| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,594,132 | (C)8→9 | intergenic (‑1690/+4485) | hipB ← / ← lsrK | antitoxin/DNA‑binding transcriptional repressor HipB/autoinducer‑2 kinase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,594,132 | 1 | . | C | 89.2% | 98.4 / 4.3 | 37 | intergenic (‑1690/+4485) | hipB/lsrK | antitoxin/DNA‑binding transcriptional repressor HipB/autoinducer‑2 kinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (3/1); new base C (15/18); total (18/19) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.40e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.74e-01 | |||||||||||
AATGTTATCAACCCGAACGCGAGTGTTCCCTTGGGTATCGCCTTTCACGTTCATCTTATCGGTGGGCGAATTATCGCCGCCCAGCGTCGCGTTGAACGTCATCAGGCCATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGCC‑CCCCCC‑‑A‑GGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTCCCCCCCC‑ACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCATCGCCCAGC > NC_000913/1593892‑1594368 | aaTGTTATCAACCCGAACGCGAGTGTTCCCTTGGGTATCGCCTTTCACGTTCATCTTATCGGTGGGCGAATTATCGCCGCCCAGCGTCGCGTTGAACGTCATCAGGCCATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGCC‑CCCCCCC‑A‑GGCATAAc < 1:50608/251‑1 (MQ=255) gAGTGTTCCCTTGGGCATCGCCTTTCACGTTCATCTTATCGGAGGGCGAATTATCGCCGACCAGCGTCGCGTTGAACGTCATCAGGACATTGTTTCCGGTATAGTTGACGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCAGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGCC‑CCCCCC‑‑CCGGCATAACGTTCATATTACCTGCAgtgg > 1:233783/1‑251 (MQ=255) ccTTGGGTATCGCCTTTCACGTTCATCTTATCGGTGGGCGAATTATCGCCGCCCAGCGTCGCGTTGAACGTCATCAGGCCATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGCC‑CCCCCCC‑A‑GGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACAttt > 2:23609/1‑251 (MQ=255) aTCGCCTTTCACGTTCTTCTTATCGGTGGGCGAATTATCGCCGCCCAGCGTCGCGTTGAACGTCATCAGGCCATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGCC‑CCCCCCC‑A‑GGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACa < 2:361146/250‑1 (MQ=255) 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cgTTGAACGTCATCAGGCCATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGCC‑CCCCCCC‑A‑GGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAAtg > 1:182895/1‑223 (MQ=255) gTTGAACGTCATCAGGCCTGTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGACCCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGCC‑CCCCCCC‑A‑GGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGTCAGAGTc < 1:133086/251‑1 (MQ=255) ttGAAAGTCATCAGGCCATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCAGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGCC‑CCCCCCC‑A‑GGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGCCATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGccgtgt > 2:320408/1‑244 (MQ=255) 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(MQ=255) cGCTACTCAATTGCACCATGCCCCCCTTCTCCAAGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTCGCGCCCCGCAGCGCC‑CCCCCC‑‑ACGGCATAACGTTCATATAACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGCTCTTACTGTGTCGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAACGCAATTTACCCCCCC‑CCGCTATCCGTCCTACCCTGCTACCCCGCGGAATCATCGTTAACAGTc > 2:243379/1‑250 (MQ=255) ccgccATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGCC‑CCCCCCC‑A‑GGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTCCCCCCCC‑ACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGtttt < 1:217012/251‑1 (MQ=255) cAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGCC‑CCCCCCC‑A‑GGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTCCCCCCCC‑ACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCcgcg < 2:272649/201‑1 (MQ=255) 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AATGTTATCAACCCGAACGCGAGTGTTCCCTTGGGTATCGCCTTTCACGTTCATCTTATCGGTGGGCGAATTATCGCCGCCCAGCGTCGCGTTGAACGTCATCAGGCCATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGCC‑CCCCCC‑‑A‑GGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTCCCCCCCC‑ACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCATCGCCCAGC > NC_000913/1593892‑1594368 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |