| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,164,363 | 0 | A | C | 22.5% | 122.8 / 10.7 | 71 | G537G (GGT→GGG) | parC | DNA topoisomerase IV subunit A |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (37/18); new base C (1/15); total (38/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.96e-05 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
AAGCCTTACCTGCACGGTTACGCGCCACCAGATCGTTAAAGGTGCAGACGAAACCGTAACCCGCATCGGAAGCCATCAGCAGTTTCTGATCGTCGCTTTCCATCAGCATATGGTCAACGGTCGCCCCAGGCGGCAACGTTAATTTGCCGGTGAGCGGCTCGCCCTGACCACGCGCCGACGGCAGCGTAATCGGGTCAATGGCATAGCTACGACCGGTGGAATCAACAAACACTACCGGTTGGTT‑GCTCTTACCTTTCACCGCCGCTTTGAAGCTATCACCCGCTTTATAATTCAGGCCCGGCGCGTCGATATCATGGCCTTTAGCGCTGCGTACCCAGCCCATCTGCGACAGCACAATGGTGA‑CAGGTTCAGACGGCAGCATGTCGTGCTCGCTCATCGCTTTCGCTTCTTCGCGTTCCTGCAACGGCGAACGACGATCGTCACCGTAGGCTTGCGCGTCTGCCTGCAGTTCTTTCTTCAGCAG > NC_000913/3164113‑3164596 | aaGCCTTACCTGCACGGTTACGCGCCACCAGATCGTTAAAGGTGCAGACGAAACCGTAACCCGCATCGGAAGCCATCAGCAGTTTCTGATCGTCGCTTGCCATCAGCATATGGTCAACGGTCGCCCCAGGCGGCAACGTTAATTTGCCGGTGAGCGGCTCGCCCTGACCACGCGCCGACGGCAGCGTAATCGGGTCAATGGCATAGCTACGACCGGTGGAATCAACAAACACTACCGGTTGGTT‑GCTCTTa < 2:51181/251‑1 (MQ=255) cTTACCTGCACGGTTACGCGCCACCAGATCGTTAAAGGTGCAGACGAAACCGTAACCCGCATCGGAAGCCATCAGCAGTTTCTGATCGTCGCTTTCCATCAGCATATGGTCAACGGTCGCCCCAGGCGGCAACGTTAATTTGCCGGTGAGCGGCTCGCCCTGACCACGCGCCGACGGCAGCGTAATCGGGTCAATGGCATAGCTACGACCGGTGGAATCAACAAACACTACCGGTTGGAT‑GCTCTTACCtt > 1:273707/1‑251 (MQ=255) tACCTGCACGGTTACGCGCCACCAGATCGTTAAAGGTGCAGACGAAACCGTAACCCGCATCGGAAGCCATCAGCAGTTTCTGATCGTCGCTTTCCATCAGCATATGGTCAACGGTCGCCCCAGGCGGCAACGTTAATTTGCCGGTGAGCGGCTCGCCCTGACCACGCGCCGACCGCAGCGTAATCGGGTCAATGGCATAGCTACGACCGGTGGGATCAACAAACACTACCGGTTGGTT‑GCTCTTACCTTTc > 2:368333/1‑251 (MQ=255) gcgcCACCAGATCGTTAAAGGTGCAGACGAAACCGTAACCCGCATCGGAAGCCATCAGCAGTTTCTGATCGTCGCTTTCCATCAGCATATGGTCAACGGTCGCCCCAGGCGGCAACGTTAATTTGCCGGTGAGCGGCTCGCCCTGACCACGCGCCGACGGCAGCGTAATCGGGTCAATGGCATAGCTACGACCGGTGGAATCAACAAACACTACCGGTTGGTT‑CCGCTTCCCTGTCACCGCCGCTTTGAAg < 1:363794/251‑1 (MQ=255) ccaccaGTCCGTTAAAGGGGCAGACGAAACCGTAACCCGCACCGGAAGCCATCAGCAGTTTCTGACCGTCGCTTTCCATCAGCATATGGTCAACGGCCGCCCCAGGCGGCAACGTTAATTTGCCGGTGAGCGGCTCGCCCTGACCCCGCGCCGACGGCAGCGTAATCGGGTCAATGGCATAGCTACGACCGGTGGAATCAACAAACCCTACCGGTGGGTT‑GCTCTTACCTTCCCCCGCCGCTTTGAAGCTa < 2:196065/251‑1 (MQ=255) caccaGATCGTTAAAGGTGCAGACGAAACCGTACCCCGCATCGGAGCCCATCAGCAGTTTCTGATCGGCCCTTTCCACCAGCATAGGGACAACGGTCGCCCCAGGCGGCAACGTTAATTTGCCGGGGAGCGGCTCGCCCTGACCCCGCGCCGACGGCAGCGTAATCGGGTCAATGGCATAGCTACGACCGGTGGAACCAACAAACACTACCGGTTGGTT‑GCTCTTACCTTTCACCGCCGCTTTGAAGCTAt < 2:382072/251‑1 (MQ=255) accaGATCGTTAAAGGTGCAGACGAAACCGTAACCCGCATCGGAAGCCATCAGCAGTTTCTGATCGTCGCTTTCCATCAGCATATGGTCAACGGTCGCCCCAGGCGGCAACGTTAATTTGCCGGTGAGCGGCTCGCCCTGACCACGCGCCGACGGCAGCGTAATCGGGTCAATGGCATAGCTACGACCGGTGGAATCAACAAACACTACCGGTTGGTT‑GCTCTTACCTTTCACCGCCGCTTTGAAGCTATc > 1:25239/1‑251 (MQ=255) ccaGATCGTTAAAGGTGCAGACGAAACCGTAACCCGCATCGGAAGCCATCAGCAGTTTCTGATCGTCGCTTTCCATCAGCATATGGTCAACGGTCGCCCCAGGCGGCAACGTTAATTTGCCGGTGAGCGGCTCGCCCTGACCCCGCGCCGACGGCAGCGTAATCGGGTCAATGGCATAGCTACGACCGGTGGCATCAACAAACACTACCGGTTGGGT‑GCTCTTACCTTTCACCGCCCCtttcacgctttcc > 2:93228/1‑241 (MQ=255) ccaGATCGTTAAAGGTGCAGACGAAACCGTAACCCGCATCGGAAGCCATCAGCAGTTTCTGATCGTCGCTTTCCATCAGCATATGGTCAACGGTCGCCCCAGGCGGCAACGTTAATTTGCCGGTGAGCGGCTCGCCCTGACCACGCGCCGACGGCAGCGTAATCGGGTCAATGGCATAGCTACGACCGGTGGAATCAACAAACACTACCGGTTGGTT‑GCTCTTACCTTTCACCGCCGCTTTGAAGCTATcc > 1:157429/1‑250 (MQ=255) caGATCGTTAAAGGTGCAGACGAAACCGTAACCCGCATCGGAAGCCATCAGCAGTTTCTGATCGTCGCTTTCCATCAGCATATGGTCAACGGTCGCCCCAGGCGGCAACGTTAATTTGCCGGTGAGCGGCTCGCCCTGACCACGCGCCGACGGCAGCGTAATCGGGTCAATGGCATAGCTACGACCGGTGGAATCAACAAACACTACCGGGTGGTT‑GCTCTTACCTTTCCCCGCCGCTTTGAAGCTATCAc > 2:57693/1‑251 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |