| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 82,957 | C→T | V191V (GTG→GTA) | leuA ← | 2‑isopropylmalate synthase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 82,957 | 0 | C | T | 95.0% | 120.2 / ‑6.6 | 40 | V191V (GTG→GTA) | leuA | 2‑isopropylmalate synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (20/18); minor base G (2/0); total (22/18) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.92e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
TGGTGCGCCATATCTCCTGGTGATTAATGGCGGTGTGGACGTTGAGAATATCCTTACGAACTTTGATCGCCATGATGACTTCTT‑CCAGGGAACAGTTTCCGGCACGCTCGCCGATCCCGTTCATTGCGCCTTCCACCTGGCGTGCACCGGCATGTACCGCCGCCAGTGAGTTTCCGACCGCCA‑GGCCCAAATCGTCGTGGGTATGTACGGAGATA‑ATGGCTTTGTCGATGTTAGGCACGCGTTCATACAGGCCGCTGATGATTCCGGCGAACTCAAACGGCATGGTGTAGCCCACGGTGTCCGGAATGTTGATGGTGGTGGCACCGGCATTAATCGCCGCTTCGACCACTCGCGCCAGATCGGCAATGGGTGTACGCCCGGCATCTTCGCAAGAAAATTCAACATCATCGGTGTAATTACGGGCGCGTTTCACCATATAGATAGCGCGTTCGATCACCTCGTCCAGCGTGCTGCGC > NC_000913/82722‑83197 | tggTGCGCCATATCTCCTGGTGATTAATGGCGGTGTGGACGTTGAGAATATCCTTACGAACTTTGATCGCCATGATGACTTCTT‑TCCGGGAACAGTTTCCGGCACGCTCGCCGATCCCGTTCATTTCGCCTTCCCCCTGGCGTGCACCGGCATGTACCGCCGCCAGTGAGGTGCCGACCGCCA‑GGCCTAAATCGTCGGGGGTATGTACGGAAATA‑ATGGCTTTGTCGGTGTTTGGTACGCGTTCATACAgg > 1:164126/1‑251 (MQ=255) ggTGCGCCATATCTCCTGGTGATTAATGGCGGTGTGGACGTTGAGAATATCCTTACGAACTTTGATCGCCATGATGACTTCTT‑CCAGGGAACAGTTTCCGGCACGCTCGCCGATCCCGTTCATTGCGCCTTCCACCTGGCGTGCACCGGCATGTACCGCCGCCAGTGAGTTGCCGACCGCCA‑GGCCTAAATCGTCGTGGGTATGTACGGAAATA‑ATGGCTTTGTCGATGTTAGGTACGCGTTCATACAg < 1:36958/249‑1 (MQ=255) cgcCATATCTCCTGGTGATTAATGGCGGTGTGGTCGTTGGGAATATCCCTACGCACTTTGATCGCCATGATGACTTCTTTCCGGGGAAC‑GGTTCCCGCACGCCCGCCGATCCCGTTCATTGCGCCTTCCACCTGGCGTGCCCCGGCATGTACCGCCGCCCGTGAGTTGCCCACCGCCC‑GGCCTAAATCGCCGTGGGGCTGTACGGAAATC‑ATGGCCTTGTCGGTGTTAAGGACGCGGTCTTAAAGGCCGcc > 2:25845/1‑250 (MQ=255) gcCATATCTCCTGGTGATTAATGGCGGTGTGGACGTTGAGAATATCCTTACGAACTTTGATCGCCATGATGACTTCTT‑CCAGGGAACAGTTTCCGGCACGCTCGCCGATCCCGTTCATTGCGCCTTCCACCTGGCGTGCACCGGCATGTACCGCCGCCAGTGAGTTGCCGACCGCCC‑GGCCTAAATCGTCGTGGGGATGTACGGAAATA‑ATGGCTTTTTCGATGTTAGGTACGCGTTCATACAGGCCGCtt > 1:373588/1‑250 (MQ=255) 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aTA‑ATGGCTTTGTCGATGTTAGGTACGCGTTCATACAGGCCGCTGATGATTCCGGCGAACTCAAACGGCATGGTGTAGCCCACGGTGTCCGGAATGTTGATGGTGGTGGCACCGGCATTAATCGCCGCTTCGACCACTCGCGCCAGATCGGCAATGGGTGTACGCCCGGCATCTTCGCAAGAAAATTCAACATCATCGGTGTAATTACGGGCGCGTTTCACCATATAGATAGCGCGTTCGATCActtcatc > 1:349769/1‑245 (MQ=255) cTTTGTCGATGTTAGGTACGCGTTCATACAGGCCGCTGATGATTCCGGCGAACTCAAACGGCATGGTGTAGCCCACGGTGTCCGGAATGTTGATGGTGGTGGCACCGGCATTAATCGCCGCTTCGACCACTCGCGCCAGATCGGCAATGGGTGTACGCCCGGCATCTTCGCAAGAAAATTCAACATCATCGGTGTAATTACGGGCGCGTTTCACCATATAGATAGCGCGTTCGATCACTTCATCCAGCGtg > 2:247045/1‑251 (MQ=255) cGATGTTCGGTACGAGTTCATACAGGCCGCTGATGATTCCGGCGAACTCAAACAGCATGGTGTAGCCCACGGTGTACGGAATGTTGATGGTGGCGGCACCGGCATTAATCGCCGCTTCGACCACTCGCGCCAGATCGGCAATGGGTGTACGCCCGGCATCTTCGCAAGAAAATTCAACATCATCGGTGTAATTACGGGCGCGTTTCACCATATAGATAGCGCGTTCGATCACTTCATCCAGCGTGCTgcgc > 2:51833/1‑251 (MQ=255) | TGGTGCGCCATATCTCCTGGTGATTAATGGCGGTGTGGACGTTGAGAATATCCTTACGAACTTTGATCGCCATGATGACTTCTT‑CCAGGGAACAGTTTCCGGCACGCTCGCCGATCCCGTTCATTGCGCCTTCCACCTGGCGTGCACCGGCATGTACCGCCGCCAGTGAGTTTCCGACCGCCA‑GGCCCAAATCGTCGTGGGTATGTACGGAGATA‑ATGGCTTTGTCGATGTTAGGCACGCGTTCATACAGGCCGCTGATGATTCCGGCGAACTCAAACGGCATGGTGTAGCCCACGGTGTCCGGAATGTTGATGGTGGTGGCACCGGCATTAATCGCCGCTTCGACCACTCGCGCCAGATCGGCAATGGGTGTACGCCCGGCATCTTCGCAAGAAAATTCAACATCATCGGTGTAATTACGGGCGCGTTTCACCATATAGATAGCGCGTTCGATCACCTCGTCCAGCGTGCTGCGC > NC_000913/82722‑83197 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |