| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| JC JC | NC_000913 | 2,016,437 | Δ2 bp :: IS186 (–) +8 bp :: Δ1 bp | coding (570‑577/687 nt) | fliH → | flagellar biosynthesis protein FliH |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 2016437 = | 1 (0.020) | 63 (1.210) | 59/480 | 0.1 | 98.4% | coding (570/687 nt) | fliH | flagellar biosynthesis protein FliH |
| ? | NC_000913 | 2514274 = | NA (NA) | noncoding (2/1345 nt) | IS186 | repeat region | |||||
| * | ? | NC_000913 | = 2016444 | 1 (0.020) | 74 (1.410) | 63/482 | 0.0 | 98.6% | coding (577/687 nt) | fliH | flagellar biosynthesis protein FliH |
| ? | NC_000913 | = 2515615 | NA (NA) | noncoding (1343/1345 nt) | IS186 | repeat region | |||||
ATTGCTTCCACGCTCTCTCCGCGTGCTGAAGGCATCATCTCTGTGTTCCTGGTTTCCTTCGCTAACTTCTCTTCAATCGGGATTATCGCAGGTGCAGTTAAAGGCCTGAATGAAGAGCAAGGTAACGTGGTTTCTCGCTTCGGTCTGAAGCTGGTTTACGGCTCTACCCTGGTGAGTGTGCTGTCTGCGTCAATCGCAGCACTGGTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAG‑GGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCATATTGGTAAGCCCGAAGAACTGGATACTTCGGCACGTAATGCCGGGGCTCTAACCCGCCGCCGCGAAATTCGTGATGCTGCAACTCTGCTACGTCTGGGGCTGGCTTACGGCCCCGGGGGGATGTCATTACGTGAAGTCACTGCATGGGC > NC_000913/2514032‑2514521 | aTTGCTTCCACGCTCTCTCCGCGTGCTGAAGGCATCATCTCTGTGTTCCTGGTTTCCTTCGCTAACTTCTCTTCAATCGGGATTATCGCAGGTGCAGTTAAAGGCCTGAATGAAGAGCAAGGTAACGTGGTTTCTCGCTTCGGTCTGAAGCTGGTTTACGGCTCTACCCTGGTGAGTGTGCTGTCTGCGTCAATCGCAGCACTGGTGCTGTAAGACCATACATAAAAAATCCGGGGATAATTCCCATAAgc < 1:393689/251‑1 (MQ=255) ttGCTTCCAAGCTCTCTCCGCGTGCTGAAGGCATCATCTCTGTGTTCCTGGTTTCCTTCGCTAACTTCTCTTCAATCGGGATTATCGCAGGTGCAGTTAAAGGCCTGAATGAAGAGCAAGGTAACGTGGTTTCTCGCTTCGGTCTGAAGCTGGTTTACGGCTCTACCCTGGTGAGTGTGCTGTCTGCGTCAATCGCAGCACTGGTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAgcg > 1:140675/1‑251 (MQ=255) tGCTTCCACGCTCTCTCCGCGTGCTGAAGGCATCATCTCTGTGTTCCTGGTTTCCTTCGCTAACTTCTCTTCAATCGGGATTATCGCAGGTGCAGTTAAAGGCCTGAATGAAGAGCAAGGTAACGTGGTTTCTCGCTTCGGTCTGAAGCTGGTTTACGGCTCTACCCTGGTGAGTGTGCTGTCTGCGTCAATCGCAGCACTGGTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAgcgc > 1:180186/1‑251 (MQ=255) ttCCACGCTCTCTCCGCGTGCTGACGGCATCATCTCTGTGTTCCTGGTTTCCTTCGCTAACTTCTCTTCAATCGGGATTATCGCAGGTGCAGTTAAAGGCCTGAATGAAGAGCAAGGTAACGTGGTTTCTCGCTTCGGTCTGAAGCTGGTTTACGGCTCTACCCTGGTGAGTGTGCTGTCTGCGTCAATCGCAGCACTGGTGCTGAAAGACCATACATAACAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTa > 2:408856/1‑250 (MQ=255) gCTCTCTCCGCGTGCTGAAGGCATCATCTCTGTGTTCCTGGTTTCCTTCGCTAACTTCTCTTCAATCGGGATTATCGCAGGTGCAGTTAAAGGCCTGAATGAAGAGCAAGGTAACGTGGTTTCTCGCTTCGGTCTGAAGCTGGTTTACGGCTCTACCCTGGTGAGTGTGCTGTCTGCGTCAATCGCAGCACTGGTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTa > 1:67666/1‑249 (MQ=255) ccGCGTGCTGAAGGCATCATCTCTGTGTTCCTGGTTTCCTTCGCTAACTTCTCTTCAATCGGGATTATCGCAGGTGCAGTTAAAGGCCTGAATGAAGAGCAAGGTAACGTGGTTTCTCGCTTCGGTCTGAAGCTGGTTTACGGCTCTACCCTGGTGAGTGTGCTGTCTGCGTCAATCGCAGCACTGGTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAG‑GGTtgtg < 1:176335/251‑1 (MQ=255) gcgTGCTGAAGGCATCATCTCTGTGTTCCTGGTTTCCTTCGCTAACTTCTCTTCAATCGGGATTATCGCAGGTGCAGTTAAAGGCCTGAATGAAGAGCAAGGTAACGTGGTTTCTCGCTTCGGTCTGAAGCTGGTTTACGGCTCTACCCTGGTGAGTGTGCTGTCTGCGTCAATCGCAGCACTGGTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAG‑GGTTGTGGt < 2:177520/251‑1 (MQ=255) gcgTGCTGAAGGCATCATCTCTGTGTTCCTGGTTTCCTTCGCTAACTTCTCTTCAATCGGGATTATCGCAGGTGCAGTTAAAGGCCTGAATGAAGAGCAAGGTAACGTGGTTTCTCGCTTCGGTCTGAAGCTGGTTTACGGCTCTACCCTGGTGAGTGTGCTGTCTGCGTCAATCGCAGCACTGGTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAG‑GGTTGTGGt < 2:67666/251‑1 (MQ=255) gTGCTGAAGGCATCATCTCTGTGTTCCTGGTTTCCTTCGCTAACTTCTCTTCAATCGGGATTATCGCAGGTGCAGTTAAAGGCCTGAATGAAGAGCAAGGTAACGTGGTTTCTCGCTTCGGTCTGAAGCTGGTTTACGGCTCTACCCTGGTGAGTGTGCTGTCTGCGTCAATCGCAGCACTGGTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAG‑GGTTGTGGTAt > 1:200806/1‑251 (MQ=255) cTGAAGGCATCATCTCTGGGTTCATGGTTTCATTCGCTAACTTCTCTTCAATCGGGATTATCGCAGGTGCAGTTAAAGGACTGCATGAAGAGCGAGGTAACGTGGTTTCTCGCTTCGGTCTGAAGCTGGTTTACGGCTCTACCCTGGTGAGTGTGCTGTCTGCGTCAATCGCAGCACTGGTGCTGTAAGACCATACATAAAACAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAG‑GGTTGTGGTATTAc > 2:79356/1‑251 (MQ=255) atgtatcatcTCTGTGTTCCTGGTTTCCTTCGCTAACTTCTCTTCAATCGGGATTATCGCAGGTGCAGTTAAAAGCCTGAATGAAGAGCAAGGTAACGTTGTTTCTCGCTTCGGTCTGAAGCTGGTTTACGTCTTTACCCTGATGAGTGTGTTGTGTGCGTCAATCGCATCGCTTTTGCGGGAAGTCCATACATATATAAGTCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAG‑GGtttttgttttccgcct < 2:30694/247‑15 (MQ=255) aGGCATCATCTCTGTGTTCCTGGTTTCCGTCGCGAACTTCTCTTCAATCGGGATTAGCGCAGGTGCAGTTAAAGGCCTGAATGAAGAGCAAGGTAACGTGGTTTCTCGCTTCGGTCTGAAGCTGGTTTACGGCTCGACCCTGGTGAGTGTGCTGTCGGCGTCAATCGCAGCACGGGTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAATTGGTT‑TGGTATTACGCCt < 2:426405/251‑1 (MQ=255) gtTCCTTGTTTCCTTCGCTAACTTCTCTTCAATCGGGATTATCGCAGGTGCAGTTAAAGGCCTGAATGAAGAGCAAGGTAACGTGGTTTCTCGCTTCTGTCTGAAGCTGGTTTACGTCTCTACCCTGGTTAGTGTGCTGTCTGCGTCAATCGCAGCACTGGTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAT‑GGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGt < 2:256476/251‑1 (MQ=255) 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aaCTTCTCTTCAATCGGGATTATCGCAGGTGCAGTTAAAGGCCTGAATGAAGAGCAAGGTAACGTGGTTTCTCGCTTCGGTCTGAAGCTGGTTTACGGCTCTACCCTGGTGAGTGTGCTGTCTGCGTCAATCGCAGCACTGGTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAG‑GGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGGTGAATTACTCTCAc < 2:131241/251‑1 (MQ=255) aaCTTCTCTTCAATCGGGATTATCGCAGGTGCAGTTAAAGGCCTGAATGAAGAGCAAGGTAACGTGGTTTCTCGCTTCGGTCTGAAGCTGGTTTACGGCTCTACCCTGGTGAGTGTGCTGTCTGCGTCAATCGCAGCACTGGTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAG‑GGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCAc > 1:384185/1‑251 (MQ=255) tCAATCGGGATTATCGCAGGTGCAGTTAAAGGCCTGAATGAAGAGCAAGGTAAGGTGGTTTCTCGCTTAGGTCTGAAGCTGGTTTACGGCTCTACCCTGGTGAGTGTGCTGTCTGCGTCAGTCGCGGCACTGGTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAG‑GGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTgg > 1:257574/1‑251 (MQ=255) cGGGATTATCGCAGGTGCAGTTAAAGGCCTGAATGAAGAGCAAGGTAACGTGGTTTCTCGCTTCGGTCTGAAGCTGGTTTACGGCTCTACCCTGGTGAGTGTGCTGTCTGCGTCAATCGCAGCACTGGTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAG‑GGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGc > 2:448649/1‑251 (MQ=255) gATTATCGCAGGTGCAGTTAAAGGCCGGAATGAAGAGCAAGGTAACGTGGTTTCTCGCTTCGGTCTGAAGCTGGTTTACGGCTCTACCCTGGTGAGTGTGCTGTCTGCGTCAATCGCAGCACTGGTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAG‑GGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAAt < 2:230706/251‑1 (MQ=255) aGTTAAAGGCCTGAATGAAGAGCAAGGTAACGTGGTTTCTCGCTTCGGTCTGAAGCTGGTTTACGGCTCTACCCTGGTGAGTGTGCTGTCTGCGTCAATCGCAGCACTGGTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAG‑GGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCATATTgg > 1:292501/1‑251 (MQ=255) 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aaCGTGGTTTCTCGCTTCGGTCTGAAGCTGGTTTACGGCTCTACCCTGGTGAGTGTGCTGTCTGCGTCAATCGCAGCACTGGTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAG‑GGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACAATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCATATTGGTAAGCCCGAAGAACTGGATACTTCGGc > 1:365274/1‑250 (MQ=255) aaCGTGGTTTCTCGCTTCGGTCTGAAGCTGGTTTACGGCTCTACCCTGGTGAGTGTGCTGTCTGCGTCAATCGCAGCACTGGTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAG‑GGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACAATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCATATTGGTAAGCCCGAAGAACTGGATACTTCGGc < 2:365274/250‑1 (MQ=255) gTGGTTTCTCGCTTCGGTCTGAAGCTGGTTTACGGCTCTACCCTGGTGAGTGTGCTGTCTGCGTCAATCGCAGCACTGGTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAG‑GGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTActc > 2:76625/1‑184 (MQ=255) 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tGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAG‑GGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCATATTGGTAAGCCCGAAGAACTGGATACTTCGGCACGTAATGCCGGGGCTCTAACCCGCCGCCGCGAAATTCGTGATGCTGCAACTCTGCTACGTCTGGGGCTGGCTTACGGCCCCgggg > 2:139911/1‑251 (MQ=255) tGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCAATAACAGCTCACTTAAG‑GGTTGTGGTATTACGCCTGCTATGATTCAACGTGCCGATGCATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCATATTGGTAAGCCCGAAGAACTGGATACTTCGGCCCGTAATGCCGGGGCTCTAACCCGCCGCCGCGAAATTCGTGATGCTGCAACTCTGCTACGTCTGGGGCTGGCTTACGGCCCCgggg > 1:455037/1‑251 (MQ=14) aGACCATACATAACAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAG‑GGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCATATTGGTAAGCCCGAAGAACTGGATACTTCGGCACGTAATGCCGGGGCTCTAACCCGCCGCCGCGAAATTCGTGATGCTGCAACTCTGCTACGTCTGGGGCTGGCTTACGGCCCCGGGGGGAt > 1:265225/1‑251 (MQ=255) 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gATAATTCCCATAAGCGCTACCTTAAG‑GGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCATATTGGTAAGCCCGAAGAACTGGATACTTCGGCACGTAATGCCGGGGCTCTAACCCGCCGCCGCGAAATTCGTGATGCTGCAACTCTGCTACGTCTGGGGCTGGCTTACGGCCCCGGGGGGATGTCATTACGTGAAGTCACTGCAt > 2:478177/1‑251 (MQ=17) aTTCCCATAAGCGCCAAATTAAC‑GGTAGTGGTATTACGACTGATATGCTTTCACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATGCTGGCCCGTATTGGTACGCCCGAAGAACTGGATACTTCGGCACGGAATGCCGGGGCTCTAACCACCCGCCGCGAAATTCGTGATGCTGAAAATCTGCTACGTCGCGGGATGGCTTACGGCCCCGGGGGGATGTCATTGCGTGAAGTCGCTGCATgagc > 2:81477/1‑248 (MQ=11) | ATTGCTTCCACGCTCTCTCCGCGTGCTGAAGGCATCATCTCTGTGTTCCTGGTTTCCTTCGCTAACTTCTCTTCAATCGGGATTATCGCAGGTGCAGTTAAAGGCCTGAATGAAGAGCAAGGTAACGTGGTTTCTCGCTTCGGTCTGAAGCTGGTTTACGGCTCTACCCTGGTGAGTGTGCTGTCTGCGTCAATCGCAGCACTGGTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAG‑GGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCATATTGGTAAGCCCGAAGAACTGGATACTTCGGCACGTAATGCCGGGGCTCTAACCCGCCGCCGCGAAATTCGTGATGCTGCAACTCTGCTACGTCTGGGGCTGGCTTACGGCCCCGGGGGGATGTCATTACGTGAAGTCACTGCATGGGC > NC_000913/2514032‑2514521 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |