| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | NC_000913 | 1,876,015 | 0 | A | G | 27.0% | 123.6 / 11.7 | 65 | I115V (ATT→GTT) | nimT | 2‑nitroimidazole exporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (7/39); new base G (17/0); total (25/40) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.42e-10 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
GCGCAGCACCGTTACTGGATACGATTCGTTCCGCTTACTCGCTGACGACAGCGCAAACCGGCTTATTGACCACCCTGCCATTATTGGCCTTTGCGCTAATCTCACCTTTGGCTGCCCCGGTAGCGCGACGTTTTGGTATGGAACGTAGCCTGTTTGCCGCGTTACTTTTGATCTGTGCTGGTATCGCAATTCGCTCTCTCCCTTCGCCTTACTTATTATTTGGCGGTACAGCGGTCATTGGCGGTGGGATTGCATTAGGCAATGTCTTACTGCCAGGATTAATTAAACGCG‑ATTTCCCTCATTCCGTCGCCAGA‑CTTACCGGCGCATATTCCCTGACAATGGGAGCTGCAGCGG‑CACTGGGATCGGCTATGG‑TCGTGCCGCTGGCTTTGAACGGTTTTGGCTGG‑CAAGGCGCG‑TTGCTCATGCTGATGTGTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAACATGCAAATTTGAGTAC > NC_000913/1875767‑1876265 | gcgcAGCACCGTTACTGGATACGATTCGTTCCGCTTACTCGCTGACGACAGCGCAAACCGGCTTATTGACCACCCTGCCATTATTGGCCTTTGCGCTAATCTCACCTTTGGCTGCCCCGGTAGCGCGACGTTTTGGTATGGAACGTAGCCTGTTTGCCGCGTTACTTTTGATCTGTGCTGGTATCGCAATTCGCTCTCGCCCTTCGCCTTACTTATTATTTGGCGGTACAGCGTTCATTGGCGGTGGGAtt < 1:148127/251‑1 (MQ=255) cccGTTACTGGATACGTTTCGTTCCGCTTACTCGCTGACGACAGCGCAAACCGGCTTATTGACCTCCCTGCCATTATTGGCCTTTGCGCTAATCTCACCTTTGGCTGCCCCGGTAGCGCGACGTTTTGGTATGGAACGTAGCCTGTTTGCCGCGTTACTTTTGATCTGTGCTGGTATCGCAATTCGCTGTCTCCCTTCGCCTGACTTAGTATTTGGCGGTACAGCGGTCATTGGCGGTGGGATTGCATTAg < 2:600182/250‑1 (MQ=255) ttcctgggaaCGATTCGTTCCGCTTACTCGCTGACGACAGCGCAAACCGACTTATTGACCCCCCTGCCAGTATTGGCCTGTGCGCTAATCTCACCTTTGGCTGCCCCGGTAGCGCGACGTTTTGGTATGGAACTTAGCCTGTTTGCCGCGTTACTTTTGATCTGTGCGGGTATCGCAATTCGCTCTCTCCCTTCGCCGTACTTATTAGTGGGCTGTACAGCGGCCATTGGCCGTCGGCTTGCATTAGGCa < 2:425269/241‑1 (MQ=255) gATACGATTCGTTCCGCTTACTCGCTGACGACAGCGCAAACCGGCTTATTGACCACCCTGCCATTATTGGCCTTTGCGCTAATCTCACCTTTGGCTGCCCCGGTAGCGCGACGTTTTGGTATGGAACGTAGCCTGTTTGCCGCGTTACTTTTGATCTGTGCTGGTATCGCAATTCGCTCTCTCCCTTCGCCTTACTTATTATTTGGCGGTACAGCGGTCATTGGCGGTGGGATTGCATTAGGCAATGTCtt < 1:462252/251‑1 (MQ=255) 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tCCGCTTACCCGCTGACGACAGCGCAAACCGGCTTATTGACCACCCTGCCATTATTGGCCTTTGCGCTAATCTCACCTTTGGCTGCCCCGGTAGCGCGACGTTTTGGTATGGAACGTAGCCTGTTTGCCGCGTTACTTTTGATCTGTGCTGGTATCGCAATTCGCTCTCTCCCTTCGCCTTACTTATTATTTGGCGGTACAGCGGTCATTGGCGGTGGGATTGCATTAGGCAATGTCTTACTGCCAGGat < 2:186993/250‑1 (MQ=255) gCTTACTCGCTGACGACAGCGCAAACCGGCTTATTGACCACCCTGCCATTATTGGCCTTTGCGCTAATCTCACCTTTGGCTGCCCCGGTAGCGCGACGTTTTGGTATGGAACGTAGCCTGTTTGCCGCGTTACTTTTGATCTGTGCTGGTATCGCAATTCGCTCTCTCCCTTCGCCTTACTTATTATTTGGCGGTACAGCGGTCATTGGCGGTGGGATTGCATTAGGCAATGTCTTACTGCCAGGattaat < 1:509383/251‑1 (MQ=255) tACTCGCTGACGACAGCGCAAACCGGCTTATTGACCACCCTGCCATTATTGGCCTTTGCGCTAATCTCACCTTTGGCTGCCCCGGTAGCGCGACGTTTTGGTATGGAACGTAGCCTGTTTGCCGCGTTACTTTTGATCTGTGCTGGTATCGCAATTCGCTCTCTCCCTTCGCCTTACTTATTATTTGGCGGTACAGCGGTCATTGGCGGTGGGATTGCATTAGGCAATGTCTTACTGCCAGGattaatt < 1:518707/249‑1 (MQ=255) 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GCGCAGCACCGTTACTGGATACGATTCGTTCCGCTTACTCGCTGACGACAGCGCAAACCGGCTTATTGACCACCCTGCCATTATTGGCCTTTGCGCTAATCTCACCTTTGGCTGCCCCGGTAGCGCGACGTTTTGGTATGGAACGTAGCCTGTTTGCCGCGTTACTTTTGATCTGTGCTGGTATCGCAATTCGCTCTCTCCCTTCGCCTTACTTATTATTTGGCGGTACAGCGGTCATTGGCGGTGGGATTGCATTAGGCAATGTCTTACTGCCAGGATTAATTAAACGCG‑ATTTCCCTCATTCCGTCGCCAGA‑CTTACCGGCGCATATTCCCTGACAATGGGAGCTGCAGCGG‑CACTGGGATCGGCTATGG‑TCGTGCCGCTGGCTTTGAACGGTTTTGGCTGG‑CAAGGCGCG‑TTGCTCATGCTGATGTGTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAACATGCAAATTTGAGTAC > NC_000913/1875767‑1876265 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |