| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 82,957 | C→T | V191V (GTG→GTA) | leuA ← | 2‑isopropylmalate synthase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 82,957 | 0 | C | T | 94.4% | 110.5 / ‑6.1 | 37 | V191V (GTG→GTA) | leuA | 2‑isopropylmalate synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/0); new base T (20/14); total (23/14) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.11e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.87e-01 | |||||||||||
GCTGGTGCGCCATATCTCCTGGTGATTAATGGCGGTGTGGACGTTGAGAATATCCTTACGAACTTTGATCGCCATGATGACTTCTTCCAGGGAACAGTTTCCGGCACGCTCGCCGATCCCGTTCATTGCGCCTTCCACCTGGCGTGCACCGGCATGTACCGCCGCCAGTGAGTTTCCGACCGCCAGGCCCAAATCGTCGTGGGTATGTACGGAGATAATGGCTTTGTCGATGTTAGGCACGCGTTCATACAGGCCGCTGATGATTCCGGCGAACTCAAACGGCATGGTGTAGCCCACGGTGTCCGGAATGTTGATGGTGGTGGCACCGGCATTAATCGCCGCTTCGACCACTCGCGCCAGATCGGCAATGGGTGTACGCCCGGCATCTTCGCAAGAAAATTCAACATCATCGGTGTAATTACGGGCGCGTTTCACCATATAGATAGCGCGTTCGATCACCTCGTCCAGCGTGCTGCGCA > NC_000913/82720‑83198 | gctggTGCGCCATATCTCCTGGTGATTAATGGCGGTGTGGACGTTGAGAATATCCTTACGAACTTTGATCGCCATGATGACTTCTTCCAGGGAACAGTTTCCGGCACGCTCGCCGATCCCGTTCATTGCGCCTTCCACCTGGCGTGCACCGGCATGTACCGCCGCCAGTGAGTTGCCGACCGCCAGGCCTAAATCGTCGTGGGTATGTACGGAAATAATGGCTTTGTCGATGTTAGGTACGCGTTCATACa < 1:49685/251‑1 (MQ=255) 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GCTGGTGCGCCATATCTCCTGGTGATTAATGGCGGTGTGGACGTTGAGAATATCCTTACGAACTTTGATCGCCATGATGACTTCTTCCAGGGAACAGTTTCCGGCACGCTCGCCGATCCCGTTCATTGCGCCTTCCACCTGGCGTGCACCGGCATGTACCGCCGCCAGTGAGTTTCCGACCGCCAGGCCCAAATCGTCGTGGGTATGTACGGAGATAATGGCTTTGTCGATGTTAGGCACGCGTTCATACAGGCCGCTGATGATTCCGGCGAACTCAAACGGCATGGTGTAGCCCACGGTGTCCGGAATGTTGATGGTGGTGGCACCGGCATTAATCGCCGCTTCGACCACTCGCGCCAGATCGGCAATGGGTGTACGCCCGGCATCTTCGCAAGAAAATTCAACATCATCGGTGTAATTACGGGCGCGTTTCACCATATAGATAGCGCGTTCGATCACCTCGTCCAGCGTGCTGCGCA > NC_000913/82720‑83198 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |