| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 71,551 | 2 bp→TC | coding (201‑202/765 nt) | yabI → | DedA family protein YabI |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 71,551 | 0 | C | T | 97.1% | 108.7 / NA | 34 | C67C (TGC→TGT) | yabI | DedA family protein YabI |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base T (5/28); total (6/28) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.76e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.93e-01 | |||||||||||
| * | NC_000913 | 71,552 | 0 | T | C | 97.1% | 108.1 / ‑6.3 | 34 | L68L (TTG→CTG) | yabI | DedA family protein YabI |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base C (5/28); total (6/28) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.76e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CAGAATCCCTGCTTCGTCCATTTGACAGGCACATTATGCAAGCATTGCTGGAACACTTTATTACCCAATCCACCGTGTATTCATTGATGGCGGTGGTGTTGGTGGCCTTTCTGGAGTCGCTGGCGCTGGTCGGTTTGATTCTACCCGGTACGGTGCTGATGGCGGGGCTGGGAGCGCTGATTGGCAGCGGCGAGTTAAGTTTCTGGCACGCCTGGCTGGCAGGGATTATTGGCTG‑CTTGATGGGCGACTGGATTTCTTTCTGGCTGGGTTGGCG‑TTTTAAAAAGCCGTTGCATCGCTGGTCATTTCTGAAGAAAAACAAAGCACTACTTGATAAAACTGAACATGCGTTGCATCAACACAGCATGTTCACCATTCTGGTCGGTCGTTTTGTTGGCCCGACGCGTCCGCTGGTGCCAATGGTGGCGGGAATGCTGGATCTGCCGGTGGCTAAATTTATTACGCCG > NC_000913/71316‑71779 || cAGAATCCCTGCTTCGTCCATTTGACAGGCACATTATGCAAGCATTGCTGGAACACTTTATTACCCAATCTACCGTGTATTCATTGATGGCGGTGGTGTTGGTGGCCTTTCTGGAGTCGCTGGCGCTGGTCGGTTTGATTCTACCCGGTACGGTGCTGATGGCGGGGCTGGGAGCGCTGATTGGCAGCGGCGAGTTAAGTTTCTGGCACGCCTGGCTGGCAGGGATTGTCGGTTG‑TCTGCTGGGCGACTgg < 1:125986/251‑1 (MQ=255) 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cACGCCTGGCTGGCAGGGATGGTCGGTTG‑TCTGCTGGGCGACTGGATCTCCTTCTGGCTGGGCTGGCG‑TTTTAAAAAGCCGTTGCATCGCTGGTCATTTCTGAAGAAAAACAAAGCATTACTCGATAAAACTGAACATGCGTTGCATCAACACAGCATGTTCACCATTCTGGTCGGTCGCTTTGTTGGCCCGACGCGTCCGCTGGTGCCAATGGTGGCGGGAATGCTGGATCTGCCGGTGGCAAAAttcat < 2:330176/251‑4 (MQ=255) tggctggcAGGGATTGTCGGTTG‑TCTGCTGGGCGACTGGATCTCCTTCTGGCTGGGCTGGCG‑TTTTAAAAAGCCGTTGCATCGCTGGTCATTTCTGAAGAAAAACAAAGCATTACTCGATAAAACTGAACACGCGTTGCATCAACACAGCATGTTCACCATTCTGGTCGGTCGCTTTGTTGGCCCGACGCGTCCGCTGGTGCCAATGGTGGCGGGAATGCTGGATCTGCCGGTGGCAAAATTCATTACGcc > 1:324192/1‑251 (MQ=255) ggctggcAGGGATTGTCGGTTG‑TCTGCTGGGCGACTGGATCTCCTTCTGGCTGGGCTGGCG‑TTTTAAAAAGCCGTTGCATCGCTGGTCATTTCTGAAGAAAAACAAAGCATTACTCGATAAAACTGAACATGCGTTGCATCAACACAGCATGTTCACCATTCTGGTCGGTCGCTTTGTTGGCCCGACGCGTCCGCTGGTGCCAATGGTGGCGGGAATGCTGGATCTGCCGGTGGCAAAATTCATTACGCCg < 1:45257/251‑1 (MQ=255) || CAGAATCCCTGCTTCGTCCATTTGACAGGCACATTATGCAAGCATTGCTGGAACACTTTATTACCCAATCCACCGTGTATTCATTGATGGCGGTGGTGTTGGTGGCCTTTCTGGAGTCGCTGGCGCTGGTCGGTTTGATTCTACCCGGTACGGTGCTGATGGCGGGGCTGGGAGCGCTGATTGGCAGCGGCGAGTTAAGTTTCTGGCACGCCTGGCTGGCAGGGATTATTGGCTG‑CTTGATGGGCGACTGGATTTCTTTCTGGCTGGGTTGGCG‑TTTTAAAAAGCCGTTGCATCGCTGGTCATTTCTGAAGAAAAACAAAGCACTACTTGATAAAACTGAACATGCGTTGCATCAACACAGCATGTTCACCATTCTGGTCGGTCGTTTTGTTGGCCCGACGCGTCCGCTGGTGCCAATGGTGGCGGGAATGCTGGATCTGCCGGTGGCTAAATTTATTACGCCG > NC_000913/71316‑71779 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |