| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 2,985,842 | Δ47,769 bp | yqeG–[idi] | 39 genes yqeG, yqeH, yqeI, yqeJ, yqeL, yqeK, ygeG, ygeH, ygeI, insD4, insC4, ygeQ, glyU, actS, xdhA, xdhB, xdhC, ygeV, ygeW, ygeX, ygeY, hyuA, yqeA, yqeB, yqeC, mocA, ygfK, ssnA, ygfM, xdhD, xanQ, guaD, ghxQ, ygfS, ygfT, uacT, yqfG, yqfH, [idi] |
|
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 2985842 | 3033610 | 47769 | 52 [0] | [1] 53 | yqeG–[idi] | yqeG,yqeH,yqeI,yqeJ,yqeL,yqeK,ygeG,ygeH,ygeI,insD4,insC4,ygeQ,glyU,actS,xdhA,xdhB,xdhC,ygeV,ygeW,ygeX,ygeY,hyuA,yqeA,yqeB,yqeC,mocA,ygfK,ssnA,ygfM,xdhD,xanQ,guaD,ghxQ,ygfS,ygfT,uacT,yqfG,yqfH,[idi] |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 2985841 | 0 (0.000) | 52 (0.910) | 50/488 | 0.2 | 99.1% | intergenic (‑249/‑6) | yqeF/yqeG | putative acyltransferase/putative transporter YqeG |
| ? | NC_000913 | 3033611 = | 1 (0.020) | coding (547/549 nt) | idi | isopentenyl‑diphosphate Delta‑isomerase | |||||
ACTTTCGCTACCGCGCCACCGATCCGAGTGGCATTGTGGAAAATGAAGTGTGTCCGGTATTTGCCGCACGCACCACTAGTGCGTTACAGATCAATGATGATGAAGTGATGGATTATCAATGGTGTGATTTAGCAGATGTATTACACGGTATTGATGCCACGCCGTGGGCGTTCAGTCCGTGGATGGTGATGCAGGCGACAAATCGCGAAGCCAGAAAACGATTATCTGCATTTACCCAGCTTAAATAAAAAAACCCCGACATTTGCCGGGGTTGTGAGCATAACGTAATGCTTATTTTACCGGACGCATCGCCGGGAACAGAATAACGTCGCGGATGGTATGGCTGTTGGTGAACAGCATTACCATACGGTCGATACCAATTCCCAGACCTGCTGTCGGCGGTAAGCCATGTTCCAGTGCGGTGACGTAATCTTCATCGTAGAACATCGCTTCGTCGTCACCTGCGTCTTTCGCGGCAACCTGATCCAGGAAGCG > NC_000913/3033366‑3033860 | acctcgcaccaattaacagtgcaatagtaaatgattgttaattacagttatcttaattgtttaaaaaaagtgatttttatcacaaaggaaatatgcctgagcagcagtcagagacataactggcacgtagggtttgcaaccactaacccaccaatagaggggtagatagggcgttaatctcccatacttaacctggttgatggtaaattgccctccattctgtttaatttgtagatgatacgttcGaaaaa < 2:520122‑M2/6‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |