Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 4,585,480 | G→A | Q428* (CAA→TAA) | hsdR ← | type I restriction enzyme EcoKI endonuclease subunit |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 4,585,480 | 0 | G | A | 96.5% | 304.9 / ‑1.9 | 86 | Q428* (CAA→TAA) | hsdR | type I restriction enzyme EcoKI endonuclease subunit |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/2); new base A (46/37); total (47/39) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.88e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
GCCTGTTCGCCAAGAGAACGGCGGTCGACAAGGAAGAGAATGCGTTTAAAACGCTGGGACTGGATCAGGCGGAACATCATGGCGATTGCCGTACGGGTTTTACCGGTACCGGTCGCCATCGCCAGCAGGATCTCTTGTTGCCCCTTGACGATTGCCTTTTCAACCGCGCGGACGGCATCTTCCTGATAATAACGCAGGCCCAGCTCGCTCATGCCAGGGTTATCGGCAAACCACTGATTCTGTTTTTGCGGTTCGCTGCCGAGCATTTCCAGCAGCTCTTCCGGGCGGTGCCACTCGGGTAAGGCTTTCGACATATTGCGGGTATCACGCACGTCGCGATACCAGATGCCGCTTTTGGTCTTCATTGTTGCGCGGTATTCGCGCCCGTTGGTCGAGTAGCAGAAGGGGATTTTAAACCGTTGTTTGCCGCTGGTGTCCTGCCAGCTGGTTTCATACTCTGGCACTGCTTCATGCACTTCATCCGGTGAGT > NC_000913/4585233‑4585722 | gcCTGTCCGCCAAGAGAACGGCGGTCGACAAGGAAGAGAATGCGTTTAAAACGCTGGGACTGGATCAGGCGGAACATCATGGCGATTGCCGTACGGGTTTTACCGGTACCGGTCGCCATCGCCAGCAGGATCTCTTGTTGCCCCTTGACGATTGCCTTTTCAACCGCGCGGACGGCATCTTCCTGATAATAACGCAGGCCCAGCTCGCTCATGCCAGGGTTATCGGCAAACCACTGATTCTGTTTTTACgg > 1:160072/1‑251 (MQ=255) gCCAAGAGAACGGCGGTCGACAAGGAAGAGAATGCGTTTAAAACGCTGGGACTGGATCAGGCGGAACATCATGGCGATTGCCGTACGGGTTTTACCGGTACCGGTCGCCATCGCCAGCAGGATCTCTTGTTGCCCCTTGACGATTGCCTTTTCAACCGCGCGGACGGCATCTTCCTGATAATAACGCAGGCCCAGCTCGCTCATGCCAGGGTTATCGGCAAACCACTGATTCTGTTTTTACGGTTCGCTGc < 2:444144/251‑1 (MQ=255) agagAACGGCGGTCGACAAGGAAGAGAATGCGTTTAAAACGCTGGGACTGGATCAGGCGGAACATCATGGCGATTGCCGTACGGGTTTTACCGGTACCGGTCGCCATCGCCAGCAGGATCTCTTGTTGCCCCTTGACGATTGCCTTTTCAACCGCGCGGACGGCATCTTCCTGATAATAACGCAGGCCCAGCTCGCTCATGCCAGGGTTATCGGCAAACCACTGATTCTGTTTTTACGGTTCGCTGCCGAg < 1:299312/251‑1 (MQ=255) agaACGGCGGTCGACAAGGAAGAGAATGCGTTTAAAACGCTGGGACTGGAACAGGAGGAACATCCTGGAGATTGCCGTACGGGTTTTACCGGTACCGGTCGCCCACGCCAGCAGGATCTCTTGTTTCCCCTTGACGATTGCCTTTTCCACCGCGCGGACGGCATCTTCCTGATAATAACGCAGGCCCAGCTCGCTCATGCCAGGGTTATCGGCAAACCACTGAATCTGTTTTTACGGTTCGCTGCCGAGcc > 2:364217/1‑250 (MQ=255) 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gTCGACTAGGAAGAGAATGCGTTTAAAACGCTGGGACTGGATCAGGCGGAACATCATGGCGATTGCCGTACGGGTTTTACCGGTACCGGTCGCCATCGCCAGCAGGATCTCTTGTTGCCCCTTGACGATTGCCTTTTCAACCGCGCGGACGGCATCTTCCTGATAATAACGCAGGCCCAGCTCGCTCATGCCAGGGTTATCGGCAAACCACTGATTCTGTTTTTACGGTTCGCTGCCGAGCATTTCcagc > 1:165987/1‑250 (MQ=255) cGACAAGGAAGAGAATGCGTTTAAAACGCTGGGACTGGATCAGGCGGAACATCATGGCGATTGCCGTACGGGTTTTACCGGTACCGGTCGCCATCGCCAGCAGGATCTCTTGTTGCCCCTTGACGATTGCCTTTTCAACCGCGCGGACGGCATCTTCCTGATAATAACGCAGGCCCAGCTCGCTCATGCCAGGGTTATCGGCAAACCACTGATTCTGTTTTTACGGTTCGCTGCCGAGCATTTCCagcagc < 1:566105/251‑1 (MQ=255) cGACAAGGAAGAGAATGCGTTTAAAACGCTGGGACTGGATCAGGCGGAACATCATGGCGATTGCCGTACGGGTTTTACCGGTACCGGTCGCCATCGCCAGCAGGATCTCTTGTTGCCCCTTGACGATTGCCTTTTCAACCGCGCGGACGGCATCTTCCTGATAATAACGCAGGCCCAGCTCGCTCATGCCAGGGTTATCGGCAAACCACTGATTCTGTTTTTACGGTTCGCTGCCGAGCATTTCCagcagc > 2:345069/1‑251 (MQ=255) 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GCCTGTTCGCCAAGAGAACGGCGGTCGACAAGGAAGAGAATGCGTTTAAAACGCTGGGACTGGATCAGGCGGAACATCATGGCGATTGCCGTACGGGTTTTACCGGTACCGGTCGCCATCGCCAGCAGGATCTCTTGTTGCCCCTTGACGATTGCCTTTTCAACCGCGCGGACGGCATCTTCCTGATAATAACGCAGGCCCAGCTCGCTCATGCCAGGGTTATCGGCAAACCACTGATTCTGTTTTTGCGGTTCGCTGCCGAGCATTTCCAGCAGCTCTTCCGGGCGGTGCCACTCGGGTAAGGCTTTCGACATATTGCGGGTATCACGCACGTCGCGATACCAGATGCCGCTTTTGGTCTTCATTGTTGCGCGGTATTCGCGCCCGTTGGTCGAGTAGCAGAAGGGGATTTTAAACCGTTGTTTGCCGCTGGTGTCCTGCCAGCTGGTTTCATACTCTGGCACTGCTTCATGCACTTCATCCGGTGAGT > NC_000913/4585233‑4585722 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |