0); total (26/47) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.83e-15 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
GCCAGTTAACACCACCGCCGACCGTCAACTCTGGCATGACAGGCAACCGATAGCTGGTGAACATTTTAACCGTGGTGCGTGGCAGATTAGGATTAACGGCGTTTCCTTCGTTATCCTCTGCAATATAGCGCGTTGCGCCAAATGTCAGCTGCCAGTTGTCGGTAATTGCGCCGTTGAGTTCAAATTCCACCCCTTTACTGACTGTCCCATCCACCGCTTTATAGGCGGTTTCGCCGTTGCTGCCGGGGATAGGTGTACC‑GGTGGACTGAGCG‑ACATTATCCTGCTCAATACGGAAGATGG‑CTAACGTGGTGGTCAGACGGCTATTCATCCAGTCCGATTTCAGACCCAGCTCGTAGTTGTTACCGGTGATTGGAGCCAGATATTTGCCTGAACTGTCACGATCATTTTGCGGCTGGAAAATAGAGGTATAGCTGGCGTAGGTCGACCAGTTGTCATTGATGTCAAACACCAGACCAGCGTAAGGCGTGGTGTGGTTT > NC_000913/1159589‑1160085 | gCCAGTTAACACCACCGCCGACCGTCAACTCTGGCATGACAGGCAACCGATAGCTGGTGAACATTTTAACCGTGGTGCGTGGCAGATTAGGATTAACGGCGTTTCCTTCGTTATCCTCTGCAATATAGCGCGTTGCGCCAAAGGTCAGCTGCCAGTTGTCGGTAATTGCGCCGTTGAGTTCAAATTCCACCCCTTTACTGACTGTCCCATCCACCGCTTTATAGGCGGTTTCGCCGTTGCTGCCGGGGAt < 1:704125/250‑1 (MQ=255) ccAGTTAACACCACCGCCGACCGTCAACTCTGGCATGACAGGCAACCGATAGCTGGTGAACATTTTAACCGTGGTGCGTGGCAGATTAGGATTAACGGCGTTTCCTTCGTTATCCTCTGCAATATAGCGCGTTGCGCCAAATGTCAGCTGCCAGTTGTCGGTAATTGCGCCGTTGAGTTCAAATTCCACCCCTTTACTGACTGTCCCATCCACCGCTTTATAGGCGGTTTCGCCGTTGCTGCCGGGGATAg < 1:63479/251‑1 (MQ=255) tAACCCCACCGCCGACCTGCAACTCTGGCGTGACAGGCTACCGATAGCGGGTGAACATTTTAACCGTGGTGCGTGGCAGATTAGGATTAACGGCGTTTCCTTCGTTATCCTCTGCAATATAGCGCGTTGCGCCTAATGTCAGCTGCCAGTTGTCGGTAATTGCGCCGTTGAGTTCAAATTCCACCCCTTTACTGACTGGCCCATCCACCGCTTTATAGGCGGTTTCGCCGTTGCTGCCGGGGATAGttgt < 2:722343/250‑1 (MQ=255) tAACACCACCGCCGACCGTCAACTCTGGCATGACAGGCAACCGATAGCTGGTGAACATTTTAACCGTGGTGCGTGGCAGATTAGGATTAACGGCGTTTCCTTCGTTATCCTCTGCAATATAGCGCGTTGCGCCAAATGTCAGCTGCCAGTTGTCGGTAATTGCGCCGTTGAGTTCAAATTCCACCCCTTTACTGACTGTCCCATCCACCGCTTTATAGGCGGTTTCGTCCTTGCTTCCGGGGGTAggggg > 2:649035/1‑247 (MQ=255) tAACACCACCGCCGACCGTCAACTCTGGCATGACAGGCAACCGATAGCTGGTGAACATTTTAACCGTGGTGCGTGGCAGATTAGGATTAACGGCGTTTCCTTCGTTATCCTCTGCAATATAGCGCGTTGCGCCAAATGTCAGCTGCCAGTTGTCGGTAATTGCGCCGTTGAGTTCAAATTCCACCCCTTTACTGACTGTCCCATCCACCGCTTTATAGGCGGTTTCGCCGTTGCTGCCGGGGATAGgtgt < 1:807038/250‑1 (MQ=255) acacCACCGCCGACCGTCAACTCTGGCATTACAGGCAACCGATAGCTGGTGAACATTTTAACCGTGGTGCGTGGCAGATTAGGATTAACGGCGTTTCCTTCGTTATCCTCTGCAATATAGCGCGTTGCGCCAAATGTCAGCTGCCAGTTGTCGGTAATTGCGCCGTTGAGTTCAAATTCCACCCCGTTGCTGACTGTCCCATCCACCGCTTTATAGGCGGTTTCGCCGTTGCTGCCGGGGATAGGTGTAcc < 2:382551/251‑1 (MQ=255) cgccgACCGTCAACTCTGGCATGACAGGCAACCGATAGCTGGTGAACATTTTAACCGTGGTGCGTGGCAGATTAGGATTAACGGCGTTTCCTTCGTTATCCTCTGCAATATAGCGCGTTGCGCCAAATGTCAGCTGCCAGTTGTCGGTAATTGCGCCGTTGAGTTCAAATTCCACCCCTTTACTGACTGTCCCATCCACCGCTTTATAGGCGGTTTCGCCGTTGCTGCCGGGGATAGGTGTACC‑GGTGGAc < 2:852364/251‑1 (MQ=255) 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ggTGAACATTTTAACCGTGGTGCGTGGCAGATTAGGATTAACGGCGTTTCATTCGTTATCCTCTGCAATATAGCGCGTTGCGCCAAATGTCAGCTGCCAGTTGTCGGTAATTGCGCCGTTGAGTTCAAATTCCACCCCTTTACTGACTGTCCCATCCACCGCTTTATAGGCGGTTTCGCCGTTGCTGCCGGGGATAGGTGTACA‑GGTGGACTGAGCG‑ACATTATCCTGCTCAATACGGAAGATGG‑CTAAc < 1:488553/250‑1 (MQ=255) gTGAACATTTTAACCGTGGTGCGTGGCAGATTAGGATTAACGGCGTTTCCTTCGTTATCCTCTGCAATATAGCGCGTTGCGCCAAATGTCAGCTGCCAGTTGTCGGTAATTGCGCCGTTGAGTTCAAATTCCACCCCTTTACTGACTGTCCCATCCACCGCTTTATAGGCGGTTTCGCCGGTGGCGCCGGGGGTAGGGGTACC‑CGGGGGCGGGGCG‑GCAATATCCTGCTCATTACGGGAGATggggcacgg > 2:183694/1‑244 (MQ=255) tAACCGTGGTGCGTGGCAGATTAGGATTAACGGCGTTTCCTTCGTTATCCTCTGCAATATAGCGCGTTGCGCCAAATGTCAGCTGCCAGTTGTCGGTAATTGCGCCTTTGAGTTCAAATTCCACCCCTTTACTGACTGTCCCATCCACCGCTTTATAGGCGGTTTCGCCGTTGCTGCCGGGGATAGGTGTACC‑GGTGGACTGAGCG‑ACATTATCCTGCTCAATACGGAAGATGG‑CTAACGTGGTGGTCat < 2:50357/250‑2 (MQ=255) 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tataGGCGGTTTCGCCGTTGCTGCCGGGGATAGGTGTACC‑GGTGGACTGAGCG‑ACATTATCCTGCTCAATACGGAAGATGG‑CTAACGTGGTGGTCAGACGGCTATTCATCCAGTCCGATTTCAGACCCAGCTCGTAGTTGTTACCGGTGATTGGAGCCAGATATTTGCCTGAACTGTCACGATCATTTTGCGGCTGGAAAATAGAGGTATAGCTGGCGTAGGTCGACCAGTTGTCATTGATTTCAAacac < 1:403262/250‑1 (MQ=255) aGGCGGTTTCGCCGTTGCTGCCGGGGATAGGTGTACC‑GGTGGACTGAGCG‑ACATTATCCTGCTCAATACGGAAGATGG‑CTAACGTGGTGGTCAGACGGCTATTCATCCAGTCCGATTTCAGACCCAGCTCGTAGTTGTTACCGGTGATTGGAGCCAGATATTTGCCTGAACTGTCACGATCATTTTGCGGCTGGAAAATAGAGGTATAGCTGGCGTAGGTCGACCAGTTGTCATTGATGTCAAACaccag < 1:480368/250‑1 (MQ=255) gCGGTTTCGCCGTTGCTGCCGGGGATAGGTGTACC‑GGTGGACTGAGCG‑ACATTATCCTGCTCAATACGGAAGATGG‑CTAACGTGGTGGTCAGACGGCTATTCATCCAGTCCGATTTCAGACCCAGCTCGTAGTTGTTACCGGTGATTGGAGCCAGATATTTGCCTGAACTGTCACGATCATTTTGCGGCTGGAAAATAGGGGTATAGCTGGCGTAGGTCGACCAGTTGTCATTGATGTCAAACaccagacc > 2:133623/1‑251 (MQ=255) 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GCCAGTTAACACCACCGCCGACCGTCAACTCTGGCATGACAGGCAACCGATAGCTGGTGAACATTTTAACCGTGGTGCGTGGCAGATTAGGATTAACGGCGTTTCCTTCGTTATCCTCTGCAATATAGCGCGTTGCGCCAAATGTCAGCTGCCAGTTGTCGGTAATTGCGCCGTTGAGTTCAAATTCCACCCCTTTACTGACTGTCCCATCCACCGCTTTATAGGCGGTTTCGCCGTTGCTGCCGGGGATAGGTGTACC‑GGTGGACTGAGCG‑ACATTATCCTGCTCAATACGGAAGATGG‑CTAACGTGGTGGTCAGACGGCTATTCATCCAGTCCGATTTCAGACCCAGCTCGTAGTTGTTACCGGTGATTGGAGCCAGATATTTGCCTGAACTGTCACGATCATTTTGCGGCTGGAAAATAGAGGTATAGCTGGCGTAGGTCGACCAGTTGTCATTGATGTCAAACACCAGACCAGCGTAAGGCGTGGTGTGGTTT > NC_000913/1159589‑1160085 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |