| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 82,933 | G→A | I199I (ATC→ATT) | leuA ← | 2‑isopropylmalate synthase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 82,933 | 0 | G | A | 97.4% | 119.5 / NA | 38 | I199I (ATC→ATT) | leuA | 2‑isopropylmalate synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base A (18/19); total (19/19) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GCATATTACAAATCTGGCTAACTAACTGGCTGGTGCGCCATATCTCCTGGTGATTAATGGCGGTGTGGACGTTGAGAATATCCTTACGAACTTTGATCGCCATGATGACTTCTT‑CCAGGGAACAGTTTCCGGCACGCTCGCCGATCCCGTTCATTGCGCCTTCCACCTGGCGTGCACCGGCATGTACCGCCGCCAGTGAGTTTCCGACCGCCA‑GGCC‑CAAATCGTCGTGGGTATGTACGGAGATA‑ATGGCTTTGTCGATGTTAGGCACGCGTTCATACAGGCCGCTGATGATTCCGGCGAACTCAAACGGCATGGTGTAGCCCACGGTGTCCGGAATGTTGATGGTGGTGGCACCGGCATTAATCGCCGCTTCGACCACTCGCGCCAGATCGGCAATGGGTGTACGCCCGGCATCTTCGCAAGAAAATTCAACATCATCGGTGTAATTACGGGCGCGTTTCACCATATAGATAGCGCGTTCGATCACC > NC_000913/82692‑83179 | gCATATTACAAATCTGGCTAACTAACTGGCTGGTGCGCCATATCTCCGGGTGATTAATGGCGGTGTGGACGTTGAGAATATCCTTACGAACTTTGATCGCCATGATGACTTCTT‑CCAGGGAACAGTTTCCGGCACGCTCGCCGATCCCGTTCATTGCGCCTTCCACCTGGCGTGCACCGGCATGTACCGCCGCCAGTGAGTTGCCGACCGCCA‑GGCC‑TAAATCGTCGTGGGTATGTACGGAAATA‑ATGGCt < 2:165703/251‑1 (MQ=255) tatTACAAATCTGGCTAACTAACTGGCTGGTGCGCCATATCTCCTGGTGATTAATGGCGGCGTGGACGTTGAGAATATCCTTACGAACTTTGATCGCCATGATGGCTTCTT‑CCAGGGAACAGTTTCCGGCACTCTCGCCGATCCCGTTCATTGCGCCTTCCACCTGGCGTGCACCGGCCTGTACCCCCGCCAGTGAGTTGCCGACCGCCC‑GGGC‑TAAATCGACGTGGGTATTTACGGAAATA‑AAGGCtttt > 2:199346/1‑250 (MQ=255) aaaTCTGGCTAACTAACTGGCTGGTGCGCCATATCTCCTGGTGATTAATGGCGGTGTGGACGTTGAGAATATCCTTACGAAATTTGATCGCCATGATGACTTCTT‑CCAGGGAACAGTTTCCGGCCCGCTCGCCGATCCCGTTCATTGCGCCTTCCACCTGGCGGGCACCGGCATGTACCCCCCCCAGTGAGTTGCCGACCGCCC‑GGCCTCAAA‑CGTCGTGGGTATGTACGGAAATA‑ATGGCTTTGTCgctg > 2:83007/1‑248 (MQ=255) tggTGCGCCATATCTCCTGGTGATTAATGGCGGTGTGGACGTTGAGAATATCCTTACGAACTTTGATCGCCATGATGACTTCTT‑TCCGGGAACAGTTTCCGGCACGCTCGCCGATCCCGTTCATTTCGCCTTCCCCCTGGCGTGCACCGGCATGTACCGCCGCCAGTGAGGTGCCGACCGCCA‑GGCC‑TAAATCGTCGGGGGTATGTACGGAAATA‑ATGGCTTTGTCGGTGTTTGGTACGCGTTCATACAgg > 1:164126/1‑251 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |