Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 1,455,940 | 0 | A | C | 27.2% | 119.6 / 13.2 | 85 | T6P (ACC→CCC) | paaD | phenylacetate degradation protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (39/20); new base C (5/17); total (44/41) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.64e-04 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
GCACTGAGTGAAGAGGGTATTGCGGTTGATCCACGCACTTTACGCGCAGCGTGGGAAG‑CCGAAGTTTTTGCCGGGATCAAC‑GAAGCCACAT‑TGAAC‑GTACCGCAAGAGCAGGCGTATCGCACTGGCGGTAAAAAAGGACTGCATACCGAACACCTTGGACCCATGCTGGCAGAAATGCAGTATCTCCAGCGTGTCTTG‑CCC‑GGTCAGCAA‑TGGTAACAGAGGAG‑ATGGGTATGCAACGTCTGG‑CCACCATTGC‑ACCGCCACAGGTTCATGAGATATGGGCGCTACTCAGCCAGATCCCGGACCCGGAGATCCCGGTGCTGACCATTACTGATTTAGGCATGGTGCGTAATGTGACACAGATGGGAGAAGGATGGGTGATCGGCTTTACGCCGACATATTCCGGTTGTCCGGCAACGGAACATTTGATTGGCGCGATACGTGAGGCAATGACAACCAACGGGTTTACCCCCGTTCAGGTTGTGCTGCAACTCG > NC_000913/1455695‑1456186 | gCACTGAGTGAAGAGGGTATTGCGGTTGATCCACGCACTTTACGCGCAGCGTGGGAAG‑CCGAAGTTTTTGCCGGGATCAAC‑GAAGCCACAT‑TGAAC‑GTACCGCAAGAGCAGGCGTATCGCACTGGCGGTAAAAAAGGACTGCATACCGAACACCTTGGACCCATGCTGGCAGAAATGCAGTATCTCCAGCGGGTCTTG‑CCC‑GGTCAGCAA‑TGGTAACAGAGGAG‑ATGGGTATGCAACGTCTGG‑CCACCAtt < 2:682138/251‑1 (MQ=255) cACTGAGTGAAGAGGGTATTGCGGTTGATCCACGCACTTTACGCGCCGCGTGGGAAG‑CCGAAGTTTTTGCCGGGATCAAC‑GAAGCCACAT‑TGAAC‑GTACCGCAAGAGCAGGCGTATCGCACTGGCGGTAAAAAAGGACTGCATACCGAACACCTTGGACCCATGCTGGCAGAAATGCAGTATCTCCAGCGTGTCTTG‑CGC‑GGTCAGCAA‑TGGTAACAGAGGAG‑ATGGGTATGCAACGTCTGG‑CCCCCATTg < 1:333427/251‑1 (MQ=255) tGAGTGATGAGGGCATTACGGATGATCTCCGCACTTTACGCGCAGCGTGGGACG‑CCGAAGTTTTTGCCGCGATCAAC‑GAAGCCACAT‑TCCAC‑GTACCGCAAGAGCAGGCGTATCGCACTGGCGGTAAACAAGGAATTCACAACGACCAACTTTGGCCAAAGCTGGCAGGAATGCAGTATCTCCACAGTGTCTTG‑CCC‑CGTCAGACA‑TGGCAACAGAGGAG‑ATGGGTTCGCCACGTCTGG‑CCCCCAATGC‑Ac > 2:358484/1‑251 (MQ=255) gAGTGAAGAGGGTATTGCGGTTGATCCACGCACTTTACGCGCAGCGTGGGAAG‑CCGAAGTTTTTGCCGGGATCAAC‑GAAGCCACAT‑TGAAC‑GTACCGCAAGAGCAGGCGTATCGCACTGGCGGTAAAAAAGGACTGCATACCGAACACCTTGGACCCATGCTGGCAGAAATGCAGTATCTCCAGCGTGTCTTG‑CCC‑GGTCAGCAA‑TGGTAACAGAGGAG‑ATGGGTATGCAACGTCTGG‑CCACCATTGC‑a < 2:542589/249‑1 (MQ=255) aaGAGGGTTTTGCGGCTGTTTCAAGCACTTTAAGCGCAGCGTGGGAAG‑CCGGAGTTTTTGCCGGGATCAAC‑GAAGCCACAT‑TGAAC‑GTACCGCAAGAGCCGGCGTATCGCACTGGCGGGAAAAACGGACTGCATACCGAACACCCTTGACCCCTGCTGGCAGAAATGCAGTCTCCCCCACGCGCTTTG‑CCC‑GGTTAGCCT‑TGGGAACTGAGGAG‑AAGGGGGTGGAACGTCTGG‑ccacccattacacacacc > 2:443153/1‑238 (MQ=255) gagGGTATTGCGGTTGATCCACGCACTTTACGCGCAGCGTGGGAAG‑CCGAAGTTTTTGCCGGGATCAAC‑GAAGCCACAT‑TGAAC‑GTACCGCAAGAGCAGGCGTATCGCACTGGCGGTAAAAAAGGAATGCATACCGAAACCCTTGGACCCATGCCGGCAGAAAAGCAGGATCTCCAGCGTGTCCTG‑CCC‑GGGCAGCAA‑TGGTAACAGAGGGG‑ATGGGTCTGGCACGTCTGG‑CCACCAGTTC‑ACCGCcac > 2:528091/1‑249 (MQ=255) gttttgcgtctgacccccccACTTTACGCCCAGCGTGGAAAG‑CCGAAGTTTTTTCGGGGATCAAC‑GAGGCCACAT‑‑GAACCGTACCGAAAGAGCGGGCTTACCGCACTGGGGGAAAAAAAGGACTGCATCCCGAACACCTTGGACCCATGCTGGCAGAAATGCATTATCTCCAGCTTGTCTTG‑CCC‑GCTCAGAAA‑TGGAAACAGAGGAA‑ATGGTTAGGCAACGTCTGG‑CCACCATTGC‑GCCGCCACAGGTTc < 2:341297/232‑1 (MQ=255) tATTGCGGTTGATCCACGCACTTTACGCGCAGCGTGGGAAG‑CCGAAGTTTTTGCCGGGATCAAC‑GAAGCCACAT‑TGAAC‑GTACCGCAAGAGCAGGCGTATCGCACTGGCGGTAAAAAAGGACTGCATACCGAACACCTTGGACCCATGCTGGCAGAAATGCAGTATCTCCAGCGTGTCTTG‑CCC‑GGTCAGCAA‑TGGTAACAGAGGAG‑ATGGGTATGCAACGTCTGG‑CCACCATTGC‑AACGCCACAGGTTc > 1:25226/1‑250 (MQ=255) tGCGGTTGATCCACGCACTTTCCGCGCAGCGTGGGAAG‑CCGAAGTTTTTGCCGGGATCAAC‑GAAGCCACAT‑TGAAC‑GTACCGCAAGAGCAGGCGTATCGCACTGGCGGTAAAAAAGGACCGCATACCGAACACCTTGGACCCATTCTGGCCGAAATGCAGTATCTCCAGCGTGTCTTG‑CCC‑GGTCAGCAA‑TGGTAACAGAGGAG‑ATGGGTATGCAACGGCTGG‑CCCCCATTGC‑CCCGCCACAgggtcctg > 2:459377/1‑244 (MQ=255) ttGATCCACGCACTTTACGCGCAGCGTGGGAAG‑CCGAAGTTTTTGCCGGGATCACC‑GAAGCCACAT‑TGAAC‑GTACCGCAAGAGCAGGCGTATCGCACTGGCGGTAAAAAAGGACTGCATACCGAACACCTTGGAACCCTGCTGGCAGAAATGCAGTATCTCCAGCGTGTCTTG‑CCC‑GGTCAGCAA‑TGGGAACAGAGGAG‑ATGGGGATGCAACGTCTGG‑CCACCATTGC‑ACCGCCCCAGGTTCATGAGatat > 2:435927/1‑251 (MQ=255) 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aCTTTACGCGCAACGTGGGAAA‑CCGAAGCTTTTGCCGAGATAAAC‑GAAACCAAAT‑TGCAC‑GTACCGCAAGAGCAGGCGTATCGCACTGGCGGCAAAAAAGGACAGCATCCCCAACACCTTGGACCCATGGCGGCAGATATGCAGTATATCCAGCGGGACTTG‑CCC‑GGTCAGCAA‑TCGGAAAAGAGGAG‑ATGGGTAATCAACGGCTGG‑CCACCATTGC‑TCCGCCACCGGTTCCTGAGCAATAGGCGCTACTc > 2:348600/1‑251 (MQ=255) aCGCGCAGCGTGGGAAG‑CCGAAGTTTTTGCCGGGATCAAC‑GAAGCCACAT‑TGAAC‑GTACCGCAAGAGCAGGCGTATCGCAATGGCGGAAAAAAAGGACTGAATACCGAAACCCTTGGACCCAAGCTGGCAGAAATGCAGTATATCCAGCGGGTCTTG‑CCC‑GGTCAGCAA‑TGGCAACAGAGGAG‑AAGGGGATGCAAAGTCTGG‑CCACCATTGA‑ACCGCCACAGGGTCATGAGATAAGGGCGCTACTCAGcc > 1:77146/1‑250 (MQ=255) aCGCGCAGCGTGGGAAG‑CCGAAGTTTTTGCCGGGAT‑ACCAGAAGCCACAT‑TGAAC‑GTACCGCAAGAGCAGGCGTATCGCACTGGCGATCAAAAAGGACTGCATAACGAACACCTTCGACCCATGCTGGCCGAAAAGCAGTCTCTCCCGCGGGTCTTG‑CCC‑GCTCAGCAA‑TGGTCACAGCGGAG‑ATAGGTATGCAACGGCTGG‑CCCCCATAGC‑ACCCCCGCATGTGCCTGCGATTTTGGCGCTACTCAGccc > 2:631974/1‑250 (MQ=255) aGCGTGGGAAG‑CCGAAGTTTTTGCCGGGATCAAC‑GAAGCAACAT‑TGAAC‑GTCCCGCAAGAGCAGGCGCATCGCACTGGCGGTAAACAACGACTGCCTCCCCCACACCTTGGACCCCTGCTGGCAGAAATGCAGTATCTCCAGCGAGTCCTG‑CCC‑CGTCAGCCA‑TGGGAACAGAGGAG‑ATGGGAATGCCACGTCTGG‑CCACCATTGC‑ACCGCCACAGGTTCATGAGATCTGGGCGCTACTCAGCCAGATccc > 1:418558/1‑251 (MQ=255) gTGGGAAG‑CCGAAGTTTTTGCCGGGATCAAA‑GAAGCCACAT‑TGAAC‑GTACCGCAAGAGCAGGCGTATCGCACTGGCGGTAAAAAAGGACTGCATACCGAAAACCTTGGACCCATGCTGGCAAAAATGCAGTATCTCCAGCGAGTATTT‑CAC‑GGTCAGCAA‑TGGTAACAGAGGAG‑ATGGGTATGCAACGTCTGG‑CCACCATTGC‑ACCGCCAAAGGTTCATGAGACATGGGCGATACTCAGCCAGATcccgg > 1:48560/1‑250 (MQ=255) acagacgggggcccttccgatcggggATAAAC‑GAAGCCACAT‑GGAAC‑GTCCCGAAAGAGCAGGCGTAGCGCACGGGCGGTAAAAAAGGACGGCATACCGAACACCTGGGACCCAGGCGGGAAGAAAGGCAGTATCTCCAGCGGGTCGGG‑CCC‑GGGCAGAAA‑GGGAAACAGAGGAG‑AGGGGTATGAAACGTGGGG‑CCACGAGTGC‑GCCGCCACAGGTTCATGAGATATGGGCGCTACTCAGCCAGATcccgg < 1:648633/228‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |