| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| JC JC | NC_000913 | 577,688 | IS3 (+) +3 bp | coding (76‑78/498 nt) | rrrD → | lysozyme |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 316483 | NA (NA) | 40 (0.610) | 39/488 | 0.7 | 100% | noncoding (1255/1255 nt) | IS3 | repeat region |
| ? | NC_000913 | 577688 = | 0 (0.000) | coding (76/498 nt) | rrrD | lysozyme | |||||
| * | ? | NC_000913 | 566777 = | NA (NA) | 55 (0.830) | 51/488 | 0.3 | 100% | noncoding (1/1258 nt) | IS3 | repeat region |
| ? | NC_000913 | = 577690 | 0 (0.000) | coding (78/498 nt) | rrrD | lysozyme | |||||
TCAGAAGACGTCTGCTGATTTTGCTGTTTACTGCGCCAGTTGTAGAGTTGTGATTCATACAGGCTGAGTTCACGGGCTGCGGCAGTAACACCGATGCGTTCAGCAAGCTTCAGGGCTTCACTGCGAAATTCAGGCGAATGCTGTTTACGGGGTTTTTTACTGGTTGATACTGTTTTTGTCATGTGAGTCACCTCTGACTGAGAGTTT‑ACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_000913/567023‑566777‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑AGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAGCAACGGCTTTTCGTAATGATGGAGGCATTATTCACCTCTCGCAGCCTTGCGCTTATCTTCTTTAATCTTGAAATAAAGGTTTGTCAGGTACGTCAGCAGGCCAAATACCAGGCTACCCAGCACACCTATTGCTGCCCACTGTGAGGGAGTGACTTTATCTAGCAGCTGTAAAAACCAGTACCCGGCACTACCTG < NC_000913/577690‑577447 TCAGAAGACGTCTGCTGATTTTGCTGTTTACTGCGCCAGTTGTAGCGTTGTGATTAATACAGGCTGAGTTCACGGGCAGCGGCAGAAACACCGATGCGTTCAGAACGCTTCAGGGCTTCACTGCGAAATTCAGGCGAATGCTGTTTACGGGGTTTTTTACTGGTTGATACTGTTTTTGTCATGTGAGTCACCTCTGACTGAGCGTTT‑ACTCACGTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAG > 2:627850/1‑249TCAGAAGACGTCTGCTGATTTTGCTGTTTACTGCGCCAGTTGTAGAGTTGTGATTCATACAGGCTGAGTTCACGGGCTGCGGCAGTAACACCGATGCGTTCAGCAAGCTTCAGGGCTTCACTGCGAAATTCAGGCGAATGCTGTTTACGGGGTTTTTTACTGGTTGATACTGTTTTTGTCATGTGAGTCACCTCTGACTGAGAGTTT‑ACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGT < 2:513621/250‑1 AGAAGACGTCTGCTGATTTTGCTGTTTACTGCGCCAGTTGTAGAGTTGTGATTCATACAGGCTGAGTTCACGGGCTGCGGCAGTAACACCGATGCGTTCAGCAAGCTTCAGGGCTTCACTGCGAAATTCAGGCGAATGCTGTTTACGTGGTTTTTTACTGGTTGATACTGTTTTTGTCATGTGAGTCACCTCTGACTGAGAGTTT‑ACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGAT < 2:619627/251‑1 AGAAGACGTCTGCTGATTTTGCTGTTTAATGCGCCAGTTGTAGAGTTGTGATTCATACAGGCTGAGTTCACGGGCTGCGGCAGTAACACCGATGCGTTCAGCAAGCTTCAGGGCTTCACTGCGAAATTCAGGCGAATGCTGTTTACGGGGTTTTTTACTGGTTGATACTGTTTTTGTCATGTGAGTCACCTCTGACTGAGAGTTT‑ACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGAT > 1:263461/1‑251 AGACGTCTGCTGATTTTGCTGTTTACTGCGCCAGTTGTAGAGTTGTGATTCATACAGGCTGAGTTCACGGGCTGCGGCAGTAACACCGATGCGTTCAGCAAGCTTCAGGGCTTCACTGCGAAATTCAGGCGAATGCTGTTTACGGGGTTTTTTACTGGTTGATACTGTTTTTGTCATGTGAGTCACCTCTGACTGAGAGTTT‑ACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAA < 2:503311/251‑1 GTCTGCTGATTTTGCTGTTTACTGCGCCAGTTGTATAGTTGTGATTCATACAGGCTGAGTTCACGGGCTGCGGCAGTAACACCGATGCGTTCAGCAAGCTTCAGGGCTTCACTGCGAAATTCAGGCGAATGCTGTTTACGGGGTTTTTTACTGGTTGATACTGTTTTTGTCATGTGAGTCACCTCTGACTGAGAGTTT‑ACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACT > 1:29587/1‑251 CTGATTTTGCTGTTTACTGCGCCAGTTGTAGAGTTGTGATTCATACAGGCTGAGTTCACGGGCTGCGGCAGTAACAACGATGCGATCAGCAAGCTTCAGGGCTTCACTGAGAAATTCAGGCGAATGCTGTTTACGGGGTTTTTTACTGGTTGATACTGTTTTTGTCATGTGAGTCACCTCTGACTGAGAGTTT‑ACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGC > 1:356899/1‑251 GCTGTTTACTGCGCCAGTTGTAGAGTTGTGATTCATACAGGCTGAGTTCACGGGCTGCGGCAGTAACACCGATGCGTTCAGCAAGCTTCAGGGCTTCACTGCGAAATTCAGGCGAATGCTGTTTACGGGGTTTTTTACTGGTTGATACTGTTTTTGTCATGTGAGTCACCTCTGACTGAGAGTTT‑ACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAA < 1:347377/251‑1 ACTGCGCCAGTTGTAGAGTTGTGATTCATACAGGCTGAGTTCACGGGCTGCGGCAGTAACACCGATGCGTTCAGCAAGCTTCAGGGCTTCACTGCGAAATTCAGGCGAATGCTGTTTACGTGGTTTTTTACTGGTTGATACTGTTTTTGGCATGTGAGTCTCCTCTGACTGAGAGTTT‑ACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTAGTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCC < 1:656807/251‑1 GTTGTAGAGTTGTGATTCATACAGGCTGAGTTCACGGGCTGCGGCAGTAACACCGATGCGTTCAGCAAGCTTCAGGGCTTCACTGCGAAATTCAGGCGAATGCTGTTTACGGGGTTTTTTACTGGTTGATACTGTTTTTGTCATGTGAGTCACCTCTGACTGAGAGTTT‑ACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAAT < 1:43017/251‑1 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GCAAGCTTCAGGGCTTCACTGCGAAATTCAGGCGAATGCTGTTTACGGGGTTTTTTACTGGTTGATACTGTTTTTGTCATGTGAGTCACCTCTGACTGAGAGTTT‑ACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATTCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAGCAACGGCTTTGCGTAATGATGGAGGCATTATTCACCTCTCGCAGCCTTGCGCTTAT < 1:356367/251‑1 CAGGGCTTCACTGCGAAATTCAGGCGAATGCTGTTTGCGGGGTTTTTTACTGGTTGATTCTGTTTTTGTCATGTGAGTCACCTCTGACGGAGAGTTT‑ACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAGCAACGGCTTTTCGTAATGAGGTAGGCATTATTCACCTCTCGCAGCCTTGCGCTTATCTTCTTT < 1:627850/250‑1 GAAATTCAGGCGAATGCTGTTTACGGGGTTTTTTACTGGTTGATACTGTTTTTGTCATGTGAGTCACCTCTGACTGAGAGTTT‑ACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAGCAACGGCTTTTCGTAATGATGGAGGCATTATTCACCTCTCGCAGCCTTGCGCTTATCTTCTTTAATCTTGAAATAA > 1:247080/1‑249 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AATGCTGTTTACGGGGTTTTTTACTGGTTGATACTGTTTTTGTCATGTGAGTCACCTATGACTGAGAGTTT‑ACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAGCAACGGCTTTTCGTAATGATGGAGGCATTATTCACCTCTCGCAGCCTTGCGCTTCTCTTCTTTAATCTTGAAATAAAGGTTTGTCAGGT > 2:454052/1‑250 GTTTACGGGGGTTTTTACTGGTTTATACTGTTTTTGTCATGTGAGTCACCTCTGACTGAGAGGTT‑ACTCACGTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCGGCAGCAACGGCTTTTCGGAATGATGGAGGCATTATTCACCTCTCGCAGCCTTGCGTTTATCTTCTTTAATCTGGAAATAAAGGTTTGTCAGGTACGTC < 2:661898/249‑1 CGGGGTTTTTTACTGGTTGATACTGTTTTTGTCATGTGCGTCACCTCTGACTGAGAGTTT‑ACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAGCAACGGCTTTTCGTAATGATGGAGGCATTATTCACCTCTCGCAGCCTT > 1:454607/1‑198 CGGGGTTTTTTACTGGTTGATACTGTTTTTGTCATGTGAGTCACCTCTGACTGAGAGTTT‑ACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCGCCGCCACCAATAGCAGCAGCAACGGCTTTTCGTAATGATGGAGGCATTATTCACCTCTCGCAGCCTT < 2:454607/198‑1 GGGGTTTTTTACTGGTTGATACTGTTTTTGTCATGTGAGTCACCTCTGACTGAGAGTTT‑ACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAGCAACGGCTTTTCGTAATGAAGGAGGCATTATTCACCTCTCGCAGCCTTGCGCTTATCTTCTTTAATCTTGAAATAAAGGTTTGTCAGGTACGTCAGCAGGCC < 1:575424/251‑1 GGGTTTTTTACTGGTTGATACTGTTTTTGTCATGTGAGTCACCTCTGACTGAGAGTTT‑ACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAGCAACGGCTTTTCGTAATGATGGAGGCATTATTCACCTCTCGCAGCCTTGCGCTTATCTTCTTTAATCTTGAAATAAAGGTTTGTCAGGTACGTCTGCAGGCC > 2:505183/1‑250 TTTTTACTGGTTGATACTGTTTTTGTCATGTGAGTAACCTCTGCCTGAGAGTTT‑ACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAAGAGCAGCAGCAACGGCTTTTCGTAATGATGGAGGCATTATTCACCTCGCGCAGCCTTGCGCTTATCTTCTTTAATCTTGAAATAAAGGTTTGTCAGGTACGTCAGCAGGCCAAAT < 2:241644/250‑1 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T‑ACTCACTTAGCCGCGTGACCCCCATTGCTGGGTAAGAACAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAGCAACTGCTTTTCGTAATGATGGAGGCATTATTCACCTCTCGCAGCCTTGCGCTTATCTGCTTTAATCTTGAAATAAAGGTTTGTCAGGTACGTCAGCAGGCCAAATACCAGGCTACTCAGCACACCTATTGCTTCCCACTGTGAGGGAGTGACTTTATC < 2:210613/250‑1 TAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAGCAACGGCTTTTCGTAATGATGGAGGCATTATTCACCTCTCGCAGCCTTGCGCTTATCTTCTTTAATCTTGAAATAAAGGTTTGTCAGGTACGTCAGCAGGCCAAATACCAGGCTACCCAGCACACCTATTGCTGCCCACTGTGAGGGAGTGACTTTATCTAGCAGCTG > 1:469474/1‑251 GTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAGCAACGGCTTTTCGTAATGATGGAGGCATTATTCACCTCTCGCAGCCTTGCGCTTATCTTCTTTAATCTTGAAATAAAGGTTTGTCAGGTACGTCAGCAGGCCAAATACCAGGCTACCCAGCACACCTATTGCTGCCCACTGTGAGGGAGTGACTTTATCTAGCAGCTGTAAAAAC > 1:400224/1‑251 ATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAGCAACGGCTTTTCGTAATGATGGAGGCATTATTCACCTCTCGCAGCCTTGCGCTTATCTTCTTTAATCTTGAAATAAAGGTTTGTCAGGTACGTCAGCAGGCCAAATACCAGGCTACCCAGCACACCTATTGCTGCCCACTGTGAGGGAGTGACTTTATCTAGCAGCTGTAAAAACCAGTACC < 2:543660/249‑1 GCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAGCAACGGCTTTTCGTAATGATGGAGGCATTATTCACCTCTCGCAGCCTTGCGCTTATCTTCTTTAATCTTGAAATAAAGGTTTGTCAGGTACGTCAGCAGGCCAAATACCAGGCTACCCAGCACACCTATTGCTGCCCACTGTGAGGGAGTGACTTTATCTAGCAGCTGTAAAAACCAGTACCCGGCc > 2:574752/1‑250 TAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAGCAACGGCTTTTCGTAATGATGGAGGCATTATTCACCTCTCGCAGCCTTGCGCTTATCTTCTTTAATCTTGAAATAAAGGTTTGTCAGGTACGTCAGCAGGCCAAATACCAGGCTACCCAGCACACCTATTGCTGCCCACTGTGAGGGAGTGACTTTATCTAGCAGCTGTAAAAACCAGTACCCGGCACTACCT > 2:8985/1‑251 AAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAGCAACGGCTTTTCGTAATGATGGAGGCATTATTCACCTCTCGCAGCCTTGCGCTTATCTTCTTTAATCTTGAAATAAAGGTTTGTCAGGTACGTCAGCAGGCCAAATACCAGGCTACCCAGCACACCTATTGCTGCCCACTGTGAGGGAGTGACTTTATCTAGCAGCTGTAAAAACCAGTACCCGGCACTACCTG > 2:203362/1‑251 TCAGAAGACGTCTGCTGATTTTGCTGTTTACTGCGCCAGTTGTAGAGTTGTGATTCATACAGGCTGAGTTCACGGGCTGCGGCAGTAACACCGATGCGTTCAGCAAGCTTCAGGGCTTCACTGCGAAATTCAGGCGAATGCTGTTTACGGGGTTTTTTACTGGTTGATACTGTTTTTGTCATGTGAGTCACCTCTGACTGAGAGTTT‑ACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_000913/567023‑566777‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑AGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAGCAACGGCTTTTCGTAATGATGGAGGCATTATTCACCTCTCGCAGCCTTGCGCTTATCTTCTTTAATCTTGAAATAAAGGTTTGTCAGGTACGTCAGCAGGCCAAATACCAGGCTACCCAGCACACCTATTGCTGCCCACTGTGAGGGAGTGACTTTATCTAGCAGCTGTAAAAACCAGTACCCGGCACTACCTG < NC_000913/577690‑577447 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |