| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,985,816 | T→C | intergenic (‑224/‑31) | yqeF ← / → yqeG | putative acyltransferase/putative transporter YqeG |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,985,816 | 0 | T | C | 98.0% | 188.7 / NA | 49 | intergenic (‑224/‑31) | yqeF/yqeG | putative acyltransferase/putative transporter YqeG |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base C (29/19); total (30/19) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CCCGACAATCACAACGTCTTTCATCACAACCTCGCACCAATTAACAGTGCAATAGTAAATGATTGTTAATTACAGTTATCTTAATTGTTTAAAAAAAGTGATTTTTATCACAAAGGAAATATGCCTGAGCAGCAGTCAGAGACATAACTGGCACGTAAGGTTTGCAACCACTAACCCACCAATAGAGGGGTAGATAGGGCGTTAATCTCCCATACTTAACCTGGTTTATGGTAAATTGCCCTCCATTTTGTTTAATTTGTAGATGATACGTTCAGATAATGTCTAATATTTGGTCTAAAGAAGAAACTCTGTGGAGTTTCGCGCTCTACGGCACAGCCGTTGGTGCAGGCACGCTCTTCCTTCCTATTCAGTTAGGTTCGGCAGGGGCTGTGGTCCTGTTTATTACTGCTCTGGTCGCCTGGCCTTTAACATATTGGCCACATAAAGCCTTGTGCCAGTTCATCCTCTCATCAAAAACATCAGCA > NC_000913/2985569‑2986053 | accGACAATCACAACGTCTTTCATCACAACCTCGCACCAATTAACAGTGCAATAGTACATGATTGTTACTTACAGTTATCTTAATTGTTTAAAAAAAGAGATTTTTATCAAATAGGAAATATGCCTGAGCATCAGTCAGAGACATAACTGGCTCGTAGGGTTTTCAACCACTAACCCACCAATAGAGGGGTAGATAGGCCGTTACTCTCCTACACTTACCCTGGTTTATGGTAAATTGACCTCCATTCTGt > 2:10005/2‑251 (MQ=255) cGACAATCACAACGTCTTTCATCACAACCTCGCACCAATTACCAGTGAAATAGAAAATGATTGTTAATTACAGTTATCTTAATTGTTTAAACAAAGTGATTTTTATCACAAAGGAAATATGCCTGAGCAGCAGTCAGAGACATAACTGGCACGTAGGGTTTGCAACCACTAACCCACCAATAGAGGGGTAGATAGGGCGTTAATCTCCCATACTTAACCTGGTTTATGGTAAATTGCCCTCCATTCTGttt > 2:364593/1‑251 (MQ=255) cAATCACAACGTCTTTCATCACAACCTCGCACCAATTAACAGTGCAATAGTAAATGATTGTTAATTACAGTTATCTTAATTGTTTAAAAAGAGTGATTTTTATCACAAAGGAAATATGCCTGAGCAGCAGTCAGAGACATAACTGGCACGTAGGGTTTGCAACCACTAACCCACCAATAGAGGGGTAGATAGGGCGTTAATCTCCCATACTTAACCTGGTTTATGGTAAATTGCCCTCCATTCTGTTTAAt < 1:100779/251‑1 (MQ=255) cacaACGTCTTTCATCACAACCTCGCACCAATTAACAGTGCAATAGTAAATGATTGTTAATTACAGTTATCTTAATTGTTTAAAAAAAGTGATTTTTATCACAAAGGAAATATGCCTGAGCAGCAGTCAGAGACATAACTGGCACGTAGGGTTTGCAACCACTAACCCACCAATAGAGGGGTAGATAGGGCGTTAATCTCCCATACTTAACCTGGTTTATGGTAAATTGCCCTCCATTCTGTTTAATTTg < 2:46934/250‑1 (MQ=255) aCCTCGCACCAATTAACAGTGCAATAGTAAATGATTGTTAATTACAGTTATCTTAATTGTTTAAAAAAAGTGATTTTTATCACAAAGGAAATATGCCTGAGCAGCAGTCAGAGACATAACTGGCACGTAGGGTTTGCAACCACTAACCCACCAATAGAGGGGTAGATAGGGCGTTAATCTCCCATACTTAACCTGGTTGATGGTAAATTGCCCTCCATTCTGTTTAATTTGTAGATGATACGTTCgaaaaa < 2:520122‑M1/251‑7 (MQ=255) cAATTAACAGTGCAATAGTAAATGATTGTTAATTACAGTTATCTTAATTGTTTAAAAAAAGTGATTTTTATCACAAAGGAAATATGCCTGAGCAGCAGTCAGAGACATAACTGGCACGTAGGGTTTGCAACCACTAACCCACCAATAGAGGGGTAGATAGGGCGTTAATCTCCCATACTTAACCTGGTTTATGGTAAATTGCCCTCCATTCTGTTTAATTTGTAGATGATACGTTCtaaaaaaaccccgac > 1:453071‑M1/1‑236 (MQ=255) aaCAGTGCACTCGTAAATGATTGTTAATTACAGTTATCTTACTTGTTTAAAAAAAGTGATTTTTATCACAAA‑GAACTATGTCTGAGCAACAGTCAGAGACATAACTGGCACGTAAGGTTTACAACCACTAAACCACCCATAAGGGGGGAGATAGGGCGTTAATCTCCCCAACTTAACCTGGTTTATGGTAAATTGCCCTCCATTTTGTTTAATTTTTAGAAGATACGTTCtaaaaaaaccccgacattttc > 2:260608‑M1/1‑230 (MQ=255) 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tAATTACAGTTATCGTAATTGTTTAAAAAAAGTGATTTTTATCACAAAGGAAATATGCCTGAGCAGCAGTCAGAGACATAACTGGCACGTAGGGTTTGCAACCACTAACCCACCAATAGAGGGGTAGATAGGGCGTTAATCTCCCATACTGAACCTGGTTTATGGTAAATTGCCCTCCATTCTGTTTAATTTGTAGATGATACGTTCtaaaaaaaccccgacagttgccggggttgtgagcataacgtaa < 2:347964‑M1/250‑44 (MQ=255) aaTTACAGTTATCTTAATTGTTTAAAAAAAGTGATTTTTATCACAAAGGAAATATGCCTGAGCAGCAGTCAGAGACATAACTGGCACGTAGGGTTTGCAACCACTAACCCACCAATAGAGGGGTAGATAGGGCGTTAATCTCCCATACTTAACCTGGTTTATGGTAAATTGCCCTCCATTCTGTTTAATTTGTAGATGATACGTTCtaaaaaaaccccgacatttgccggggttgtgagcataacgtaatg < 1:206373‑M1/251‑46 (MQ=255) cAGTTATCTTAATTGTTTAAAAAAAGTGATTTTTATCACAAAGGAAATATGCCTGAGCAGCAGTCAGAGACATAACTGGCACGTAGGGTTTGCAACCACTAACCCACCAATAGAGGGGTAGATAGGGCGTTAATCTCCCATACTTAACCTGGTTTATGGTAAATTGCCCTCCATTCTGTGTAAGTTGTAGATGATACGTTCtaaaaaaaccccgacatttgccggggttgtgagcagaacgtaatgcttat < 2:209865‑M1/251‑51 (MQ=255) aGTTATCTTAATTGTTTAAAAACAGGGATTTTTATCACCAAGGAAATATGCCTTAGCAGCATTCAGAGACATAACTGGCACGTAGGGATTGCAACCACTAACCCACCAATAGCGGGGTAGATACGGCGTTACGCTCCCATACTTACCCTGGTTTATGGTAAATTGCCCTCCATTCTGTTTAATTTGTAGATGATACGTTCtaaaacaccacagacatttgccggggttgtgagcataacgtaatgcttctt > 2:25347‑M1/1‑200 (MQ=255) aGTTATCTTAATTGTTTAAAAAAAGTGATTTTTATCACAACGGAAATATGCCTGAGCAGCAGTCAGAGACATAACTGGCACGTAGGGTTTGCAACCACTAACCCACCAATAGAGGGGTAGATAGGGCGTTAATCTCCCATACTTAACCTGGCTTATGGTAAATTGCCCTCCATTCTGTTTAATTTGTAGATGATACGTTCtaaaaaaaccccgacatttgccggggttgtgagcataacgtaatgcttatt > 2:27862‑M1/1‑200 (MQ=255) aaTTGTTTAAAAAAAGTGATTTTTATCACAAAGGAAATATGCCTGAGCAGCAGTCAGAGACATAACTGGCACGTAGGGTTTGCAACCACTAACCCACCAATAGAGGGGTAGATAGGGCGTTAATCTCCCATACTTAACCTGGTTTATGGTAAATTGCCCTCCATTCTGTTTAATTTGTAGATGATACGTTCtaaaaaaaccccgacatttgccggggttgtgagcataacgtaatgcttattttaccggac < 1:30711‑M1/251‑61 (MQ=255) 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gTCAGAGACATAACTGGCACGTAGGGTTTGCAACCACTAACCCACCAATAGAGGGGTAGATAGGGCGTTAATCTCCCATACTTAACCTGGTTTATGGTAAATTGCCCTCCATTCTGTTTAATTTGTAGATGATACGTTCtaaaaaaaccccgacatttgccggggttgtgagcataacgtaatgcttattttaccggacgcatcgccgggaacagaataacgtcgcggatggtatggctgttggtgaac > 1:462378‑M1/1‑139 (MQ=255) cATAACTGGCACGTAGGGTTTGCAACCACTAACCCACCAATAGAGGGGTAGATAGGGCGTTAATCTCCCATACTTCACCTGGTTTATGGTAAATTGCCCTCCATTCTGTTTAATTTGTAGATGATACGTTCtaaaaaaaccccgacat > 2:153128‑M1/1‑131 (MQ=255) cATAACTGGCACGTAGGGTTTGCAACCACTAACCCACCAATAGAGGGGTAGATAGGGCGTTAATCTCCCATACTTAACCTGGTTTATGGTAAATTGCCCTCCATTCTGTTTAATTTGTAGATGATACGTTCtaaaaaaaccccgacat < 1:153128‑M1/148‑18 (MQ=255) gTTTGCAACCACTAACCCACCAATAGCGGGGTAGATCGGGCGTTAATCTCCCATACTTAACCTGGTTTATGGTAAATTGCCCTCCATTCTGTTTAATTTGTAGATGATACGTTCtaaaaaaaccccgacatttgccggggttgtgagcataacgtaatgcttattttaccggacgcatcgccgggaacagaataacgtcgcggatggtatggctgttggggaacagcattaccatacggtcgataccaatt > 2:340723‑M1/1‑114 (MQ=255) 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cccATACTTAACCTGGTTTATGGTAAATTGCCCTCCATTCTGTTTAATTTGTAGATGATACGTTCtaaaaaaaccccgacatttgccggggttgtgagcataacgtaatgcttattttaccggacgcatcgccgggaacagaataacgtcgcggatggtatggctgttggtgaacagcattaccatacggtcgataccaattcccagacctgctgtcggcggtaagccatgttccagtgcggtgacgtaat < 1:27862‑M1/251‑187 (MQ=255) cccATACTTAACCTGGTTTATGGTAAATTGCCCTCCATTCTGTTTAATTTGTAGATGATACGTTCtaaaaaaaccccgacatttgccggggttgtgagcataacgtaatgcttattttaccggacgcatcgccgggaacagaataacgtcgcggatggtatggctgttggtgaacagcattaccatacggtcgataccaattcccagacctgctgtcggcggtaagccatgttccagtgcggtgacgt < 1:526938‑M1/248‑184 (MQ=255) aaCCTGGTTTATGGTAACTTCCCCTCCATTCTGTTTAATTTGTAGCTGCTACCTTCtaaaaaaacccagacatttgccggggttgtgagcataacgtaatgcttattttaccggacgcatcgccgggaacagaataacgtcgcggatggtatggctgttggtgaccagcattaccataacgtcgataccaattcccagacctgctgtcggcggttagccatgttccagtgcggtgacgtaatttttatcgt > 2:526574‑M1/1‑56 (MQ=255) gTTTATGGTAAATTGCCCTCCATTCTGTTTAATTTGTAGATGATACGTTCtaaaaaaaccccgacatttgccggggttgtgagcataacgtaatgcttattttaccggacgcatcgccgggaacagaataacgtcgcggatggtatggctgttggtgaacagcattaccatacggtcgataccaattcccagacctgctgtcggcggtaagccatgttccagtgcggtgacgtaatcttcatcgtagaaca < 1:460809‑M1/251‑202 (MQ=255) aTTGCCCTCCATTCTGTTTAATTTGTAGATGATACGTTCtaaaaaaaccccgacatttgccggggttgtgagcataacgtaatgcttattttaccggacgcatcgccgggaacagaataacgtcgcggatggtatggctgttggtgaacagcattaccatacggtcgataccaattcccagacctgctgtcggcggtaagccatgttccagtgcggtgacgtaatcttcatcgtagaacatcgcttcgtcg > 1:209287‑M1/1‑39 (MQ=255) | CCCGACAATCACAACGTCTTTCATCACAACCTCGCACCAATTAACAGTGCAATAGTAAATGATTGTTAATTACAGTTATCTTAATTGTTTAAAAAAAGTGATTTTTATCACAAAGGAAATATGCCTGAGCAGCAGTCAGAGACATAACTGGCACGTAAGGTTTGCAACCACTAACCCACCAATAGAGGGGTAGATAGGGCGTTAATCTCCCATACTTAACCTGGTTTATGGTAAATTGCCCTCCATTTTGTTTAATTTGTAGATGATACGTTCAGATAATGTCTAATATTTGGTCTAAAGAAGAAACTCTGTGGAGTTTCGCGCTCTACGGCACAGCCGTTGGTGCAGGCACGCTCTTCCTTCCTATTCAGTTAGGTTCGGCAGGGGCTGTGGTCCTGTTTATTACTGCTCTGGTCGCCTGGCCTTTAACATATTGGCCACATAAAGCCTTGTGCCAGTTCATCCTCTCATCAAAAACATCAGCA > NC_000913/2985569‑2986053 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |