Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 3,497,728 | 0 | A | G | 25.7% | 160.2 / 11.7 | 74 | G242G (GGA→GGG) | nirC | nitrite transporter NirC |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (16/39); new base G (19/0); total (35/39) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.90e-08 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
GGCTGGTTTGCCTGGCAATCTGGATGGCGCTGCGCACTGAAGGGGCGGCGAAATTT‑ATCGCTATCTGGTGGTGTCTGCTGGCATTTATCGCGTCCGGCTACGAGCACTCTATCGCTAACATGACGCTGTTCGCGCTCTCCTGGTTCGGCAACCAC‑AGCGAAGCCTACACGCTGGCGGGTATTGG‑TCAT‑AACCTGC‑TGTGGGTGACGCT‑GGGTAATACTTTATC‑AGGTGC‑CGT‑ATTCATGGGATTGGGTTATTGGTATGCTACGCCGAAAGCGAATCGTCCGG‑TTGCGGACAAATTTAATCAAACTGAAACGGCTGCCGGTTAATTACTAAGGGGTTTTTACGTGGATCATTTGCCTATATTTTGCCAATTACGCGATCGCGACTGTCTGATTGTCGGCGGTGGTGATGTCGCGGAACGCAAAGCAAGGTTGCTGTTAGACGCAGGCGCTCGCTTAACGGTGAATGCATTAGCGTTTATTCCA > NC_000913/3497487‑3497968 | ggctggTTTGCCTGGCAATCTGGATGGCGCTGCGCACTGAAGGGGCGGCGAAATTT‑ATCGCTATCTGGTGGCGTCTGCTGGCATTTATCGCGTCCGGCTACGAGCACTCTATCGCTAACATGACGCTGTTCGCGCTCTCCTGGTTCGGCAACCAC‑AGCGAAGCCTACACGCTGGCGGGGATTGG‑TAAT‑AACCTGC‑TGTGGGGGGAGCT‑GGGGAATACTTTATC‑ACGTGA‑CGTCATT‑ATGGGGTTGGGTTAt > 1:402892/1‑251 (MQ=255) gctggTTTGCCTGGCAATCTGGATGGCGCTGCGCACTGAAGGGGCGGCGAAATTT‑ATCGCTATCTGGTGGTGTCTGCTGGCATTTATCGCGTCCGGCTACGAGCACTCTATCGCTAACATGACGCTGTTCGCGCTCTCCTGGTTCGGCAACCAC‑AGCGAAGCCTACACGCTGGCGGGTATTGG‑TCAT‑AACCTGC‑TGTGGGTGACGCT‑GGGTAATACTTTATC‑AGGTGC‑CGT‑ATTCATGGGATTGGGTTAtt < 2:291189/251‑1 (MQ=255) ggTTTGCCTGGCAATCTGGATGGCGCTGCGCACTGAAGGGGCGGCGAAATTT‑ATCGCTATCTGGTGGTGTCTGCTGGCATTTATCGCGTCCGGCTACGAGCACTCTATCGCTAACATGACGCTGTTCGCGCTCTCCTGGTTCGGCAACCAC‑AGCGAAGCCTACACGCTGGCGGGTATTGG‑TCAT‑AACCTGC‑TGTGGGTGACGCT‑GGGTAATACTTTATC‑AGGTGC‑CGT‑ATTCATGGGATTGGGTTATTg < 2:139708/249‑1 (MQ=255) ggTTTGCCTGGCAATCTGGATGGCGCTGCGCACTGAAGGGGCGGCGAAATTT‑ATCGCTATCTGGTGGTGTCTGCTGGCATTTATCGCGTCCGGCTACGAGCACTCTATCGCTAACATGACGCTGTTCGCGCTCTCCTGGTTCGGCAACCAC‑AGCGAAGCCTACACGCTGGCGGGTATTGG‑TCAT‑AACCTGC‑TGTGGGTGACGCT‑GGGTAATACTTTATC‑AGGTGC‑CGT‑ATTCATGGGATTGGGTTATTGGt < 1:463137/251‑1 (MQ=255) ttGCCTGGCAATCTGGATGGCGCTGCGCACTGAAGGGGCGGCGAAATTT‑ATCGCTATCTGGTGGTGTCTGCTGGCATTTATCGCGTCCGGCTACGAGCACTCTATCGCTAACATGACGCTGTTCGCGCTCTCCTGGTTCGGCAACCAC‑AGCGAAGCCTACACGCTGGCGGGTATTGG‑TCAT‑AACCTGC‑TGTGGGTGACGCT‑GGGTAATACTTTATC‑AGGTGC‑CGT‑ATTCATGGGATTGGGTTATTGGTAt < 1:428821/250‑1 (MQ=255) gCCTGGCAATCTGGATGGCGCTGCGCACTGAAGGGGCGGCGAAATTT‑ATCGCTATCTGGTGGTGTCTGCTGGCATTTATCGCGTCCGGCTACGAGCACTCTATCGCTAACATGACGCTGTTCGCGCTCTCCTGGTTCGGCAACCAC‑AGCGAAGCCTACACGCTGGCGGGTATTGG‑TCAT‑AACCTGC‑TGTGGGTGACGCT‑GGGTAATACTTTATC‑AGGTGC‑CGT‑ATTCATGGGATTGGGTTATTGGTATGCt < 1:408616/251‑1 (MQ=255) cTGGCAATCTGGATGGCGCTGCGCACTGAAGGGGCGGCGAAATTT‑ATCGCTATCTGGTGGTGTCTGCTGGCATTTATCGCGTCCGGCTACGAGCACTCTATCGCTAACATGACGCTGTTCGCGCTCTCCTGGTTCGGCAACCAC‑AGCGAAGCCTACACGCTGGCGGGTATTGG‑GCAT‑AAACTGC‑TGTTGGGGACGCT‑GGGTAATACTTTATA‑AGGTGG‑CGG‑ATTTATGGGATTGGGTTATTGGGATGCTAc > 1:157193/1‑251 (MQ=255) ggCAATCTGGATGGCGCTGCGCACTGAAGGGGCGGCGAAATTT‑ATCGCTATCTGGTGGTGTCTGCTGGCATTTATCGCGTCCGGCTACGAGCACTCTATCGCTAACATGACGCTGTTCGCGCTCTCCTGGTTCGGCAACCAC‑AGCGAAGCCTACACGCTGGCGGGTATTGG‑TCAT‑AACCTGC‑TGTGGGTGACGCT‑GGGTAATACTTTATC‑AGGTGC‑CGT‑ATTCATGTGATTGGGTTATTGGTATGCTAc < 1:172047/249‑1 (MQ=255) aaagttggaggtgtcTGCGCACTGAAGGGGCGGGGAAATTTGAT‑GCTATCTGGTGTGGTCTGCTGGCATTTAACGCGTCCGGCTACGGTCACGCTATCGCTAACAGGACGCTGTTCGTGTTTTTC‑AATTACACGACGACCAGCGAGGCCTACACGCTGGCGGGTATTGG‑TCAT‑AACCTGC‑TGTGGGTGACGCT‑GGGTAATACTTTATC‑AGGTGC‑CGT‑ATTCATGGGATTGGGTTATTGGTATGCTACGCCg < 2:262945/237‑1 (MQ=255) aaTCTGGATGGCGCTGCGCACTGAAGGGGCGGCGAAATTT‑ATCGCTATCTGGTGGTGTCTGCTGGCATTTATCGCGTCCGGCTACGAGCACTCTATCGCTAACATGACGCTGTTCGCGCTCTCCTGGTTCGGCAACCAC‑AGCGAAGCCTACACGCTGGCGGGGATTGG‑TCAT‑AACCTGC‑TGTGGGTGACGCT‑GGGGAATACTTTATC‑AGGTGG‑CGT‑TTTTCTGGGATTGGGGTTTTGGTATGCCACGCCgc > 1:584758/1‑250 (MQ=255) 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ggCGCTGCGCACTGAAGGGGCGGCGAAATTT‑ATCGCTATCTGGTGGTGTCTGCTGGCATTTATCGCGTCCGGCTACGAGCACTCTATCGCTAACATGACGCTGTTCGCGCTCTCCTGGTTCGGCAACCAC‑AGCGAAGCCTACACGCTGGCGGGTATTGG‑TCAT‑AACCTGC‑TGTGGGTGACGCT‑GGGTAATACTTTATC‑AGGTGC‑CGT‑ATTCATGGGATTGGGTTATTGGTATGCTACGCCGAAAGCGAATc < 1:348861/251‑1 (MQ=255) gcgtaCTGAAGGGGCTGCGAAATTT‑ATCGCTATCTGGTGGTGTCTGCTGGCATTTATCGCGGCCGGCTACGAGCACTCTATCGCTTACATGGCGCTGGTCGTGCTCTCCTGGTTCGGCAACCAC‑AGCGAAGCCTACACGCTGGCGGGTATTGG‑TCAT‑AACCTGC‑TGTGGTTGACGCT‑GGGTAATGCTTTATC‑AGGTGC‑CGT‑ATTCATTGGAGTGGGTTATTGGTATGCTACGCCGAAAGCGAATCGTcc < 1:691654/245‑1 (MQ=255) gcgcACTGAAGGGGCGGCGAAATTT‑ATCGCTATCTGGTGGTGTCTGCTGGCATTTATCGCGTCCGGCTACGAGCACTCTATCGCTAACATGACGCTGTTCGCGCTCTCCTGGTTCGGCAACCAC‑AGCGAAGGCTACACGCTGGCGGGTATTGG‑TCAT‑AACCTGC‑TGTGGGTGACGCT‑GGGTAATACTTTATC‑AGGTGC‑CGT‑ATTCATGGGATTGGGTTATTGGTATGCTACGCCGAAAGCGAATCGTCCgg < 2:119568/251‑1 (MQ=255) gcgcACTGAAGGGGCGGCGAAATTT‑ATCGCTATCTGGTGGTGTCTGCTGGCATTTATCGCGTCCGGCTACGAGCACTCTATCGCTAACATGACGCTGTTCGCGCTCTCCTGGTTCGGCAACCAC‑AGCGAAGCCTACACGCTGGCGGGTATTGG‑TCAT‑AACCTGC‑TGTGGGTGACGCT‑GGGTAATACTTTATC‑AGGTGC‑CGT‑ATTCATGGGATTGGGTTATTGGTATGCTACGCCGAAAGCGAATCGTcc < 1:106847/249‑1 (MQ=255) gcgcACTGAAGGGGCGGCGAAATTT‑ATCGCTATCTGGTGGTGTCTGCTGGCATTTATCGCGTCCGGCTACGAGCACTCTATCGCTAACATGACGCTGTTCGCGCTCTCCTGGTTCGGCAACCAC‑AGCGAAGCCTACACGCTGGCGGGTATTGG‑TCAT‑AACCTGC‑TGTGGGTGACGCT‑GGGCAATACTTTATC‑AGGTGC‑CGT‑ATTCATGGGATTGGGTTATTGGTATGCTACGCCGAAAGCGAATCGTcc < 1:460372/249‑1 (MQ=255) gcACTGAAGGGGCGGCGAAATTT‑ATCGCTATCTGGTGGTGTCTGCTGGCATTTATCGCGTCCGGCTACGAGCACTCTATCGCTAACATGACGCTGTTCGCGCTCTCCTGGTTCGGCAACCAC‑AGCGAAGCCTACACGCTGGCGGGGATTTG‑TCAT‑AACCTGC‑TGTGGGGGACGGT‑GGGGAATACTTTTTC‑AGGGGC‑CGG‑ATTCATGGGGTTGGGGTATTGGTTTGCTACGCCGAAAGCGGATCGTCCgggt > 1:308058/1‑249 (MQ=255) 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aTCTGGTGGTGTCTGCTGGCATTTATCGCGTCCGGCTACGAGCACTCTATCGCTAACATGACGCTGTTCGCGCTCTCCTGGTTCGGCAACCAC‑AGCGAAGCCTACACGCTGGCGGGTATTGG‑TCAT‑AACCTGC‑TGTGGGTGACGCT‑GGGTAATACTTTATC‑AGGTGC‑CGT‑ATTCATGGGATTGGGTTATTGGTATGCTACGCCGAAAGCGAATCGTCCGG‑TTGCGGACAAATTTAATCAAACTGAAACgg < 1:111758/250‑1 (MQ=255) ggtggtGTCTGCTGGCATTTATCGCGTCCGGCTACGAGCACTCTATCGCTAACATGACGCTGTTCGCGCTCTCCTGGTTCGGCAACCAC‑AGCGAAGCCTACACGCTGGCGGGTATTGG‑TCAT‑AACCTGC‑TGTGGGTGACGCT‑GGGTAATACTTTATC‑AGGTGC‑CGT‑ATTCATGGGATTGGGTTATTGGTATGCTACGCCGAAAGCGAATCGTCCGG‑TTGCGGACAAATTTAATCAAACTGAAACGGCTGc < 2:7531/250‑1 (MQ=255) ggtgTCTGCTGGCATTTATCGCGTCCGGCTACGAGCACTCTATCGCTAACATGACGCTGTTCGCGCTCTCCTGGTTCGGCAACCAC‑AGCGAAGCCTACACGCTGGCGGGTATTGG‑TCAT‑AACCTGC‑TGTGGGTGACGCT‑GGGTAATACTTTATC‑AGGTGC‑CGT‑ATTCATGGGATTGGGTTATTGGTATGCTACGCCGAAAGCGAATCGTCCGG‑TTGCGGACAAATTTAATCAAACTGAAACGGCTGCCGGt < 1:601336/251‑1 (MQ=255) 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aaTACTTTATC‑AGGTGC‑CGT‑ATTCATGGGATTGGGTTATTGGTATGCTACGCCGAAAGCGAATCGTCCGG‑TTGCGGACAAATTTAATCAAACTGCAACGGCTGCCGGTTAATTACTAAGGGGTTTTTACGTGGATCATTTGCCTATATTTTGCCAATTACGCGATCGCGCCTGTCTGATTGTCGGCGGTGGTGATGTCGCGGAACGCAAAGCAAGGTTGCTGTTAGACGCAGGCGCTCGCTTAACGGTGa > 1:292142/1‑250 (MQ=255) aTACTTTATC‑AGGTGC‑CGT‑ATTCATGGGATTGGGTTATTGGTATGCTACGCCGAAAGCGAATCGTCCGG‑TTGCGGACAAATTTAATCAAACTGAAACGGCTGCCGGTTAATTACTAAGGGGTTTTTACGTGGATCATTTGCCTATATTTTGCCAATTACGCGATCGCGACTGTCTGATTGTCGGCGGTGGTGATGTCGCGGAACGCAAAGCAAGGTTGCTGTTAGACGCAGGCGCTCGCTTAACGGTGAAt < 1:595701/251‑1 (MQ=255) c‑AGGTGC‑CGT‑ATTCATGGGATTGGGTTATTGGTATGCTACGCCGAAAGCGAATCGTCCGG‑TTGCGGACAAATTTAATCAAACTGAAACGGCTGCCGGTTAATTACTAAGGGGTTTTTACGTGGATCATTTGCCTATATTTTGCCAATTACGCGATCGCGACTGTCTGATTGTCGGCGGTGGTGATGTCGCGGAACGCAAAGCAAGGTTGCTGTTAGACGCAGGCGCTCGCGTAACGGTGAATGCATTAGCg < 2:70073/251‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |