| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,492,890 | 0 | T | G | 33.3% | 40.2 / 10.0 | 36 | V108G (GTG→GGG) | tsgA | putative transporter TsgA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (9/15); new base G (11/1); total (20/16) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.53e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
GAAATATCGCCGATTATTTCAATCTGCCTGTTTCCAGTATGAGTAATACCTTCACCTTCCTCAACGCCGGCATTTTAATCTCTATCTTCCTCAACGCCTGGCTGATGGAAATCGTCCCGTTGAAAACGCAGTTACGTTTTGGCTTTCTCCTGATGGTGCTGGCGGTTGCCGG‑TTTGATGTTCAGCCACAGCCTGGCGCTGTTCTCGGCGGCGATGTTCATTCTCGGGGTGGTCAGCGGCATCACCATGTCGATTGG‑TACATTCCTGGTAACACAA‑ATGTATGAAGGGCGTCAGCGCGG‑TTCCCGCCTGTTATTTACCGACTCCTTCTTCAGTATGGCTGGGATG‑ATTTTCCCAATGATCGCCGCGTTTCTACTGGCGCGCAGCATTGAGTGGTACTGGGTTTATGCCTGCATCGGGCTGGTGTATGTCGCTATTTTTATTCTGACCTTCGGCTG > NC_000913/3492662‑3493115 | gAAATATCGCCGATTATTTCAATCTGCCTGTTTCCAGTATGAGTAATACCTTCACCTTCCTCAACGCCGGCATTTTAATCTCTATCTTCCTCAACGCCTGGCTGATGGAAATCGTCCCGTTGAAAACGCAGTTACGTTTTGGCTTTCTCCTTATGGTGCTGGCGGTTGCCGG‑TTTGATGTTCAGCCACAGCCTGGCGCTGTTCTCGTCGGCGATGTTCATTCTCTGTGTGTTCAGCGGCATCACCATGTCg < 1:282561/251‑1 (MQ=255) ttCCAGTATGAGTAATACCTTCACCTTCCTCAACGCCGGCATTTTAATCTCTATCTTCCTCAACGCCTGGCTGATGGAAATCGTCCCGTTGAAAACGCAGTTACGTTTTGGCTTTCTCCTGATGGTGCTGGCGGTTTGCGG‑TTTGATGTTTAGCCACAGCCTGGCGCTGTTCTCGGCGGCGGAGTTTATTCTTGGGGGGGGCAGGGGCATCCCCATGTCGGTTGG‑TACCATCCTTGGAACACCA‑ATGTAtt > 1:250397/1‑250 (MQ=255) gTATGAGTAATACCTTCACCTTCCTCAACGCCGGCATTTTAATCTCTATCTTCCTCAACGCCTGGCTGATGGAAATCGTCCCGTTGAAAACGCAGTTACGTTTTGGCTTTCTCCTGCTGGTGCTGGCGGTTGCCGG‑TTTGTAGTTTAGCCACAGCCTGGCGCTGTTCTCGGCGGCGCTGTTCATTCTCGGGGGGGTCAGCGGCCCCACCATGTCCATTGG‑GACAATTCTGGTAACACCA‑ATggataaacgg > 1:296575/1‑242 (MQ=255) aTGAGTAATACCTTCACCTTCCTCAACGCCGGCATTTTAATCTCTATCTTCCTCAACGCCTGGCTGATGGAAATCGTCCCGTTGAAAACGCAGTTACGTTTTGGCTTTCTCCTGATGGTGCTGGCGGTTTCCGG‑TTTGTTGTTTAGCCACCGCCTTGCGCTGTTCTCGGCGGCGGTGTTCTTTCTCGGGGGGGTCCGCGGCATCACCCTGTCGATTGG‑TACATTCCTGGTAACACAA‑AAGTATGAAggggg > 1:68547/1‑249 (MQ=255) aGTAATACCTTCACCTTCCTCAACGCCGGCATTTTAATCTCTATCTTCCTCAACGCCTGGCTGATGGAAATCGTCCCGTTGAAAACGCAGTTACGTTTTGGCTTTCTCCTGATGGTGCTGGCGGTTGCCGG‑GGTTATGTTTCGCCACCGCCCTGCGCTGTTCTCGGCGGGGGTGTTTCTTCTCGGGGGGGTCCGCGGGGTCCCCATCGCGTTTTG‑TACGTTTCTTGTAACACAACATGTATAAAgggtgg > 2:42597/1‑247 (MQ=255) gTAATACCTTCACCTTCCTCAACGCCGGCATTTTCATCTCTATCTTCCTCAACGCCTGGCTGATGGAAATCGTCCCGTTGAAAACGCAGTTACGTTTTGGCTTTCTCATGATGGTGCTGGCGGGTGCAGG‑TTTTGTGTTTAGCCACAGCCCGGCGCTGGTCTCGGCGGCGATGTTTCTTTTCGGGGGGGGAAGCGGGCTCTCCATGTTGGTTGG‑GACATTCCTGGTAAAACAA‑AAGTTTGAAGGGGGTc > 1:291163/1‑249 (MQ=255) aaTACCTTCACCTTCCTCAACGCCGGCATTTTAATCTCTATCTTCCTCAACGCCTGGCTGATTGAAATCGTCCCGTTGAAAACGCAGTTACGTTTTGGCTTTCTCCTGATGGTGCTGGCGGTTGCCGG‑TTTGATGTTCAGCCACAGCCTGGCGCTGTTCTCGGCGGCGATGTTCATTCTCGGGGTGGTCAGCGGCATCACCATGTCGATTGG‑TACATTCCTGGTAACACAA‑ATGTATGAAGGGCGTCAgcg < 1:44371/251‑1 (MQ=255) 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ccGTTTTGGCTTTCTCCTGATGGTGCGGGCGGTTGCCGG‑TTTGATGTTCAGCCACAGCCTGGCGCTGTTCTCGGCGGCGATGTTCATCCTCGGGGTGTTCAGCGGCATCACCATGTCGATTGT‑TACATTCCTGGTAACACAA‑ATGTATGAAGGGCGTCAGCGCGG‑TTCCCGCCTGTTATTTACCGACTCCTTCTTCAGTATGGCTGGGATG‑ATTTTCCCAATGATCGCCGCGTTTCTACTGGCGCgcagca < 2:163658/250‑1 (MQ=255) tgggctttgcctgggggggccgggCGGTGGCCGG‑TTTGATGGTCAGCCACAGCCTGGCGCGGTTCGGGGCGGCGATGTTCATTCTCGGGGTGTTCAGCGGCACCACCATGTCGAGTGG‑TACTTCCCTGGTAACACAA‑ATGTATGAAGGGCGTCAGCGCGT‑TTCCCGCCTGTTATTTACCGACTCCTTCGTCAGTATGGCTGGGATG‑ATTTTCCCAATGATCGCCGCGTTTCTACTCGCGCGCAGCATTGa < 2:52691/228‑1 (MQ=255) gTTGCCGG‑TTTGATGTTCAGCCACAGCCTGGCGCTGTTCTCGGCGGCGATGTTCATTCTCGGGGTGGTCAGCGGCATCACCATGTCGATTGG‑TACATTCCTGGTAACACAA‑ATGTATGAAGGGCGTCAGCGCGG‑TTCCCGCCTGTTATTTACCGACTCCTTCTTCAGTATGGCTGGGATG‑ATTTTCCCAATGATCGCCGCGTTTCTACTGGCGCGCAGCATTGAGTGGTACTGGGTTTATGCCTGCATCgg > 2:228875/1‑251 (MQ=255) 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ggtttagtgggcagcaccagctgtgcgcTGTGCTCGGCGGCGATTTCCATTCGCTGGGTGGTCAGCGGCATCACCATTCCGATTGT‑TACATTCCTGGTAACACAA‑ATGTAGGAAGGGCGTCAGCGCGG‑TTCCCGCCTGTTATTTACCGACTCCTTCTGCAGTATGTCTGTGATT‑ATTTTGCCAATGATCGCCGCGTTTCTACTGGCGCGCAGCATTGTGTGGTACTGTGTTTAGGCCTGCATCGGGCTGgt < 2:153416/227‑1 (MQ=255) gATGTTCAGCCCCAGCCTGGCGCTGGTCTCGGCGGCGATGTTCATTCTCGGGGTGGTCAGCGGCATCACCATGTCGATTGG‑TACATTCCTGGTAACACAA‑ATTTATGAAGGGCGTCAGCGCGG‑TTCCCGCCTGTTATTTACCGACTCCTTCTTCAGTATGGCTGGGATG‑ATTTTCCCAATGATCGCCGCGTTTCTACTGGCGCGCAGCATTGAGTGGTACTGGGTTTATGCCTGCATCGGGCTGGTGTAt < 2:77280/250‑1 (MQ=255) cAGCCACAGCCTGGCGCTGTTCTCGGCGGCGATGTTCATTCTCGGGGTGGTCAGCGGCATCACCATGTCGATTGG‑TACATTCCTGGTAACACAA‑ATGTATGAAGGGCGTCAGCGCGG‑TTCCCGCCTGTTATTTACCGACTCCTTCTTCAGTATGGCTGGGATG‑ATTTTCCCAATGATCGCCGCGTTTCTACTGGCGCGCAGCATTGAGTGGTACTGGGTTTATGCCTGCATCGGGCTGGTGTATGTCGCt > 1:246831/1‑250 (MQ=255) aGCCACAGCCTGGCGCTGTTCTCGGCGGCGATGTTCATTCTCGGGGTGGTCAGCGGCATCACCATGTCGATTGG‑TACATTCCTGGTAACACAA‑ATGTATGAAGGGCGTCAGCGCGG‑TTCCCGCCTGTTATTTACCGACTCCTTCTTCAGTATGGCTGGGATG‑ATTTTCCCAATGATCGCCGCGTTTCTACTGGCGCGCAGCATTGAGTGGTACTGGGTTTATg < 2:259535/223‑1 (MQ=255) aGCCACAGCCTGGCGCTGTTCTCGGCGGCGATGTTCATTCTCGGGGTGGTCAGCGGCATCACCATGTCGATTGG‑TACATTCCTGGTAACACAA‑ATGTATGAAGGGCGTCAGCGCGG‑TTCCCGCCTGTTATTTACCGACTCCTTCTTCAGTATGGCTGGGATG‑ATTTTCCCAATGATCGCCGCGTTTCTACTGGCGCGCAGCATTGAGTGGTACTGGGTTTATg > 1:259535/1‑223 (MQ=255) gCCACAGCCTGGCGCTGTTCTCGGCGGCGATGTTCATTCTCGGGGTGGTCAGCGGCATCACCATGTCGATTGG‑TACATTCCTGGTAACACAA‑ATGTATGAAGGGCGTCAGCGCGG‑TTCCCGCCTGTTATTTACCGACTCCTTCTTCAGTATGGCTGGGATG‑ATTTTCCCAATGATCGCCGCGTTTCTACTGGCGCGCAGCATTGAGTGGTACTGGGTTTATGCCTGCATCGGGCTGGTGTATGTCGCTAtt > 1:55646/1‑251 (MQ=255) ggCGCTGTTCTCGGCGGCGATGTTCATTCTCGGGGTGGTCAGCGGCATCACCATGTCGATTGG‑TACATTCCTGGTAACACAA‑ATGTATGAAGGGCGTCAGCGCGG‑TTCCCGCCTGTTATTTACCGACTCCTTCTTCAGTATGGCTGGGATG‑ATTTTCCCAATGATCGCCGCGTTTCTACTGGCGCGCAGCATTGAGTGGTACTGGGTTTATGCCTGCATCGGGCTGGTGTATGTCGCTATTTTTATTCTg < 1:67002/250‑1 (MQ=255) gcgcTGTTCTCGGCGGCGATGTTCATTCTCGGGGTGGTCAGCGGCATCACCATGTCGATTGG‑TACATTCCTGGTAACACAA‑ATGTATGAAGGGCGTCAGCGCGG‑TTCCCGCCTGTTATTTACCGACTCCTTCTTCAGTATGGCTGGGATG‑ATTTTCCCAATGATCGCCGCGTTTCTACTGGCGCGCAGCATTGAGTGGTACTGGGTTTATGCCTGCATCGGGCTGGGGTATGTCGCTATTTTTATTCTGAc > 2:120872/1‑251 (MQ=255) ggtgcgcggcggCGAGGTTCATTCTCGGGGTGGTCAGCGGCATCACCAGGTCGATTGG‑TACATTCCTGGTAACACAA‑ATGTAGGAAGGGCGTCAGCGCGG‑TTCCCGCCTGTTATTTACCGACTCCTTCTTCAGTATGGCTGGGATG‑ATTTTCCCAATGATCGCCGCGTTTCTACTGGCGCGCAGCATTGAGTGGTACTGGGTTTATGCCTGCATCGGGCTGGTGTATGTCGCTATTTTTATTCTGACCTTc < 2:280402/245‑1 (MQ=255) ttCTCGGCGGCGATGTTCATTCTCGGGGTGGTCAGCGGCATCACCCTGTCGATTGG‑TACATTCCTGGTAACACAA‑ATGTATGAAGGGCGTCAGCGCGG‑TTCCCGCCTGTTATTTACCGACTCCTTCTTCAGTATGGCTGGGATG‑ATTTTCCCAATGATCGCCGCGTTTCTACTTGCGCGCAGCATTGAGTGGTACTGGGTTTTTGCCTGCATCGGGCTGGGGTATGTCGCTATTTTTATTCTGACCTTCgg > 2:255797/1‑251 (MQ=255) tcGGCGGCGATGTTCATTCTCGGGGTGGTCAGCGGCATCACCATGTCGATTGG‑TACATTCCTGGTAACACAA‑ATGTATGAAGGGCGTCAGCGCGG‑TTCCCGCCTGTTATTTACCGACTCCTTCTTCAGTATGGCTGGGATG‑ATTTTCCCAATGATCGCCGCGTTTCTACTGGCGCGCAGCATTGAGTGGTACTGGGTTTATGCCCGCATCGGGCTGGTGTATGTCGCTATTTTTATTCTGACCTTCGGCtg > 1:157135/1‑251 (MQ=255) | GAAATATCGCCGATTATTTCAATCTGCCTGTTTCCAGTATGAGTAATACCTTCACCTTCCTCAACGCCGGCATTTTAATCTCTATCTTCCTCAACGCCTGGCTGATGGAAATCGTCCCGTTGAAAACGCAGTTACGTTTTGGCTTTCTCCTGATGGTGCTGGCGGTTGCCGG‑TTTGATGTTCAGCCACAGCCTGGCGCTGTTCTCGGCGGCGATGTTCATTCTCGGGGTGGTCAGCGGCATCACCATGTCGATTGG‑TACATTCCTGGTAACACAA‑ATGTATGAAGGGCGTCAGCGCGG‑TTCCCGCCTGTTATTTACCGACTCCTTCTTCAGTATGGCTGGGATG‑ATTTTCCCAATGATCGCCGCGTTTCTACTGGCGCGCAGCATTGAGTGGTACTGGGTTTATGCCTGCATCGGGCTGGTGTATGTCGCTATTTTTATTCTGACCTTCGGCTG > NC_000913/3492662‑3493115 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |