| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 82,894 | T→G | G212G (GGA→GGC) | leuA ← | 2‑isopropylmalate synthase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 82,894 | 0 | T | G | 92.5% | 101.8 / ‑4.5 | 40 | G212G (GGA→GGC) | leuA | 2‑isopropylmalate synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (3/0); new base G (16/21); total (19/21) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.81e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GAATGCGCCGCTGCCAACAATGGCTTTGTTTGCCGGGATCGGCATATTACAAATCTGGCTAACTAACTGGCTGGTGCGCCATATCTCCTGGTGATTAATGGCGGTGTGGACGTTGAGAATATCCTTACGAACTTTGATCGCCATGATGACTTCTT‑CCAGGGAACAGTTTCCGGCACGCTCGCCGATCCCGTTCATTGCGCCTTCCACCTGGCGTGCACCGGCATGTACCGCCGCCAGTGAGTTTCCGACCGCCA‑GGCC‑CAAATCGTCGTGGGTATGTACGGAGATA‑ATGGCTTTGTCGATGTTAGGCACGCGTTCATACAGGCCGCTGATGATTCCGGCGAACTCAAACGGCATGGTGTAGCCCACGGTGTCCGGAATGTTGATGGTGGTGGCACCGGCATTAATCGCCGCTTCGACCACTCGCGCCAGATCGGCAATGGGTGTACGCCCGGCATCTTCGCAAGAAAATTCAACATCATCGGTGTAAT > NC_000913/82651‑83138 | gAATGCGCCGCTGCCAACAATGGCTTTGTTTGCCGGGATCGGCATATTACAAATCTGGCTAACTAACTGGCTGGTGCGCCATATCTCCTGGTGATTAATGGCGGTGTGGACGTTGAGCATATCCTTACGAACTTTGATCGCCCTGATGACTTCTT‑CCAGGGGAAAGTTTCCGGCACGCTCGCCCCTCCCGTTCATTTCGCCCTCCACCTGGCGTGCACCGGCATGTACCCCCGCCCGTGAGGTTcccagcc > 2:344818/1‑246 (MQ=255) gCCAACAATGGCTTTGTTTGCCGGGATCGGCATATTACAAATCTGGCTAACTAACTGGCTGGTGCGCCATATCTCCTGGTGATTAATGGCGGTGTGGACGTTGAGAATATCCTTACGAACTTTGATCGCCATGATGACTTCTT‑CCAGGGAACAGTTTCCGGCACGCTCGCCGATCCCGTTCATTGCGCCTTCCACCTGGCGTGCACCGGCATGTACCGCCGCCAGTGAGTTGCCGACCGCCA‑GGcctaa < 1:366690/249‑4 (MQ=255) aTGGCTTTGTTTGCCGGGATCGGCATATTACAAATCTGGCTAACTAACTGGCTGGTGCGCCATATCTCCTGGTGATTAATGGCGGTGTGGACGTTGAGAATATCCTTACGAACTTTGATCGCCATGATGACTTCTT‑CCAGGGAACAGTTTCCGGCACGCTCGCCGATCCCGTTCATTGCGCCTTCCACCTGGCGTGCACCGGCATGTACCGCCGCCAGTGAGTTGCCGACCGCCA‑GGCC‑TAAATCGTCGTg < 1:49814/251‑1 (MQ=255) ggCTTTGTTTGCCGGGATCGGCATATTACAAATCTGGCTAACTAACTGGCTGGTGCGCCATATCTCCTGGTGATTAATGGCGGTGTGGACGTTGAGAATATCCTTACGACCTTTGATCGCCATGATGACTTCTT‑CCAGGGAACAGTTTCCGGCACGCTCGCCGATCCCGTTCATTGCGCCTTCCACCTGGCGTGCACCGGCATGTACCGCCGCCAGTGAGTTGCCGACCGCCA‑GGCC‑TAAATCGTCGTggg < 1:81736/251‑1 (MQ=255) 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GAATGCGCCGCTGCCAACAATGGCTTTGTTTGCCGGGATCGGCATATTACAAATCTGGCTAACTAACTGGCTGGTGCGCCATATCTCCTGGTGATTAATGGCGGTGTGGACGTTGAGAATATCCTTACGAACTTTGATCGCCATGATGACTTCTT‑CCAGGGAACAGTTTCCGGCACGCTCGCCGATCCCGTTCATTGCGCCTTCCACCTGGCGTGCACCGGCATGTACCGCCGCCAGTGAGTTTCCGACCGCCA‑GGCC‑CAAATCGTCGTGGGTATGTACGGAGATA‑ATGGCTTTGTCGATGTTAGGCACGCGTTCATACAGGCCGCTGATGATTCCGGCGAACTCAAACGGCATGGTGTAGCCCACGGTGTCCGGAATGTTGATGGTGGTGGCACCGGCATTAATCGCCGCTTCGACCACTCGCGCCAGATCGGCAATGGGTGTACGCCCGGCATCTTCGCAAGAAAATTCAACATCATCGGTGTAAT > NC_000913/82651‑83138 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |