| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,759,227 | 0 | A | T | 26.8% | 120.4 / 11.5 | 57 | V212E (GTA→GAA) | selB | selenocysteyl‑tRNA‑specific translation elongation factor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (7/34); new base T (15/0); total (22/35) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.05e-08 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
GGCGTGGTGAATATGCAGCGGCTGCCACTGGGTCAGCGGTGTATGGGTTTGAAGCTCGACAATCACCCGTGTGAACGGCTCTGGCGGCACATCGGCAAGCAGCCAGTCGCCACGGTTAATCTGCTCTTTTTCCGCATCACCCGCGATGTTAAGCGCGATACGCTGCCCGGCATTGGCGGTTTCTGTTGGCTGG‑TTTTGCGCATGCAGCGCACGTACACGCATCGGTTTATTTACACCAGTCAGCCAGAGTGAATCGCCT‑ACC‑TTCACTTCCCCGCTTAACGCCGTACCGGTGACGACC‑AGCCCGGCACCTTTTACGGTAAATGCGCGGTCAATCGCGAGGCGGAAACTATGTTGGCTGGCGTGCTCGCGTTCCGGCAACTGAAGCAGATGCTCGCGCAGGGCATCCATTCCCCGACCTTCGGTTGCTGCGGTGATAAACAGTTTTGCCTCAGCAAAACCGTATTCCCGCAGAACCTCC > NC_000913/3758995‑3759472 | ggcgTGGTGAATATGCAGCGGCTGCCACTGGGTCAGCGGTGTATGGGTTTGAAGCTCGACAATCACCCGTGTGAACGGCTCTGGCGGCACATCGGCAAGCAGCCAGTCGCCACGGTTAATCTGCTCTTTTTCCGCATCACCCGCGATGTTAAGCGCGATACGCTGCCCGGCATTGGCGGTTTCTGTTTGCTGG‑GTTTTCGCCTGCAGCGCACGTACACCCCTCGGTTTATTTTCACCAGTCAGCCcgagcg > 1:108414/1‑249 (MQ=255)ggcgTGGTGAATATGCAGCGGCTGCCACTGGGTCAGCGGTGTATGGGTTTGAAGCTCAACAATCACCCGTGTGAACGGCTCTGGCGGCACATCGGCAAGCAGCCAGTCGCCACGGTTAATCTGCTCTTTTTCCGCATCACCCGCGATGTTAAGCGCGATACGCTGCCCGGCATTGGCGGTTTTTGTTGGCTGG‑TTTTGCGCCTTCAGCGCCCGTCCACGCCTCGGTTTATTTTCACCCGTCCGCCagaggg > 1:224539/1‑249 (MQ=255) cgTGGTGAATATGCAGCGGCTGCCACTGGGTCAGCGGTGTATGGGTTTGAAGCTCGACAATCACCCGTGTGAACGGCTCTGGCGGCACATCGGCAAGCAGCCAGTCGCCACGGTTAATCTGCTCTTTTTCCGCATCACCCGCGATGTTAAGCGCGATACGCTGCCCGGCATTGGCGGTTTCTGGTGGCTGG‑GTTTTCGCATGCAGCGCACGTACACGCCTCGGTTTATTTACACCACGCAGCCAAAGTGa > 1:114038/1‑250 (MQ=255) gttgtgaagatgccgcgtgtGCCACTGGGTCAGCGGTGTATGGGTTTGAAGCTCGCCAATCCCCCGTGTGAACGGCTCTGGCGGCACATCGGCAAGCAGCCAGTCGCCACGGTTAATCTGCTCGTTTTCCGCATCACCCGCGATGTTAAGCGCGATACGCTGCCCGGCATTGGCGGTTTCTGTTGGCTGG‑TTTTGCGCATGCAGCGCACGTACACGCATCGGTTTATTTACACCAGTCAGCCAGAGTGaag < 2:259646/232‑2 (MQ=255) ggtgAATATGCAGCGGCTGCCACTGGGTCAGCGGTGTATGGGTTTGAAGCTCGACAATCACCCGTGTGAACGGCTCTGGCGGCACATCGGCAAGCAGCCAGTCGCCACGGTTAATCTGCTCTTTTTCCGCATCACCCGCGATGTTAAGCGCGATACGCTGCCCGGCATTGGCGGTTTCTGTTGGCTGG‑TTTTGCGCATGCAGCGCACGTACACGCATCGGTTTATTTACACCAGTCAGCCAGAGTGAATc < 1:381020/250‑1 (MQ=255) gAATATGCAGCGGCTGCCACTGGGTCAGCGGTGTATGGGTTTGAAGCTCGACAATCACCCGTGTGAACGGCTCTGGCGGCACATCGGCAAGCAGCCAGTCGCCACGGTTAATCTGCTCTTTTTCCGCATCACCCGCGATGTTAAGCGCGATACGCTGCCCGGCATTGGCGGTTTCTTTTGGGTGG‑GTTTTCGCATGCCGCGCCCCGACACGCCTCGGGTTATTTTCACCCATCAGCCAGAGTGAATCGccc > 1:265553/1‑250 (MQ=255) gCGGCTGCCACTGGGTCAGCGGTGTATGGGTTTGAAGCTCGACAATCACCCGTGTGAACGGCTCTGGCGGCACATCGGCAAGCAGCCAGTCGCCACGGTTAATCTGCTCTTTTTCCGCATCACCCGCGATGTTAAGCGCGATACGCTGCCCGGCATTGGCGGTTTCTGTTGGCTGG‑GTTTGGGCATGCAGCGCACGGACCCGGATCGGGTTTTTTTCACCCGTCAGCCAGAGGGAATCGcccaacctccct > 1:418508/1‑241 (MQ=255) aCTGGGTCAGCGGTGTATGGGTTTGAAGCTCGACAATCACCCGTGTGAACGGCTCTGGCGGCACATCGGCAAGCAGCCAGTCGCCACGGTTAATCTGCTCTTTTTCCGCATCACCAGCGATGTTAAGCGCGATACGCTGCCCGGCATTGGCGGTTTTTGTTGGCTGGGTTTTG‑GCCTGCAAGGGACGTAGACCAATCGGTTTATTTTTACCAGGCAGCCCGAGGGGATAGCCTTACC‑TT‑ACTTGCCCGCtt > 1:79821/1‑251 (MQ=255) tCAGCGGTGTATGGGTTTGAAGCTCGACCATCACCCGTGTGAACGGCTCTGGCGGCCCATCGGCAAGCAGCCAGTCGCCAAGGTTCATCTGCTCTTTTTCCGCATCACCCGCGATGTTAAGCGCGATACGCTGCCCGGCATTGGCGGTTTCTGTTGGTGGG‑GTTTGCGCATGCCGCGGAACTACACCCCTCCGTTTTTTTTTACCCGTCCGCCAAAGGGAATCGCCC‑CCC‑TTCCCTTccccccctcacccc > 2:463542/1‑241 (MQ=255) aTGGGTTTGAAGCTCGACAATCACCCGTGTGAACGGCTCTGGCGGCACATCGGCAAGCAGCCAGTCGCCACGGTTAATCTGCTCTTTTTCCGCATCACCCGCGATGTTAAGCGCGATACGCTGCCCGGCATTGGCGGTTTCTGTTGGCTGG‑TTTTGCGCATGCCGCGCCCGTACACGCATCGGGTTATTTTCACCACTCAGCCCGAAGGAATAGCCC‑CCC‑CTCACTTCCCCCCTTAACGCCGTACCgggg > 1:365140/1‑248 (MQ=255) 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cccGTGTGAACGGCTCTGGCGGCACATCGGCAAGCAGCCAGTCGCCACGGTTAATCTGCTCTTTTTCCGCATCACCCGCGATGTTAAGCGCGATACGCTGCCCGGCATTGGCGGTTTCTGTTGGCTGG‑TTTTGCGCATGCAGCGCACGTACACGCATCGGTTTATTTACACCAGTCAGCCAGAGTGAATCGCCT‑ACC‑TTCACTTCCCCGCTTAACGCCGTACCGGTGACGACC‑AGCCCGGCACCTTTTACg < 1:61764/251‑1 (MQ=255) gAACGGCTCTGGGGGCACATCGGCAAGCAGCCAGTCGCCACGGTTAATCTGCTCTTTTTCCGCATCACCCGCGATGTGAAGCGCGATACGCTGCCCGGCATTGGCGGTTTCTGTTGGCTGG‑TTTTGCGCATGCAGCGCACGTACACGCATCGGTTTATTTACACCAGTCAGCCAGAGTGAATCGCCT‑ACC‑TTCACTTCCCCGCTTAACGCCGTACCGGTGACGACC‑AGCCCGGCACCTTTTACGGTAAAt < 2:224539/250‑1 (MQ=255) aCGGCTCTGGCGGCACATCGGCAAGCAGCCAGTCGCCACGGTTAATCTGCTCTTTTTCCGCATCACCCGCGATGTTAAGCGCGATACGCTGCCCGGCATTGGCGGTTTCTGTTGGCTGG‑TTTTGCGCATGCAGCGCACGTACACGCATCGGTTTATTTACACCAGTCAGCCAGAGTGAATCGCCT‑ACC‑TTCACTTCCCCGCTTAACGCCGTACCGGTGACGACC‑AGCCCGGCGCCTTTTACGGTAAATgcg < 1:365323/251‑1 (MQ=255) aCGGCTCTGGCGGCACATCGGCAAGCAGCCAGTCGCCACGGTTAATCTGCTCTTTTTCCGCATCACCCGCGATGTTAAGCGCGATACGCTGCCCGGCATTGGCGGCTTTTGTTTGCTGG‑TTTTGCGCCTGCCGCGCACGTATACCCATCGGTTTTTTTTCACCCATCAGCCCGCGCGAAACGCCC‑ACC‑TTCCCTTTCCCCCCTAACGCCGTACCGGGGGCGCCC‑ACCCCGGcccccttttcgggcaatagc > 2:412970/1‑232 (MQ=255) ggcggcACATCGGCAAGCAGCCAGTCGCCACGGTTAATCTGCTCTGTGTCCGCATCACCCGCGATGTTAAGCGCGATACGCTGCCCGGCATTGGCGGTTTCTGTTGGCTGG‑TTTTGCGCATGCAGCGCACGTACACGCATCGGTTTATTTACACCAGTCAGCCAGAGTGAATCTCCT‑GCC‑TGCACTTCCCCGCTTAACGCCGTACCTGTGACGACC‑ATCCCTGCACCTTTTACGGTAAATGCGCGGTCAAt < 2:459754/251‑1 (MQ=255) ggcggcACATCGGCAAGCAGCCAGTCGCCACGGGTACTCTGCTCTTTTTCCGCAGCACCCGCGATGTTAAGCGCGAGACGCTGCCCGGCATTGGCGGTTTCTGTTGGCTGG‑TTTTGCGCATGCAGCGCACGTACACGCATCGGTTTATTTACACCAGTCAGCCAGAGTGAATCGCCT‑ACC‑TTCACTTCCCCGCTTAACGCCGTACCGGTGACGACC‑AGCCCGGCACCTTTTACGGTAAATGCGCGGTCAAt < 2:9001/251‑1 (MQ=255) 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cgcgATGTTAAGCGCGATACGCTGCCCTGCCTTGGCGGTTTCGGTTGGCTGG‑TTTTGCGCATGCAGCGCACGTACACGCATCGGTTTATTTACACCAGTCAGCCAGAGTGAATCGCCT‑ACC‑TTCACTTCCCCGCTTAACGCCGTACCGGTGACGACC‑AGCCCGGCACCTTTTACTGTAAATGCGCGGTCAATCGCGAGGCGGAAACTATGTTGGCTGGCGTTCTCTCGTTCCGGCAACTGAAGCAGATGCt < 2:282502/251‑1 (MQ=255) gcgATGTTAAGCGCGATACGCTGCCCGGCATTGGCGGTTTCTGTTGGCTGG‑TTTTGCGCATGCAGCGCACGTACACGCATCGGTTTATTTACACCAGTCAGCCAGAGTGAATCGCCT‑ACC‑TTCACTTCCCCGCTTAACGCCGTACCGGTGACGACC‑AGCCCGGCACCTTTTAc < 2:263379/173‑1 (MQ=255) gcgATGTTAAGCGCGATACGCTGCCCGGCATTGGCGGTTTCTGTTGGCTGG‑TTTTGCGCATGCAGCGCACGTACACGCATCGGTTTATTTACAACCGTCAGCCAGAGGGAATCGCCC‑ACC‑TTCACTTTCCCGCTTAACGCCGTACCGGTGACGACC‑AGCCCCGCACCtttttc > 1:263379/1‑171 (MQ=255) cgATACGCTGCCCGGCATTGGCGGTTTCTGTTGGCTGG‑TTTTGCGCATGCAGCGCACGTACACGCATCGGTTTATTTACACCAGTCAGCCAGAGTGAATCGCCT‑GCC‑TTCACTTCCCCGCTTAACGCCGTACCGGTGACGACC‑AGCCCGGCACCTTTTACGGTAAATGCGCGGTCAATCGCGAGGCGGAAACTATGTTGGCTGGCGTGCTCGCGTTCCGGCAACTGAAGCAGATGCTCGCGCAGGGCATcc < 1:419098/251‑1 (MQ=255) 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ggCTGG‑TTTTGCGCATGCAGCGCACGTACACGCATCGGTTTATTTACACCAGTCAGCCAGAGTGAATCGCCT‑ACC‑TTCACTTCCCCGCTTAACGCCGTACCGGTGACGACC‑AGCCCGGCACCTTTTACGGTAAATGCGCGGTCAATCGCGAGGCGGAAACTATGTTGGCTGGCGTGCTCGCGTTCCGGCAACTGAAGCAGATGCTCGCGCAGGGCATCCATTCCCCGACCTTCGGTTGCTGCGGTGATaa < 1:455142/250‑1 (MQ=255) gcATGCAGAGCACGTACACGCCTCGGCTTATTTACCCCAGTCAGCCACAGTGAATCGCCT‑ACC‑TTCACTTCCCCGCTTAACGCCGTACCGCAGACGACC‑AGCCAGGCACCTTTTACGGTAAATGCGCGGTCCCTCGCGAGGCGGAAACTATGTTGCCTGGCGTGCTCGCGTTCCGGCAACTGAAGCAGATGCTCGCGCAGGGCATCCATTCCCCGACCTTCGGTTGCTGCGGTGCTAAACAGTTTTGCCTc > 2:172489/1‑251 (MQ=255) gCAGCGCACGTACACGCATCGGTTTATTTACACCAGTCAGCCAGAGTGAATCGCCT‑ACC‑TTCACTTCCCCGCTTAACGCCGTACCGGTGACGACC‑AGCCCGGCACCTTTTACGGTAAATGCGCGGTCAATCGCGAGGCGGAAACTATGTTGGCTGGCGTGCTCGCGTTCCGGCAACTGAAGCAGATGCTCGCGCAGGGCATCCATTCCCCGACCTTCGGTTGCTGCGGTGATAAACAGTTTTGCCTCAGCa < 1:34510/251‑1 (MQ=255) gCAGCGCACGTACACGCATCGGTTTATTTACACCAGTCAGCCAGAGTGAATCGCCT‑ACC‑TTCACTTCCCCGCTTAACGCCGTACCGGGGACGACC‑AGCCCGGCACCTTTTACGGTAAATGCGCGGTCAATCGCGAGGCGGAAACTATGTTGGCTGGCGTGCTCGCGTTCCGGCAACTGAAGCAGATGCTCGCGCAGGGCATCCATTCCCCGACCTTCGGTTGCTGCGGTGATAAACAGTTTTGCCTCAGc < 1:378365/250‑1 (MQ=255) gTACACGCATCGGTTTATTTACACCAGTCAGCCAGAGTGAATCGCCT‑ACC‑TTCACTTCCCCGCTTAACGCCGTACCGGTGACGACC‑AGCCCGGCACCTTTTACGGTAAATGCGCGGTCAATCGCGAGGCGGAAACTATGTTGGCTGGCGTGCTCGCGTTCCGGCAACTGAAGCAGATGCTCGCGCAGGGCATCCATTCCCCGACCTTCGGTTGCTGCGGTGATAAACAGTTTTGCCTCAGCAAAACCGTAt < 2:375514/251‑1 (MQ=255) tACACGCATCGGTTTATTTACACCAGTCAGCCAGAGTGAATCGCCT‑ACC‑TTCACTTCCCCGCTTAACGCCGTACCGGTGACGACC‑AGCCCGGCACCTTTTACGGTAAATGCGCGGTCAATCGCGAGGCGGAAACTATGTTGGCTGGCGTGCTCGCGTTCCGGCAACTGAAGCAGATGCTCGCGCAGGGCATCCATTCCCCGACCTTCGGTTGCTGCGGTGATAAACAGTTTTGCCTCAGCAAAACCGTAtt > 1:261801/1‑251 (MQ=255) cacGCATCGGTTTATTTACACCAGTCAGCCAGAGTGAATCGCCT‑ACC‑TTCACTTCCCCGCTTAACGCCGTACCGGTGACGACC‑AGCCCGGCACCTTTTACGGTAAATGCGCGGTCAATCGCGAGGCGGAAACTATGTTGGCTGGCGTGCTCGCGTTCCGGCAACTGAAGCAGATGCTCGCGCAGGGCATCCATTCCCCGACCTTCGGTTGCTGCGGTGATAAACAGTTTTGCCTCAGCAAAACCGTATTcc < 1:223411/251‑1 (MQ=255) tatttaCACCAGTCAGCCAGAGTGAATCGCCT‑ACC‑TTCACTTCCCCGCTTAACGCCGTACCGGTGACGACC‑AGCCCGGCACCTTTTACGGTAAATGCGCGGTCAATCGCGAGGCGGAAACTATGTTGGCTGGCGTGCTCGCGTTCCGGCAACTGAAGCAGATGCTCGCGCAGGGCATCCCTTCCCCGACCTTCGGTTGCTGCGGTGATAAACAGTTTTGCCTCAGCAAAACCGTATTCCCGCAGAAcctcc > 2:96141/1‑251 (MQ=255) | GGCGTGGTGAATATGCAGCGGCTGCCACTGGGTCAGCGGTGTATGGGTTTGAAGCTCGACAATCACCCGTGTGAACGGCTCTGGCGGCACATCGGCAAGCAGCCAGTCGCCACGGTTAATCTGCTCTTTTTCCGCATCACCCGCGATGTTAAGCGCGATACGCTGCCCGGCATTGGCGGTTTCTGTTGGCTGG‑TTTTGCGCATGCAGCGCACGTACACGCATCGGTTTATTTACACCAGTCAGCCAGAGTGAATCGCCT‑ACC‑TTCACTTCCCCGCTTAACGCCGTACCGGTGACGACC‑AGCCCGGCACCTTTTACGGTAAATGCGCGGTCAATCGCGAGGCGGAAACTATGTTGGCTGGCGTGCTCGCGTTCCGGCAACTGAAGCAGATGCTCGCGCAGGGCATCCATTCCCCGACCTTCGGTTGCTGCGGTGATAAACAGTTTTGCCTCAGCAAAACCGTATTCCCGCAGAACCTCC > NC_000913/3758995‑3759472 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |