| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| JC JC | NC_000913 | 3,720,136 | IS3 (–) +3 bp :: +TCA | coding (88‑90/213 nt) | cspA → | cold shock protein CspA |
| New junction evidence | |||||||||||
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| * | ? | NC_000913 | 315229 = | NA (NA) | 27 (0.590) +TCA |
26/482 | 0.7 | 100% | noncoding (1/1255 nt) | IS3 | repeat region |
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| * | ? | NC_000913 | = 2171428 | NA (NA) | 45 (0.980) | 44/486 | 0.2 | 100% | noncoding (1258/1258 nt) | IS3 | repeat region |
| ? | NC_000913 | = 3720138 | 0 (0.000) | coding (90/213 nt) | cspA | cold shock protein CspA | |||||
ACGGTTTGACGTACAGACCATTAAAGCAGTGTAGTAAGGCAAGTCCCTTCAAGAGTTATCGTTGATACCCCTCGTAGTGCACATTCCTTTAACGCTTCAAAATCTGTAAAGCACGCCATATCGCCGAAAGGCACACTTAATTATTAAAGGTAATACACTATGTCCGGTAAAATGACTGGTATCGTAAAATGGTTCAACGCTGACAAAGGCTTCGGCTTCATCACTCCTGACGATGGCTCTAAAGATGTGTTCGTACACTTCTCTGCTATCCAGAACGATGGTTACAAATCTCTGGACGAAGGTCAGAAAGTGTCCTTCACCATCGAAAGCGGCGCTAAAGGCCCGGCAGCTGGTAACGTAACCAGCCTGTAATCTCTGCTTAAAAGCACAGAATCTAAGATCCCTGCCATTTGGCGGGGATTTTTTTATTTGTTTTCAGGAAATAAATAATCGATCGCGTAATAAAATCTATTATTAT > NC_000913/3719890‑3720367 | cagaagacgtctgctgattttgctgtttactgcgccagttgtagagttgtgattcatacaggctgagtccacgggctgcggcaggaacaccgatgcgttcagcaagcttcagggcttcactgcgaaattcaggctaatgctgtttacggggttttttactggttgatactgtttttgtcatgtgagtcacttctgactgagagtttactcacttagccgcgtttccactattgctgggtaagatcaGTGtt < 1:83547‑M2/5‑1 (MQ=255) 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aTGGTTCAACGCTGACAAAGGCTTCGGCTTCATCACTCCTGACGATGGCTCTAAAGATGTGtgatcctacccacgtaatatggacacaggcctaagcgaggttcttgttttcaaattgttccggactgaggccgccacaccaactgtgccgccgccaccgattgtaatcacattcgatataattaaacaccgttgcccgcattatttcccggctgataaagtgttctccatggatacattccactttcagc < 1:297525‑M2/251‑191 (MQ=255) aTGGTGCAACGCTGACAAAGGCTTCGGCTTCATCACTCCTGACGATGGCTCTAAAGATGTGtgatcccactcacgtaatatggacacagggctaagcgaggttcttgttttcaaatttttccgggctgtggccgccacgccaactgtgccgccgccaccgattgtaatcacattcgatataattaaacaccgttgccctcattattgcccggctgataaagtgttctccatggatacattccactttcagc > 1:402342‑M2/1‑61 (MQ=255) cctgactgagagtttactcacttagccgcgtgtccactatggctgggtaagatcaGTGTTCGTACACTTCTCTGCTATCCAGAACGATGGTTACAAATCTCTGGACGAAGGTCAGAAAGTGTCCTTCACCATCGAAAGCGGCGCTAAAGGCCCGGCAGCTGGTAACGTAACCAGCCTGTAATCTCTGCTTAAAAGCACAGAATCTAAGAGCCCTGCCATTTGGCGGGGATTTTTTTATTTGTTTTCAGGaa < 2:205000‑M2/196‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |