| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,462,097 | 0 | A | T | 22.2% | 170.0 / 12.8 | 73 | F188L (TTT→TTA) | nrdD | anaerobic ribonucleoside‑triphosphate reductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (21/35); new base T (16/0); total (38/35) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.11e-06 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
ATCGTAGCACTCTTTGATGGTTCGAGAGTTAGCGTAGCCTTCGGCGTCCGGGATGTTCCACTCTTCTGCGGTCTTGCGATGTTTGTTGTAGCTGGCAGTGACAAACGGTGCCAGCACTTCATCGATACGGTTAATGGTGGTGCCGCCATAAATATGGCTGGCAACCTGAGCAATAATCTGCGCAGTTACCGCGGTTGCCGTAGAGATCGACTTCGGCGGTTCA‑ATCTCGGCG‑TTCCCCATTTTAAAGCCCT‑GGGTCAGCATGCCTTTCAGGTCGATCAACAT‑GCAGTTGAACATCGGGAAGAACGGTGAG‑TAATCGAGATCGTGATAGTGAATATC‑GCCACGCTCATGTGCCTGCACCACGTCACGCGGCAGCAGGTGCTGACGTGCATAGTGTTTAGCCACGATCCCGGCCAGCAGGTCGCGCTGGGTTGGAATCACCTTGCTGTCTTTGTTGGCGTTTTCGTTGAGTAACGAGGCGTTGGTCTGCTCGAC > NC_000913/4461854‑4462345 | aTCGTAGCACTCTTTGATGGTTCGAGAGTTAGCGTAGCCTTCGGGGTCCGGGATGTTCCACTCTTCTGCGGTCTTGCGATGTTTGTTGTAGCTGGCAGTGACAAACGGTGCCAGCACTTCATCGATACGGTTAATGGTGGTGCCGCCATAAATATGGCTGGCAACCTGAGCAATAATCTGCGCAGTTACCGCGGTTGCCGTAGAGATCGACTTCGGCGGTTCA‑ATCTCGGCG‑TTCCCCATTTTAAAGCCCt < 2:139481/251‑1 (MQ=255) gTAGCACTCTTTGATGGTTCGAGAGTTAGCGTAGCCTTCGGCGTCCGGGATGTTCCACTCTTCTGCGGTCTTGCGATGTTTGTTGTAGCTGGCAGTGACAAACGGTGCCAGCACTTCATCGATACGGTTAATGGTGGTGCCGCCATAAATATGGCTGGCAACCTGAGCAATAATCTGCGCAGTTACCGCGGTTGCCGTAGAGATCGACTTCGGCGGTTCC‑ATCTCGGCG‑TTCCCCCTTTTTAAGCCCC‑ggg > 2:57569/1‑251 (MQ=255) tAGCACTCTTTGATGGTTCGAGAGTTAGCGTAGCCTTCGGCGTCCGGGATGTTCCACTCTTCTGCGGTCTTGCGATGTTTGTTGTAGCTGGCAGTGACAAACGGTGCCAGCACTTCATCGATACGGTTAATGGTGGTGCCGCCATAAATATGGCTGGCAACCTGAGCAATAATCTGCGCAGTTACCGCGGTTGCCGTAGAGATCGACTTCGGCGGTTCA‑ATTTCGGCG‑TTCCCCCTTTTAAAGCCCT‑gggg > 1:13919/1‑250 (MQ=255) ctctTTGATGGTTCGAGAGTTAGCGTAGCCTTCGGCGTCCGGGATGTTCCACTCTTCTGCGGTCTTGCGATGTTTGTTGTAGCTGGCAGTGACAAACGGTGCCAGCACTTCATCGATACGGTTAATGGTGGTGCCGCCATAAATATGGCTGGCAACCTGAGCAATAATCTGCGCAGTTACCGCGGTTGCCGTAGAGATCGACTTCGGCGGTTCA‑ATCTCGGCG‑TTCCCCATTTTTAAGCCCT‑GGGGCAGc > 1:123297/1‑250 (MQ=255) ctTTGATGGTTCGAGAGTTAGCGTAGCCTTCGGCGTCCGGGATGTTCCACTCTTCTGCGGTCTTGCGATGTTTGTTGTAGCTGGCAGTGACAAACGGTGCCAGCACTTCATCGATACGGTTAATGGTGGTGCCGCCATAAATATGGCTGGCAACCTGAGCAATAATCTGCGCAGTTACCGCGGTTGCCGTAGAGATCGACTTCGGCGGTTCA‑ATCTCGGCG‑TTCCCCATTTTAAAGCCCT‑GGGGCAGCATg > 1:401448/1‑251 (MQ=255) aTGGTTCGAGAGTTAGCGTAGCCTTCGGCGTCCGGGATGTTCCACTCTTCTGCGGTCTTGCGATGTTTGTTGTAGCTGGCAGTGACAAACGGTGCCAGCACTTCATCGATACGGTTAATGGTGGTGCCGCCATAAATATGGCTGGCAACCTGAGCAATAATCTGCGCAGTTACCGCGGTTGCCGTAGAGATCGACTTCGGCGGTTCA‑ATCTCGGCG‑TTCCCCATTTTTAAGCCCT‑GGGTCAGCATGGCttt > 1:409988/1‑251 (MQ=255) aTGGTTCGAGAGTTAGCGTAGCCTTCGGCGTCCGGGATGTTCCACTCTTCTGCGGTCTTGCGATGTTTGTTGTAGCTGGCAGTGACAAACGGTGCCAGCACTTCATCGATACGGTTAATGGTGGTGCCGCCATAAATATGGCTGGCAACCTGAGCAATAATCTGCGCAGTTACCGCGGTTGCCGTAGAGATCGACTTCGGCGGTTCA‑ATCTCGGCG‑TTCCCCATTTTAAAGCCCT‑GGGTCAGCATGCCttt < 1:164202/251‑1 (MQ=255) ggTTCGAGAGTTAGCGTAGCCTTCGGCGTCCGGGATGTTCCACTCTTCTGCGGTCTTGCGATGTTTGATGTAGCTGGCAGTGACAAACGGTGCCAGCACTTCATCGATACGGTTAATGGTGGTGCCGCCATAAATATGGCTGGCAACCTGAGCAATAATCTGCGCAGTTACCGCGGTTGCCGTAGCGATCGACTTCGGCGGTTCA‑ATCTCGGCG‑TTTCCCATTTTTAAGACCT‑TGGGCAGCATGCCttttc > 1:235731/1‑249 (MQ=255) cgggagTTAGCGTAGCCTTCGGCGTCCGGGATGTTCCACTCTTCTGCGGTCGTGCGATGTTGGTTGTAGCTGGCAGTGACAAACGGTGCCAGCACTGCATCGATACGGTTAATGGTGGTGCCGCCATAAATATGGCTGGCAACCTGAGCAATAATCTGCGCAGTTACCGCGGTTGCCGTAGAGATCGACTTCGGCGGTTCA‑ATCTCGGCG‑TTCCCCATTTTAAAGCCCT‑GGGTCAGCATGCCTTTCAGGt < 2:145764/247‑1 (MQ=255) agagTTAGCGTAGCCTTCGGCGTCCGGGATGTTCCACTCTTCTGCGGTCTTGCGATGTTTGTTGTAGCTGGCAGTGACAAACGGTGCCAGCACTTCATCGATACGGTTAATGGTGGTGCCGCCATAAATATGGCTGGCAACCTGAGCAATAATCTGCGCAGTTACCGCGGTTGCCGTAGAGATCGACTTCGGCGGGTCC‑AACCCCGCG‑TTCCCCCTTTTAACGGCCT‑GGGGCCGGATGCCtttacgggccg > 2:381995/1‑243 (MQ=255) 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ATCGTAGCACTCTTTGATGGTTCGAGAGTTAGCGTAGCCTTCGGCGTCCGGGATGTTCCACTCTTCTGCGGTCTTGCGATGTTTGTTGTAGCTGGCAGTGACAAACGGTGCCAGCACTTCATCGATACGGTTAATGGTGGTGCCGCCATAAATATGGCTGGCAACCTGAGCAATAATCTGCGCAGTTACCGCGGTTGCCGTAGAGATCGACTTCGGCGGTTCA‑ATCTCGGCG‑TTCCCCATTTTAAAGCCCT‑GGGTCAGCATGCCTTTCAGGTCGATCAACAT‑GCAGTTGAACATCGGGAAGAACGGTGAG‑TAATCGAGATCGTGATAGTGAATATC‑GCCACGCTCATGTGCCTGCACCACGTCACGCGGCAGCAGGTGCTGACGTGCATAGTGTTTAGCCACGATCCCGGCCAGCAGGTCGCGCTGGGTTGGAATCACCTTGCTGTCTTTGTTGGCGTTTTCGTTGAGTAACGAGGCGTTGGTCTGCTCGAC > NC_000913/4461854‑4462345 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |