Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | NC_000913 | 4,176,115 | 0 | G | A | 22.4% | 134.4 / 16.2 | 77 | A58T (GCT→ACT) | tufB | translation elongation factor Tu 2 |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (18/41); new base A (17/0); total (36/41) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.19e-07 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
TTCAACAAGTCGGGCATGTTGCCTGGTTGATGTGGTGATATCACCGATTTATCCGTGTCTTAGAGGGACAATCGATGTCTAAAGAAAAGTTTGAACGTACAAAACCGCACGTTAACGTCGGTACTATCGGCCACGTTGACCATGGTAAAACAACGCTGACCGCTGCAATCACTACCGTACTGGCTAAAACCTACGGCGGTGCTGCTCGCGCATTCGACCAGATCGAT‑AA‑CGCGCCGGAAGAAAAAGCTCGTGGTATC‑ACCATCAACACTTCTCACGTTGAATACGACACCCCGACCCGTCACTACGCACACGTAGAC‑TGCCC‑GGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCGCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGACTGACGGCCCGATGCCGCAGACTCGTGAGCACATCCTGCTGGGTCGTCAGGTAGGCGTTCCGTACATCATCGTGTTCCTGAACAAATGCGACAT > NC_000913/4175870‑4176362 | ttCAACAAGTCGGGCATGTTGCCTGGTTGATGTGGTGATATCACCGATTTATCCGTGTCTTAGAGGGACAATCGATGTCTAAAGACAAGTTTGAACGTACAAAACCGCACGTTAACGTCGGTACTATCGGCCACGTTGACCATGGTAAAACAACGCTGACCGCTGCAATCACTACCGTACTGGCTAAAACCTACGGCGGGGCTGCCCGCGCACTCGACCAGCAAGCT‑AA‑AGCGCCGGGAGAAAAAGCTCgg > 2:91811/1‑250 (MQ=255) aaGTCGGGCATGTTGCCTGGTTGATGTGGTGATATCACCGATTTATCCGTGTCTTAGAGGGACAATCGATGTCTAAAGAAAAGTTTGAACGTACAAAACCGCACGTTAACGTCGGTACTATCGGCCACGTTGACCATGGTAAAACAACGCTGACCGCTGCAATCACTACCGTACTGGCTAAAACCTACGGCGGTGCTGCTCGCGCATTCGACCAGATCGAT‑AA‑CCCGCCGGAAGAAAAAACTCgcgggatt > 1:102228/1‑244 (MQ=255) aaGTCGGGCATGTTGCCGGGTTGAGGTGGTGATATCACCGATTTATCCGTGTCTTAGAGGGACAATCGATGTCTAAAGAAAAGGTTGAACGTACAAAACCGCACGTTAACGTCGGTACTATCGGCCACGTTGACCATGGTAAAACAACGCTGACCGCTGCAATCACTACCGTACTGGCTAAAACCTACGGCGGTGCTGCTCGCGCATTCGACCAGATCGAT‑AA‑CGCGCCGGAAGAAAAAGCTCGTGGTATc < 2:507502/251‑1 (MQ=255) tCGGGCATGTTGCCTGGTTGATGTGGTGATATCACCGATTTATCCGTGTCTTAGAGGGACAATCGATGTCTAAAGAAAAGTTTGAACGTACAAAACCGCACGTTAACGTCGGTACTATCGGCCACGTTGACCATGGTAAAACAACGCTGACCGCTGCAATCACTACCGTACTGGCTAAAACCTACGGCGGTGCTGCCCGCGCATTCGACCAGATCGAT‑AA‑CGCGCCGGAAGAAAAAGCTCGTgggataacc > 1:435369/1‑244 (MQ=255) 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cggcggTGCTGCTCGCGCATTCGACCAGATCGAT‑AA‑CGCGCCGGAAGAAAAAGCTCGTGGTATC‑ACCATCAACACTTCTCACGTTGAATACGACACCCCGACCCGTCACTACGCACACGTAGAC‑TGCCC‑GGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCGCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGACTGACGGCCCGATGCCGCAGACTCGTGAGCACATCCTGCTGGgtc < 1:131889/251‑1 (MQ=33) ggcggTGCTGCTCGCGCATTCGACCAGATCGAT‑AA‑CGCGCCGGAAGAAAAAGCTCGTGGTATC‑ACCATCAACACTTCTCACGTTGAATACGACACCCCGACCCGTCACTACGCACACGTAGAC‑TGCCC‑GGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCGCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGACTGACGGCCCGATGCCGCAGACTCGTGAGCACATCCTGCTgggccg > 1:18311/1‑248 (MQ=18) ggTGCTGCTCGCGCATTCGACCAGATCGAT‑AA‑CGCGCCGGAAGAAAAAGCTCGTGGTATC‑ACCATCAACACTTCTCACGTTGAATACGACACCCCGACCCGTCACTACGCACACGTAGAC‑TGCCC‑GGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCGCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGACTGACGGCCCGATGCCGCAGACTCGTGAGCACATCCTGCTGGgtcgtc > 1:188330/1‑250 (MQ=33) gctCGCGCATTCGACCAGATCGAT‑AA‑CGCGCCGGAAGAAAAAGCTCGTGGTATC‑ACCATCAACACTTCTCACGTTGAATACGACACCCCGACCCGTCACTACGCACACGTAGAC‑TGCCC‑GGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCGCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGACTGACGGCCCGATGCCGCAGACTCGTGAGCACATCCTGCTGGGTCGTCAGGTAgg > 2:147082/1‑251 (MQ=33) cgcATTCGACCAGATCGAT‑AA‑CGCGCCGGAAGAAAAAGCTCGTGGTATC‑ACCATCAACACTTCTCACGTTGAATACGACACCCCGACCCGTCACTACGCACACGTAGAC‑TGCCC‑GGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCGCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGACTGACGGCCCGATGCCGCAGACTCGTGAGCACATCCTGCTGGGTCGTCAGGTAGGCGTTc < 2:293058/251‑1 (MQ=31) gcATTCGACCAGATCGAT‑AA‑CGCGCCGGAAGAAAAAGCTCGTGGTATC‑ACCATCAACACTTCTCACGTTGAATACGACACCCCGACCCGTCACTACGCACACGTAGAC‑TGCCC‑GGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCGCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGACTGACGGCCCGATGCCGCAGACTCGTGAGCACATCCTGCTGGGTCGTCAGGTAGGCGTTcc < 1:320888/251‑1 (MQ=31) aTTCGACCAGATCGAT‑AA‑CGCGCCGGAAGAAAAAGCTCGTGGTATC‑ACCATCAACACTTCTCACGTTGAATACGACACCCCGACCCGTCACTACGCACACGTAGAC‑TGCCC‑GGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCGCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGACTGACGGCCCGATGCCGCAGACTCGTGAGCACATCCTGCTGGGTCGTCAGGTAGGCGTTCCGt > 1:43973/1‑251 (MQ=31) aTTCGACCAGATCGAT‑AA‑CGCGCCGGAAGAAAAAGCTCGTGGTATC‑ACCATCAACACTTCTCACGTTGAATACGACACCCCGACCCGTCACTACGCACACGTAGAC‑TGCCC‑GGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCGCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGACTGACGGCCCGATGCCGCAGACTCGTGAGCACATCCTGCTGGGTCGTCAGGTAGGCGTTCCGt < 1:225152/251‑1 (MQ=31) tCGACCAGATCGAT‑AA‑CGCGCCGGAAGAAAAAGCTCGTGGTATC‑ACCATCAACACTTCTCACGTTGAATACGACACCCCGACCCGTCACTACGCACACGTAGAC‑TGCCC‑GGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCGCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGACTGACGGCCCGATGCCGCAGACTCGTGAGCACATCCTGCTGGGTCGTCAGGTAGGCGTGCCGTa < 1:167973/250‑1 (MQ=14) 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aT‑AA‑CGCGACGGAAGAAAAAGCCCGGGGTATC‑ACCATCAACACTTCTCACGTTGAATACGACACCCCGACCCGTCACTACGCACACGTAGAC‑TGCCC‑GGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCGCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGACTGACGGCCCGATGCCGCAGACTCGTGAGCACATCCTGCTGGGTCGTCAGGTAGGCGTTCCGTACATCATCGTGTTc < 2:164222/251‑1 (MQ=14) gttaatgccccGGAATAAAAAGCTCGTGGTATA‑ACCATCAACACTTCTCACGATGAATACGACACCCCGACCCGTCACTACGCACACGTAGAC‑GGCCC‑GGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCGGCGCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGACTGACGGCCCGATGCCGCAGACTCGTGAGCCCATCCTGCTGGGTCGTCAGGTAGGCGTTCCGTACATCATCGTGtt < 2:302643/242‑1 (MQ=11) aa‑CGCGCCGGAAGAAAAAGCTCGTGGTATC‑ACCATCAACACTTCTCACGTTGAATACGACCCCCCGACCCGTCACTACGCACACGTAGAC‑TGCCC‑GGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCGCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGACTGACGGCCCGATGCCGCAGACTCGTGAGCACATCCTGCTGGGTCGTCAGGTAGGCGTTCCGTACATCATCGTGTTCCt < 2:11479/251‑1 (MQ=14) aa‑CGCGCCGGAAGAAAAAGCTCGTGGTATC‑ACCATCAACACTTCTCACGTTGAATACGACACCCCGACCCGTCACTACGCACACGTAGAC‑TGCCC‑GGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCGCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGACTGACGGCCCGATGCCGCAg > 1:523814/1‑192 (MQ=32) aa‑CGCGCCGGAAGAAAAAGCTCGTGGTATC‑ACCATCAACACTTCTCACGTTGAATACGACACCCCGACCCGTCACTACGCACACGTAGAC‑TGCCC‑GGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCGCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTGGCTGCGACTGACGGCCCGATGCCGCAg < 2:523814/192‑1 (MQ=17) ccGGAAGAAAAAGCTCGTGGTATC‑ACCATCAACACTTCTCACGTTGAATACGACACCCCGACCCGTCACTACGCACACGTAGAC‑TGCCC‑GGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCGCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGACTGACGGCCCGATGCCGCAGACTCGTGAGCACATCCTGCTGGGTCGTCAGGTAGGCGTTCCGTACATCATCGTGTTCCTGAACaa < 1:147082/251‑1 (MQ=31) gaagaaAAAGCTCGTGGTATC‑ACCATCAACACTTCTCACGTTGAATACGACACCCCGACCCGTCACTACGCACACGTAGAC‑TGCCC‑GGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCGCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGACTGACGGCCCGATGCCGCAGACTCGTGAGCACATCCTGCTGGGTCGTCAGGTAGGCGTTCCGTACATCATCGTGTTCCTGAACAAATg < 1:151152/251‑1 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TTCAACAAGTCGGGCATGTTGCCTGGTTGATGTGGTGATATCACCGATTTATCCGTGTCTTAGAGGGACAATCGATGTCTAAAGAAAAGTTTGAACGTACAAAACCGCACGTTAACGTCGGTACTATCGGCCACGTTGACCATGGTAAAACAACGCTGACCGCTGCAATCACTACCGTACTGGCTAAAACCTACGGCGGTGCTGCTCGCGCATTCGACCAGATCGAT‑AA‑CGCGCCGGAAGAAAAAGCTCGTGGTATC‑ACCATCAACACTTCTCACGTTGAATACGACACCCCGACCCGTCACTACGCACACGTAGAC‑TGCCC‑GGGGCACGCCGACTATGTTAAAAACATGATCACCGGTGCTGCGCAGATGGACGGCGCGATCCTGGTAGTTGCTGCGACTGACGGCCCGATGCCGCAGACTCGTGAGCACATCCTGCTGGGTCGTCAGGTAGGCGTTCCGTACATCATCGTGTTCCTGAACAAATGCGACAT > NC_000913/4175870‑4176362 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |