| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 4,285,320 | +A | intergenic (‑107/+93) | yjcH ← / ← acs | DUF485 domain‑containing inner membrane protein YjcH/acetyl‑CoA synthetase (AMP‑forming) |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,285,320 | 1 | . | A | 97.6% | 292.5 / ‑0.6 | 84 | intergenic (‑107/+93) | yjcH/acs | DUF485 domain‑containing inner membrane protein YjcH/acetyl‑CoA synthetase (AMP‑forming) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (2/0); new base A (43/39); total (45/39) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.97e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.45e-01 | |||||||||||
AGGCGATCAGTAAAATAAAGCCGATATAAACTGCCAGCATAATAATCGACAGGATGGTGGCAAACCGTTGCCGTTTTTCGACTAACTCCCTGAAATGCGCATTGTCTTCTATCCGCTGATAAATAGTGCCATTCATCACAGATTCTCCAGAGGTAATGTAGGGATTGTTTTAATTCCCGCTCCCTTATGGGAGAAGGTTAACGCTCGGGTAACCCTTGCCG‑AATGTAGGCCGGATAAGGCG‑TT‑TACGCCGCATCCGGCAATCAATGCCTGATGCGACGCTGTCGCGTCTTATCAGGCCTACAAACCGTTACCGACTCGCATCGGGCAATTGTGGGTTACGATGGCATCGCGATAGCCTGCTTCTCTTCAAGCAGCTTCTCGACTACGCCAGGATCGGCAAGCGTCGAGGTATCGCCCAGGTTGCTGGTATCGCCCGCCGCAATTTTGCGCAGAATACGGCGCATAATTTTGCCGGAGCGGGT > NC_000913/4285078‑4285559 | aGGCGATCAGTAAAAGAAAGCCGATATAAACTGCCAGCATAATAATCGACAGGATGGTGGCAAACCGTTGCCGTTTTTCGACTAACTCCCTGAAATGCGCATTGTCTTCTATCCGCTGATAAATCGTACCATTCATCACAGATTCTCCAGAGGTAATGTAGGGATTGTTTTAATTCCCGCTCCCTTATGGGAGAAGGTTAACGCTCGGGTAACCCTTGACG‑AATGTAGGCCGGATAAGGCG‑TTATAcgccg < 2:257988/251‑1 (MQ=255) 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tg‑AATGTAAGACGGATAAGGAG‑TTATCCGCCGCATCCGGCAATCAATGCCTGATGCGACGCTGTCGCGTCTTATCAGGCCTACAAAACGTTACCGACTCGCATCCGGCTATTGTGGGTTACGATGGCATCGCGATAGCCTGCTTCTCTTCAAGCAGCTTCTCGACTACGCCAGGATCGGCAAGCGTCGAGGTATCGCCCAGGTTGCTGGTATCGCCCGCCGCAATTTTGCGCAGACTACGGCGCATAAttt > 2:52038/2‑251 (MQ=38) cGGATAAGGCG‑TTATACGCCGCATCCGGCAATCAATGCCTGATGCGACGCTGTCGCGTCTTATCAGGCCTACAAACCGTTACCGACTCGCATCCGGCAATTGTGGGTTACGATGGCATCGCGATAGCCTGCTTCTCTTCAAGCAGCTTCTCGACTACGCCAGGATCGGCAAGCGTCGAGGTATCGCCCAGGTTGCTGGTATCGCCCGCCGCAATTTTGCGCAGAATACGGCGCATAATTTTGCCGGAGCgg > 1:185871/1‑251 (MQ=255) gATAAGGCG‑TTATACGCCGCATCCGGCAATCAATGCCTGATGCGACGCTGTCGCGTCTTATCAGGCCTACAAACCGTTACCGACTCGCATCCGGCAATTGTGGGTTACGATGGCATCGCGATAGCCTGCTTCTCTTCAAGCAGCTTCTCGACTACGCCAGGATCGGCAAGCGTCGAGGTATCGCCCAGGTTGCTGGTATCGCCCGCCGCAATTTTGCGCAGAATACGGCGCATAATTTTGCCGGAGCGGGt > 1:254091/1‑251 (MQ=255) | AGGCGATCAGTAAAATAAAGCCGATATAAACTGCCAGCATAATAATCGACAGGATGGTGGCAAACCGTTGCCGTTTTTCGACTAACTCCCTGAAATGCGCATTGTCTTCTATCCGCTGATAAATAGTGCCATTCATCACAGATTCTCCAGAGGTAATGTAGGGATTGTTTTAATTCCCGCTCCCTTATGGGAGAAGGTTAACGCTCGGGTAACCCTTGCCG‑AATGTAGGCCGGATAAGGCG‑TT‑TACGCCGCATCCGGCAATCAATGCCTGATGCGACGCTGTCGCGTCTTATCAGGCCTACAAACCGTTACCGACTCGCATCGGGCAATTGTGGGTTACGATGGCATCGCGATAGCCTGCTTCTCTTCAAGCAGCTTCTCGACTACGCCAGGATCGGCAAGCGTCGAGGTATCGCCCAGGTTGCTGGTATCGCCCGCCGCAATTTTGCGCAGAATACGGCGCATAATTTTGCCGGAGCGGGT > NC_000913/4285078‑4285559 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |