| Predicted mutation | ||||||
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| JC JC | NC_000913 | 3,720,136 | IS3 (–) +3 bp | coding (88‑90/213 nt) | cspA → | cold shock protein CspA |
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| ? | NC_000913 | = 3720138 | 1 (0.030) | coding (90/213 nt) | cspA | cold shock protein CspA | |||||
GTTTGACGTACAGACCATTAAAGCAGTGTAGTAAGGCAAGTCCCTTCAAGAGTTATCGTTGATACCCCTCGTAGTGCACATTCCTTTAACGCTTCAAAATCTGTAAAGCACGCCATATCGCCGAAAGGCACACTTAATTATTAAAGGTAATACACTATGTCCGGTAAAATGACTGGTATCGTAAAATGGTTCAACGCTGACAAAGGCTTCGGCTTCATCACTCCTGACGATGGCTCTAAAGATGTGTTCGTACACTTCTCTGCTATCCAGAACGATGGTTACAAATCTCTGGACGAAGGTCAGAAAGTGTCCTTCACCATCGAAAGCGGCGCTAAAGGCCCGGCAGCTGGTAACGTAACCAGCCTGTAATCTCTGCTTAAAAGCACAGAATCTAAGATCCCTGCCATTTGGCGGGGATTTTTTTATTTGTTTTCAGGAAATAAATAATCGATCGCGTAATAAAATCTATTATTATTTTTGTGAAGA > NC_000913/3719893‑3720378 | aagacggctgctgattttgctgtttactgcgccagttgtagagttgtgattcatacaggctgagttcacgggctgcggcagtaacaccgatgcgttcagcaagcttcagggcttcactgcgaaattcaggcgaatgctgtttacggggttttttactggttgatactgtttttgtcatgtgagtcacctctgactgagagtttactcacttagccgcgtgtccactattgctgggtaagatcaGTGTTCGt < 1:48074‑M2/8‑1 (MQ=255) 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cttcATCACTCCTGACGATGGCTCTAAAGATGTGtgatcctacccacgtaatatggacacaggcctaagcgaggttcttgttttcaaattgttccggactgaggccgccacaccaactgtgccgccgccaccgattgtaatcacattcgatataattaaacaccgttgcccgcattatttcccggctgataaagtgttctccatggatacattccactttcagcga > 1:201240‑M2/1‑34 (MQ=255) gcgtgtccactattgctgggtaagatcaGTGTTCGTACACTTCTCTGCTATCCAGAACGATGGTTACAAATCTCTGGACGAAGGTCAGAAAGTGTCCTTCACCATCGAAAGCGGCGCTAAAGGCCCGGCAGCTGGTAACGTAACCAGCCTGTAATCTCTGCTTAAAAGCACAGAATCTAAGATCCCTGCCATTTGGCGGGGATTTTTTTATTTGTTTTCAGGAAATAAATAATCGATCGCGTAATAAAATc > 1:60882‑M2/29‑251 (MQ=255) catcaCTCCTGACGATGGCTCTAAAGATGTGtgatcctacccacgtaatatggacacaggcctaagcgaggttcttgttttcaaattgttccggactgaggccgccacaccaactgtgccgccgccacc > 1:76298‑M2/1‑31 (MQ=255) catcaCTCCTGACGATGGCTCTAAAGATGTGtgatcctacccacgtaatatggacacaggcctaagcgaggttcttgttttcaaattgttccggactgaggccgccacaccaactgtgccgccgccacc < 2:76298‑M2/129‑99 (MQ=255) 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tcaGTGTTCGTACACTTCTCTGCTCTCCAGAACGATGGTTACAAATCTCTGGACGAAGGTCAGAAAGTGTCCTTCACCATCGAAAGCGGCGCTAAAGGCCCGGCAGCTGGTAACGTAACCAGCCTGTAATCTCTGCTTAAAAGCACAGAATCTAAGATCCCTGCCATTTGGCGGGGa > 2:254031‑M2/4‑177 (MQ=255) tcaGTGTTCGTACACTTCTCTGCTATCCAGAACGATGGTTACAAATCTCTGGACGAAGGTCAGAAAGTGTCCTTCACCATCGAAAGCGGCGCTAAAGGCCCGGCAGCTGGTAACGTAACCAGCCTGTAATCTCTGCTTAAAAGCACAGAATCTAAGATCCCTGCCATTTGGCGGGGa < 1:254031‑M2/174‑1 (MQ=255) | GTTTGACGTACAGACCATTAAAGCAGTGTAGTAAGGCAAGTCCCTTCAAGAGTTATCGTTGATACCCCTCGTAGTGCACATTCCTTTAACGCTTCAAAATCTGTAAAGCACGCCATATCGCCGAAAGGCACACTTAATTATTAAAGGTAATACACTATGTCCGGTAAAATGACTGGTATCGTAAAATGGTTCAACGCTGACAAAGGCTTCGGCTTCATCACTCCTGACGATGGCTCTAAAGATGTGTTCGTACACTTCTCTGCTATCCAGAACGATGGTTACAAATCTCTGGACGAAGGTCAGAAAGTGTCCTTCACCATCGAAAGCGGCGCTAAAGGCCCGGCAGCTGGTAACGTAACCAGCCTGTAATCTCTGCTTAAAAGCACAGAATCTAAGATCCCTGCCATTTGGCGGGGATTTTTTTATTTGTTTTCAGGAAATAAATAATCGATCGCGTAATAAAATCTATTATTATTTTTGTGAAGA > NC_000913/3719893‑3720378 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |