| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 82,909 | C→T | L207L (TTG→TTA) | leuA ← | 2‑isopropylmalate synthase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 82,909 | 0 | C | T | 96.8% | 92.5 / ‑4.6 | 31 | L207L (TTG→TTA) | leuA | 2‑isopropylmalate synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base T (15/15); total (16/15) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.40e-01 | |||||||||||
CAACAATGGCTTTGTTTGCCGGGATCGGCATATTACAAATCTGGCTAACTAACTGGCTGGTGCGCCATATCTCCTGGTGATTAATGGCGGTGTGGACGTTGAGAATATCCTTACGAACTTTGATCGCCATGATGACTTCTTCCAGGGAACAGTTTCCGGCACGCTCGCCGATCCCGTTCATTGCGCCTTCCACCTGGCGTGCACCGGCATGTACCGCCGCCAGTGAGTTTCCGACCGCCAGGCCCAAATCGTCGTGGGTATGTACGGAGATAATGGCTTTGTCGATGTTAGGCACGCGTTCATACAGGCCGCTGATGATTCCGGCGAACTCAAACGGCATGGTGTAGCCCACGGTGTCCGGAATGTTGATGGTGGTGGCACCGGCATTAATCGCCGCTTCGACCACTCGCGCCAGATCGGCAATGGGTGTACGCCCGGCATCTTCGCAAGAAAATTCAACATCATCGGTGTAATTACGGG > NC_000913/82665‑83144 | caacaaTGGCTTTGTTTGCCGGGATCGGCATATTACAAATCTGGCTAACTAACTGGCTGGTGCGCCATATCTCCTGGTGATTAATGGCGGTGTGGACGTTGAGAATATCCTTACGAACTTTGATCGCCATGATGACTTCTTCCAGGGAACAGTTTCCGGCACGCTCGCCGATCCCGTTCATTGCGCCTTCCACCTGGCGTGCACCGGCATGTACCGCCGCCAGTGAGTTGCCGACCGCCAGTCCTAAAtcg < 1:230051/251‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |